mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999918258255 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:43531403C>GN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | UMODL1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000400424 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001199528 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5DID0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.48336C>G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs220127
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 172 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
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length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 397 / 397 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4159 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3712 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3741 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 48336 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 43531403 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGCGGAGCACCAGCCACGCGAAC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGGGGAGCACCAGCCACGCGAAC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVYRTQYLVV EVPESRNVTD CCEGYEQLGL YCVLPLNQSG QFTSRPGACP AEGPEPSTSP CSLDIDCPGL EKCCPWSGGR YCMAPAPQAP ERDPVGSWYN VTILVKMDFK ELQQVDPRLL NHMRLLHSLV TSALQPMAST VHHLHSAPGN ASTTVSRLLL GLPRPLPVAD VSTLLGDIAK RVYEVISVQV QDVNECFYEE LNACSGRELC ANLEGSYWCV CHQEAPATSP RKLNLEWEDC PPVSDYVVLN VTSDSFQVSW RLNSTQNHTF HVRVYRGMEL LRSARTQSQA LAVAGLEAGV LYRVKTSYQG CGADVSTTLT IKTNAQVFEV TIKIVNHNLT EKLLNRSSVE YQDFSRQLLH EVESSFPPVV SDLYRSGKLR MQIVSLQAGS VVVRLKLTVQ DPGFPMGIST LAPILQPLLA STVFQIDRQG TRVQDWDECV DSAEHDCSPA AWCINLEGSY TCQCRTTRDA TPSRAGRACE GDLVSPMGGG LSAATGVTVP GLGTGTAALG LENFTLSPSP GYPQGTPAAG QAWTPEPSPR RGGSNVVGYD RNNTGKGVEQ ELQGNSIMEP PSWPSPTEDP TGHFLWHATR STRETLLNPT WLRNEDSGPS GSVDLPLTST LTALKTPACV PVSIGRIMVS NVTSTGFHLA WEADLAMDST FQLTLTSMWS PAVVLETWNT SVTLSGLEPG VLHLVEIMAK ACGKEGARAH LKVRTAARKL IGKVRIKNVR YSESFRNASS QEYRDFLELF FRMVRGSLPA TMCQHMDAGG VRMEVVSVTN GSIVVEFHLL IIADVDVQEV SAAFLTAFQT VPLLEVIRGD TFIQDYDECE RKEDDCVPGT SCRNTLGSFT CSCEGGAPDF PVEYSERPCE GDSPGNETWA TSPERPLTTA GTKAAFVQGT SPTPQGLPQR LNLTGAVRVL CEIEKVVVAI QKRFLQQESI PESSLYLSHP SCNVSHSNGT HVLLEAGWSE CGTLMQSNMT NTVVRTTLRN DLSQEGIIHH LKILSPIYCA FQNDLLTSSG FTLEWGVYTI IEDLHGAGNF VTEMQLFIGD SPIPQNYSVS ASDDVRIEVG LYRQKSNLKV VLTECWATPS SNARDPITFS FINNSCPVPN TYTNVIENGN SNKAQFKLRI FSFINDSIVY LHCKLRVCME SPGATCKINC NNFRLLQNSE TSATHQMSWG PLIRSEGEPP HAEAGLGAGY VVLIVVAIFV LVAGTATLLI VRYQRMNGRY NFKIQSNNFS YQVFYE* | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.39 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||