MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
TACC2 | polymorphism_automatic | 5.35016475566863e-13 | simple_aae | affected | A2659T | single base exchange | rs2295879 | show file | |||
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mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999465 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:123996976G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TACC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000515273 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.7975G>A cDNA.8303G>A g.248288G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A2659T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 2659 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2295879
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 8628 / 8628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2876 / 2876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 8956 / 8956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 329 / 329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 8891 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 8512 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 8628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 7975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 248288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 123996976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGNENSTSDN QRTLSAQTPR SAQPPGNSQN IKRKQQDTPG SPDHRDASSI GSVGLGGFCT ASESSASLDP CLVSPEVTEP RKDPQGARGP EGSLLPSPPP SQEREHPSSS MPFAECPPEG CLASPAAAPE DGPQTQSPRR EPAPNAPGDI AAAFPAERDS STPYQEIAAV PSAGRERQPK EEGQKSSFSF SSGIDQSPGM SPVPLREPMK APLCGEGDQP GGFESQEKEA AGGFPPAESR QGVASVQVTP EAPAAAQQGT ESSAVLEKSP LKPMAPIPQD PAPRASDRER GQGEAPPQYL TDDLEFLRAC HLPRSNSGAA PEAEVNAASQ ESCQQPVGAY LPHAELPWGL PSPALVPEAG GSGKEALDTI DVQGHPQTGM RGTKPNQVVC VAAGGQPEGG LPVSPEPSLL TPTEEAHPAS SLASFPAAQI PIAVEEPGSS SRESVSKAGM PVSADAAKEV VDAGLVGLER QVSDLGSKGE HPEGDPGEVP APSPQERGEH LNTEQSHEVQ PGVPPPPLPK EQSHEVQPGA PPPPLPKAPS ESARGPPGPT DGAKVHEDST SPAVAKEGSR SPGDSPGGKE EAPEPPDGGD PGNLQGEDSQ AFSSKRDPEV GKDELSKPSS DAESRDHPSS HSAQPPRKGG AGHTDGPHSQ TAEADASGLP HKLGEEDPVL PPVPDGAGEP TVPEGAIWEG SGLQPKCPDT LQSREGLGRM ESFLTLESEK SDFPPTPVAE VAPKAQEGES TLEIRKMGSC DGEGLLTSPD QPRGPACDAS RQEFHAGVPH PPQGENLAAD LGLTALILDQ DQQGIPSCPG EGWIRGAASE WPLLSSEKHL QPSQAQPETS IFDVLKEQAQ PPENGKETSP SHPGFKDQGA DSSQIHVPVE PQEDNNLPTH GGQEQALGSE LQSQLPKGTL SDTPTSSPTD MVWESSLTEE SELSAPTRQK LPALGEKRPE GACGDGQSSR VSPPAADVLK DFSLAGNFSR KETCCTGQGP NKSQQALADA LEEGSQHEEA CQRHPGASEA ADGCSPLWGL SKREMASGNT GEAPPCQPDS VALLDAVPCL PALAPASPGV TPTQDAPETE ACDETQEGRQ QPVPAPQQKM ECWATSDAES PKLLASFPSA GEQGGEAGAA ETGGSAGAGD PGKQQAPEKP GEATLSCGLL QTEHCLTSGE EASTSALRES CQAEHPMASC QDALLPAREL GGIPRSTMDF STHQAVPDPK ELLLSGPPEV AAPDTPYLHV DSAAQRGAED SGVKAVSSAD PRAPGESPCP VGEPPLALEN AASLKLFAGS LAPLLQPGAA GGEIPAVQAS SGSPKARTTE GPVDSMPCLD RMPLLAKGKQ ATGEEKAATA PGAGAKASGE GMAGDAAGET EGSMERMGEP SQDPKQGTSG GVDTSSEQIA TLTGFPDFRE HIAKIFEKPV LGALATPGEK AGAGRSAVGK DLTRPLGPEK LLDGPPGVDV TLLPAPPARL QVEKKQQLAG EAEISHLALQ DPASDKLLGP AGLTWERNLP GAGVGKEMAG VPPTLREDER PEGPGAAWPG LEGQAYSQLE RSRQELASGL PSPAATQELP VERAAAFQVA PHSHGEEAVA QDRIPSGKQH QETSACDSPH GEDGPGDFAH TGVPGHVPRS TCAPSPQREV LTVPEANSEP WTLDTLGGER RPGVTAGILE MRNALGNQST PAPPTGEVAD TPLEPGKVAG AAGEAEGDIT LSTAETQACA SGDLPEAGTT RTFSVVAGDL VLPGSCQDPA CSDKAPGMEG TAALHGDSPA RPQQAKEQPG PERPIPAGDG KVCVSSPPEP DETHDPKLQH LAPEELHTDR ESPRPGPSML PSVPKKDAPR VMDKVTSDET RGAEGTERSA KDIGLWKAMM PSLDTDTLDV LERRVVLIQH EFLHKKEANG HSRFMYSSPV ADDIIQPAAP ADLESPTLAA SSYHGDVVGQ VSTDLIAQRS SDSEEAFETP ESTTPVKAPP APPPPPPEVI PEPEVSTQPP PEEPGCGSET VPVPDGPRSD SVEGSPFRPP SHSFSAVFDE DKPIASSGTY NLDFDNIELV DTFQTLEPRA SDAKNQEGKV NTRRKSTDSV PISKSTLSRS LSLQASDFDG ASSSGNPEAV ALAPDAYSTG SSSASSTLKR TKKPRPPSLK KKQTTKKPTE TPPVKETQQE PDEESLVPSG ENLASETKTE SAKTEGPSPA LLEETPLEPA VGPKAACPLD SESAEGVVPP ASGGGRVQNS PPVGRKTLPL TTAPEAGEVT PSDSGGQEDS PAKGLSVRLE FDYSEDKSSW DNQQENPPPT KKIGKKPVAK MPLRRPKMKK TPEKLDNTPA SPPRSPAEPN DIPIAKGTYT FDIDKWDDPN FNPFSSTSKM QESPKLPQQS YNFDPDTCDE SVDPFKTSSK TPSSPSKSPA SFEIPASAME ANGVDGDGLN KPAKKKKTPL KTDTFRVKKS PKRSPLSDPP SQDPTPAATP ETPPVISAVV HATDEEKLAV TNQKWTCMTV DLEADKQDYP QPSDLSTFVN ETKFSSPTEE LDYRNSYEIE YMEKIGSSLP QDDDAPKKQA LYLMFDTSQE SPVKSSPVRM SESPTPCSGS SFEETEALVN TAAKNQHPVP RGLAPNQESH LQVPEKSSQK ELEAMGLGTP SEAIEIREAA HPTDVSISKT ALYSRIGTAE VEKPAGLLFQ QPDLDSALQI ARAEIITKER EVSEWKDKYE ESRREVMEMR KIVAEYEKTI AQMIEDEQRE KSVSHQTVQQ LVLEKEQALA DLNSVEKSLA DLFRRYEKMK EVLEGFRKNE EVLKRCAQEY LSRVKKEEQR YQALKVHAEE KLDRANAEIA QVRGKAQQEQ AAHQASLRKE QLRVDALERT LEQKNKEIEE LTKICDELIA KMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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speed | 1.40 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999465 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:123996976G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TACC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000515603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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AA changes | A2610T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2295879
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phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 8481 / 8481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2827 / 2827 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 8809 / 8809 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 329 / 329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 8744 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 8365 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 8481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 7828 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 248288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 123996976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGNENSTSDN QRTLSAQTPR SAQPPGNSQN IKRKQQDTPG SPDHRDASSI GSVGLGGFCT ASESSASLDP CLVSPEVTEP RKDPQGARGP EGSLLPSPPP SQEREHPSSS MPFAECPPEG CLASPAAAPE DGPQTQSPRR EPAPNAPGDI AAAFPAERDS STPYQEIAAV PSAGRERQPK EEGQKSSFSF SSGIDQSPGM SPVPLREPMK APLCGEGDQP GGFESQEKEA AGGFPPAESR QGVASVQVTP EAPAAAQQGT ESSAVLEKSP LKPMAPIPQD PAPRASDRER GQGEAPPQYL TDDLEFLRAC HLPRSNSGAA PEAEVNAASQ ESCQQPVGAY LPHAELPWGL PSPALVPEAG GSGKEALDTI DVQGHPQTGM RGTKPNQVVC VAAGGQPEGG LPVSPEPSLL TPTEEAHPAS SLASFPAAQI PIAVEEPGSS SRESVSKAGM PVSADAAKEV VDAGLVGLER QVSDLGSKGE HPEGDPGEVP APSPQERGEH LNTEQSHEVQ PGVPPPPLPK EQSHEVQPGA PPPPLPKAPS ESARGPPGPT DGAKVHEDST SPAVAKEGSR SPGDSPGGKE EAPEPPDGGD PGNLQGEDSQ AFSSKRDPEV GKDELSKPSS DAESRDHPSS HSAQPPRKGG AGHTDGPHSQ TAEADASGLP HKLGEEDPVL PPVPDGAGEP TVPEGAIWEG SGLQPKCPDT LQSREGLGRM ESFLTLESEK SDFPPTPVAE VAPKAQEGES TLEIRKMGSC DGEGLLTSPD QPRGPACDAS RQEFHAGVPH PPQGENLAAD LGLTALILDQ DQQGIPSCPG EGWIRGAASE WPLLSSEKHL QPSQAQPETS IFDVLKEQAQ PPENGKETSP SHPGFKDQGA DSSQIHVPVE PQEDNNLPTH GGQEQALGSE LQSQLPKGTL SDTPTSSPTD MVWESSLTEE SELSAPTRQK LPALGEKRPE GACGDGQSSR VSPPAADVLK DFSLAGNFSR KETCCTGQGP NKSQQALADA LEEGSQHEEA CQRHPGASEA ADGCSPLWGL SKREMASGNT GEAPPCQPDS VALLDAVPCL PALAPASPGV TPTQDAPETE ACDETQEGRQ QPVPAPQQKM ECWATSDAES PKLLASFPSA GEQGGEAGAA ETGGSAGAGD PGKQQAPEKP GEATLSCGLL QTEHCLTSGE EASTSALRES CQAEHPMASC QDALLPAREL GGIPRSTMDF STHQAVPDPK ELLLSGPPEV AAPDTPYLHV DSAAQRGAED SGVKAVSSAD PRAPGESPCP VGEPPLALEN AASLKLFAGS LAPLLQPGAA GGEIPAVQAS SGSPKARTTE GPVDSMPCLD RMPLLAKGKQ ATGEEKAATA PGAGAKASGE GMAGDAAGET EGSMERMGEP SQDPKQGTSG GVDTSSEQIA TLTGFPDFRE HIAKIFEKPV LGALATPGEK AGAGRSAVGK DLTRPLGPEK LLDGPPGVDV TLLPAPPARL QVEKKQQLAG EAEISHLALQ DPASDKLLGP AGLTWERNLP GAGVGKEMAG VPPTLREDER PEGPGAAWPG LEGQAYSQLE RSRQELASGL PSPAATQELP VERAAAFQVA PHSHGEEAVA QDRIPSGKQH QETSACDSPH GEDGPGDFAH TGVPGHVPRS TCAPSPQREV LTVPEANSEP WTLDTLGGER RPGVTAGILE MRNALGNQST PAPPTGEVAD TPLEPGKVAG AAGEAEGDIT LSTAETQACA SGDLPEAGTT RTFSVVAGDL VLPGSCQDPA CSDKAPGMEG TAALHGDSPA RPQQAKEQPG PERPIPAGDG KVCVSSPPEP DETHDPKLQH LAPEELHTDR ESPRPGPSML PSVPKKDAPR VMDKVTSDET RGAEGTESSP VADDIIQPAA PADLESPTLA ASSYHGDVVG QVSTDLIAQR SSDSEEAFET PESTTPVKAP PAPPPPPPEV IPEPEVSTQP PPEEPGCGSE TVPVPDGPRS DSVEGSPFRP PSHSFSAVFD EDKPIASSGT YNLDFDNIEL VDTFQTLEPR ASDAKNQEGK VNTRRKSTDS VPISKSTLSR SLSLQASDFD GASSSGNPEA VALAPDAYST GSSSASSTLK RTKKPRPPSL KKKQTTKKPT ETPPVKETQQ EPDEESLVPS GENLASETKT ESAKTEGPSP ALLEETPLEP AVGPKAACPL DSESAEGVVP PASGGGRVQN SPPVGRKTLP LTTAPEAGEV TPSDSGGQED SPAKGLSVRL EFDYSEDKSS WDNQQENPPP TKKIGKKPVA KMPLRRPKMK KTPEKLDNTP ASPPRSPAEP NDIPIAKGTY TFDIDKWDDP NFNPFSSTSK MQESPKLPQQ SYNFDPDTCD ESVDPFKTSS KTPSSPSKSP ASFEIPASAM EANGVDGDGL NKPAKKKKTP LKTDTFRVKK SPKRSPLSDP PSQDPTPAAT PETPPVISAV VHATDEEKLA VTNQKWTCMT VDLEADKQDY PQPSDLSTFV NETKFSSPTE ELDYRNSYEI EYMEKIGSSL PQDDDAPKKQ ALYLMFDTSQ ESPVKSSPVR MSESPTPCSG SSFEETEALV NTAAKNQHPV PRGLAPNQES HLQVPEKSSQ KELEAMGLGT PSEAIEIREA AHPTDVSISK TALYSRIGTA EVEKPAGLLF QQPDLDSALQ IARAEIITKE REVSEWKDKY EESRREVMEM RKIVAEYEKT IAQMIEDEQR EKSVSHQTVQ QLVLEKEQAL ADLNSVEKSL ADLFRRYEKM KEVLEGFRKN EEVLKRCAQE YLSRVKKEEQ RYQALKVHAE EKLDRANAEI AQVRGKAQQE QAAHQASLRK EQLRVDALER TLEQKNKEIE ELTKICDELI AKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGNENSTSDN QRTLSAQTPR SAQPPGNSQN IKRKQQDTPG SPDHRDASSI GSVGLGGFCT ASESSASLDP CLVSPEVTEP RKDPQGARGP EGSLLPSPPP SQEREHPSSS MPFAECPPEG CLASPAAAPE DGPQTQSPRR EPAPNAPGDI AAAFPAERDS STPYQEIAAV PSAGRERQPK EEGQKSSFSF SSGIDQSPGM SPVPLREPMK APLCGEGDQP GGFESQEKEA AGGFPPAESR QGVASVQVTP EAPAAAQQGT ESSAVLEKSP LKPMAPIPQD PAPRASDRER GQGEAPPQYL TDDLEFLRAC HLPRSNSGAA PEAEVNAASQ ESCQQPVGAY LPHAELPWGL PSPALVPEAG GSGKEALDTI DVQGHPQTGM RGTKPNQVVC VAAGGQPEGG LPVSPEPSLL TPTEEAHPAS SLASFPAAQI PIAVEEPGSS SRESVSKAGM PVSADAAKEV VDAGLVGLER QVSDLGSKGE HPEGDPGEVP APSPQERGEH LNTEQSHEVQ PGVPPPPLPK EQSHEVQPGA PPPPLPKAPS ESARGPPGPT DGAKVHEDST SPAVAKEGSR SPGDSPGGKE EAPEPPDGGD PGNLQGEDSQ AFSSKRDPEV GKDELSKPSS DAESRDHPSS HSAQPPRKGG AGHTDGPHSQ TAEADASGLP HKLGEEDPVL PPVPDGAGEP TVPEGAIWEG SGLQPKCPDT LQSREGLGRM ESFLTLESEK SDFPPTPVAE VAPKAQEGES TLEIRKMGSC DGEGLLTSPD QPRGPACDAS RQEFHAGVPH PPQGENLAAD LGLTALILDQ DQQGIPSCPG EGWIRGAASE WPLLSSEKHL QPSQAQPETS IFDVLKEQAQ PPENGKETSP SHPGFKDQGA DSSQIHVPVE PQEDNNLPTH GGQEQALGSE LQSQLPKGTL SDTPTSSPTD MVWESSLTEE SELSAPTRQK LPALGEKRPE GACGDGQSSR VSPPAADVLK DFSLAGNFSR KETCCTGQGP NKSQQALADA LEEGSQHEEA CQRHPGASEA ADGCSPLWGL SKREMASGNT GEAPPCQPDS VALLDAVPCL PALAPASPGV TPTQDAPETE ACDETQEGRQ QPVPAPQQKM ECWATSDAES PKLLASFPSA GEQGGEAGAA ETGGSAGAGD PGKQQAPEKP GEATLSCGLL QTEHCLTSGE EASTSALRES CQAEHPMASC QDALLPAREL GGIPRSTMDF STHQAVPDPK ELLLSGPPEV AAPDTPYLHV DSAAQRGAED SGVKAVSSAD PRAPGESPCP VGEPPLALEN AASLKLFAGS LAPLLQPGAA GGEIPAVQAS SGSPKARTTE GPVDSMPCLD RMPLLAKGKQ ATGEEKAATA PGAGAKASGE GMAGDAAGET EGSMERMGEP SQDPKQGTSG GVDTSSEQIA TLTGFPDFRE HIAKIFEKPV LGALATPGEK AGAGRSAVGK DLTRPLGPEK LLDGPPGVDV TLLPAPPARL QVEKKQQLAG EAEISHLALQ DPASDKLLGP AGLTWERNLP GAGVGKEMAG VPPTLREDER PEGPGAAWPG LEGQAYSQLE RSRQELASGL PSPAATQELP VERAAAFQVA PHSHGEEAVA QDRIPSGKQH QETSACDSPH GEDGPGDFAH TGVPGHVPRS TCAPSPQREV LTVPEANSEP WTLDTLGGER RPGVTAGILE MRNALGNQST PAPPTGEVAD TPLEPGKVAG AAGEAEGDIT LSTAETQACA SGDLPEAGTT RTFSVVAGDL VLPGSCQDPA CSDKAPGMEG TAALHGDSPA RPQQAKEQPG PERPIPAGDG KVCVSSPPEP DETHDPKLQH LAPEELHTDR ESPRPGPSML PSVPKKDAPR VMDKVTSDET RGAEGTESSP VADDIIQPAA PADLESPTLA ASSYHGDVVG QVSTDLIAQR SSDSEEAFET PESTTPVKAP PAPPPPPPEV IPEPEVSTQP PPEEPGCGSE TVPVPDGPRS DSVEGSPFRP PSHSFSAVFD EDKPIASSGT YNLDFDNIEL VDTFQTLEPR ASDAKNQEGK VNTRRKSTDS VPISKSTLSR SLSLQASDFD GASSSGNPEA VALAPDAYST GSSSASSTLK RTKKPRPPSL KKKQTTKKPT ETPPVKETQQ EPDEESLVPS GENLASETKT ESAKTEGPSP ALLEETPLEP AVGPKAACPL DSESAEGVVP PASGGGRVQN SPPVGRKTLP LTTAPEAGEV TPSDSGGQED SPAKGLSVRL EFDYSEDKSS WDNQQENPPP TKKIGKKPVA KMPLRRPKMK KTPEKLDNTP ASPPRSPAEP NDIPIAKGTY TFDIDKWDDP NFNPFSSTSK MQESPKLPQQ SYNFDPDTCD ESVDPFKTSS KTPSSPSKSP ASFEIPASAM EANGVDGDGL NKPAKKKKTP LKTDTFRVKK SPKRSPLSDP PSQDPTPAAT PETPPVISAV VHATDEEKLA VTNQKWTCMT VDLEADKQDY PQPSDLSTFV NETKFSSPTE ELDYRNSYEI EYMEKIGSSL PQDDDAPKKQ ALYLMFDTSQ ESPVKSSPVR MSESPTPCSG SSFEETEALV NTAAKNQHPV PRGLAPNQES HLQVPEKSSQ KELEAMGLGT PSEAIEIREA AHPTDVSISK TALYSRIGTT EVEKPAGLLF QQPDLDSALQ IARAEIITKE REVSEWKDKY EESRREVMEM RKIVAEYEKT IAQMIEDEQR EKSVSHQTVQ QLVLEKEQAL ADLNSVEKSL ADLFRRYEKM KEVLEGFRKN EEVLKRCAQE YLSRVKKEEQ RYQALKVHAE EKLDRANAEI AQVRGKAQQE QAAHQASLRK EQLRVDALER TLEQKNKEIE ELTKICDELI AKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.48 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999465 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:123996976G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TACC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000369001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1075G>A cDNA.2546G>A g.248288G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A359T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2295879
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 1728 / 1728 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 576 / 576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3199 / 3199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1472 / 1472 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1612 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 1728 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 248288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 123996976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MPLRRPKMKK TPEKLDNTPA SPPRSPAEPN DIPIAKGTYT FDIDKWDDPN FNPFSSTSKM QESPKLPQQS YNFDPDTCDE SVDPFKTSSK TPSSPSKSPA SFEIPASAME ANGVDGDGLN KPAKKKKTPL KTDTFRVKKS PKRSPLSDPP SQDPTPAATP ETPPVISAVV HATDEEKLAV TNQKWTCMTV DLEADKQDYP QPSDLSTFVN ETKFSSPTEE LDYRNSYEIE YMEKIGSSLP QDDDAPKKQA LYLMFDTSQE SPVKSSPVRM SESPTPCSGS SFEETEALVN TAAKNQHPVP RGLAPNQESH LQVPEKSSQK ELEAMGLGTP SEAIEIREAA HPTDVSISKT ALYSRIGTAE VEKPAGLLFQ QPDLDSALQI ARAEIITKER EVSEWKDKYE ESRREVMEMR KIVAEYEKTI AQMIEDEQRE KSVSHQTVQQ LVLEKEQALA DLNSVEKSLA DLFRRYEKMK EVLEGFRKNE EVLKRCAQEY LSRVKKEEQR YQALKVHAEE KLDRANAEIA QVRGKAQQEQ AAHQASLRKE QLRVDALERT LEQKNKEIEE LTKICDELIA KMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MPLRRPKMKK TPEKLDNTPA SPPRSPAEPN DIPIAKGTYT FDIDKWDDPN FNPFSSTSKM QESPKLPQQS YNFDPDTCDE SVDPFKTSSK TPSSPSKSPA SFEIPASAME ANGVDGDGLN KPAKKKKTPL KTDTFRVKKS PKRSPLSDPP SQDPTPAATP ETPPVISAVV HATDEEKLAV TNQKWTCMTV DLEADKQDYP QPSDLSTFVN ETKFSSPTEE LDYRNSYEIE YMEKIGSSLP QDDDAPKKQA LYLMFDTSQE SPVKSSPVRM SESPTPCSGS SFEETEALVN TAAKNQHPVP RGLAPNQESH LQVPEKSSQK ELEAMGLGTP SEAIEIREAA HPTDVSISKT ALYSRIGTTE VEKPAGLLFQ QPDLDSALQI ARAEIITKER EVSEWKDKYE ESRREVMEMR KIVAEYEKTI AQMIEDEQRE KSVSHQTVQQ LVLEKEQALA DLNSVEKSLA DLFRRYEKMK EVLEGFRKNE EVLKRCAQEY LSRVKKEEQR YQALKVHAEE KLDRANAEIA QVRGKAQQEQ AAHQASLRKE QLRVDALERT LEQKNKEIEE LTKICDELIA KMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.47 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999465 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:123996976G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TACC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000369000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1063G>A cDNA.2672G>A g.248288G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A355T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2295879
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 1716 / 1716 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 572 / 572 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3325 / 3325 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1610 / 1610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3260 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 1716 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1063 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 248288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 123996976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MPLRRPKMKK TPEKLDNTPA SPPRSPAEPN DIPIAKGTYT FDIDKWDDPN FNPFSSTSKM QESPKLPQQS YNFDPDTCDE SVDPFKTSSK TPSSPSKSPA SFEIPASAME ANGVDGDGLN KPAKKKKTPL KTVKKSPKRS PLSDPPSQDP TPAATPETPP VISAVVHATD EEKLAVTNQK WTCMTVDLEA DKQDYPQPSD LSTFVNETKF SSPTEELDYR NSYEIEYMEK IGSSLPQDDD APKKQALYLM FDTSQESPVK SSPVRMSESP TPCSGSSFEE TEALVNTAAK NQHPVPRGLA PNQESHLQVP EKSSQKELEA MGLGTPSEAI EIREAAHPTD VSISKTALYS RIGTAEVEKP AGLLFQQPDL DSALQIARAE IITKEREVSE WKDKYEESRR EVMEMRKIVA EYEKTIAQMI EDEQREKSVS HQTVQQLVLE KEQALADLNS VEKSLADLFR RYEKMKEVLE GFRKNEEVLK RCAQEYLSRV KKEEQRYQAL KVHAEEKLDR ANAEIAQVRG KAQQEQAAHQ ASLRKEQLRV DALERTLEQK NKEIEELTKI CDELIAKMGK S* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MPLRRPKMKK TPEKLDNTPA SPPRSPAEPN DIPIAKGTYT FDIDKWDDPN FNPFSSTSKM QESPKLPQQS YNFDPDTCDE SVDPFKTSSK TPSSPSKSPA SFEIPASAME ANGVDGDGLN KPAKKKKTPL KTVKKSPKRS PLSDPPSQDP TPAATPETPP VISAVVHATD EEKLAVTNQK WTCMTVDLEA DKQDYPQPSD LSTFVNETKF SSPTEELDYR NSYEIEYMEK IGSSLPQDDD APKKQALYLM FDTSQESPVK SSPVRMSESP TPCSGSSFEE TEALVNTAAK NQHPVPRGLA PNQESHLQVP EKSSQKELEA MGLGTPSEAI EIREAAHPTD VSISKTALYS RIGTTEVEKP AGLLFQQPDL DSALQIARAE IITKEREVSE WKDKYEESRR EVMEMRKIVA EYEKTIAQMI EDEQREKSVS HQTVQQLVLE KEQALADLNS VEKSLADLFR RYEKMKEVLE GFRKNEEVLK RCAQEYLSRV KKEEQRYQAL KVHAEEKLDR ANAEIAQVRG KAQQEQAAHQ ASLRKEQLRV DALERTLEQK NKEIEELTKI CDELIAKMGK S* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.50 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999465 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:123996976G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TACC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000453444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.7975G>A cDNA.8021G>A g.248288G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A2659T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 2659 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2295879
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 8628 / 8628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2876 / 2876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 8674 / 8674 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 47 / 47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 8609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 8512 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 8628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 7975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 248288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 123996976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGNENSTSDN QRTLSAQTPR SAQPPGNSQN IKRKQQDTPG SPDHRDASSI GSVGLGGFCT ASESSASLDP CLVSPEVTEP RKDPQGARGP EGSLLPSPPP SQEREHPSSS MPFAECPPEG CLASPAAAPE DGPQTQSPRR EPAPNAPGDI AAAFPAERDS STPYQEIAAV PSAGRERQPK EEGQKSSFSF SSGIDQSPGM SPVPLREPMK APLCGEGDQP GGFESQEKEA AGGFPPAESR QGVASVQVTP EAPAAAQQGT ESSAVLEKSP LKPMAPIPQD PAPRASDRER GQGEAPPQYL TDDLEFLRAC HLPRSNSGAA PEAEVNAASQ ESCQQPVGAY LPHAELPWGL PSPALVPEAG GSGKEALDTI DVQGHPQTGM RGTKPNQVVC VAAGGQPEGG LPVSPEPSLL TPTEEAHPAS SLASFPAAQI PIAVEEPGSS SRESVSKAGM PVSADAAKEV VDAGLVGLER QVSDLGSKGE HPEGDPGEVP APSPQERGEH LNTEQSHEVQ PGVPPPPLPK EQSHEVQPGA PPPPLPKAPS ESARGPPGPT DGAKVHEDST SPAVAKEGSR SPGDSPGGKE EAPEPPDGGD PGNLQGEDSQ AFSSKRDPEV GKDELSKPSS DAESRDHPSS HSAQPPRKGG AGHTDGPHSQ TAEADASGLP HKLGEEDPVL PPVPDGAGEP TVPEGAIWEG SGLQPKCPDT LQSREGLGRM ESFLTLESEK SDFPPTPVAE VAPKAQEGES TLEIRKMGSC DGEGLLTSPD QPRGPACDAS RQEFHAGVPH PPQGENLAAD LGLTALILDQ DQQGIPSCPG EGWIRGAASE WPLLSSEKHL QPSQAQPETS IFDVLKEQAQ PPENGKETSP SHPGFKDQGA DSSQIHVPVE PQEDNNLPTH GGQEQALGSE LQSQLPKGTL SDTPTSSPTD MVWESSLTEE SELSAPTRQK LPALGEKRPE GACGDGQSSR VSPPAADVLK DFSLAGNFSR KETCCTGQGP NKSQQALADA LEEGSQHEEA CQRHPGASEA ADGCSPLWGL SKREMASGNT GEAPPCQPDS VALLDAVPCL PALAPASPGV TPTQDAPETE ACDETQEGRQ QPVPAPQQKM ECWATSDAES PKLLASFPSA GEQGGEAGAA ETGGSAGAGD PGKQQAPEKP GEATLSCGLL QTEHCLTSGE EASTSALRES CQAEHPMASC QDALLPAREL GGIPRSTMDF STHQAVPDPK ELLLSGPPEV AAPDTPYLHV DSAAQRGAED SGVKAVSSAD PRAPGESPCP VGEPPLALEN AASLKLFAGS LAPLLQPGAA GGEIPAVQAS SGSPKARTTE GPVDSMPCLD RMPLLAKGKQ ATGEEKAATA PGAGAKASGE GMAGDAAGET EGSMERMGEP SQDPKQGTSG GVDTSSEQIA TLTGFPDFRE HIAKIFEKPV LGALATPGEK AGAGRSAVGK DLTRPLGPEK LLDGPPGVDV TLLPAPPARL QVEKKQQLAG EAEISHLALQ DPASDKLLGP AGLTWERNLP GAGVGKEMAG VPPTLREDER PEGPGAAWPG LEGQAYSQLE RSRQELASGL PSPAATQELP VERAAAFQVA PHSHGEEAVA QDRIPSGKQH QETSACDSPH GEDGPGDFAH TGVPGHVPRS TCAPSPQREV LTVPEANSEP WTLDTLGGER RPGVTAGILE MRNALGNQST PAPPTGEVAD TPLEPGKVAG AAGEAEGDIT LSTAETQACA SGDLPEAGTT RTFSVVAGDL VLPGSCQDPA CSDKAPGMEG TAALHGDSPA RPQQAKEQPG PERPIPAGDG KVCVSSPPEP DETHDPKLQH LAPEELHTDR ESPRPGPSML PSVPKKDAPR VMDKVTSDET RGAEGTERSA KDIGLWKAMM PSLDTDTLDV LERRVVLIQH EFLHKKEANG HSRFMYSSPV ADDIIQPAAP ADLESPTLAA SSYHGDVVGQ VSTDLIAQRS SDSEEAFETP ESTTPVKAPP APPPPPPEVI PEPEVSTQPP PEEPGCGSET VPVPDGPRSD SVEGSPFRPP SHSFSAVFDE DKPIASSGTY NLDFDNIELV DTFQTLEPRA SDAKNQEGKV NTRRKSTDSV PISKSTLSRS LSLQASDFDG ASSSGNPEAV ALAPDAYSTG SSSASSTLKR TKKPRPPSLK KKQTTKKPTE TPPVKETQQE PDEESLVPSG ENLASETKTE SAKTEGPSPA LLEETPLEPA VGPKAACPLD SESAEGVVPP ASGGGRVQNS PPVGRKTLPL TTAPEAGEVT PSDSGGQEDS PAKGLSVRLE FDYSEDKSSW DNQQENPPPT KKIGKKPVAK MPLRRPKMKK TPEKLDNTPA SPPRSPAEPN DIPIAKGTYT FDIDKWDDPN FNPFSSTSKM QESPKLPQQS YNFDPDTCDE SVDPFKTSSK TPSSPSKSPA SFEIPASAME ANGVDGDGLN KPAKKKKTPL KTDTFRVKKS PKRSPLSDPP SQDPTPAATP ETPPVISAVV HATDEEKLAV TNQKWTCMTV DLEADKQDYP QPSDLSTFVN ETKFSSPTEE LDYRNSYEIE YMEKIGSSLP QDDDAPKKQA LYLMFDTSQE SPVKSSPVRM SESPTPCSGS SFEETEALVN TAAKNQHPVP RGLAPNQESH LQVPEKSSQK ELEAMGLGTP SEAIEIREAA HPTDVSISKT ALYSRIGTAE VEKPAGLLFQ QPDLDSALQI ARAEIITKER EVSEWKDKYE ESRREVMEMR KIVAEYEKTI AQMIEDEQRE KSVSHQTVQQ LVLEKEQALA DLNSVEKSLA DLFRRYEKMK EVLEGFRKNE EVLKRCAQEY LSRVKKEEQR YQALKVHAEE KLDRANAEIA QVRGKAQQEQ AAHQASLRKE QLRVDALERT LEQKNKEIEE LTKICDELIA KMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGNENSTSDN QRTLSAQTPR SAQPPGNSQN IKRKQQDTPG SPDHRDASSI GSVGLGGFCT ASESSASLDP CLVSPEVTEP RKDPQGARGP EGSLLPSPPP SQEREHPSSS MPFAECPPEG CLASPAAAPE DGPQTQSPRR EPAPNAPGDI AAAFPAERDS STPYQEIAAV PSAGRERQPK EEGQKSSFSF SSGIDQSPGM SPVPLREPMK APLCGEGDQP GGFESQEKEA AGGFPPAESR QGVASVQVTP EAPAAAQQGT ESSAVLEKSP LKPMAPIPQD PAPRASDRER GQGEAPPQYL TDDLEFLRAC HLPRSNSGAA PEAEVNAASQ ESCQQPVGAY LPHAELPWGL PSPALVPEAG GSGKEALDTI DVQGHPQTGM RGTKPNQVVC VAAGGQPEGG LPVSPEPSLL TPTEEAHPAS SLASFPAAQI PIAVEEPGSS SRESVSKAGM PVSADAAKEV VDAGLVGLER QVSDLGSKGE HPEGDPGEVP APSPQERGEH LNTEQSHEVQ PGVPPPPLPK EQSHEVQPGA PPPPLPKAPS ESARGPPGPT DGAKVHEDST SPAVAKEGSR SPGDSPGGKE EAPEPPDGGD PGNLQGEDSQ AFSSKRDPEV GKDELSKPSS DAESRDHPSS HSAQPPRKGG AGHTDGPHSQ TAEADASGLP HKLGEEDPVL PPVPDGAGEP TVPEGAIWEG SGLQPKCPDT LQSREGLGRM ESFLTLESEK SDFPPTPVAE VAPKAQEGES TLEIRKMGSC DGEGLLTSPD QPRGPACDAS RQEFHAGVPH PPQGENLAAD LGLTALILDQ DQQGIPSCPG EGWIRGAASE WPLLSSEKHL QPSQAQPETS IFDVLKEQAQ PPENGKETSP SHPGFKDQGA DSSQIHVPVE PQEDNNLPTH GGQEQALGSE LQSQLPKGTL SDTPTSSPTD MVWESSLTEE SELSAPTRQK LPALGEKRPE GACGDGQSSR VSPPAADVLK DFSLAGNFSR KETCCTGQGP NKSQQALADA LEEGSQHEEA CQRHPGASEA ADGCSPLWGL SKREMASGNT GEAPPCQPDS VALLDAVPCL PALAPASPGV TPTQDAPETE ACDETQEGRQ QPVPAPQQKM ECWATSDAES PKLLASFPSA GEQGGEAGAA ETGGSAGAGD PGKQQAPEKP GEATLSCGLL QTEHCLTSGE EASTSALRES CQAEHPMASC QDALLPAREL GGIPRSTMDF STHQAVPDPK ELLLSGPPEV AAPDTPYLHV DSAAQRGAED SGVKAVSSAD PRAPGESPCP VGEPPLALEN AASLKLFAGS LAPLLQPGAA GGEIPAVQAS SGSPKARTTE GPVDSMPCLD RMPLLAKGKQ ATGEEKAATA PGAGAKASGE GMAGDAAGET EGSMERMGEP SQDPKQGTSG GVDTSSEQIA TLTGFPDFRE HIAKIFEKPV LGALATPGEK AGAGRSAVGK DLTRPLGPEK LLDGPPGVDV TLLPAPPARL QVEKKQQLAG EAEISHLALQ DPASDKLLGP AGLTWERNLP GAGVGKEMAG VPPTLREDER PEGPGAAWPG LEGQAYSQLE RSRQELASGL PSPAATQELP VERAAAFQVA PHSHGEEAVA QDRIPSGKQH QETSACDSPH GEDGPGDFAH TGVPGHVPRS TCAPSPQREV LTVPEANSEP WTLDTLGGER RPGVTAGILE MRNALGNQST PAPPTGEVAD TPLEPGKVAG AAGEAEGDIT LSTAETQACA SGDLPEAGTT RTFSVVAGDL VLPGSCQDPA CSDKAPGMEG TAALHGDSPA RPQQAKEQPG PERPIPAGDG KVCVSSPPEP DETHDPKLQH LAPEELHTDR ESPRPGPSML PSVPKKDAPR VMDKVTSDET RGAEGTERSA KDIGLWKAMM PSLDTDTLDV LERRVVLIQH EFLHKKEANG HSRFMYSSPV ADDIIQPAAP ADLESPTLAA SSYHGDVVGQ VSTDLIAQRS SDSEEAFETP ESTTPVKAPP APPPPPPEVI PEPEVSTQPP PEEPGCGSET VPVPDGPRSD SVEGSPFRPP SHSFSAVFDE DKPIASSGTY NLDFDNIELV DTFQTLEPRA SDAKNQEGKV NTRRKSTDSV PISKSTLSRS LSLQASDFDG ASSSGNPEAV ALAPDAYSTG SSSASSTLKR TKKPRPPSLK KKQTTKKPTE TPPVKETQQE PDEESLVPSG ENLASETKTE SAKTEGPSPA LLEETPLEPA VGPKAACPLD SESAEGVVPP ASGGGRVQNS PPVGRKTLPL TTAPEAGEVT PSDSGGQEDS PAKGLSVRLE FDYSEDKSSW DNQQENPPPT KKIGKKPVAK MPLRRPKMKK TPEKLDNTPA SPPRSPAEPN DIPIAKGTYT FDIDKWDDPN FNPFSSTSKM QESPKLPQQS YNFDPDTCDE SVDPFKTSSK TPSSPSKSPA SFEIPASAME ANGVDGDGLN KPAKKKKTPL KTDTFRVKKS PKRSPLSDPP SQDPTPAATP ETPPVISAVV HATDEEKLAV TNQKWTCMTV DLEADKQDYP QPSDLSTFVN ETKFSSPTEE LDYRNSYEIE YMEKIGSSLP QDDDAPKKQA LYLMFDTSQE SPVKSSPVRM SESPTPCSGS SFEETEALVN TAAKNQHPVP RGLAPNQESH LQVPEKSSQK ELEAMGLGTP SEAIEIREAA HPTDVSISKT ALYSRIGTTE VEKPAGLLFQ QPDLDSALQI ARAEIITKER EVSEWKDKYE ESRREVMEMR KIVAEYEKTI AQMIEDEQRE KSVSHQTVQQ LVLEKEQALA DLNSVEKSLA DLFRRYEKMK EVLEGFRKNE EVLKRCAQEY LSRVKKEEQR YQALKVHAEE KLDRANAEIA QVRGKAQQEQ AAHQASLRKE QLRVDALERT LEQKNKEIEE LTKICDELIA KMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.49 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999764792 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:123996976G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TACC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000369005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_206862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.8194G>A cDNA.8534G>A g.248288G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A2732T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 2732 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2295879
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 8847 / 8847 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2949 / 2949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 9187 / 9187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 341 / 341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 9122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 8731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 8847 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 8194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8534 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 248288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 123996976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGNENSTSDN QRTLSAQTPR SAQPPGNSQN IKRKQQDTPG SPDHRDASSI GSVGLGGFCT ASESSASLDP CLVSPEVTEP RKDPQGARGP EGSLLPSPPP SQEREHPSSS MPFAECPPEG CLASPAAAPE DGPQTQSPRR EPAPNAPGDI AAAFPAERDS STPYQEIAAV PSAGRERQPK EEGQKSSFSF SSGIDQSPGM SPVPLREPMK APLCGEGDQP GGFESQEKEA AGGFPPAESR QGVASVQVTP EAPAAAQQGT ESSAVLEKSP LKPMAPIPQD PAPRASDRER GQGEAPPQYL TDDLEFLRAC HLPRSNSGAA PEAEVNAASQ ESCQQPVGAY LPHAELPWGL PSPALVPEAG GSGKEALDTI DVQGHPQTGM RGTKPNQVVC VAAGGQPEGG LPVSPEPSLL TPTEEAHPAS SLASFPAAQI PIAVEEPGSS SRESVSKAGM PVSADAAKEV VDAGLVGLER QVSDLGSKGE HPEGDPGEVP APSPQERGEH LNTEQSHEVQ PGVPPPPLPK EQSHEVQPGA PPPPLPKAPS ESARGPPGPT DGAKVHEDST SPAVAKEGSR SPGDSPGGKE EAPEPPDGGD PGNLQGEDSQ AFSSKRDPEV GKDELSKPSS DAESRDHPSS HSAQPPRKGG AGHTDGPHSQ TAEADASGLP HKLGEEDPVL PPVPDGAGEP TVPEGAIWEG SGLQPKCPDT LQSREGLGRM ESFLTLESEK SDFPPTPVAE VAPKAQEGES TLEIRKMGSC DGEGLLTSPD QPRGPACDAS RQEFHAGVPH PPQGENLAAD LGLTALILDQ DQQGIPSCPG EGWIRGAASE WPLLSSEKHL QPSQAQPETS IFDVLKEQAQ PPENGKETSP SHPGFKDQGA DSSQIHVPVE PQEDNNLPTH GGQEQALGSE LQSQLPKGTL SDTPTSSPTD MVWESSLTEE SELSAPTRQK LPALGEKRPE GACGDGQSSR VSPPAADVLK DFSLAGNFSR KETCCTGQGP NKSQQALADA LEEGSQHEEA CQRHPGASEA ADGCSPLWGL SKREMASGNT GEAPPCQPDS VALLDAVPCL PALAPASPGV TPTQDAPETE ACDETQEGRQ QPVPAPQQKM ECWATSDAES PKLLASFPSA GEQGGEAGAA ETGGSAGAGD PGKQQAPEKP GEATLSCGLL QTEHCLTSGE EASTSALRES CQAEHPMASC QDALLPAREL GGIPRSTMDF STHQAVPDPK ELLLSGPPEV AAPDTPYLHV DSAAQRGAED SGVKAVSSAD PRAPGESPCP VGEPPLALEN AASLKLFAGS LAPLLQPGAA GGEIPAVQAS SGSPKARTTE GPVDSMPCLD RMPLLAKGKQ ATGEEKAATA PGAGAKASGE GMAGDAAGET EGSMERMGEP SQDPKQGTSG GVDTSSEQIA TLTGFPDFRE HIAKIFEKPV LGALATPGEK AGAGRSAVGK DLTRPLGPEK LLDGPPGVDV TLLPAPPARL QVEKKQQLAG EAEISHLALQ DPASDKLLGP AGLTWERNLP GAGVGKEMAG VPPTLREDER PEGPGAAWPG LEGQAYSQLE RSRQELASGL PSPAATQELP VERAAAFQVA PHSHGEEAVA QDRIPSGKQH QETSACDSPH GEDGPGDFAH TGVPGHVPRS TCAPSPQREV LTVPEANSEP WTLDTLGGER RPGVTAGILE MRNALGNQST PAPPTGEVAD TPLEPGKVAG AAGEAEGDIT LSTAETQACA SGDLPEAGTT RTFSVVAGDL VLPGSCQDPA CSDKAPGMEG TAALHGDSPA RPQQAKEQPG PERPIPAGDG KVCVSSPPEP DETHDPKLQH LAPEELHTDR ESPRPGPSML PSVPKKDAPR VMDKVTSDET RGAEGTESSP VADDIIQPAA PADLESPTLA ASSYHGDVVG QVSTDLIAQS ISPAAAHAGL PPSAAEHIVS PSAPAGDRVE ASTPSCPDPA KDLSRSSDSE EAFETPESTT PVKAPPAPPP PPPEVIPEPE VSTQPPPEEP GCGSETVPVP DGPRSDSVEG SPFRPPSHSF SAVFDEDKPI ASSGTYNLDF DNIELVDTFQ TLEPRASDAK NQEGKVNTRR KSTDSVPISK STLSRSLSLQ ASDFDGASSS GNPEAVALAP DAYSTGSSSA SSTLKRTKKP RPPSLKKKQT TKKPTETPPV KETQQEPDEE SLVPSGENLA SETKTESAKT EGPSPALLEE TPLEPAVGPK AACPLDSESA EGVVPPASGG GRVQNSPPVG RKTLPLTTAP EAGEVTPSDS GGQEDSPAKG LSVRLEFDYS EDKSSWDNQQ ENPPPTKKIG KKPVAKMPLR RPKMKKTPEK LDNTPASPPR SPAEPNDIPI AKGTYTFDID KWDDPNFNPF SSTSKMQESP KLPQQSYNFD PDTCDESVDP FKTSSKTPSS PSKSPASFEI PASAMEANGV DGDGLNKPAK KKKTPLKTDT FRVKKSPKRS PLSDPPSQDP TPAATPETPP VISAVVHATD EEKLAVTNQK WTCMTVDLEA DKQDYPQPSD LSTFVNETKF SSPTEELDYR NSYEIEYMEK IGSSLPQDDD APKKQALYLM FDTSQESPVK SSPVRMSESP TPCSGSSFEE TEALVNTAAK NQHPVPRGLA PNQESHLQVP EKSSQKELEA MGLGTPSEAI EITAPEGSFA SADALLSRLA HPVSLCGALD YLEPDLAEKN PPLFAQKLQE ELEFAIMRIE ALKLARQIAL ASRSHQDAKR EAAHPTDVSI SKTALYSRIG TAEVEKPAGL LFQQPDLDSA LQIARAEIIT KEREVSEWKD KYEESRREVM EMRKIVAEYE KTIAQMIEDE QREKSVSHQT VQQLVLEKEQ ALADLNSVEK SLADLFRRYE KMKEVLEGFR KNEEVLKRCA QEYLSRVKKE EQRYQALKVH AEEKLDRANA EIAQVRGKAQ QEQAAHQASL RKEQLRVDAL ERTLEQKNKE IEELTKICDE LIAKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGNENSTSDN QRTLSAQTPR SAQPPGNSQN IKRKQQDTPG SPDHRDASSI GSVGLGGFCT ASESSASLDP CLVSPEVTEP RKDPQGARGP EGSLLPSPPP SQEREHPSSS MPFAECPPEG CLASPAAAPE DGPQTQSPRR EPAPNAPGDI AAAFPAERDS STPYQEIAAV PSAGRERQPK EEGQKSSFSF SSGIDQSPGM SPVPLREPMK APLCGEGDQP GGFESQEKEA AGGFPPAESR QGVASVQVTP EAPAAAQQGT ESSAVLEKSP LKPMAPIPQD PAPRASDRER GQGEAPPQYL TDDLEFLRAC HLPRSNSGAA PEAEVNAASQ ESCQQPVGAY LPHAELPWGL PSPALVPEAG GSGKEALDTI DVQGHPQTGM RGTKPNQVVC VAAGGQPEGG LPVSPEPSLL TPTEEAHPAS SLASFPAAQI PIAVEEPGSS SRESVSKAGM PVSADAAKEV VDAGLVGLER QVSDLGSKGE HPEGDPGEVP APSPQERGEH LNTEQSHEVQ PGVPPPPLPK EQSHEVQPGA PPPPLPKAPS ESARGPPGPT DGAKVHEDST SPAVAKEGSR SPGDSPGGKE EAPEPPDGGD PGNLQGEDSQ AFSSKRDPEV GKDELSKPSS DAESRDHPSS HSAQPPRKGG AGHTDGPHSQ TAEADASGLP HKLGEEDPVL PPVPDGAGEP TVPEGAIWEG SGLQPKCPDT LQSREGLGRM ESFLTLESEK SDFPPTPVAE VAPKAQEGES TLEIRKMGSC DGEGLLTSPD QPRGPACDAS RQEFHAGVPH PPQGENLAAD LGLTALILDQ DQQGIPSCPG EGWIRGAASE WPLLSSEKHL QPSQAQPETS IFDVLKEQAQ PPENGKETSP SHPGFKDQGA DSSQIHVPVE PQEDNNLPTH GGQEQALGSE LQSQLPKGTL SDTPTSSPTD MVWESSLTEE SELSAPTRQK LPALGEKRPE GACGDGQSSR VSPPAADVLK DFSLAGNFSR KETCCTGQGP NKSQQALADA LEEGSQHEEA CQRHPGASEA ADGCSPLWGL SKREMASGNT GEAPPCQPDS VALLDAVPCL PALAPASPGV TPTQDAPETE ACDETQEGRQ QPVPAPQQKM ECWATSDAES PKLLASFPSA GEQGGEAGAA ETGGSAGAGD PGKQQAPEKP GEATLSCGLL QTEHCLTSGE EASTSALRES CQAEHPMASC QDALLPAREL GGIPRSTMDF STHQAVPDPK ELLLSGPPEV AAPDTPYLHV DSAAQRGAED SGVKAVSSAD PRAPGESPCP VGEPPLALEN AASLKLFAGS LAPLLQPGAA GGEIPAVQAS SGSPKARTTE GPVDSMPCLD RMPLLAKGKQ ATGEEKAATA PGAGAKASGE GMAGDAAGET EGSMERMGEP SQDPKQGTSG GVDTSSEQIA TLTGFPDFRE HIAKIFEKPV LGALATPGEK AGAGRSAVGK DLTRPLGPEK LLDGPPGVDV TLLPAPPARL QVEKKQQLAG EAEISHLALQ DPASDKLLGP AGLTWERNLP GAGVGKEMAG VPPTLREDER PEGPGAAWPG LEGQAYSQLE RSRQELASGL PSPAATQELP VERAAAFQVA PHSHGEEAVA QDRIPSGKQH QETSACDSPH GEDGPGDFAH TGVPGHVPRS TCAPSPQREV LTVPEANSEP WTLDTLGGER RPGVTAGILE MRNALGNQST PAPPTGEVAD TPLEPGKVAG AAGEAEGDIT LSTAETQACA SGDLPEAGTT RTFSVVAGDL VLPGSCQDPA CSDKAPGMEG TAALHGDSPA RPQQAKEQPG PERPIPAGDG KVCVSSPPEP DETHDPKLQH LAPEELHTDR ESPRPGPSML PSVPKKDAPR VMDKVTSDET RGAEGTESSP VADDIIQPAA PADLESPTLA ASSYHGDVVG QVSTDLIAQS ISPAAAHAGL PPSAAEHIVS PSAPAGDRVE ASTPSCPDPA KDLSRSSDSE EAFETPESTT PVKAPPAPPP PPPEVIPEPE VSTQPPPEEP GCGSETVPVP DGPRSDSVEG SPFRPPSHSF SAVFDEDKPI ASSGTYNLDF DNIELVDTFQ TLEPRASDAK NQEGKVNTRR KSTDSVPISK STLSRSLSLQ ASDFDGASSS GNPEAVALAP DAYSTGSSSA SSTLKRTKKP RPPSLKKKQT TKKPTETPPV KETQQEPDEE SLVPSGENLA SETKTESAKT EGPSPALLEE TPLEPAVGPK AACPLDSESA EGVVPPASGG GRVQNSPPVG RKTLPLTTAP EAGEVTPSDS GGQEDSPAKG LSVRLEFDYS EDKSSWDNQQ ENPPPTKKIG KKPVAKMPLR RPKMKKTPEK LDNTPASPPR SPAEPNDIPI AKGTYTFDID KWDDPNFNPF SSTSKMQESP KLPQQSYNFD PDTCDESVDP FKTSSKTPSS PSKSPASFEI PASAMEANGV DGDGLNKPAK KKKTPLKTDT FRVKKSPKRS PLSDPPSQDP TPAATPETPP VISAVVHATD EEKLAVTNQK WTCMTVDLEA DKQDYPQPSD LSTFVNETKF SSPTEELDYR NSYEIEYMEK IGSSLPQDDD APKKQALYLM FDTSQESPVK SSPVRMSESP TPCSGSSFEE TEALVNTAAK NQHPVPRGLA PNQESHLQVP EKSSQKELEA MGLGTPSEAI EITAPEGSFA SADALLSRLA HPVSLCGALD YLEPDLAEKN PPLFAQKLQE ELEFAIMRIE ALKLARQIAL ASRSHQDAKR EAAHPTDVSI SKTALYSRIG TTEVEKPAGL LFQQPDLDSA LQIARAEIIT KEREVSEWKD KYEESRREVM EMRKIVAEYE KTIAQMIEDE QREKSVSHQT VQQLVLEKEQ ALADLNSVEK SLADLFRRYE KMKEVLEGFR KNEEVLKRCA QEYLSRVKKE EQRYQALKVH AEEKLDRANA EIAQVRGKAQ QEQAAHQASL RKEQLRVDAL ERTLEQKNKE IEELTKICDE LIAKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.45 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999764792 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:123996976G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TACC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000513429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_206861 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2632G>A cDNA.2972G>A g.248288G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A878T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2295879
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3285 / 3285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1095 / 1095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3625 / 3625 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 341 / 341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3560 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2632 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2972 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 248288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 123996976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGNENSTSDN QRTLSAQTPR SAQPPGNSQN IKRKQQDTPG SPDHRDASSS PVADDIIQPA APADLESPTL AASSYHGDVV GQVSTDLIAQ RSSDSEEAFE TPESTTPVKA PPAPPPPPPE VIPEPEVSTQ PPPEEPGCGS ETVPVPDGPR SDSVEGSPFR PPSHSFSAVF DEDKPIASSG TYNLDFDNIE LVDTFQTLEP RASDAKNQEG KVNTRRKSTD SVPISKSTLS RSLSLQASDF DGASSSGNPE AVALAPDAYS TGSSSASSTL KRTKKPRPPS LKKKQTTKKP TETPPVKETQ QEPDEESLVP SGENLASETK TESAKTEGPS PALLEETPLE PAVGPKAACP LDSESAEGVV PPASGGGRVQ NSPPVGRKTL PLTTAPEAGE VTPSDSGGQE DSPAKGLSVR LEFDYSEDKS SWDNQQENPP PTKKIGKKPV AKMPLRRPKM KKTPEKLDNT PASPPRSPAE PNDIPIAKGT YTFDIDKWDD PNFNPFSSTS KMQESPKLPQ QSYNFDPDTC DESVDPFKTS SKTPSSPSKS PASFEIPASA MEANGVDGDG LNKPAKKKKT PLKTDTFRVK KSPKRSPLSD PPSQDPTPAA TPETPPVISA VVHATDEEKL AVTNQKWTCM TVDLEADKQD YPQPSDLSTF VNETKFSSPT EELDYRNSYE IEYMEKIGSS LPQDDDAPKK QALYLMFDTS QESPVKSSPV RMSESPTPCS GSSFEETEAL VNTAAKNQHP VPRGLAPNQE SHLQVPEKSS QKELEAMGLG TPSEAIEITA PEGSFASADA LLSRLAHPVS LCGALDYLEP DLAEKNPPLF AQKLQEELEF AIMRIEALKL ARQIALASRS HQDAKREAAH PTDVSISKTA LYSRIGTAEV EKPAGLLFQQ PDLDSALQIA RAEIITKERE VSEWKDKYEE SRREVMEMRK IVAEYEKTIA QMIEDEQREK SVSHQTVQQL VLEKEQALAD LNSVEKSLAD LFRRYEKMKE VLEGFRKNEE VLKRCAQEYL SRVKKEEQRY QALKVHAEEK LDRANAEIAQ VRGKAQQEQA AHQASLRKEQ LRVDALERTL EQKNKEIEEL TKICDELIAK MGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGNENSTSDN QRTLSAQTPR SAQPPGNSQN IKRKQQDTPG SPDHRDASSS PVADDIIQPA APADLESPTL AASSYHGDVV GQVSTDLIAQ RSSDSEEAFE TPESTTPVKA PPAPPPPPPE VIPEPEVSTQ PPPEEPGCGS ETVPVPDGPR SDSVEGSPFR PPSHSFSAVF DEDKPIASSG TYNLDFDNIE LVDTFQTLEP RASDAKNQEG KVNTRRKSTD SVPISKSTLS RSLSLQASDF DGASSSGNPE AVALAPDAYS TGSSSASSTL KRTKKPRPPS LKKKQTTKKP TETPPVKETQ QEPDEESLVP SGENLASETK TESAKTEGPS PALLEETPLE PAVGPKAACP LDSESAEGVV PPASGGGRVQ NSPPVGRKTL PLTTAPEAGE VTPSDSGGQE DSPAKGLSVR LEFDYSEDKS SWDNQQENPP PTKKIGKKPV AKMPLRRPKM KKTPEKLDNT PASPPRSPAE PNDIPIAKGT YTFDIDKWDD PNFNPFSSTS KMQESPKLPQ QSYNFDPDTC DESVDPFKTS SKTPSSPSKS PASFEIPASA MEANGVDGDG LNKPAKKKKT PLKTDTFRVK KSPKRSPLSD PPSQDPTPAA TPETPPVISA VVHATDEEKL AVTNQKWTCM TVDLEADKQD YPQPSDLSTF VNETKFSSPT EELDYRNSYE IEYMEKIGSS LPQDDDAPKK QALYLMFDTS QESPVKSSPV RMSESPTPCS GSSFEETEAL VNTAAKNQHP VPRGLAPNQE SHLQVPEKSS QKELEAMGLG TPSEAIEITA PEGSFASADA LLSRLAHPVS LCGALDYLEP DLAEKNPPLF AQKLQEELEF AIMRIEALKL ARQIALASRS HQDAKREAAH PTDVSISKTA LYSRIGTTEV EKPAGLLFQQ PDLDSALQIA RAEIITKERE VSEWKDKYEE SRREVMEMRK IVAEYEKTIA QMIEDEQREK SVSHQTVQQL VLEKEQALAD LNSVEKSLAD LFRRYEKMKE VLEGFRKNEE VLKRCAQEYL SRVKKEEQRY QALKVHAEEK LDRANAEIAQ VRGKAQQEQA AHQASLRKEQ LRVDALERTL EQKNKEIEEL TKICDELIAK MGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.93 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999764792 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:123996976G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TACC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000360561 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_206860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2338G>A cDNA.2837G>A g.248288G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A780T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2295879
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
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distance from splice site | 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 2991 / 2991 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 997 / 997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3490 / 3490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 500 / 500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2991 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 248288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 123996976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGGSQSLQPA PASDLNLEAS EAMSSDSEEA FETPESTTPV KAPPAPPPPP PEVIPEPEVS TQPPPEEPGC GSETVPVPDG PRSDSVEGSP FRPPSHSFSA VFDEDKPIAS SGTYNLDFDN IELVDTFQTL EPRASDAKNQ EGKVNTRRKS TDSVPISKST LSRSLSLQAS DFDGASSSGN PEAVALAPDA YSTGSSSASS TLKRTKKPRP PSLKKKQTTK KPTETPPVKE TQQEPDEESL VPSGENLASE TKTESAKTEG PSPALLEETP LEPAVGPKAA CPLDSESAEG VVPPASGGGR VQNSPPVGRK TLPLTTAPEA GEVTPSDSGG QEDSPAKGLS VRLEFDYSED KSSWDNQQEN PPPTKKIGKK PVAKMPLRRP KMKKTPEKLD NTPASPPRSP AEPNDIPIAK GTYTFDIDKW DDPNFNPFSS TSKMQESPKL PQQSYNFDPD TCDESVDPFK TSSKTPSSPS KSPASFEIPA SAMEANGVDG DGLNKPAKKK KTPLKTDTFR VKKSPKRSPL SDPPSQDPTP AATPETPPVI SAVVHATDEE KLAVTNQKWT CMTVDLEADK QDYPQPSDLS TFVNETKFSS PTEELDYRNS YEIEYMEKIG SSLPQDDDAP KKQALYLMFD TSQESPVKSS PVRMSESPTP CSGSSFEETE ALVNTAAKNQ HPVPRGLAPN QESHLQVPEK SSQKELEAMG LGTPSEAIEI TAPEGSFASA DALLSRLAHP VSLCGALDYL EPDLAEKNPP LFAQKLQREA AHPTDVSISK TALYSRIGTA EVEKPAGLLF QQPDLDSALQ IARAEIITKE REVSEWKDKY EESRREVMEM RKIVAEYEKT IAQMIEDEQR EKSVSHQTVQ QLVLEKEQAL ADLNSVEKSL ADLFRRYEKM KEVLEGFRKN EEVLKRCAQE YLSRVKKEEQ RYQALKVHAE EKLDRANAEI AQVRGKAQQE QAAHQASLRK EQLRVDALER TLEQKNKEIE ELTKICDELI AKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGGSQSLQPA PASDLNLEAS EAMSSDSEEA FETPESTTPV KAPPAPPPPP PEVIPEPEVS TQPPPEEPGC GSETVPVPDG PRSDSVEGSP FRPPSHSFSA VFDEDKPIAS SGTYNLDFDN IELVDTFQTL EPRASDAKNQ EGKVNTRRKS TDSVPISKST LSRSLSLQAS DFDGASSSGN PEAVALAPDA YSTGSSSASS TLKRTKKPRP PSLKKKQTTK KPTETPPVKE TQQEPDEESL VPSGENLASE TKTESAKTEG PSPALLEETP LEPAVGPKAA CPLDSESAEG VVPPASGGGR VQNSPPVGRK TLPLTTAPEA GEVTPSDSGG QEDSPAKGLS VRLEFDYSED KSSWDNQQEN PPPTKKIGKK PVAKMPLRRP KMKKTPEKLD NTPASPPRSP AEPNDIPIAK GTYTFDIDKW DDPNFNPFSS TSKMQESPKL PQQSYNFDPD TCDESVDPFK TSSKTPSSPS KSPASFEIPA SAMEANGVDG DGLNKPAKKK KTPLKTDTFR VKKSPKRSPL SDPPSQDPTP AATPETPPVI SAVVHATDEE KLAVTNQKWT CMTVDLEADK QDYPQPSDLS TFVNETKFSS PTEELDYRNS YEIEYMEKIG SSLPQDDDAP KKQALYLMFD TSQESPVKSS PVRMSESPTP CSGSSFEETE ALVNTAAKNQ HPVPRGLAPN QESHLQVPEK SSQKELEAMG LGTPSEAIEI TAPEGSFASA DALLSRLAHP VSLCGALDYL EPDLAEKNPP LFAQKLQREA AHPTDVSISK TALYSRIGTT EVEKPAGLLF QQPDLDSALQ IARAEIITKE REVSEWKDKY EESRREVMEM RKIVAEYEKT IAQMIEDEQR EKSVSHQTVQ QLVLEKEQAL ADLNSVEKSL ADLFRRYEKM KEVLEGFRKN EEVLKRCAQE YLSRVKKEEQ RYQALKVHAE EKLDRANAEI AQVRGKAQQE QAAHQASLRK EQLRVDALER TLEQKNKEIE ELTKICDELI AKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.51 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999764792 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:123996976G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TACC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000369004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2374G>A cDNA.2525G>A g.248288G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A792T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 792 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2295879
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3027 / 3027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1009 / 1009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3178 / 3178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 152 / 152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2374 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 248288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 123996976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGGSQSLQPA PASDLNLEAS EAMSSDSEEA FETPESTTPV KAPPAPPPPP PEVIPEPEVS TQPPPEEPGC GSETVPVPDG PRSDSVEGSP FRPPSHSFSA VFDEDKPIAS SGTYNLDFDN IELVDTFQTL EPRASDAKNQ EGKVNTRRKS TDSVPISKST LSRSLSLQAS DFDGASSSGN PEAVALAPDA YSTGSSSASS TLKRTKKPRP PSLKKKQTTK KPTETPPVKE TQQEPDEESL VPSGENLASE TKTESAKTEG PSPALLEETP LEPAVGPKAA CPLDSESAEG VVPPASGGGR VQNSPPVGRK TLPLTTAPEA GEVTPSDSGG QEDSPAKGLS VRLEFDYSED KSSWDNQQEN PPPTKKIGKK PVAKMPLRRP KMKKTPEKLD NTPASPPRSP AEPNDIPIAK GTYTFDIDKW DDPNFNPFSS TSKMQESPKL PQQSYNFDPD TCDESVDPFK TSSKTPSSPS KSPASFEIPA SAMEANGVDG DGLNKPAKKK KTPLKTMVED VMSVCSLFDT FRVKKSPKRS PLSDPPSQDP TPAATPETPP VISAVVHATD EEKLAVTNQK WTCMTVDLEA DKQDYPQPSD LSTFVNETKF SSPTEELDYR NSYEIEYMEK IGSSLPQDDD APKKQALYLM FDTSQESPVK SSPVRMSESP TPCSGSSFEE TEALVNTAAK NQHPVPRGLA PNQESHLQVP EKSSQKELEA MGLGTPSEAI EITAPEGSFA SADALLSRLA HPVSLCGALD YLEPDLAEKN PPLFAQKLQR EAAHPTDVSI SKTALYSRIG TAEVEKPAGL LFQQPDLDSA LQIARAEIIT KEREVSEWKD KYEESRREVM EMRKIVAEYE KTIAQMIEDE QREKSVSHQT VQQLVLEKEQ ALADLNSVEK SLADLFRRYE KMKEVLEGFR KNEEVLKRCA QEYLSRVKKE EQRYQALKVH AEEKLDRANA EIAQVRGKAQ QEQAAHQASL RKEQLRVDAL ERTLEQKNKE IEELTKICDE LIAKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGGSQSLQPA PASDLNLEAS EAMSSDSEEA FETPESTTPV KAPPAPPPPP PEVIPEPEVS TQPPPEEPGC GSETVPVPDG PRSDSVEGSP FRPPSHSFSA VFDEDKPIAS SGTYNLDFDN IELVDTFQTL EPRASDAKNQ EGKVNTRRKS TDSVPISKST LSRSLSLQAS DFDGASSSGN PEAVALAPDA YSTGSSSASS TLKRTKKPRP PSLKKKQTTK KPTETPPVKE TQQEPDEESL VPSGENLASE TKTESAKTEG PSPALLEETP LEPAVGPKAA CPLDSESAEG VVPPASGGGR VQNSPPVGRK TLPLTTAPEA GEVTPSDSGG QEDSPAKGLS VRLEFDYSED KSSWDNQQEN PPPTKKIGKK PVAKMPLRRP KMKKTPEKLD NTPASPPRSP AEPNDIPIAK GTYTFDIDKW DDPNFNPFSS TSKMQESPKL PQQSYNFDPD TCDESVDPFK TSSKTPSSPS KSPASFEIPA SAMEANGVDG DGLNKPAKKK KTPLKTMVED VMSVCSLFDT FRVKKSPKRS PLSDPPSQDP TPAATPETPP VISAVVHATD EEKLAVTNQK WTCMTVDLEA DKQDYPQPSD LSTFVNETKF SSPTEELDYR NSYEIEYMEK IGSSLPQDDD APKKQALYLM FDTSQESPVK SSPVRMSESP TPCSGSSFEE TEALVNTAAK NQHPVPRGLA PNQESHLQVP EKSSQKELEA MGLGTPSEAI EITAPEGSFA SADALLSRLA HPVSLCGALD YLEPDLAEKN PPLFAQKLQR EAAHPTDVSI SKTALYSRIG TTEVEKPAGL LFQQPDLDSA LQIARAEIIT KEREVSEWKD KYEESRREVM EMRKIVAEYE KTIAQMIEDE QREKSVSHQT VQQLVLEKEQ ALADLNSVEK SLADLFRRYE KMKEVLEGFR KNEEVLKRCA QEYLSRVKKE EQRYQALKVH AEEKLDRANA EIAQVRGKAQ QEQAAHQASL RKEQLRVDAL ERTLEQKNKE IEELTKICDE LIAKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.46 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999764792 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:123996976G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TACC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000334433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.8194G>A cDNA.8240G>A g.248288G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A2732T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 2732 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2295879
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 8847 / 8847 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2949 / 2949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 8893 / 8893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 47 / 47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 8828 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 8731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 8847 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 8194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 248288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 123996976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGNENSTSDN QRTLSAQTPR SAQPPGNSQN IKRKQQDTPG SPDHRDASSI GSVGLGGFCT ASESSASLDP CLVSPEVTEP RKDPQGARGP EGSLLPSPPP SQEREHPSSS MPFAECPPEG CLASPAAAPE DGPQTQSPRR EPAPNAPGDI AAAFPAERDS STPYQEIAAV PSAGRERQPK EEGQKSSFSF SSGIDQSPGM SPVPLREPMK APLCGEGDQP GGFESQEKEA AGGFPPAESR QGVASVQVTP EAPAAAQQGT ESSAVLEKSP LKPMAPIPQD PAPRASDRER GQGEAPPQYL TDDLEFLRAC HLPRSNSGAA PEAEVNAASQ ESCQQPVGAY LPHAELPWGL PSPALVPEAG GSGKEALDTI DVQGHPQTGM RGTKPNQVVC VAAGGQPEGG LPVSPEPSLL TPTEEAHPAS SLASFPAAQI PIAVEEPGSS SRESVSKAGM PVSADAAKEV VDAGLVGLER QVSDLGSKGE HPEGDPGEVP APSPQERGEH LNTEQSHEVQ PGVPPPPLPK EQSHEVQPGA PPPPLPKAPS ESARGPPGPT DGAKVHEDST SPAVAKEGSR SPGDSPGGKE EAPEPPDGGD PGNLQGEDSQ AFSSKRDPEV GKDELSKPSS DAESRDHPSS HSAQPPRKGG AGHTDGPHSQ TAEADASGLP HKLGEEDPVL PPVPDGAGEP TVPEGAIWEG SGLQPKCPDT LQSREGLGRM ESFLTLESEK SDFPPTPVAE VAPKAQEGES TLEIRKMGSC DGEGLLTSPD QPRGPACDAS RQEFHAGVPH PPQGENLAAD LGLTALILDQ DQQGIPSCPG EGWIRGAASE WPLLSSEKHL QPSQAQPETS IFDVLKEQAQ PPENGKETSP SHPGFKDQGA DSSQIHVPVE PQEDNNLPTH GGQEQALGSE LQSQLPKGTL SDTPTSSPTD MVWESSLTEE SELSAPTRQK LPALGEKRPE GACGDGQSSR VSPPAADVLK DFSLAGNFSR KETCCTGQGP NKSQQALADA LEEGSQHEEA CQRHPGASEA ADGCSPLWGL SKREMASGNT GEAPPCQPDS VALLDAVPCL PALAPASPGV TPTQDAPETE ACDETQEGRQ QPVPAPQQKM ECWATSDAES PKLLASFPSA GEQGGEAGAA ETGGSAGAGD PGKQQAPEKP GEATLSCGLL QTEHCLTSGE EASTSALRES CQAEHPMASC QDALLPAREL GGIPRSTMDF STHQAVPDPK ELLLSGPPEV AAPDTPYLHV DSAAQRGAED SGVKAVSSAD PRAPGESPCP VGEPPLALEN AASLKLFAGS LAPLLQPGAA GGEIPAVQAS SGSPKARTTE GPVDSMPCLD RMPLLAKGKQ ATGEEKAATA PGAGAKASGE GMAGDAAGET EGSMERMGEP SQDPKQGTSG GVDTSSEQIA TLTGFPDFRE HIAKIFEKPV LGALATPGEK AGAGRSAVGK DLTRPLGPEK LLDGPPGVDV TLLPAPPARL QVEKKQQLAG EAEISHLALQ DPASDKLLGP AGLTWERNLP GAGVGKEMAG VPPTLREDER PEGPGAAWPG LEGQAYSQLE RSRQELASGL PSPAATQELP VERAAAFQVA PHSHGEEAVA QDRIPSGKQH QETSACDSPH GEDGPGDFAH TGVPGHVPRS TCAPSPQREV LTVPEANSEP WTLDTLGGER RPGVTAGILE MRNALGNQST PAPPTGEVAD TPLEPGKVAG AAGEAEGDIT LSTAETQACA SGDLPEAGTT RTFSVVAGDL VLPGSCQDPA CSDKAPGMEG TAALHGDSPA RPQQAKEQPG PERPIPAGDG KVCVSSPPEP DETHDPKLQH LAPEELHTDR ESPRPGPSML PSVPKKDAPR VMDKVTSDET RGAEGTESSP VADDIIQPAA PADLESPTLA ASSYHGDVVG QVSTDLIAQS ISPAAAHAGL PPSAAEHIVS PSAPAGDRVE ASTPSCPDPA KDLSRSSDSE EAFETPESTT PVKAPPAPPP PPPEVIPEPE VSTQPPPEEP GCGSETVPVP DGPRSDSVEG SPFRPPSHSF SAVFDEDKPI ASSGTYNLDF DNIELVDTFQ TLEPRASDAK NQEGKVNTRR KSTDSVPISK STLSRSLSLQ ASDFDGASSS GNPEAVALAP DAYSTGSSSA SSTLKRTKKP RPPSLKKKQT TKKPTETPPV KETQQEPDEE SLVPSGENLA SETKTESAKT EGPSPALLEE TPLEPAVGPK AACPLDSESA EGVVPPASGG GRVQNSPPVG RKTLPLTTAP EAGEVTPSDS GGQEDSPAKG LSVRLEFDYS EDKSSWDNQQ ENPPPTKKIG KKPVAKMPLR RPKMKKTPEK LDNTPASPPR SPAEPNDIPI AKGTYTFDID KWDDPNFNPF SSTSKMQESP KLPQQSYNFD PDTCDESVDP FKTSSKTPSS PSKSPASFEI PASAMEANGV DGDGLNKPAK KKKTPLKTDT FRVKKSPKRS PLSDPPSQDP TPAATPETPP VISAVVHATD EEKLAVTNQK WTCMTVDLEA DKQDYPQPSD LSTFVNETKF SSPTEELDYR NSYEIEYMEK IGSSLPQDDD APKKQALYLM FDTSQESPVK SSPVRMSESP TPCSGSSFEE TEALVNTAAK NQHPVPRGLA PNQESHLQVP EKSSQKELEA MGLGTPSEAI EITAPEGSFA SADALLSRLA HPVSLCGALD YLEPDLAEKN PPLFAQKLQE ELEFAIMRIE ALKLARQIAL ASRSHQDAKR EAAHPTDVSI SKTALYSRIG TAEVEKPAGL LFQQPDLDSA LQIARAEIIT KEREVSEWKD KYEESRREVM EMRKIVAEYE KTIAQMIEDE QREKSVSHQT VQQLVLEKEQ ALADLNSVEK SLADLFRRYE KMKEVLEGFR KNEEVLKRCA QEYLSRVKKE EQRYQALKVH AEEKLDRANA EIAQVRGKAQ QEQAAHQASL RKEQLRVDAL ERTLEQKNKE IEELTKICDE LIAKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGNENSTSDN QRTLSAQTPR SAQPPGNSQN IKRKQQDTPG SPDHRDASSI GSVGLGGFCT ASESSASLDP CLVSPEVTEP RKDPQGARGP EGSLLPSPPP SQEREHPSSS MPFAECPPEG CLASPAAAPE DGPQTQSPRR EPAPNAPGDI AAAFPAERDS STPYQEIAAV PSAGRERQPK EEGQKSSFSF SSGIDQSPGM SPVPLREPMK APLCGEGDQP GGFESQEKEA AGGFPPAESR QGVASVQVTP EAPAAAQQGT ESSAVLEKSP LKPMAPIPQD PAPRASDRER GQGEAPPQYL TDDLEFLRAC HLPRSNSGAA PEAEVNAASQ ESCQQPVGAY LPHAELPWGL PSPALVPEAG GSGKEALDTI DVQGHPQTGM RGTKPNQVVC VAAGGQPEGG LPVSPEPSLL TPTEEAHPAS SLASFPAAQI PIAVEEPGSS SRESVSKAGM PVSADAAKEV VDAGLVGLER QVSDLGSKGE HPEGDPGEVP APSPQERGEH LNTEQSHEVQ PGVPPPPLPK EQSHEVQPGA PPPPLPKAPS ESARGPPGPT DGAKVHEDST SPAVAKEGSR SPGDSPGGKE EAPEPPDGGD PGNLQGEDSQ AFSSKRDPEV GKDELSKPSS DAESRDHPSS HSAQPPRKGG AGHTDGPHSQ TAEADASGLP HKLGEEDPVL PPVPDGAGEP TVPEGAIWEG SGLQPKCPDT LQSREGLGRM ESFLTLESEK SDFPPTPVAE VAPKAQEGES TLEIRKMGSC DGEGLLTSPD QPRGPACDAS RQEFHAGVPH PPQGENLAAD LGLTALILDQ DQQGIPSCPG EGWIRGAASE WPLLSSEKHL QPSQAQPETS IFDVLKEQAQ PPENGKETSP SHPGFKDQGA DSSQIHVPVE PQEDNNLPTH GGQEQALGSE LQSQLPKGTL SDTPTSSPTD MVWESSLTEE SELSAPTRQK LPALGEKRPE GACGDGQSSR VSPPAADVLK DFSLAGNFSR KETCCTGQGP NKSQQALADA LEEGSQHEEA CQRHPGASEA ADGCSPLWGL SKREMASGNT GEAPPCQPDS VALLDAVPCL PALAPASPGV TPTQDAPETE ACDETQEGRQ QPVPAPQQKM ECWATSDAES PKLLASFPSA GEQGGEAGAA ETGGSAGAGD PGKQQAPEKP GEATLSCGLL QTEHCLTSGE EASTSALRES CQAEHPMASC QDALLPAREL GGIPRSTMDF STHQAVPDPK ELLLSGPPEV AAPDTPYLHV DSAAQRGAED SGVKAVSSAD PRAPGESPCP VGEPPLALEN AASLKLFAGS LAPLLQPGAA GGEIPAVQAS SGSPKARTTE GPVDSMPCLD RMPLLAKGKQ ATGEEKAATA PGAGAKASGE GMAGDAAGET EGSMERMGEP SQDPKQGTSG GVDTSSEQIA TLTGFPDFRE HIAKIFEKPV LGALATPGEK AGAGRSAVGK DLTRPLGPEK LLDGPPGVDV TLLPAPPARL QVEKKQQLAG EAEISHLALQ DPASDKLLGP AGLTWERNLP GAGVGKEMAG VPPTLREDER PEGPGAAWPG LEGQAYSQLE RSRQELASGL PSPAATQELP VERAAAFQVA PHSHGEEAVA QDRIPSGKQH QETSACDSPH GEDGPGDFAH TGVPGHVPRS TCAPSPQREV LTVPEANSEP WTLDTLGGER RPGVTAGILE MRNALGNQST PAPPTGEVAD TPLEPGKVAG AAGEAEGDIT LSTAETQACA SGDLPEAGTT RTFSVVAGDL VLPGSCQDPA CSDKAPGMEG TAALHGDSPA RPQQAKEQPG PERPIPAGDG KVCVSSPPEP DETHDPKLQH LAPEELHTDR ESPRPGPSML PSVPKKDAPR VMDKVTSDET RGAEGTESSP VADDIIQPAA PADLESPTLA ASSYHGDVVG QVSTDLIAQS ISPAAAHAGL PPSAAEHIVS PSAPAGDRVE ASTPSCPDPA KDLSRSSDSE EAFETPESTT PVKAPPAPPP PPPEVIPEPE VSTQPPPEEP GCGSETVPVP DGPRSDSVEG SPFRPPSHSF SAVFDEDKPI ASSGTYNLDF DNIELVDTFQ TLEPRASDAK NQEGKVNTRR KSTDSVPISK STLSRSLSLQ ASDFDGASSS GNPEAVALAP DAYSTGSSSA SSTLKRTKKP RPPSLKKKQT TKKPTETPPV KETQQEPDEE SLVPSGENLA SETKTESAKT EGPSPALLEE TPLEPAVGPK AACPLDSESA EGVVPPASGG GRVQNSPPVG RKTLPLTTAP EAGEVTPSDS GGQEDSPAKG LSVRLEFDYS EDKSSWDNQQ ENPPPTKKIG KKPVAKMPLR RPKMKKTPEK LDNTPASPPR SPAEPNDIPI AKGTYTFDID KWDDPNFNPF SSTSKMQESP KLPQQSYNFD PDTCDESVDP FKTSSKTPSS PSKSPASFEI PASAMEANGV DGDGLNKPAK KKKTPLKTDT FRVKKSPKRS PLSDPPSQDP TPAATPETPP VISAVVHATD EEKLAVTNQK WTCMTVDLEA DKQDYPQPSD LSTFVNETKF SSPTEELDYR NSYEIEYMEK IGSSLPQDDD APKKQALYLM FDTSQESPVK SSPVRMSESP TPCSGSSFEE TEALVNTAAK NQHPVPRGLA PNQESHLQVP EKSSQKELEA MGLGTPSEAI EITAPEGSFA SADALLSRLA HPVSLCGALD YLEPDLAEKN PPLFAQKLQE ELEFAIMRIE ALKLARQIAL ASRSHQDAKR EAAHPTDVSI SKTALYSRIG TTEVEKPAGL LFQQPDLDSA LQIARAEIIT KEREVSEWKD KYEESRREVM EMRKIVAEYE KTIAQMIEDE QREKSVSHQT VQQLVLEKEQ ALADLNSVEK SLADLFRRYE KMKEVLEGFR KNEEVLKRCA QEYLSRVKKE EQRYQALKVH AEEKLDRANA EIAQVRGKAQ QEQAAHQASL RKEQLRVDAL ERTLEQKNKE IEELTKICDE LIAKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.53 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999764792 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:123996976G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TACC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000358010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2632G>A cDNA.2678G>A g.248288G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A878T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2295879
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3285 / 3285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1095 / 1095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3331 / 3331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 47 / 47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2632 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2678 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 248288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 123996976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGNENSTSDN QRTLSAQTPR SAQPPGNSQN IKRKQQDTPG SPDHRDASSS PVADDIIQPA APADLESPTL AASSYHGDVV GQVSTDLIAQ RSSDSEEAFE TPESTTPVKA PPAPPPPPPE VIPEPEVSTQ PPPEEPGCGS ETVPVPDGPR SDSVEGSPFR PPSHSFSAVF DEDKPIASSG TYNLDFDNIE LVDTFQTLEP RASDAKNQEG KVNTRRKSTD SVPISKSTLS RSLSLQASDF DGASSSGNPE AVALAPDAYS TGSSSASSTL KRTKKPRPPS LKKKQTTKKP TETPPVKETQ QEPDEESLVP SGENLASETK TESAKTEGPS PALLEETPLE PAVGPKAACP LDSESAEGVV PPASGGGRVQ NSPPVGRKTL PLTTAPEAGE VTPSDSGGQE DSPAKGLSVR LEFDYSEDKS SWDNQQENPP PTKKIGKKPV AKMPLRRPKM KKTPEKLDNT PASPPRSPAE PNDIPIAKGT YTFDIDKWDD PNFNPFSSTS KMQESPKLPQ QSYNFDPDTC DESVDPFKTS SKTPSSPSKS PASFEIPASA MEANGVDGDG LNKPAKKKKT PLKTDTFRVK KSPKRSPLSD PPSQDPTPAA TPETPPVISA VVHATDEEKL AVTNQKWTCM TVDLEADKQD YPQPSDLSTF VNETKFSSPT EELDYRNSYE IEYMEKIGSS LPQDDDAPKK QALYLMFDTS QESPVKSSPV RMSESPTPCS GSSFEETEAL VNTAAKNQHP VPRGLAPNQE SHLQVPEKSS QKELEAMGLG TPSEAIEITA PEGSFASADA LLSRLAHPVS LCGALDYLEP DLAEKNPPLF AQKLQEELEF AIMRIEALKL ARQIALASRS HQDAKREAAH PTDVSISKTA LYSRIGTAEV EKPAGLLFQQ PDLDSALQIA RAEIITKERE VSEWKDKYEE SRREVMEMRK IVAEYEKTIA QMIEDEQREK SVSHQTVQQL VLEKEQALAD LNSVEKSLAD LFRRYEKMKE VLEGFRKNEE VLKRCAQEYL SRVKKEEQRY QALKVHAEEK LDRANAEIAQ VRGKAQQEQA AHQASLRKEQ LRVDALERTL EQKNKEIEEL TKICDELIAK MGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGNENSTSDN QRTLSAQTPR SAQPPGNSQN IKRKQQDTPG SPDHRDASSS PVADDIIQPA APADLESPTL AASSYHGDVV GQVSTDLIAQ RSSDSEEAFE TPESTTPVKA PPAPPPPPPE VIPEPEVSTQ PPPEEPGCGS ETVPVPDGPR SDSVEGSPFR PPSHSFSAVF DEDKPIASSG TYNLDFDNIE LVDTFQTLEP RASDAKNQEG KVNTRRKSTD SVPISKSTLS RSLSLQASDF DGASSSGNPE AVALAPDAYS TGSSSASSTL KRTKKPRPPS LKKKQTTKKP TETPPVKETQ QEPDEESLVP SGENLASETK TESAKTEGPS PALLEETPLE PAVGPKAACP LDSESAEGVV PPASGGGRVQ NSPPVGRKTL PLTTAPEAGE VTPSDSGGQE DSPAKGLSVR LEFDYSEDKS SWDNQQENPP PTKKIGKKPV AKMPLRRPKM KKTPEKLDNT PASPPRSPAE PNDIPIAKGT YTFDIDKWDD PNFNPFSSTS KMQESPKLPQ QSYNFDPDTC DESVDPFKTS SKTPSSPSKS PASFEIPASA MEANGVDGDG LNKPAKKKKT PLKTDTFRVK KSPKRSPLSD PPSQDPTPAA TPETPPVISA VVHATDEEKL AVTNQKWTCM TVDLEADKQD YPQPSDLSTF VNETKFSSPT EELDYRNSYE IEYMEKIGSS LPQDDDAPKK QALYLMFDTS QESPVKSSPV RMSESPTPCS GSSFEETEAL VNTAAKNQHP VPRGLAPNQE SHLQVPEKSS QKELEAMGLG TPSEAIEITA PEGSFASADA LLSRLAHPVS LCGALDYLEP DLAEKNPPLF AQKLQEELEF AIMRIEALKL ARQIALASRS HQDAKREAAH PTDVSISKTA LYSRIGTTEV EKPAGLLFQQ PDLDSALQIA RAEIITKERE VSEWKDKYEE SRREVMEMRK IVAEYEKTIA QMIEDEQREK SVSHQTVQQL VLEKEQALAD LNSVEKSLAD LFRRYEKMKE VLEGFRKNEE VLKRCAQEYL SRVKKEEQRY QALKVHAEEK LDRANAEIAQ VRGKAQQEQA AHQASLRKEQ LRVDALERTL EQKNKEIEEL TKICDELIAK MGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.34 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999112341 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:123996976G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TACC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000368999 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2464G>A cDNA.2799G>A g.248288G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A822T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 822 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2295879
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3117 / 3117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1039 / 1039 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3452 / 3452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 336 / 336 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3387 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 248288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 123996976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGGSQSLQPA PASDLNLEAS EAMSSDSEEA FETPESTTPV KAPPAPPPPP PEVIPEPEVS TQPPPEEPGC GSETVPVPDG PRSDSVEGSP FRPPSHSFSA VFDEDKPIAS SGTYNLDFDN IELVDTFQTL EPRASDAKNQ EGKVNTRRKS TDSVPISKST LSRSLSLQAS DFDGASSSGN PEAVALAPDA YSTGSSSASS TLKRTKKPRP PSLKKKQTTK KPTETPPVKE TQQEPDEESL VPSGENLASE TKTESAKTEG PSPALLEETP LEPAVGPKAA CPLDSESAEG VVPPASGGGR VQNSPPVGRK TLPLTTAPEA GEVTPSDSGG QEDSPAKGLS VRLEFDYSED KSSWDNQQEN PPPTKKIGKK PVAKMPLRRP KMKKTPEKLD NTPASPPRSP AEPNDIPIAK GTYTFDIDKW DDPNFNPFSS TSKMQESPKL PQQSYNFDPD TCDESVDPFK TSSKTPSSPS KSPASFEIPA SAMEANGVDG DGLNKPAKKK KTPLKTMVED VMSVCSLFDT FRVKKSPKRS PLSDPPSQDP TPAATPETPP VISAVVHATD EEKLAVTNQK WTCMTVDLEA DKQDYPQPSD LSTFVNETKF SSPTEELDYR NSYEIEYMEK IGSSLPQDDD APKKQALYLM FDTSQESPVK SSPVRMSESP TPCSGSSFEE TEALVNTAAK NQHPVPRGLA PNQESHLQVP EKSSQKELEA MGLGTPSEAI EITAPEGSFA SADALLSRLA HPVSLCGALD YLEPDLAEKN PPLFAQKLQE ELEFAIMRIE ALKLARQIAL ASRSHQDAKR EAAHPTDVSI SKTALYSRIG TAEVEKPAGL LFQQPDLDSA LQIARAEIIT KEREVSEWKD KYEESRREVM EMRKIVAEYE KTIAQMIEDE QREKSVSHQT VQQLVLEKEQ ALADLNSVEK SLADLFRRYE KMKEVLEGFR KNEEVLKRCA QEYLSRVKKE EQRYQALKVH AEEKLDRANA EIAQVRGKAQ QEQAAHQASL RKEQLRVDAL ERTLEQKNKE IEELTKICDE LIAKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGGSQSLQPA PASDLNLEAS EAMSSDSEEA FETPESTTPV KAPPAPPPPP PEVIPEPEVS TQPPPEEPGC GSETVPVPDG PRSDSVEGSP FRPPSHSFSA VFDEDKPIAS SGTYNLDFDN IELVDTFQTL EPRASDAKNQ EGKVNTRRKS TDSVPISKST LSRSLSLQAS DFDGASSSGN PEAVALAPDA YSTGSSSASS TLKRTKKPRP PSLKKKQTTK KPTETPPVKE TQQEPDEESL VPSGENLASE TKTESAKTEG PSPALLEETP LEPAVGPKAA CPLDSESAEG VVPPASGGGR VQNSPPVGRK TLPLTTAPEA GEVTPSDSGG QEDSPAKGLS VRLEFDYSED KSSWDNQQEN PPPTKKIGKK PVAKMPLRRP KMKKTPEKLD NTPASPPRSP AEPNDIPIAK GTYTFDIDKW DDPNFNPFSS TSKMQESPKL PQQSYNFDPD TCDESVDPFK TSSKTPSSPS KSPASFEIPA SAMEANGVDG DGLNKPAKKK KTPLKTMVED VMSVCSLFDT FRVKKSPKRS PLSDPPSQDP TPAATPETPP VISAVVHATD EEKLAVTNQK WTCMTVDLEA DKQDYPQPSD LSTFVNETKF SSPTEELDYR NSYEIEYMEK IGSSLPQDDD APKKQALYLM FDTSQESPVK SSPVRMSESP TPCSGSSFEE TEALVNTAAK NQHPVPRGLA PNQESHLQVP EKSSQKELEA MGLGTPSEAI EITAPEGSFA SADALLSRLA HPVSLCGALD YLEPDLAEKN PPLFAQKLQE ELEFAIMRIE ALKLARQIAL ASRSHQDAKR EAAHPTDVSI SKTALYSRIG TTEVEKPAGL LFQQPDLDSA LQIARAEIIT KEREVSEWKD KYEESRREVM EMRKIVAEYE KTIAQMIEDE QREKSVSHQT VQQLVLEKEQ ALADLNSVEK SLADLFRRYE KMKEVLEGFR KNEEVLKRCA QEYLSRVKKE EQRYQALKVH AEEKLDRANA EIAQVRGKAQ QEQAAHQASL RKEQLRVDAL ERTLEQKNKE IEELTKICDE LIAKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.38 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999112341 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:123996976G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TACC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000260733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_006997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2428G>A cDNA.2509G>A g.248288G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A810T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 810 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2295879
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3081 / 3081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1027 / 1027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3162 / 3162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 82 / 82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3097 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 248288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 123996976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCGCTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGTACTCCCGCATCGGGACCACTGAGGTGGAGAAACCTGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGGSQSLQPA PASDLNLEAS EAMSSDSEEA FETPESTTPV KAPPAPPPPP PEVIPEPEVS TQPPPEEPGC GSETVPVPDG PRSDSVEGSP FRPPSHSFSA VFDEDKPIAS SGTYNLDFDN IELVDTFQTL EPRASDAKNQ EGKVNTRRKS TDSVPISKST LSRSLSLQAS DFDGASSSGN PEAVALAPDA YSTGSSSASS TLKRTKKPRP PSLKKKQTTK KPTETPPVKE TQQEPDEESL VPSGENLASE TKTESAKTEG PSPALLEETP LEPAVGPKAA CPLDSESAEG VVPPASGGGR VQNSPPVGRK TLPLTTAPEA GEVTPSDSGG QEDSPAKGLS VRLEFDYSED KSSWDNQQEN PPPTKKIGKK PVAKMPLRRP KMKKTPEKLD NTPASPPRSP AEPNDIPIAK GTYTFDIDKW DDPNFNPFSS TSKMQESPKL PQQSYNFDPD TCDESVDPFK TSSKTPSSPS KSPASFEIPA SAMEANGVDG DGLNKPAKKK KTPLKTDTFR VKKSPKRSPL SDPPSQDPTP AATPETPPVI SAVVHATDEE KLAVTNQKWT CMTVDLEADK QDYPQPSDLS TFVNETKFSS PTEELDYRNS YEIEYMEKIG SSLPQDDDAP KKQALYLMFD TSQESPVKSS PVRMSESPTP CSGSSFEETE ALVNTAAKNQ HPVPRGLAPN QESHLQVPEK SSQKELEAMG LGTPSEAIEI TAPEGSFASA DALLSRLAHP VSLCGALDYL EPDLAEKNPP LFAQKLQEEL EFAIMRIEAL KLARQIALAS RSHQDAKREA AHPTDVSISK TALYSRIGTA EVEKPAGLLF QQPDLDSALQ IARAEIITKE REVSEWKDKY EESRREVMEM RKIVAEYEKT IAQMIEDEQR EKSVSHQTVQ QLVLEKEQAL ADLNSVEKSL ADLFRRYEKM KEVLEGFRKN EEVLKRCAQE YLSRVKKEEQ RYQALKVHAE EKLDRANAEI AQVRGKAQQE QAAHQASLRK EQLRVDALER TLEQKNKEIE ELTKICDELI AKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGGSQSLQPA PASDLNLEAS EAMSSDSEEA FETPESTTPV KAPPAPPPPP PEVIPEPEVS TQPPPEEPGC GSETVPVPDG PRSDSVEGSP FRPPSHSFSA VFDEDKPIAS SGTYNLDFDN IELVDTFQTL EPRASDAKNQ EGKVNTRRKS TDSVPISKST LSRSLSLQAS DFDGASSSGN PEAVALAPDA YSTGSSSASS TLKRTKKPRP PSLKKKQTTK KPTETPPVKE TQQEPDEESL VPSGENLASE TKTESAKTEG PSPALLEETP LEPAVGPKAA CPLDSESAEG VVPPASGGGR VQNSPPVGRK TLPLTTAPEA GEVTPSDSGG QEDSPAKGLS VRLEFDYSED KSSWDNQQEN PPPTKKIGKK PVAKMPLRRP KMKKTPEKLD NTPASPPRSP AEPNDIPIAK GTYTFDIDKW DDPNFNPFSS TSKMQESPKL PQQSYNFDPD TCDESVDPFK TSSKTPSSPS KSPASFEIPA SAMEANGVDG DGLNKPAKKK KTPLKTDTFR VKKSPKRSPL SDPPSQDPTP AATPETPPVI SAVVHATDEE KLAVTNQKWT CMTVDLEADK QDYPQPSDLS TFVNETKFSS PTEELDYRNS YEIEYMEKIG SSLPQDDDAP KKQALYLMFD TSQESPVKSS PVRMSESPTP CSGSSFEETE ALVNTAAKNQ HPVPRGLAPN QESHLQVPEK SSQKELEAMG LGTPSEAIEI TAPEGSFASA DALLSRLAHP VSLCGALDYL EPDLAEKNPP LFAQKLQEEL EFAIMRIEAL KLARQIALAS RSHQDAKREA AHPTDVSISK TALYSRIGTT EVEKPAGLLF QQPDLDSALQ IARAEIITKE REVSEWKDKY EESRREVMEM RKIVAEYEKT IAQMIEDEQR EKSVSHQTVQ QLVLEKEQAL ADLNSVEKSL ADLFRRYEKM KEVLEGFRKN EEVLKRCAQE YLSRVKKEEQ RYQALKVHAE EKLDRANAEI AQVRGKAQQE QAAHQASLRK EQLRVDALER TLEQKNKEIE ELTKICDELI AKMGKS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.50 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||