MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
DMBT1 | polymorphism_automatic | 1.00031094518727e-13 | simple_aae | S54L | single base exchange | rs3013236 | show file | ||||
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mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.9999999999999 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000338354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.267C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7242 / 7242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2414 / 2414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7348 / 7348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 107 / 107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.18 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.9999999999999 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000368915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.267C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7629 / 7629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2543 / 2543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7735 / 7735 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 107 / 107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 7302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSHAST AGSESSLALR LVNGGDRCQG RVEVLYRGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWATSAPG NARFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA SQSQPTPSPD TWPTSRASTA GSESTLALRL VNGGDRCRGR VEVLYQGSWG TVCDDYWDTN DANVVCRQLG CGWAMSAPGN AQFGQGSGPI VLDDVRCSGH ESYLWSCPHN GWLSHNCGHH EDAGVICSAA QSQSTPRPDT WLTTNLPALT VGSESSLALR LVNGGDRCRG RVEVLYRGSW GTVCDDSWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NARFGQGSGP IVLDDVRCSG NESYLWSCPH KGWLTHNCGH HEDAGVICSA TQINSTTTDW WHPTTTTTAR PSSNCGGFLF YASGTFSSPS YPAYYPNNAK CVWEIEVNSG YRINLGFSNL KLEAHHNCSF DYVEIFDGSL NSSLLLGKIC NDTRQIFTSS YNRMTIHFRS DISFQNTGFL AWYNSFPSDA TLRLVNLNSS YGLCAGRVEI YHGGTWGTVC DDSWTIQEAE VVCRQLGCGR AVSALGNAYF GSGSGPITLD DVECSGTEST LWQCRNRGWF SHNCNHREDA GVICSGNHLS TPAPFLNITR PNTDYSCGGF LSQPSGDFSS PFYPGNYPNN AKCVWDIEVQ NNYRVTVIFR DVQLEGGCNY DYIEVFDGPY RSSPLIARVC DGARGSFTSS SNFMSIRFIS DHSITRRGFR AEYYSSPSND STNLLCLPNH MQASVSRSYL QSLGFSASDL VISTWNGYYE CRPQITPNLV IFTIPYSGCG TFKQADNDTI DYSNFLTAAV SGGIIKRRTD LRIHVSCRML QNTWVDTMYI ANDTIHVANN TIQVEEVQYG NFDVNISFYT SSSFLYPVTS RPYYVDLNQD LYVQAEILHS DAVLTLFVDT CVASPYSNDF TSLTYDLIRS GCVRDDTYGP YSSPSLRIAR FRFRAFHFLN RFPSVYLRCK MVVCRAYDPS SRCYRGCVLR SKRDVGSYQE KVDVVLGPIQ LQTPPRREEE PR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSHAST AGSESSLALR LVNGGDRCQG RVEVLYRGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWATSAPG NARFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA SQSQPTPSPD TWPTSRASTA GSESTLALRL VNGGDRCRGR VEVLYQGSWG TVCDDYWDTN DANVVCRQLG CGWAMSAPGN AQFGQGSGPI VLDDVRCSGH ESYLWSCPHN GWLSHNCGHH EDAGVICSAA QSQSTPRPDT WLTTNLPALT VGSESSLALR LVNGGDRCRG RVEVLYRGSW GTVCDDSWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NARFGQGSGP IVLDDVRCSG NESYLWSCPH KGWLTHNCGH HEDAGVICSA TQINSTTTDW WHPTTTTTAR PSSNCGGFLF YASGTFSSPS YPAYYPNNAK CVWEIEVNSG YRINLGFSNL KLEAHHNCSF DYVEIFDGSL NSSLLLGKIC NDTRQIFTSS YNRMTIHFRS DISFQNTGFL AWYNSFPSDA TLRLVNLNSS YGLCAGRVEI YHGGTWGTVC DDSWTIQEAE VVCRQLGCGR AVSALGNAYF GSGSGPITLD DVECSGTEST LWQCRNRGWF SHNCNHREDA GVICSGNHLS TPAPFLNITR PNTDYSCGGF LSQPSGDFSS PFYPGNYPNN AKCVWDIEVQ NNYRVTVIFR DVQLEGGCNY DYIEVFDGPY RSSPLIARVC DGARGSFTSS SNFMSIRFIS DHSITRRGFR AEYYSSPSND STNLLCLPNH MQASVSRSYL QSLGFSASDL VISTWNGYYE CRPQITPNLV IFTIPYSGCG TFKQADNDTI DYSNFLTAAV SGGIIKRRTD LRIHVSCRML QNTWVDTMYI ANDTIHVANN TIQVEEVQYG NFDVNISFYT SSSFLYPVTS RPYYVDLNQD LYVQAEILHS DAVLTLFVDT CVASPYSNDF TSLTYDLIRS GCVRDDTYGP YSSPSLRIAR FRFRAFHFLN RFPSVYLRCK MVVCRAYDPS SRCYRGCVLR SKRDVGSYQE KVDVVLGPIQ LQTPPRREEE PR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.17 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.9999999999999 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000341278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.267C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7242 / 7242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2414 / 2414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7348 / 7348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 107 / 107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Ensembl transcript ID | ENST00000368953 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DNA changes | c.161C>T cDNA.267C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7242 / 7242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2414 / 2414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7348 / 7348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 107 / 107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.15 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.9999999999999 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000339871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.267C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7242 / 7242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2414 / 2414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7348 / 7348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 107 / 107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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speed | 0.15 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.9999999999999 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000368942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.267C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7239 / 7239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2413 / 2413 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7345 / 7345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 107 / 107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7069 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNNYSCGGF LSQPSGDFSS PFYPGNYPNN AKCVWDIEVQ NNYRVTVIFR DVQLEGGCNY DYIEVFDGPY RSSPLIARVC DGARGSFTSS SNFMSIRFIS DHSITRRGFR AEYYSSPSND STNLLCLPNH MQASVSRSYL QSLGFSASDL VISTWNGYYE CRPQITPNLV IFTIPYSGCG TFKQADNDTI DYSNFLTAAV SGGIIKRRTD LRIHVSCRML QNTWVDTMYI ANDTIHVANN TIQVEEVQYG NFDVNISFYT SSSFLYPVTS RPYYVDLNQD LYVQAEILHS DAVLTLFVDT CVASPYSNDF TSLTYDLIRS GCVRDDTYGP YSSPSLRIAR FRFRAFHFLN RFPSVYLRCK MVVCRAYDPS SRCYRGCVLR SKRDVGSYQE KVDVVLGPIQ LQTPPRREEE PR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNNYSCGGF LSQPSGDFSS PFYPGNYPNN AKCVWDIEVQ NNYRVTVIFR DVQLEGGCNY DYIEVFDGPY RSSPLIARVC DGARGSFTSS SNFMSIRFIS DHSITRRGFR AEYYSSPSND STNLLCLPNH MQASVSRSYL QSLGFSASDL VISTWNGYYE CRPQITPNLV IFTIPYSGCG TFKQADNDTI DYSNFLTAAV SGGIIKRRTD LRIHVSCRML QNTWVDTMYI ANDTIHVANN TIQVEEVQYG NFDVNISFYT SSSFLYPVTS RPYYVDLNQD LYVQAEILHS DAVLTLFVDT CVASPYSNDF TSLTYDLIRS GCVRDDTYGP YSSPSLRIAR FRFRAFHFLN RFPSVYLRCK MVVCRAYDPS SRCYRGCVLR SKRDVGSYQE KVDVVLGPIQ LQTPPRREEE PR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.15 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.9999999999999 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000327438 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.267C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5358 / 5358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1786 / 1786 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5464 / 5464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 107 / 107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5031 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YQGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSASQSRP TPSPDTWPTS HASTAGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD YWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSASQSQPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSRA STAGSESTLA LRLVNGGDRC RGRVEVLYQG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWAMSA PGNAQFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SAAQSQSTPR PDTWLTTNLP ALTVGSESSL ALRLVNGGDR CRGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGNESYLWS CPHKGWLTHN CGHHEDAGVI CSATQINSTT TDWWHPTTTT TARPSSNCGG FLFYASGTFS SPSYPAYYPN NAKCVWEIEV NSGYRINLGF SNLKLEAHHN CSFDYVEIFD GSLNSSLLLG KICNDTRQIF TSSYNRMTIH FRSDISFQNT GFLAWYNSFP SDATLRLVNL NSSYGLCAGR VEIYHGGTWG TVCDDSWTIQ EAEVVCRQLG CGRAVSALGN AYFGSGSGPI TLDDVECSGT ESTLWQCRNR GWFSHNCNHR EDAGVICSGN HLSTPAPFLN ITRPNTDYSC GGFLSQPSGD FSSPFYPGNY PNNAKCVWDI EVQNNYRVTV IFRDVQLEGG CNYDYIEVFD GPYRSSPLIA RVCDGARGSF TSSSNFMSIR FISDHSITRR GFRAEYYSSP SNDSTNLLCL PNHMQASVSR SYLQSLGFSA SDLVISTWNG YYECRPQITP NLVIFTIPYS GCGTFKQADN DTIDYSNFLT AAVSGGIIKR RTDLRIHVSC RMLQNTWVDT MYIANDTIHV ANNTIQVEEV QYGNFDVNIS FYTSSSFLYP VTSRPYYVDL NQDLYVQAEI LHSDAVLTLF VDTCVASPYS NDFTSLTYDL IRSGCVRDDT YGPYSSPSLR IARFRFRAFH FLNRFPSVYL RCKMVVCRAY DPSSRCYRGC VLRSKRDVGS YQEKVDVVLG PIQLQTPPRR EEEPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YQGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSASQSRP TPSPDTWPTS HASTAGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD YWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSASQSQPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSRA STAGSESTLA LRLVNGGDRC RGRVEVLYQG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWAMSA PGNAQFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SAAQSQSTPR PDTWLTTNLP ALTVGSESSL ALRLVNGGDR CRGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGNESYLWS CPHKGWLTHN CGHHEDAGVI CSATQINSTT TDWWHPTTTT TARPSSNCGG FLFYASGTFS SPSYPAYYPN NAKCVWEIEV NSGYRINLGF SNLKLEAHHN CSFDYVEIFD GSLNSSLLLG KICNDTRQIF TSSYNRMTIH FRSDISFQNT GFLAWYNSFP SDATLRLVNL NSSYGLCAGR VEIYHGGTWG TVCDDSWTIQ EAEVVCRQLG CGRAVSALGN AYFGSGSGPI TLDDVECSGT ESTLWQCRNR GWFSHNCNHR EDAGVICSGN HLSTPAPFLN ITRPNTDYSC GGFLSQPSGD FSSPFYPGNY PNNAKCVWDI EVQNNYRVTV IFRDVQLEGG CNYDYIEVFD GPYRSSPLIA RVCDGARGSF TSSSNFMSIR FISDHSITRR GFRAEYYSSP SNDSTNLLCL PNHMQASVSR SYLQSLGFSA SDLVISTWNG YYECRPQITP NLVIFTIPYS GCGTFKQADN DTIDYSNFLT AAVSGGIIKR RTDLRIHVSC RMLQNTWVDT MYIANDTIHV ANNTIQVEEV QYGNFDVNIS FYTSSSFLYP VTSRPYYVDL NQDLYVQAEI LHSDAVLTLF VDTCVASPYS NDFTSLTYDL IRSGCVRDDT YGPYSSPSLR IARFRFRAFH FLNRFPSVYL RCKMVVCRAY DPSSRCYRGC VLRSKRDVGS YQEKVDVVLG PIQLQTPPRR EEEPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.12 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.9999999999999 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000344338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.267C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7212 / 7212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2404 / 2404 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7318 / 7318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 107 / 107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7042 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.13 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.9999999999999 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000339712 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.267C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5358 / 5358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1786 / 1786 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5464 / 5464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 107 / 107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5031 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YQGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSASQSRP TPSPDTWPTS HASTAGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD YWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSASQSQPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSRA STAGSESTLA LRLVNGGDRC RGRVEVLYQG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWAMSA PGNAQFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SAAQSQSTPR PDTWLTTNLP ALTVGSESSL ALRLVNGGDR CRGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGNESYLWS CPHKGWLTHN CGHHEDAGVI CSATQINSTT TDWWHPTTTT TARPSSNCGG FLFYASGTFS SPSYPAYYPN NAKCVWEIEV NSGYRINLGF SNLKLEAHHN CSFDYVEIFD GSLNSSLLLG KICNDTRQIF TSSYNRMTIH FRSDISFQNT GFLAWYNSFP SDATLRLVNL NSSYGLCAGR VEIYHGGTWG TVCDDSWTIQ EAEVVCRQLG CGRAVSALGN AYFGSGSGPI TLDDVECSGT ESTLWQCRNR GWFSHNCNHR EDAGVICSGN HLSTPAPFLN ITRPNTDYSC GGFLSQPSGD FSSPFYPGNY PNNAKCVWDI EVQNNYRVTV IFRDVQLEGG CNYDYIEVFD GPYRSSPLIA RVCDGARGSF TSSSNFMSIR FISDHSITRR GFRAEYYSSP SNDSTNLLCL PNHMQASVSR SYLQSLGFSA SDLVISTWNG YYECRPQITP NLVIFTIPYS GCGTFKQADN DTIDYSNFLT AAVSGGIIKR RTDLRIHVSC RMLQNTWVDT MYIANDTIHV ANNTIQVEEV QYGNFDVNIS FYTSSSFLYP VTSRPYYVDL NQDLYVQAEI LHSDAVLTLF VDTCVASPYS NDFTSLTYDL IRSGCVRDDT YGPYSSPSLR IARFRFRAFH FLNRFPSVYL RCKMVVCRAY DPSSRCYRGC VLRSKRDVGS YQEKVDVVLG PIQLQTPPRR EEEPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YQGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSASQSRP TPSPDTWPTS HASTAGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD YWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSASQSQPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSRA STAGSESTLA LRLVNGGDRC RGRVEVLYQG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWAMSA PGNAQFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SAAQSQSTPR PDTWLTTNLP ALTVGSESSL ALRLVNGGDR CRGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGNESYLWS CPHKGWLTHN CGHHEDAGVI CSATQINSTT TDWWHPTTTT TARPSSNCGG FLFYASGTFS SPSYPAYYPN NAKCVWEIEV NSGYRINLGF SNLKLEAHHN CSFDYVEIFD GSLNSSLLLG KICNDTRQIF TSSYNRMTIH FRSDISFQNT GFLAWYNSFP SDATLRLVNL NSSYGLCAGR VEIYHGGTWG TVCDDSWTIQ EAEVVCRQLG CGRAVSALGN AYFGSGSGPI TLDDVECSGT ESTLWQCRNR GWFSHNCNHR EDAGVICSGN HLSTPAPFLN ITRPNTDYSC GGFLSQPSGD FSSPFYPGNY PNNAKCVWDI EVQNNYRVTV IFRDVQLEGG CNYDYIEVFD GPYRSSPLIA RVCDGARGSF TSSSNFMSIR FISDHSITRR GFRAEYYSSP SNDSTNLLCL PNHMQASVSR SYLQSLGFSA SDLVISTWNG YYECRPQITP NLVIFTIPYS GCGTFKQADN DTIDYSNFLT AAVSGGIIKR RTDLRIHVSC RMLQNTWVDT MYIANDTIHV ANNTIQVEEV QYGNFDVNIS FYTSSSFLYP VTSRPYYVDL NQDLYVQAEI LHSDAVLTLF VDTCVASPYS NDFTSLTYDL IRSGCVRDDT YGPYSSPSLR IARFRFRAFH FLNRFPSVYL RCKMVVCRAY DPSSRCYRGC VLRSKRDVGS YQEKVDVVLG PIQLQTPPRR EEEPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.13 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.9999999999999 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000330163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.267C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5358 / 5358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1786 / 1786 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5464 / 5464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 107 / 107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5031 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YQGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSASQSRP TPSPDTWPTS HASTAGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD YWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSASQSQPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSRA STAGSESTLA LRLVNGGDRC RGRVEVLYQG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWAMSA PGNAQFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SAAQSQSTPR PDTWLTTNLP ALTVGSESSL ALRLVNGGDR CRGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGNESYLWS CPHKGWLTHN CGHHEDAGVI CSATQINSTT TDWWHPTTTT TARPSSNCGG FLFYASGTFS SPSYPAYYPN NAKCVWEIEV NSGYRINLGF SNLKLEAHHN CSFDYVEIFD GSLNSSLLLG KICNDTRQIF TSSYNRMTIH FRSDISFQNT GFLAWYNSFP SDATLRLVNL NSSYGLCAGR VEIYHGGTWG TVCDDSWTIQ EAEVVCRQLG CGRAVSALGN AYFGSGSGPI TLDDVECSGT ESTLWQCRNR GWFSHNCNHR EDAGVICSGN HLSTPAPFLN ITRPNTDYSC GGFLSQPSGD FSSPFYPGNY PNNAKCVWDI EVQNNYRVTV IFRDVQLEGG CNYDYIEVFD GPYRSSPLIA RVCDGARGSF TSSSNFMSIR FISDHSITRR GFRAEYYSSP SNDSTNLLCL PNHMQASVSR SYLQSLGFSA SDLVISTWNG YYECRPQITP NLVIFTIPYS GCGTFKQADN DTIDYSNFLT AAVSGGIIKR RTDLRIHVSC RMLQNTWVDT MYIANDTIHV ANNTIQVEEV QYGNFDVNIS FYTSSSFLYP VTSRPYYVDL NQDLYVQAEI LHSDAVLTLF VDTCVASPYS NDFTSLTYDL IRSGCVRDDT YGPYSSPSLR IARFRFRAFH FLNRFPSVYL RCKMVVCRAY DPSSRCYRGC VLRSKRDVGS YQEKVDVVLG PIQLQTPPRR EEEPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YQGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSASQSRP TPSPDTWPTS HASTAGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD YWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSASQSQPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSRA STAGSESTLA LRLVNGGDRC RGRVEVLYQG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWAMSA PGNAQFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SAAQSQSTPR PDTWLTTNLP ALTVGSESSL ALRLVNGGDR CRGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGNESYLWS CPHKGWLTHN CGHHEDAGVI CSATQINSTT TDWWHPTTTT TARPSSNCGG FLFYASGTFS SPSYPAYYPN NAKCVWEIEV NSGYRINLGF SNLKLEAHHN CSFDYVEIFD GSLNSSLLLG KICNDTRQIF TSSYNRMTIH FRSDISFQNT GFLAWYNSFP SDATLRLVNL NSSYGLCAGR VEIYHGGTWG TVCDDSWTIQ EAEVVCRQLG CGRAVSALGN AYFGSGSGPI TLDDVECSGT ESTLWQCRNR GWFSHNCNHR EDAGVICSGN HLSTPAPFLN ITRPNTDYSC GGFLSQPSGD FSSPFYPGNY PNNAKCVWDI EVQNNYRVTV IFRDVQLEGG CNYDYIEVFD GPYRSSPLIA RVCDGARGSF TSSSNFMSIR FISDHSITRR GFRAEYYSSP SNDSTNLLCL PNHMQASVSR SYLQSLGFSA SDLVISTWNG YYECRPQITP NLVIFTIPYS GCGTFKQADN DTIDYSNFLT AAVSGGIIKR RTDLRIHVSC RMLQNTWVDT MYIANDTIHV ANNTIQVEEV QYGNFDVNIS FYTSSSFLYP VTSRPYYVDL NQDLYVQAEI LHSDAVLTLF VDTCVASPYS NDFTSLTYDL IRSGCVRDDT YGPYSSPSLR IARFRFRAFH FLNRFPSVYL RCKMVVCRAY DPSSRCYRGC VLRSKRDVGS YQEKVDVVLG PIQLQTPPRR EEEPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.14 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.9999999999999 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000368909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_007329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.267C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7242 / 7242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2414 / 2414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7348 / 7348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 107 / 107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.18 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.9999999999999 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000368955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_017579 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.267C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7212 / 7212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2404 / 2404 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7318 / 7318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 107 / 107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7042 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YRGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MLAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGNESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPNNGWLSHN CGHHEDAGVI CSAAQSRSTP RPDTLSTITL PPSTVGSESS LTLRLVNGSD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSVSQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGPESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTSDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGYESYLWS CPHNGWLSHN CQHSEDAGVI CSAAHSWSTP SPDTLPTITL PASTVGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY QGSWGTVCDD SWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHSEDAGV ICSASQSRPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSHAS TAGSESSLAL RLVNGGDRCQ GRVEVLYRGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWATSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ASQSQPTPSP DTWPTSRAST AGSESTLALR LVNGGDRCRG RVEVLYQGSW GTVCDDYWDT NDANVVCRQL GCGWAMSAPG NAQFGQGSGP IVLDDVRCSG HESYLWSCPH NGWLSHNCGH HEDAGVICSA AQSQSTPRPD TWLTTNLPAL TVGSESSLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYRGS WGTVCDDSWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNARFGQGSG PIVLDDVRCS GNESYLWSCP HKGWLTHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.13 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.9999999999999 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000368956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_004406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.267C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5358 / 5358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1786 / 1786 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5464 / 5464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 107 / 107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5031 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YQGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSASQSRP TPSPDTWPTS HASTAGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD YWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSASQSQPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSRA STAGSESTLA LRLVNGGDRC RGRVEVLYQG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWAMSA PGNAQFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SAAQSQSTPR PDTWLTTNLP ALTVGSESSL ALRLVNGGDR CRGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGNESYLWS CPHKGWLTHN CGHHEDAGVI CSATQINSTT TDWWHPTTTT TARPSSNCGG FLFYASGTFS SPSYPAYYPN NAKCVWEIEV NSGYRINLGF SNLKLEAHHN CSFDYVEIFD GSLNSSLLLG KICNDTRQIF TSSYNRMTIH FRSDISFQNT GFLAWYNSFP SDATLRLVNL NSSYGLCAGR VEIYHGGTWG TVCDDSWTIQ EAEVVCRQLG CGRAVSALGN AYFGSGSGPI TLDDVECSGT ESTLWQCRNR GWFSHNCNHR EDAGVICSGN HLSTPAPFLN ITRPNTDYSC GGFLSQPSGD FSSPFYPGNY PNNAKCVWDI EVQNNYRVTV IFRDVQLEGG CNYDYIEVFD GPYRSSPLIA RVCDGARGSF TSSSNFMSIR FISDHSITRR GFRAEYYSSP SNDSTNLLCL PNHMQASVSR SYLQSLGFSA SDLVISTWNG YYECRPQITP NLVIFTIPYS GCGTFKQADN DTIDYSNFLT AAVSGGIIKR RTDLRIHVSC RMLQNTWVDT MYIANDTIHV ANNTIQVEEV QYGNFDVNIS FYTSSSFLYP VTSRPYYVDL NQDLYVQAEI LHSDAVLTLF VDTCVASPYS NDFTSLTYDL IRSGCVRDDT YGPYSSPSLR IARFRFRAFH FLNRFPSVYL RCKMVVCRAY DPSSRCYRGC VLRSKRDVGS YQEKVDVVLG PIQLQTPPRR EEEPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAAQPQSTL RPESWPVRIS PPVPTEGSES SLALRLVNGG DRCRGRVEVL YRGSWGTVCD DYWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNAQFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLT HNCGHSEDAG VICSAPQSRP TPSPDTWPTS HASTAGPESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD SWDTSDANVV CRQLGCGWAT SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGYESYLW SCPHNGWLSH NCQHSEDAGV ICSAAHSWST PSPDTLPTIT LPASTVGSES SLALRLVNGG DRCQGRVEVL YQGSWGTVCD DSWDTNDANV VCRQLGCGWA MSAPGNARFG QGSGPIVLDD VRCSGHESYL WSCPHNGWLS HNCGHSEDAG VICSASQSRP TPSPDTWPTS HASTAGSESS LALRLVNGGD RCQGRVEVLY RGSWGTVCDD YWDTNDANVV CRQLGCGWAM SAPGNARFGQ GSGPIVLDDV RCSGHESYLW SCPHNGWLSH NCGHHEDAGV ICSASQSQPT PSPDTWPTSH ASTAGSESSL ALRLVNGGDR CQGRVEVLYR GSWGTVCDDY WDTNDANVVC RQLGCGWATS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHHEDAGVI CSASQSQPTP SPDTWPTSRA STAGSESTLA LRLVNGGDRC RGRVEVLYQG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWAMSA PGNAQFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SAAQSQSTPR PDTWLTTNLP ALTVGSESSL ALRLVNGGDR CRGRVEVLYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNARFGQG SGPIVLDDVR CSGNESYLWS CPHKGWLTHN CGHHEDAGVI CSATQINSTT TDWWHPTTTT TARPSSNCGG FLFYASGTFS SPSYPAYYPN NAKCVWEIEV NSGYRINLGF SNLKLEAHHN CSFDYVEIFD GSLNSSLLLG KICNDTRQIF TSSYNRMTIH FRSDISFQNT GFLAWYNSFP SDATLRLVNL NSSYGLCAGR VEIYHGGTWG TVCDDSWTIQ EAEVVCRQLG CGRAVSALGN AYFGSGSGPI TLDDVECSGT ESTLWQCRNR GWFSHNCNHR EDAGVICSGN HLSTPAPFLN ITRPNTDYSC GGFLSQPSGD FSSPFYPGNY PNNAKCVWDI EVQNNYRVTV IFRDVQLEGG CNYDYIEVFD GPYRSSPLIA RVCDGARGSF TSSSNFMSIR FISDHSITRR GFRAEYYSSP SNDSTNLLCL PNHMQASVSR SYLQSLGFSA SDLVISTWNG YYECRPQITP NLVIFTIPYS GCGTFKQADN DTIDYSNFLT AAVSGGIIKR RTDLRIHVSC RMLQNTWVDT MYIANDTIHV ANNTIQVEEV QYGNFDVNIS FYTSSSFLYP VTSRPYYVDL NQDLYVQAEI LHSDAVLTLF VDTCVASPYS NDFTSLTYDL IRSGCVRDDT YGPYSSPSLR IARFRFRAFH FLNRFPSVYL RCKMVVCRAY DPSSRCYRGC VLRSKRDVGS YQEKVDVVLG PIQLQTPPRR EEEPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.12 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999311 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000359586 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.247C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3402 / 3402 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1134 / 1134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3488 / 3488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 87 / 87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3402 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAPQSRPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSRAS TAGSESTLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYQGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNAQFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAPQSRPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSRAS TAGSESTLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYQGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNAQFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.12 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||