MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
MIA3 | polymorphism_automatic | 2.96984659087229e-13 | simple_aae | K605R | single base exchange | rs2936052 | show file | ||||
MIA3 | polymorphism_automatic | 2.96984659087229e-13 | simple_aae | K605R | single base exchange | rs2936052 | show file | ||||
MIA3 | polymorphism_automatic | 7.63622499677652e-08 | without_aae | single base exchange | rs2936052 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999703 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr1:222802376A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MIA3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000344922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_198551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5JRA6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1814A>G cDNA.1839A>G g.10949A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | K605R Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2936052
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites | no abrogation of potential splice sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 1356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5724 / 5724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1908 / 1908 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5749 / 5749 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 26 / 26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5439 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1814 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 222802376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGCTTTGGTAAATGGGGCCAAACTGCACACGCTTTCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGCTTTGGTAAATGGGGCCAGACTGCACACGCTTTCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CGCTTTGGTAAATGGGGCCAAACTGCACACGCTTTCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CGCTTTGGTAAATGGGGCCAGACTGCACACGCTTTCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAAAPGLLVW LLVLRLPWRV PGQLDPSTGR RFSEHKLCAD DECSMLMYRG EALEDFTGPD CRFVNFKKGD PVYVYYKLAR GWPEVWAGSV GRTFGYFPKD LIQVVHEYTK EELQVPTDET DFVCFDGGRD DFHNYNVEEL LGFLELYNSA ATDSEKAVEK TLQDMEKNPE LSKEREPEPE PVEANSEESD SVFSENTEDL QEQFTTQKHH SHANSQANHA QGEQASFESF EEMLQDKLKV PESENNKTSN SSQVSNEQDK IDAYKLLKKE MTLDLKTKFG STADALVSDD ETTRLVTSLE DDFDEELDTE YYAVGKEDEE NQEDFDELPL LTFTDGEDMK TPAKSGVEKY PTDKEQNSNE EDKVQLTVPP GIKNDDKNIL TTWGDTIFSI VTGGEETRDT MDLESSSSEE EKEDDDDALV PDSKQGKPQS ATDYSDPDNV DDGLFIVDIP KTNNDKEVNA EHHIKGKGRG VQESKRGLVQ DKTELEDENQ EGMTVHSSVH SNNLNSMPAA EKGKDTLKSA YDDTENDLKG AAIHISKGML HEEKPGEQIL EGGSESESAQ KAAGNQMNDR KIQQESLGSA PLMGDDHPNA SRDSVEGDAL VNGAKLHTLS VEHQREELKE ELVLKTQNQP RFSSPDEIDL PRELEDEVPI LGRNLPWQQE RDVAATASKQ MSEKIRLSEG EAKEDSLDEE FFHHKAMQGT EVGQTDQTDS TGGPAFLSKV EEDDYPSEEL LEDENAINAK RSKEKNPGNQ GRQFDVNLQV PDRAVLGTIH PDPEIEESKQ ETSMILDSEK TSETAAKGVN TGGREPNTMV EKERPLADKK AQRPFERSDF SDSIKIQTPE LGEVFQNKDS DYLKNDNPEE HLKTSGLAGE PEGELSKEDH ENTEKYMGTE SQGSAAAEPE DDSFHWTPHT SVEPGHSDKR EDLLIISSFF KEQQSLQRFQ KYFNVHELEA LLQEMSSKLK SAQQESLPYN MEKVLDKVFR ASESQILSIA EKMLDTRVAE NRDLGMNENN IFEEAAVLDD IQDLIYFVRY KHSTAEETAT LVMAPPLEEG LGGAMEEMQP LHEDNFSREK TAELNVQVPE EPTHLDQRVI GDTHASEVSQ KPNTEKDLDP GPVTTEDTPM DAIDANKQPE TAAEEPASVT PLENAILLIY SFMFYLTKSL VATLPDDVQP GPDFYGLPWK PVFITAFLGI ASFAIFLWRT VLVVKDRVYQ VTEQQISEKL KTIMKENTEL VQKLSNYEQK IKESKKHVQE TRKQNMILSD EAIKYKDKIK TLEKNQEILD DTAKNLRVML ESEREQNVKN QDLISENKKS IEKLKDVISM NASEFSEVQI ALNEAKLSEE KVKSECHRVQ EENARLKKKK EQLQQEIEDW SKLHAELSEQ IKSFEKSQKD LEVALTHKDD NINALTNCIT QLNLLECESE SEGQNKGGND SDELANGEVG GDRNEKMKNQ IKQMMDVSRT QTAISVVEED LKLLQLKLRA SVSTKCNLED QVKKLEDDRN SLQAAKAGLE DECKTLRQKV EILNELYQQK EMALQKKLSQ EEYERQEREH RLSAADEKAV SAAEEVKTYK RRIEEMEDEL QKTERSFKNQ IATHEKKAHE NWLKARAAER AIAEEKREAA NLRHKLLELT QKMAMLQEEP VIVKPMPGKP NTQNPPRRGP LSQNGSFGPS PVSGGECSPP LTVEPPVRPL SATLNRRDMP RSEFGSVDGP LPHPRWSAEA SGKPSPSDPG SGTATMMNSS SRGSSPTRVL DEGKVNMAPK GPPPFPGVPL MSTPMGGPVP PPIRYGPPPQ LCGPFGPRPL PPPFGPGMRP PLGLREFAPG VPPGRRDLPL HPRGFLPGHA PFRPLGSLGP REYFIPGTRL PPPTHGPQEY PPPPAVRDLL PSGSRDEPPP ASQSTSQDCS QALKQSP* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MAAAPGLLVW LLVLRLPWRV PGQLDPSTGR RFSEHKLCAD DECSMLMYRG EALEDFTGPD CRFVNFKKGD PVYVYYKLAR GWPEVWAGSV GRTFGYFPKD LIQVVHEYTK EELQVPTDET DFVCFDGGRD DFHNYNVEEL LGFLELYNSA ATDSEKAVEK TLQDMEKNPE LSKEREPEPE PVEANSEESD SVFSENTEDL QEQFTTQKHH SHANSQANHA QGEQASFESF EEMLQDKLKV PESENNKTSN SSQVSNEQDK IDAYKLLKKE MTLDLKTKFG STADALVSDD ETTRLVTSLE DDFDEELDTE YYAVGKEDEE NQEDFDELPL LTFTDGEDMK TPAKSGVEKY PTDKEQNSNE EDKVQLTVPP GIKNDDKNIL TTWGDTIFSI VTGGEETRDT MDLESSSSEE EKEDDDDALV PDSKQGKPQS ATDYSDPDNV DDGLFIVDIP KTNNDKEVNA EHHIKGKGRG VQESKRGLVQ DKTELEDENQ EGMTVHSSVH SNNLNSMPAA EKGKDTLKSA YDDTENDLKG AAIHISKGML HEEKPGEQIL EGGSESESAQ KAAGNQMNDR KIQQESLGSA PLMGDDHPNA SRDSVEGDAL VNGARLHTLS VEHQREELKE ELVLKTQNQP RFSSPDEIDL PRELEDEVPI LGRNLPWQQE RDVAATASKQ MSEKIRLSEG EAKEDSLDEE FFHHKAMQGT EVGQTDQTDS TGGPAFLSKV EEDDYPSEEL LEDENAINAK RSKEKNPGNQ GRQFDVNLQV PDRAVLGTIH PDPEIEESKQ ETSMILDSEK TSETAAKGVN TGGREPNTMV EKERPLADKK AQRPFERSDF SDSIKIQTPE LGEVFQNKDS DYLKNDNPEE HLKTSGLAGE PEGELSKEDH ENTEKYMGTE SQGSAAAEPE DDSFHWTPHT SVEPGHSDKR EDLLIISSFF KEQQSLQRFQ KYFNVHELEA LLQEMSSKLK SAQQESLPYN MEKVLDKVFR ASESQILSIA EKMLDTRVAE NRDLGMNENN IFEEAAVLDD IQDLIYFVRY KHSTAEETAT LVMAPPLEEG LGGAMEEMQP LHEDNFSREK TAELNVQVPE EPTHLDQRVI GDTHASEVSQ KPNTEKDLDP GPVTTEDTPM DAIDANKQPE TAAEEPASVT PLENAILLIY SFMFYLTKSL VATLPDDVQP GPDFYGLPWK PVFITAFLGI ASFAIFLWRT VLVVKDRVYQ VTEQQISEKL KTIMKENTEL VQKLSNYEQK IKESKKHVQE TRKQNMILSD EAIKYKDKIK TLEKNQEILD DTAKNLRVML ESEREQNVKN QDLISENKKS IEKLKDVISM NASEFSEVQI ALNEAKLSEE KVKSECHRVQ EENARLKKKK EQLQQEIEDW SKLHAELSEQ IKSFEKSQKD LEVALTHKDD NINALTNCIT QLNLLECESE SEGQNKGGND SDELANGEVG GDRNEKMKNQ IKQMMDVSRT QTAISVVEED LKLLQLKLRA SVSTKCNLED QVKKLEDDRN SLQAAKAGLE DECKTLRQKV EILNELYQQK EMALQKKLSQ EEYERQEREH RLSAADEKAV SAAEEVKTYK RRIEEMEDEL QKTERSFKNQ IATHEKKAHE NWLKARAAER AIAEEKREAA NLRHKLLELT QKMAMLQEEP VIVKPMPGKP NTQNPPRRGP LSQNGSFGPS PVSGGECSPP LTVEPPVRPL SATLNRRDMP RSEFGSVDGP LPHPRWSAEA SGKPSPSDPG SGTATMMNSS SRGSSPTRVL DEGKVNMAPK GPPPFPGVPL MSTPMGGPVP PPIRYGPPPQ LCGPFGPRPL PPPFGPGMRP PLGLREFAPG VPPGRRDLPL HPRGFLPGHA PFRPLGSLGP REYFIPGTRL PPPTHGPQEY PPPPAVRDLL PSGSRDEPPP ASQSTSQDCS QALKQSP* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.73 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999703 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr1:222802376A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MIA3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000344441 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5JRA6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1814A>G cDNA.1823A>G g.10949A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | K605R Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2936052
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites | no abrogation of potential splice sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 1356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5724 / 5724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1908 / 1908 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5733 / 5733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 10 / 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5423 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1814 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 222802376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGCTTTGGTAAATGGGGCCAAACTGCACACGCTTTCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGCTTTGGTAAATGGGGCCAGACTGCACACGCTTTCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CGCTTTGGTAAATGGGGCCAAACTGCACACGCTTTCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CGCTTTGGTAAATGGGGCCAGACTGCACACGCTTTCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAAAPGLLVW LLVLRLPWRV PGQLDPSTGR RFSEHKLCAD DECSMLMYRG EALEDFTGPD CRFVNFKKGD PVYVYYKLAR GWPEVWAGSV GRTFGYFPKD LIQVVHEYTK EELQVPTDET DFVCFDGGRD DFHNYNVEEL LGFLELYNSA ATDSEKAVEK TLQDMEKNPE LSKEREPEPE PVEANSEESD SVFSENTEDL QEQFTTQKHH SHANSQANHA QGEQASFESF EEMLQDKLKV PESENNKTSN SSQVSNEQDK IDAYKLLKKE MTLDLKTKFG STADALVSDD ETTRLVTSLE DDFDEELDTE YYAVGKEDEE NQEDFDELPL LTFTDGEDMK TPAKSGVEKY PTDKEQNSNE EDKVQLTVPP GIKNDDKNIL TTWGDTIFSI VTGGEETRDT MDLESSSSEE EKEDDDDALV PDSKQGKPQS ATDYSDPDNV DDGLFIVDIP KTNNDKEVNA EHHIKGKGRG VQESKRGLVQ DKTELEDENQ EGMTVHSSVH SNNLNSMPAA EKGKDTLKSA YDDTENDLKG AAIHISKGML HEEKPGEQIL EGGSESESAQ KAAGNQMNDR KIQQESLGSA PLMGDDHPNA SRDSVEGDAL VNGAKLHTLS VEHQREELKE ELVLKTQNQP RFSSPDEIDL PRELEDEVPI LGRNLPWQQE RDVAATASKQ MSEKIRLSEG EAKEDSLDEE FFHHKAMQGT EVGQTDQTDS TGGPAFLSKV EEDDYPSEEL LEDENAINAK RSKEKNPGNQ GRQFDVNLQV PDRAVLGTIH PDPEIEESKQ ETSMILDSEK TSETAAKGVN TGGREPNTMV EKERPLADKK AQRPFERSDF SDSIKIQTPE LGEVFQNKDS DYLKNDNPEE HLKTSGLAGE PEGELSKEDH ENTEKYMGTE SQGSAAAEPE DDSFHWTPHT SVEPGHSDKR EDLLIISSFF KEQQSLQRFQ KYFNVHELEA LLQEMSSKLK SAQQESLPYN MEKVLDKVFR ASESQILSIA EKMLDTRVAE NRDLGMNENN IFEEAAVLDD IQDLIYFVRY KHSTAEETAT LVMAPPLEEG LGGAMEEMQP LHEDNFSREK TAELNVQVPE EPTHLDQRVI GDTHASEVSQ KPNTEKDLDP GPVTTEDTPM DAIDANKQPE TAAEEPASVT PLENAILLIY SFMFYLTKSL VATLPDDVQP GPDFYGLPWK PVFITAFLGI ASFAIFLWRT VLVVSNTVYY VTEQQISEKL KTIMKENTEL VQKLSNYEQK IKESKKHVQE TRKQNMILSD EAIKYKDKIK TLEKNQEILD DTAKNLRVML ESEREQNVKN QDLISENKKS IEKLKDVISM NASEFSEVQI ALNEAKLSEE KVKSECHRVQ EENARLKKKK EQLQQEIEDW SKLHAELSEQ IKSFEKSQKD LEVALTHKDD NINALTNCIT QLNLLECESE SEGQNKGGND SDELANGEVG GDRNEKMKNQ IKQMMDVSRT QTAISVVEED LKLLQLKLRA SVSTKCNLED QVKKLEDDRN SLQAAKAGLE DECKTLRQKV EILNELYQQK EMALQKKLSQ EEYERQEREH RLSAADEKAV SAAEEVKTYK RRIEEMEDEL QKTERSFKNQ IATHEKKAHE NWLKARAAER AIAEEKREAA NLRHKLLELT QKMAMLQEEP VIVKPMPGKP NTQNPPRRGP LSQNGSFGPS PVSGGECSPP LTVEPPVRPL SATLNRRDMP RSEFGSVDGP LPHPRWSAEA SGKPSPSDPG SGTATMMNSS SRGSSPTRVL DEGKVNMAPK GPPPFPGVPL MSTPMGGPVP PPIRYGPPPQ LCGPFGPRPL PPPFGPGMRP PLGLREFAPG VPPGRRDLPL HPRGFLPGHA PFRPLGSLGP REYFIPGTRL PPPTHGPQEY PPPPAVRDLL PSGSRDEPPP ASQSTSQDCS QALKQSP* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MAAAPGLLVW LLVLRLPWRV PGQLDPSTGR RFSEHKLCAD DECSMLMYRG EALEDFTGPD CRFVNFKKGD PVYVYYKLAR GWPEVWAGSV GRTFGYFPKD LIQVVHEYTK EELQVPTDET DFVCFDGGRD DFHNYNVEEL LGFLELYNSA ATDSEKAVEK TLQDMEKNPE LSKEREPEPE PVEANSEESD SVFSENTEDL QEQFTTQKHH SHANSQANHA QGEQASFESF EEMLQDKLKV PESENNKTSN SSQVSNEQDK IDAYKLLKKE MTLDLKTKFG STADALVSDD ETTRLVTSLE DDFDEELDTE YYAVGKEDEE NQEDFDELPL LTFTDGEDMK TPAKSGVEKY PTDKEQNSNE EDKVQLTVPP GIKNDDKNIL TTWGDTIFSI VTGGEETRDT MDLESSSSEE EKEDDDDALV PDSKQGKPQS ATDYSDPDNV DDGLFIVDIP KTNNDKEVNA EHHIKGKGRG VQESKRGLVQ DKTELEDENQ EGMTVHSSVH SNNLNSMPAA EKGKDTLKSA YDDTENDLKG AAIHISKGML HEEKPGEQIL EGGSESESAQ KAAGNQMNDR KIQQESLGSA PLMGDDHPNA SRDSVEGDAL VNGARLHTLS VEHQREELKE ELVLKTQNQP RFSSPDEIDL PRELEDEVPI LGRNLPWQQE RDVAATASKQ MSEKIRLSEG EAKEDSLDEE FFHHKAMQGT EVGQTDQTDS TGGPAFLSKV EEDDYPSEEL LEDENAINAK RSKEKNPGNQ GRQFDVNLQV PDRAVLGTIH PDPEIEESKQ ETSMILDSEK TSETAAKGVN TGGREPNTMV EKERPLADKK AQRPFERSDF SDSIKIQTPE LGEVFQNKDS DYLKNDNPEE HLKTSGLAGE PEGELSKEDH ENTEKYMGTE SQGSAAAEPE DDSFHWTPHT SVEPGHSDKR EDLLIISSFF KEQQSLQRFQ KYFNVHELEA LLQEMSSKLK SAQQESLPYN MEKVLDKVFR ASESQILSIA EKMLDTRVAE NRDLGMNENN IFEEAAVLDD IQDLIYFVRY KHSTAEETAT LVMAPPLEEG LGGAMEEMQP LHEDNFSREK TAELNVQVPE EPTHLDQRVI GDTHASEVSQ KPNTEKDLDP GPVTTEDTPM DAIDANKQPE TAAEEPASVT PLENAILLIY SFMFYLTKSL VATLPDDVQP GPDFYGLPWK PVFITAFLGI ASFAIFLWRT VLVVSNTVYY VTEQQISEKL KTIMKENTEL VQKLSNYEQK IKESKKHVQE TRKQNMILSD EAIKYKDKIK TLEKNQEILD DTAKNLRVML ESEREQNVKN QDLISENKKS IEKLKDVISM NASEFSEVQI ALNEAKLSEE KVKSECHRVQ EENARLKKKK EQLQQEIEDW SKLHAELSEQ IKSFEKSQKD LEVALTHKDD NINALTNCIT QLNLLECESE SEGQNKGGND SDELANGEVG GDRNEKMKNQ IKQMMDVSRT QTAISVVEED LKLLQLKLRA SVSTKCNLED QVKKLEDDRN SLQAAKAGLE DECKTLRQKV EILNELYQQK EMALQKKLSQ EEYERQEREH RLSAADEKAV SAAEEVKTYK RRIEEMEDEL QKTERSFKNQ IATHEKKAHE NWLKARAAER AIAEEKREAA NLRHKLLELT QKMAMLQEEP VIVKPMPGKP NTQNPPRRGP LSQNGSFGPS PVSGGECSPP LTVEPPVRPL SATLNRRDMP RSEFGSVDGP LPHPRWSAEA SGKPSPSDPG SGTATMMNSS SRGSSPTRVL DEGKVNMAPK GPPPFPGVPL MSTPMGGPVP PPIRYGPPPQ LCGPFGPRPL PPPFGPGMRP PLGLREFAPG VPPGRRDLPL HPRGFLPGHA PFRPLGSLGP REYFIPGTRL PPPTHGPQEY PPPPAVRDLL PSGSRDEPPP ASQSTSQDCS QALKQSP* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.81 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.99999992363775 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||
alteration (phys. location) | chr1:222802376A>GN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||
HGNC symbol | MIA3 | |||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000344507 | |||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||
UniProt peptide | N/A | |||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||
DNA changes | g.10949A>G | |||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2936052
| |||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | |||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||
splice sites | no abrogation of potential splice sites | |||||||||||||
distance from splice site | 340 | |||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||
protein features | N/A | |||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 4 / 4 | |||||||||||||
chromosome | 1 | |||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||
last intron/exon boundary | 1478 | |||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1424 | |||||||||||||
length of CDS | 1503 | |||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10949 | |||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 222802376 | |||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGCTTTGGTAAATGGGGCCAAACTGCACACGCTTTCAGTGG | |||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGCTTTGGTAAATGGGGCCAGACTGCACACGCTTTCAGTGG | |||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
wildtype AA sequence | MAAAPGLLVW LLVLRLPWRV PGQLDPSTGR RFSEHKLCAD DECSMLMYRG EALEDFTGPD CRFVNFKKGD PVYVYYKLAR GWPEVWAGSV GRTFGYFPKD LIQVVHEYTK EELQVPTDET DFVCFDGGRD DFHNYNVEEL LGFLELYNSA ATDSEKAVEK TLQDMEKNPE LSKEREPEPE PVEANSEESD SVFSENTEDL QEQFTTQKHH SHANSQANHA QGEQASFESF EEMLQDKLKV PESENNKTSN SSQVSNEQDK IDAYKLLKKE MTLDLKTKFG STADALVSDD ETTRLVTSLE DDFDEELDTE YYAVGKEDEE NQEDFDELPL LTFTDGEDMK TPAKSGVEKY PTDKEQNSNE EDKVQLTVPP GIKNDDKNIL TTWGDTIFSI VTGGEETRDT MDLESSSSEE EKEDDDDALV PDSKQGKPQS ATDYSDPDNV DDGLFIVDIP KTNNDKEVNA EHHIKGKGRG VQESKRGLVQ DKTELEDENQ EGFKTEPIKL * | |||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||
speed | 0.61 s | |||||||||||||