mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999982 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr19:51170706A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | SHANK1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000391813 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y566 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2672T>C cDNA.2672T>C g.52002T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | V891A Score: 64 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 891 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3745521
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regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 1258 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4647 / 4647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1549 / 1549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4647 / 4647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3930 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 52002 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 51170706 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTGCCAGCCCCGGGCCCCTGTGACGAGCGGAAGGGGTCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTGCCAGCCCCGGGCCCCTGCGACGAGCGGAAGGGGTCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTGCCAGCCCCGGGCCCCTGTGACGAGCGGAAGGGGTCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTGCCAGCCCCGGGCCCCTGCGACGAGCGGAAGGGGTCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MQLMALEQRF GSGLPGGGQP LCLMMSSPLP PPPPHFSCLP ASDYIIKEKT VLLQKKDSEG FGFVLRGAKA QTPIEEFTPT PAFPALQYLE SVDEGGVAWR AGLRMGDFLI EVNGQNVVKV GHRQVVNMIR QGGNTLMVKV VMVTRHPDMD EAVHKKAPQQ AKRLPPPTIS LRSKSMTSEL EEMEYEQQPA PVPSMEKKRT VYQMALNKLD EILAAAQQTI SASESPGPGG LASLGKHRPK GFFATESSFD PHHRAQPSYE RPSFLPPGPG LMLRQKSIGA AEDDRPYLAP PAMKFSRSLS VPGSEDIPPP PTTSPPEPPY STPPVPSSSG RLTPSPRGGP FNPGSGGPLP ASSPASFDGP SPPDTRVGSR EKSLYHSGPL PPAHHHPPHH HHHHAPPPQP HHHHAHPPHP PEMETGGSPD DPPPRLALGP QPSLRGWRGG GPSPTPGAPS PSHHGSAGGG GGSSQGPALR YFQLPPRAAS AAMYVPARSG RGRKGPLVKQ TKVEGEPQKG GGLPPAPSPT SPASPQPPPA VAAPSEKNSI PIPTIIIKAP STSSSGRSSQ GSSTEAEPPT QPEPTGGGGG GGSSPSPAPA MSPVPPSPSP VPTPASPSGP ATLDFTSQFG AALVGAARRE GGWQNEARRR STLFLSTDAG DEDGGDGGLG TGAAPGPRLR HSKSIDEGMF SAEPYLRLES AGSGAGYGGY GAGSRAYGGG GGSSAFTSFL PPRPLVHPLT GKALDPASPL GLALAARERA LKESSEGGGA PQPPPRPPSP RYEAPPPTPH HHSPHAHHEP VLRLWGASPP DPARRELGYR AGLGSQEKSL PASPPAARRS LLHRLPPTAP GVGPLLLQLG TEPPAPHPGV SKPWRSAAPE EPERLPLHVR FLENCQPRAP VTSGRGPPSE DGPGVPPPSP RRSVPPSPTS PRASEENGLP LLVLPPPAPS VDVEDGEFLF VEPLPPPLEF SNSFEKPESP LTPGPPHPLP DTPAPATPLP PVPPPAVAAA PPTLDSTASS LTSYDSEVAT LTQGASAAPG DPHPPGPPAP AAPAPAAPQP GPDPPPGTDS GIEEVDSRSS SDHPLETISS ASTLSSLSAE GGGSAGGGGG AGAGVASGPE LLDTYVAYLD GQAFGGSSTP GPPYPPQLMT PSKLRGRALG ASGGLRPGPS GGLRDPVTPT SPTVSVTGAG TDGLLALRAC SGPPTAGVAG GPVAVEPEVP PVPLPTASSL PRKLLPWEEG PGPPPPPLPG PLAQPQASAL ATVKASIISE LSSKLQQFGG SSAAGGALPW ARGGSGGGGD SHHGGASYVP ERTSSLQRQR LSDDSQSSLL SKPVSSLFQN WPKPPLPPLP TGTGVSPTAA AAPGATSPSA SSSSTSTRHL QGVEFEMRPP LLRRAPSPSL LPASEHKVSP APRPSSLPIL PSGPLYPGLF DIRGSPTGGA GGSADPFAPV FVPPHPGISG GLGGALSGAS RSLSPTRLLS LPPDKPFGAK PLGFWTKFDV ADWLEWLGLA EHRAQFLDHE IDGSHLPALT KEDYVDLGVT RVGHRMNIDR ALKFFLER* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MQLMALEQRF GSGLPGGGQP LCLMMSSPLP PPPPHFSCLP ASDYIIKEKT VLLQKKDSEG FGFVLRGAKA QTPIEEFTPT PAFPALQYLE SVDEGGVAWR AGLRMGDFLI EVNGQNVVKV GHRQVVNMIR QGGNTLMVKV VMVTRHPDMD EAVHKKAPQQ AKRLPPPTIS LRSKSMTSEL EEMEYEQQPA PVPSMEKKRT VYQMALNKLD EILAAAQQTI SASESPGPGG LASLGKHRPK GFFATESSFD PHHRAQPSYE RPSFLPPGPG LMLRQKSIGA AEDDRPYLAP PAMKFSRSLS VPGSEDIPPP PTTSPPEPPY STPPVPSSSG RLTPSPRGGP FNPGSGGPLP ASSPASFDGP SPPDTRVGSR EKSLYHSGPL PPAHHHPPHH HHHHAPPPQP HHHHAHPPHP PEMETGGSPD DPPPRLALGP QPSLRGWRGG GPSPTPGAPS PSHHGSAGGG GGSSQGPALR YFQLPPRAAS AAMYVPARSG RGRKGPLVKQ TKVEGEPQKG GGLPPAPSPT SPASPQPPPA VAAPSEKNSI PIPTIIIKAP STSSSGRSSQ GSSTEAEPPT QPEPTGGGGG GGSSPSPAPA MSPVPPSPSP VPTPASPSGP ATLDFTSQFG AALVGAARRE GGWQNEARRR STLFLSTDAG DEDGGDGGLG TGAAPGPRLR HSKSIDEGMF SAEPYLRLES AGSGAGYGGY GAGSRAYGGG GGSSAFTSFL PPRPLVHPLT GKALDPASPL GLALAARERA LKESSEGGGA PQPPPRPPSP RYEAPPPTPH HHSPHAHHEP VLRLWGASPP DPARRELGYR AGLGSQEKSL PASPPAARRS LLHRLPPTAP GVGPLLLQLG TEPPAPHPGV SKPWRSAAPE EPERLPLHVR FLENCQPRAP ATSGRGPPSE DGPGVPPPSP RRSVPPSPTS PRASEENGLP LLVLPPPAPS VDVEDGEFLF VEPLPPPLEF SNSFEKPESP LTPGPPHPLP DTPAPATPLP PVPPPAVAAA PPTLDSTASS LTSYDSEVAT LTQGASAAPG DPHPPGPPAP AAPAPAAPQP GPDPPPGTDS GIEEVDSRSS SDHPLETISS ASTLSSLSAE GGGSAGGGGG AGAGVASGPE LLDTYVAYLD GQAFGGSSTP GPPYPPQLMT PSKLRGRALG ASGGLRPGPS GGLRDPVTPT SPTVSVTGAG TDGLLALRAC SGPPTAGVAG GPVAVEPEVP PVPLPTASSL PRKLLPWEEG PGPPPPPLPG PLAQPQASAL ATVKASIISE LSSKLQQFGG SSAAGGALPW ARGGSGGGGD SHHGGASYVP ERTSSLQRQR LSDDSQSSLL SKPVSSLFQN WPKPPLPPLP TGTGVSPTAA AAPGATSPSA SSSSTSTRHL QGVEFEMRPP LLRRAPSPSL LPASEHKVSP APRPSSLPIL PSGPLYPGLF DIRGSPTGGA GGSADPFAPV FVPPHPGISG GLGGALSGAS RSLSPTRLLS LPPDKPFGAK PLGFWTKFDV ADWLEWLGLA EHRAQFLDHE IDGSHLPALT KEDYVDLGVT RVGHRMNIDR ALKFFLER* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.72 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||