MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
FAM160B1 | polymorphism_automatic | 8.40438829641244e-14 | simple_aae | affected | T733A | single base exchange | rs10885629 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999916 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:116659253A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | FAM160B1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000369250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001135051 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5W0V3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2197A>G cDNA.2532A>G g.77751A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | T733A Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs10885629
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regulatory features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 2217 / 2217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 739 / 739 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 2552 / 2552 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 336 / 336 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2528 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 77751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 116659253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTTCTTTTATCCTCAGGCAGACGTTGCCTTCATGGTGGTAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTTCTTTTATCCTCAGGCAGGCGTTGCCTTCATGGTGGTAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AACCTGAAGGCCCTATGCAGACGTTGCCTTCATGGTGGTAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AACCTGAAGGCCCTATGCAGGCGTTGCCTTCATGGTGGTAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MFSKFTSILQ HAVEALAPSL PLQEDFVYHW KAITHYYIET SDDKAPVTDT NIPSHLEQML DILVQEENER ESGETGPCME YLLHHKILET LYTLGKADCP PGMKQQVLVF YTKLLGRIRQ PLLPHINVHR PVQKLIRLCG EVLATPTENE EIQFLCIVCA KLKQDPYLVN FFLENKMKSL ASKGVPNVIS EDTLKGQDSL STDTGQSRQP EELSGATGME QTELEDEPPH QMDHLSTSLD NLSVTSLPEA SVVCPNQDYN LVNSLLNLTR SPDGRIAVKA CEGLMLLVSL PEPAAAKCLT QSTCLCELLT DRLASLYKAL PQSVDPLDIE TVEAINWGLD SYSHKEDASA FPGKRALISF LSWFDYCDQL IKEAQKTAAV ALAKAVHERF FIGVMEPQLM QTSEMGILTS TALLHRIVRQ VTSDVLLQEM VFFILGEQRE PETLAEISRH PLRHRLIEHC DHISDEISIM TLRMFEHLLQ KPNEHILYNL VLRNLEERNY TEYKPLCPED KDVVENGLIA GAVDLEEDPL FTDISPENTL PNQEWLSSSP PATPDHPKND GKTEVHKIVN SFLCLVPDDA KSSYHVEGTG YDTYLRDAHR QFRDYCAICL RWEWPGSPKA LEKCNLEAAF FEGHFLKVLF DRMGRILDQP YDVNLQVTSV LSRLSLFPHP HIHEYLLDPY VNLAPGCRSL FSVIVRVVGD LMLRIQRIQD FTPKLLLVRK RLLGLEPEGP MQTLPSWW* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MFSKFTSILQ HAVEALAPSL PLQEDFVYHW KAITHYYIET SDDKAPVTDT NIPSHLEQML DILVQEENER ESGETGPCME YLLHHKILET LYTLGKADCP PGMKQQVLVF YTKLLGRIRQ PLLPHINVHR PVQKLIRLCG EVLATPTENE EIQFLCIVCA KLKQDPYLVN FFLENKMKSL ASKGVPNVIS EDTLKGQDSL STDTGQSRQP EELSGATGME QTELEDEPPH QMDHLSTSLD NLSVTSLPEA SVVCPNQDYN LVNSLLNLTR SPDGRIAVKA CEGLMLLVSL PEPAAAKCLT QSTCLCELLT DRLASLYKAL PQSVDPLDIE TVEAINWGLD SYSHKEDASA FPGKRALISF LSWFDYCDQL IKEAQKTAAV ALAKAVHERF FIGVMEPQLM QTSEMGILTS TALLHRIVRQ VTSDVLLQEM VFFILGEQRE PETLAEISRH PLRHRLIEHC DHISDEISIM TLRMFEHLLQ KPNEHILYNL VLRNLEERNY TEYKPLCPED KDVVENGLIA GAVDLEEDPL FTDISPENTL PNQEWLSSSP PATPDHPKND GKTEVHKIVN SFLCLVPDDA KSSYHVEGTG YDTYLRDAHR QFRDYCAICL RWEWPGSPKA LEKCNLEAAF FEGHFLKVLF DRMGRILDQP YDVNLQVTSV LSRLSLFPHP HIHEYLLDPY VNLAPGCRSL FSVIVRVVGD LMLRIQRIQD FTPKLLLVRK RLLGLEPEGP MQALPSWW* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.37 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||