MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
TECTA | polymorphism_automatic | 0.000119272455666009 | simple_aae | R371G | single base exchange | rs612969 | show file | ||||
TECTA | polymorphism_automatic | 0.000119272455666009 | simple_aae | R371G | single base exchange | rs612969 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999880727544334 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr11:120989335A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TECTA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000392793 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_005422 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O75443 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1111A>G cDNA.1382A>G g.17454A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R371G Score: 125 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 371 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs612969
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6468 / 6468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2156 / 2156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6739 / 6739 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 272 / 272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6639 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1382 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 17454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 120989335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | AGGCCAAGAATGAACACCGCAGAGGTTCAGCCGTCTCCTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | AGGCCAAGAATGAACACCGCGGAGGTTCAGCCGTCTCCTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AGGCCAAGAATGAACACCGCAGAGGTTCAGCCGTCTCCTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AGGCCAAGAATGAACACCGCGGAGGTTCAGCCGTCTCCTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MNYSSFLRIW VSFIFALVQH QAQPRELMYP FWQNDTKTPK VDDGSSSEIK LAIPVFFFGV PYRTVYVNNN GVVSFNVLVS QFTPESFPLT DGRAFVAPFW ADVHNGIRGE IYYRETMEPA ILKRATKDIR KYFKDMATFS ATWVFIVTWE EVTFYGGSST TPVNTFQAVL VSDGSYTFTL FNYYEINWTT GTASGGDPLT GLGGVMAQAG FNGGNLTNFF SLPGSRTPEI VNIQETTNVN VPGRWAFKVD GKEIDPANGC TSRGQFLRRG EVFWDDLNCT VKCRCLDFNN EIYCQEASCS PYEVCEPKGK FFYCSAVETS TCVVFGEPHY HTFDGFLFHF QGSCAYLLAR QCLQTSSLPF FSVEAKNEHR RGSAVSWVKE LSVEVNGYKI LIPKGSYGRV KVNDLVTSLP VTLDLGTVKI YQSGISTAVE TDFGLLVTFD GQHYASISVP GSYINSTCGL CGNYNKNPLD DFLRPDGRPA MSVLDLGESW RVYHADWKCD SGCVDNCTQC DAATEALYFG SDYCGFLNKT DGPLWECGTV VDPTAFVHSC VYDLCSVRDN GTLLCQAIQA YALVCQALGI PIGDWRTQTG CVSTVQCPSF SHYSVCTSSC PDTCSDLTAS RNCATPCTEG CECNQGFVLS TSQCVPLHKC GCDFDGHYYT MGEFFWATAN CTVQCLCEEG GDVYCFNKTC GSGEVCAVED GYQGCFPKRE TVCLLSQNQV LHTFDGASYA FPSEFSYTLL KTCPERPEYL EIDINKKKPD AGPAWLRGLR ILVADQEVKI GGIGASEVKL NGQEVELPFF HPSGKLEIYR NKNSTTVESK GVVTVQYSDI GLLYIRLSTT YFNCTGGLCG FYNANASDEF CLPNGKCTDN LAVFLESWTT FEEICNGECG DLLKACNNDS ELLKFYRSRS RCGIINDPSN SSFLECHGVV NVTAYYRTCL FRLCQSGGNE SELCDSVARY ASACKNADVE VGPWRTYDFC PLECPENSHF EECITCTETC ETLTLGPICV DSCSEGCQCD EGYALLGSQC VTRSECGCNF EGHQLATNET FWVDLDCQIF CYCSGTDNRV HCETIPCKDD EYCMEEGGLY YCQARTDASC IVSGYGHYLT FDGFPFDFQT SCPLILCTTG SRPSSDSFPK FVVTAKNEDR DPSLALWVKQ VDVTVFGYSI VIHRAYKHTV LVNSERLYLP LKLGQGKINI FSFGFHVVVE TDFGLKVVYD WKTFLSITVP RSMQNSTYGL CGRYNGNPDD DLEMPMGLLA SSVNEFGQSW VKRDTFCQVG CGDRCPSCAK VEGFSKVQQL CSLIPNQNAA FSKCHSKVNP TFFYKNCLFD SCIDGGAVQT ACSWLQNYAS TCQTQGITVT GWRNYTSCTV TCPPNSHYES CVSVCQPRCA AIRLKSDCSH YCVEGCHCDA GYVLNGKSCI LPHSCGCYSD GKYYEPKQLF WNSDCTRRCR CFRRNVIQCD PRQCKSDEEC ALRNGVRGCF STKTSYCLAA GGGVFRTFDG AFLRFPANCA FVLSTICQKL PDISFQLIIN FDKWSAPNLT IISPVYFYIN EEQILINDRN TVKVNGTQVN VPFITGLATK IYSSEGFLVI DTSPDIQIYY NGFNVIKISI SERLQNKVCG LCGNFNGDLT DDYVTLRGKP VVSSVVLAQS WKTNGMQKRP LAPSCNELQF SQYAAMCDNV HIQKMQGDGY CLKLTDMKGF FQPCYGLLDP LPFYESCYLD GCYSHKKFQL CGSLAAYGEA CRSFGILSTE WIEKENCSGV VEDPCVGADC PNRTCELGNG RELCGCIEPP PYGNNSHDII DAEVTCKAAQ MEVSISKCKL FQLGFEREGV RINDRQCTGI EGEDFISFQI NNTKGNCGNI VQSNGTHIMY KNTLWIESAN NTGNIITRDR TINVEFSCAY ELDIKISLDS VVKPMLSVIN LTVPTQEGSF ITKMALYKNA SYKHPYRQGE VVLTTRDVLY VGVFVVGADA THLILTLNKC YATPTRDSND KLRYFIIEGG CQNLKDNTIG IEENAVSLTC RFHVTVFKFI GDYDEVHLHC AVSLCDSEKY SCKITCPHNS RIATDYTKEP KEQIISVGPI RRKRLDWCED NGGCEQICTS RVDGPLCSCV TGTLQEDGKS CRASNSSMEL QVWTLLLIMI QISLWHFVYK SGTTS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MNYSSFLRIW VSFIFALVQH QAQPRELMYP FWQNDTKTPK VDDGSSSEIK LAIPVFFFGV PYRTVYVNNN GVVSFNVLVS QFTPESFPLT DGRAFVAPFW ADVHNGIRGE IYYRETMEPA ILKRATKDIR KYFKDMATFS ATWVFIVTWE EVTFYGGSST TPVNTFQAVL VSDGSYTFTL FNYYEINWTT GTASGGDPLT GLGGVMAQAG FNGGNLTNFF SLPGSRTPEI VNIQETTNVN VPGRWAFKVD GKEIDPANGC TSRGQFLRRG EVFWDDLNCT VKCRCLDFNN EIYCQEASCS PYEVCEPKGK FFYCSAVETS TCVVFGEPHY HTFDGFLFHF QGSCAYLLAR QCLQTSSLPF FSVEAKNEHR GGSAVSWVKE LSVEVNGYKI LIPKGSYGRV KVNDLVTSLP VTLDLGTVKI YQSGISTAVE TDFGLLVTFD GQHYASISVP GSYINSTCGL CGNYNKNPLD DFLRPDGRPA MSVLDLGESW RVYHADWKCD SGCVDNCTQC DAATEALYFG SDYCGFLNKT DGPLWECGTV VDPTAFVHSC VYDLCSVRDN GTLLCQAIQA YALVCQALGI PIGDWRTQTG CVSTVQCPSF SHYSVCTSSC PDTCSDLTAS RNCATPCTEG CECNQGFVLS TSQCVPLHKC GCDFDGHYYT MGEFFWATAN CTVQCLCEEG GDVYCFNKTC GSGEVCAVED GYQGCFPKRE TVCLLSQNQV LHTFDGASYA FPSEFSYTLL KTCPERPEYL EIDINKKKPD AGPAWLRGLR ILVADQEVKI GGIGASEVKL NGQEVELPFF HPSGKLEIYR NKNSTTVESK GVVTVQYSDI GLLYIRLSTT YFNCTGGLCG FYNANASDEF CLPNGKCTDN LAVFLESWTT FEEICNGECG DLLKACNNDS ELLKFYRSRS RCGIINDPSN SSFLECHGVV NVTAYYRTCL FRLCQSGGNE SELCDSVARY ASACKNADVE VGPWRTYDFC PLECPENSHF EECITCTETC ETLTLGPICV DSCSEGCQCD EGYALLGSQC VTRSECGCNF EGHQLATNET FWVDLDCQIF CYCSGTDNRV HCETIPCKDD EYCMEEGGLY YCQARTDASC IVSGYGHYLT FDGFPFDFQT SCPLILCTTG SRPSSDSFPK FVVTAKNEDR DPSLALWVKQ VDVTVFGYSI VIHRAYKHTV LVNSERLYLP LKLGQGKINI FSFGFHVVVE TDFGLKVVYD WKTFLSITVP RSMQNSTYGL CGRYNGNPDD DLEMPMGLLA SSVNEFGQSW VKRDTFCQVG CGDRCPSCAK VEGFSKVQQL CSLIPNQNAA FSKCHSKVNP TFFYKNCLFD SCIDGGAVQT ACSWLQNYAS TCQTQGITVT GWRNYTSCTV TCPPNSHYES CVSVCQPRCA AIRLKSDCSH YCVEGCHCDA GYVLNGKSCI LPHSCGCYSD GKYYEPKQLF WNSDCTRRCR CFRRNVIQCD PRQCKSDEEC ALRNGVRGCF STKTSYCLAA GGGVFRTFDG AFLRFPANCA FVLSTICQKL PDISFQLIIN FDKWSAPNLT IISPVYFYIN EEQILINDRN TVKVNGTQVN VPFITGLATK IYSSEGFLVI DTSPDIQIYY NGFNVIKISI SERLQNKVCG LCGNFNGDLT DDYVTLRGKP VVSSVVLAQS WKTNGMQKRP LAPSCNELQF SQYAAMCDNV HIQKMQGDGY CLKLTDMKGF FQPCYGLLDP LPFYESCYLD GCYSHKKFQL CGSLAAYGEA CRSFGILSTE WIEKENCSGV VEDPCVGADC PNRTCELGNG RELCGCIEPP PYGNNSHDII DAEVTCKAAQ MEVSISKCKL FQLGFEREGV RINDRQCTGI EGEDFISFQI NNTKGNCGNI VQSNGTHIMY KNTLWIESAN NTGNIITRDR TINVEFSCAY ELDIKISLDS VVKPMLSVIN LTVPTQEGSF ITKMALYKNA SYKHPYRQGE VVLTTRDVLY VGVFVVGADA THLILTLNKC YATPTRDSND KLRYFIIEGG CQNLKDNTIG IEENAVSLTC RFHVTVFKFI GDYDEVHLHC AVSLCDSEKY SCKITCPHNS RIATDYTKEP KEQIISVGPI RRKRLDWCED NGGCEQICTS RVDGPLCSCV TGTLQEDGKS CRASNSSMEL QVWTLLLIMI QISLWHFVYK SGTTS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.84 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999880727544334 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr11:120989335A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TECTA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000264037 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_005422 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O75443 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1111A>G cDNA.1111A>G g.17454A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R371G Score: 125 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 371 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs612969
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6468 / 6468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2156 / 2156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6468 / 6468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 120989335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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altered cDNA sequence snippet | AGGCCAAGAATGAACACCGCGGAGGTTCAGCCGTCTCCTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MNYSSFLRIW VSFIFALVQH QAQPRELMYP FWQNDTKTPK VDDGSSSEIK LAIPVFFFGV PYRTVYVNNN GVVSFNVLVS QFTPESFPLT DGRAFVAPFW ADVHNGIRGE IYYRETMEPA ILKRATKDIR KYFKDMATFS ATWVFIVTWE EVTFYGGSST TPVNTFQAVL VSDGSYTFTL FNYYEINWTT GTASGGDPLT GLGGVMAQAG FNGGNLTNFF SLPGSRTPEI VNIQETTNVN VPGRWAFKVD GKEIDPANGC TSRGQFLRRG EVFWDDLNCT VKCRCLDFNN EIYCQEASCS PYEVCEPKGK FFYCSAVETS TCVVFGEPHY HTFDGFLFHF QGSCAYLLAR QCLQTSSLPF FSVEAKNEHR RGSAVSWVKE LSVEVNGYKI LIPKGSYGRV KVNDLVTSLP VTLDLGTVKI YQSGISTAVE TDFGLLVTFD GQHYASISVP GSYINSTCGL CGNYNKNPLD DFLRPDGRPA MSVLDLGESW RVYHADWKCD SGCVDNCTQC DAATEALYFG SDYCGFLNKT DGPLWECGTV VDPTAFVHSC VYDLCSVRDN GTLLCQAIQA YALVCQALGI PIGDWRTQTG CVSTVQCPSF SHYSVCTSSC PDTCSDLTAS RNCATPCTEG CECNQGFVLS TSQCVPLHKC GCDFDGHYYT MGEFFWATAN CTVQCLCEEG GDVYCFNKTC GSGEVCAVED GYQGCFPKRE TVCLLSQNQV LHTFDGASYA FPSEFSYTLL KTCPERPEYL EIDINKKKPD AGPAWLRGLR ILVADQEVKI GGIGASEVKL NGQEVELPFF HPSGKLEIYR NKNSTTVESK GVVTVQYSDI GLLYIRLSTT YFNCTGGLCG FYNANASDEF CLPNGKCTDN LAVFLESWTT FEEICNGECG DLLKACNNDS ELLKFYRSRS RCGIINDPSN SSFLECHGVV NVTAYYRTCL FRLCQSGGNE SELCDSVARY ASACKNADVE VGPWRTYDFC PLECPENSHF EECITCTETC ETLTLGPICV DSCSEGCQCD EGYALLGSQC VTRSECGCNF EGHQLATNET FWVDLDCQIF CYCSGTDNRV HCETIPCKDD EYCMEEGGLY YCQARTDASC IVSGYGHYLT FDGFPFDFQT SCPLILCTTG SRPSSDSFPK FVVTAKNEDR DPSLALWVKQ VDVTVFGYSI VIHRAYKHTV LVNSERLYLP LKLGQGKINI FSFGFHVVVE TDFGLKVVYD WKTFLSITVP RSMQNSTYGL CGRYNGNPDD DLEMPMGLLA SSVNEFGQSW VKRDTFCQVG CGDRCPSCAK VEGFSKVQQL CSLIPNQNAA FSKCHSKVNP TFFYKNCLFD SCIDGGAVQT ACSWLQNYAS TCQTQGITVT GWRNYTSCTV TCPPNSHYES CVSVCQPRCA AIRLKSDCSH YCVEGCHCDA GYVLNGKSCI LPHSCGCYSD GKYYEPKQLF WNSDCTRRCR CFRRNVIQCD PRQCKSDEEC ALRNGVRGCF STKTSYCLAA GGGVFRTFDG AFLRFPANCA FVLSTICQKL PDISFQLIIN FDKWSAPNLT IISPVYFYIN EEQILINDRN TVKVNGTQVN VPFITGLATK IYSSEGFLVI DTSPDIQIYY NGFNVIKISI SERLQNKVCG LCGNFNGDLT DDYVTLRGKP VVSSVVLAQS WKTNGMQKRP LAPSCNELQF SQYAAMCDNV HIQKMQGDGY CLKLTDMKGF FQPCYGLLDP LPFYESCYLD GCYSHKKFQL CGSLAAYGEA CRSFGILSTE WIEKENCSGV VEDPCVGADC PNRTCELGNG RELCGCIEPP PYGNNSHDII DAEVTCKAAQ MEVSISKCKL FQLGFEREGV RINDRQCTGI EGEDFISFQI NNTKGNCGNI VQSNGTHIMY KNTLWIESAN NTGNIITRDR TINVEFSCAY ELDIKISLDS VVKPMLSVIN LTVPTQEGSF ITKMALYKNA SYKHPYRQGE VVLTTRDVLY VGVFVVGADA THLILTLNKC YATPTRDSND KLRYFIIEGG CQNLKDNTIG IEENAVSLTC RFHVTVFKFI GDYDEVHLHC AVSLCDSEKY SCKITCPHNS RIATDYTKEP KEQIISVGPI RRKRLDWCED NGGCEQICTS RVDGPLCSCV TGTLQEDGKS CRASNSSMEL QVWTLLLIMI QISLWHFVYK SGTTS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MNYSSFLRIW VSFIFALVQH QAQPRELMYP FWQNDTKTPK VDDGSSSEIK LAIPVFFFGV PYRTVYVNNN GVVSFNVLVS QFTPESFPLT DGRAFVAPFW ADVHNGIRGE IYYRETMEPA ILKRATKDIR KYFKDMATFS ATWVFIVTWE EVTFYGGSST TPVNTFQAVL VSDGSYTFTL FNYYEINWTT GTASGGDPLT GLGGVMAQAG FNGGNLTNFF SLPGSRTPEI VNIQETTNVN VPGRWAFKVD GKEIDPANGC TSRGQFLRRG EVFWDDLNCT VKCRCLDFNN EIYCQEASCS PYEVCEPKGK FFYCSAVETS TCVVFGEPHY HTFDGFLFHF QGSCAYLLAR QCLQTSSLPF FSVEAKNEHR GGSAVSWVKE LSVEVNGYKI LIPKGSYGRV KVNDLVTSLP VTLDLGTVKI YQSGISTAVE TDFGLLVTFD GQHYASISVP GSYINSTCGL CGNYNKNPLD DFLRPDGRPA MSVLDLGESW RVYHADWKCD SGCVDNCTQC DAATEALYFG SDYCGFLNKT DGPLWECGTV VDPTAFVHSC VYDLCSVRDN GTLLCQAIQA YALVCQALGI PIGDWRTQTG CVSTVQCPSF SHYSVCTSSC PDTCSDLTAS RNCATPCTEG CECNQGFVLS TSQCVPLHKC GCDFDGHYYT MGEFFWATAN CTVQCLCEEG GDVYCFNKTC GSGEVCAVED GYQGCFPKRE TVCLLSQNQV LHTFDGASYA FPSEFSYTLL KTCPERPEYL EIDINKKKPD AGPAWLRGLR ILVADQEVKI GGIGASEVKL NGQEVELPFF HPSGKLEIYR NKNSTTVESK GVVTVQYSDI GLLYIRLSTT YFNCTGGLCG FYNANASDEF CLPNGKCTDN LAVFLESWTT FEEICNGECG DLLKACNNDS ELLKFYRSRS RCGIINDPSN SSFLECHGVV NVTAYYRTCL FRLCQSGGNE SELCDSVARY ASACKNADVE VGPWRTYDFC PLECPENSHF EECITCTETC ETLTLGPICV DSCSEGCQCD EGYALLGSQC VTRSECGCNF EGHQLATNET FWVDLDCQIF CYCSGTDNRV HCETIPCKDD EYCMEEGGLY YCQARTDASC IVSGYGHYLT FDGFPFDFQT SCPLILCTTG SRPSSDSFPK FVVTAKNEDR DPSLALWVKQ VDVTVFGYSI VIHRAYKHTV LVNSERLYLP LKLGQGKINI FSFGFHVVVE TDFGLKVVYD WKTFLSITVP RSMQNSTYGL CGRYNGNPDD DLEMPMGLLA SSVNEFGQSW VKRDTFCQVG CGDRCPSCAK VEGFSKVQQL CSLIPNQNAA FSKCHSKVNP TFFYKNCLFD SCIDGGAVQT ACSWLQNYAS TCQTQGITVT GWRNYTSCTV TCPPNSHYES CVSVCQPRCA AIRLKSDCSH YCVEGCHCDA GYVLNGKSCI LPHSCGCYSD GKYYEPKQLF WNSDCTRRCR CFRRNVIQCD PRQCKSDEEC ALRNGVRGCF STKTSYCLAA GGGVFRTFDG AFLRFPANCA FVLSTICQKL PDISFQLIIN FDKWSAPNLT IISPVYFYIN EEQILINDRN TVKVNGTQVN VPFITGLATK IYSSEGFLVI DTSPDIQIYY NGFNVIKISI SERLQNKVCG LCGNFNGDLT DDYVTLRGKP VVSSVVLAQS WKTNGMQKRP LAPSCNELQF SQYAAMCDNV HIQKMQGDGY CLKLTDMKGF FQPCYGLLDP LPFYESCYLD GCYSHKKFQL CGSLAAYGEA CRSFGILSTE WIEKENCSGV VEDPCVGADC PNRTCELGNG RELCGCIEPP PYGNNSHDII DAEVTCKAAQ MEVSISKCKL FQLGFEREGV RINDRQCTGI EGEDFISFQI NNTKGNCGNI VQSNGTHIMY KNTLWIESAN NTGNIITRDR TINVEFSCAY ELDIKISLDS VVKPMLSVIN LTVPTQEGSF ITKMALYKNA SYKHPYRQGE VVLTTRDVLY VGVFVVGADA THLILTLNKC YATPTRDSND KLRYFIIEGG CQNLKDNTIG IEENAVSLTC RFHVTVFKFI GDYDEVHLHC AVSLCDSEKY SCKITCPHNS RIATDYTKEP KEQIISVGPI RRKRLDWCED NGGCEQICTS RVDGPLCSCV TGTLQEDGKS CRASNSSMEL QVWTLLLIMI QISLWHFVYK SGTTS* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.77 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||