MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
NAV2 | polymorphism_automatic | 1.64004896839876e-05 | simple_aae | affected | R45K | single base exchange | rs6483617 | show file | |||
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mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999983599510316 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr11:19854088G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NAV2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000360655 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001111018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8IVL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.134G>A cDNA.363G>A g.481818G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R45K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6483617
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7098 / 7098 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2366 / 2366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7327 / 7327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 230 / 230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7098 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 481818 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 19854088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAGGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAAGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAGGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAAGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MESVSESSQQ QKRKPVIHGL EDQKRIYTDW ANHYLAKSGH KRLIRDLQQD VTDGVLLAQI IQVVANEKIE DINGCPKNRS QMIENIDACL NFLAAKGINI QGLSAEEIRN GNLKAILGLF FSLSRYKQQQ QQPQKQHLSS PLPPAVSQVA GAPSQCQAGT PQQQVPVTPQ APCQPHQPAP HQQSKAQAEM QSRLPGPTAR VSAAGSEAKT RGGSTTANNR RSQSFNNYDK SKPVTSPPPP PSSHEKEPLA SSASSHPGMS DNAPASLESG SSSTPTNCST SSAIPQPGAA TKPWRSKSLS VKHSATVSML SVKPPGPEAP RPTPEAMKPA PNNQKSMLEK LKLFNSKGGS KAGEGPGSRD TSCERLETLP SFEESEELEA ASRMLTTVGP ASSSPKIALK GIAQRTFSRA LTNKKSSLKG NEKEKEKQQR EKDKEKSKDL AKRASVTERL DLKEEPKEDP SGAAVPEMPK KSSKIASFIP KGGKLNSAKK EPMAPSHSGI PKPGMKSMPG KSPSAPAPSK EGERSRSGKL SSGLPQQKPQ LDGRHSSSSS SLASSEGKGP GGTTLNHSIS SQTVSGSVGT TQTTGSNTVS VQLPQPQQQY NHPNTATVAP FLYRSQTDTE GNVTAESSST GVSVEPSHFT KTGQPALEEL TGEDPEARRL RTVKNIADLR QNLEETMSSL RGTQVTHSTL ETTFDTNVTT EMSGRSILSL TGRPTPLSWR LGQSSPRLQA GDAPSMGNGY PPRANASRFI NTESGRYVYS APLRRQLASR GSSVCHVDVS DKAGDEMDLE GISMDAPGYM SDGDVLSKNI RTDDITSGYM TDGGLGLYTR RLNRLPDGMA VVRETLQRNT SLGLGDADSW DDSSSVSSGI SDTIDNLSTD DINTSSSISS YANTPASSRK NLDVQTDAEK HSQVERNSLW SGDDVKKSDG GSDSGIKMEP GSKWRRNPSD VSDESDKSTS GKKNPVISQT GSWRRGMTAQ VGITMPRTKP SAPAGALKTP GTGKTDDAKV SEKGRLSPKA SQVKRSPSDA GRSSGDESKK PLPSSSRTPT ANANSFGFKK QSGSAAGLAM ITASGVTVTS RSATLGKIPK SSALVSRSAG RKSSMDGAQN QDDGYLALSS RTNLQYRSLP RPSKSNSRNG AGNRSSTSSI DSNISSKSAG LPVPKLREPS KTALGSSLPG LVNQTDKEKG ISSDNESVAS CNSVKVNPAA QPVSSPAQTS LQPGAKYPDV ASPTLRRLFG GKPTKQVPIA TAENMKNSVV ISNPHATMTQ QGNLDSPSGS GVLSSGSSSP LYSKNVDLNQ SPLASSPSSA HSAPSNSLTW GTNASSSSAV SKDGLGFQSV SSLHTSCESI DISLSSGGVP SHNSSTGLIA SSKDDSLTPF VRTNSVKTTL SESPLSSPAA SPKFCRSTLP RKQDSDPHLD RNTLPKKGLR YTPTSQLRTQ EDAKEWLRSH SAGGLQDTAA NSPFSSGSSV TSPSGTRFNF SQLASPTTVT QMSLSNPTML RTHSLSNADG QYDPYTDSRF RNSSMSLDEK SRTMSRSGSF RDGFEEVHGS SLSLVSSTSS VYSTPEEKCQ SEIRKLRREL DASQEKVSAL TTQLTANAHL VAAFEQSLGN MTIRLQSLTM TAEQKDSELN ELRKTIELLK KQNAAAQAAI NGVINTPELN CKGNGTAQSA DLRIRRQHSS DSVSSINSAT SHSSVGSNIE SDSKKKKRKN WLRSSFKQAF GKKKSPKSAS SHSDIEEMTD SSLPSSPKLP HNGSTGSTPL LRNSHSNSLI SECMDSEAET VMQLRNELRD KEMKLTDIRL EALSSAHQLD QLREAMNRMQ SEIEKLKAEN DRLKSESQGS GCSRAPSQVS ISASPRQSMG LSQHSLNLTE STSLDMLLDD TGECSARKEG GRHVKIVVSF QEEMKWKEDS RPHLFLIGCI GVSGKTKWDV LDGVVRRLFK EYIIHVDPVS QLGLNSDSVL GYSIGEIKRS NTSETPELLP CGYLVGENTT ISVTVKGLAE NSLDSLVFES LIPKPILQRY VSLLIEHRRI ILSGPSGTGK TYLANRLSEY IVLREGRELT DGVIATFNVD HKSSKELRQY LSNLADQCNS ENNAVDMPLV IILDNLHHVS SLGEIFNGLL NCKYHKCPYI IGTMNQATSS TPNLQLHHNF RWVLCANHTE PVKGFLGRFL RRKLMETEIS GRVRNMELVK IIDWIPKVWH HLNRFLEAHS SSDVTIGPRL FLSCPIDVDG SRVWFTDLWN YSIIPYLLEA VREGLQLYGR RAPWEDPAKW VMDTYPWAAS PQQHEWPPLL QLRPEDVGFD GYSMPREGST SKQMPPSDAE GDPLMNMLMR LQEAANYSSP QSYDSDSNSN SHHDDILDSS LESTL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MESVSESSQQ QKRKPVIHGL EDQKRIYTDW ANHYLAKSGH KRLIKDLQQD VTDGVLLAQI IQVVANEKIE DINGCPKNRS QMIENIDACL NFLAAKGINI QGLSAEEIRN GNLKAILGLF FSLSRYKQQQ QQPQKQHLSS PLPPAVSQVA GAPSQCQAGT PQQQVPVTPQ APCQPHQPAP HQQSKAQAEM QSRLPGPTAR VSAAGSEAKT RGGSTTANNR RSQSFNNYDK SKPVTSPPPP PSSHEKEPLA SSASSHPGMS DNAPASLESG SSSTPTNCST SSAIPQPGAA TKPWRSKSLS VKHSATVSML SVKPPGPEAP RPTPEAMKPA PNNQKSMLEK LKLFNSKGGS KAGEGPGSRD TSCERLETLP SFEESEELEA ASRMLTTVGP ASSSPKIALK GIAQRTFSRA LTNKKSSLKG NEKEKEKQQR EKDKEKSKDL AKRASVTERL DLKEEPKEDP SGAAVPEMPK KSSKIASFIP KGGKLNSAKK EPMAPSHSGI PKPGMKSMPG KSPSAPAPSK EGERSRSGKL SSGLPQQKPQ LDGRHSSSSS SLASSEGKGP GGTTLNHSIS SQTVSGSVGT TQTTGSNTVS VQLPQPQQQY NHPNTATVAP FLYRSQTDTE GNVTAESSST GVSVEPSHFT KTGQPALEEL TGEDPEARRL RTVKNIADLR QNLEETMSSL RGTQVTHSTL ETTFDTNVTT EMSGRSILSL TGRPTPLSWR LGQSSPRLQA GDAPSMGNGY PPRANASRFI NTESGRYVYS APLRRQLASR GSSVCHVDVS DKAGDEMDLE GISMDAPGYM SDGDVLSKNI RTDDITSGYM TDGGLGLYTR RLNRLPDGMA VVRETLQRNT SLGLGDADSW DDSSSVSSGI SDTIDNLSTD DINTSSSISS YANTPASSRK NLDVQTDAEK HSQVERNSLW SGDDVKKSDG GSDSGIKMEP GSKWRRNPSD VSDESDKSTS GKKNPVISQT GSWRRGMTAQ VGITMPRTKP SAPAGALKTP GTGKTDDAKV SEKGRLSPKA SQVKRSPSDA GRSSGDESKK PLPSSSRTPT ANANSFGFKK QSGSAAGLAM ITASGVTVTS RSATLGKIPK SSALVSRSAG RKSSMDGAQN QDDGYLALSS RTNLQYRSLP RPSKSNSRNG AGNRSSTSSI DSNISSKSAG LPVPKLREPS KTALGSSLPG LVNQTDKEKG ISSDNESVAS CNSVKVNPAA QPVSSPAQTS LQPGAKYPDV ASPTLRRLFG GKPTKQVPIA TAENMKNSVV ISNPHATMTQ QGNLDSPSGS GVLSSGSSSP LYSKNVDLNQ SPLASSPSSA HSAPSNSLTW GTNASSSSAV SKDGLGFQSV SSLHTSCESI DISLSSGGVP SHNSSTGLIA SSKDDSLTPF VRTNSVKTTL SESPLSSPAA SPKFCRSTLP RKQDSDPHLD RNTLPKKGLR YTPTSQLRTQ EDAKEWLRSH SAGGLQDTAA NSPFSSGSSV TSPSGTRFNF SQLASPTTVT QMSLSNPTML RTHSLSNADG QYDPYTDSRF RNSSMSLDEK SRTMSRSGSF RDGFEEVHGS SLSLVSSTSS VYSTPEEKCQ SEIRKLRREL DASQEKVSAL TTQLTANAHL VAAFEQSLGN MTIRLQSLTM TAEQKDSELN ELRKTIELLK KQNAAAQAAI NGVINTPELN CKGNGTAQSA DLRIRRQHSS DSVSSINSAT SHSSVGSNIE SDSKKKKRKN WLRSSFKQAF GKKKSPKSAS SHSDIEEMTD SSLPSSPKLP HNGSTGSTPL LRNSHSNSLI SECMDSEAET VMQLRNELRD KEMKLTDIRL EALSSAHQLD QLREAMNRMQ SEIEKLKAEN DRLKSESQGS GCSRAPSQVS ISASPRQSMG LSQHSLNLTE STSLDMLLDD TGECSARKEG GRHVKIVVSF QEEMKWKEDS RPHLFLIGCI GVSGKTKWDV LDGVVRRLFK EYIIHVDPVS QLGLNSDSVL GYSIGEIKRS NTSETPELLP CGYLVGENTT ISVTVKGLAE NSLDSLVFES LIPKPILQRY VSLLIEHRRI ILSGPSGTGK TYLANRLSEY IVLREGRELT DGVIATFNVD HKSSKELRQY LSNLADQCNS ENNAVDMPLV IILDNLHHVS SLGEIFNGLL NCKYHKCPYI IGTMNQATSS TPNLQLHHNF RWVLCANHTE PVKGFLGRFL RRKLMETEIS GRVRNMELVK IIDWIPKVWH HLNRFLEAHS SSDVTIGPRL FLSCPIDVDG SRVWFTDLWN YSIIPYLLEA VREGLQLYGR RAPWEDPAKW VMDTYPWAAS PQQHEWPPLL QLRPEDVGFD GYSMPREGST SKQMPPSDAE GDPLMNMLMR LQEAANYSSP QSYDSDSNSN SHHDDILDSS LESTL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.90 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999983599510316 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr11:19854088G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NAV2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000527559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001244963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8IVL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.113G>A cDNA.113G>A g.481818G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R38K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6483617
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7254 / 7254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2418 / 2418 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7254 / 7254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 7078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 481818 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 19854088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAGGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAAGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAGGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAAGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MSVMLWRWEQ NNTTMKLQIY TDWANHYLAK SGHKRLIRDL QQDVTDGVLL AQIIQVVANE KIEDINGCPK NRSQMIENID ACLNFLAAKG INIQGLSAEE IRNGNLKAIL GLFFSLSRYK QQQQQPQKQH LSSPLPPAVS QVAGAPSQCQ AGTPQQQVPV TPQAPCQPHQ PAPHQQSKAQ AEMQSSASSK DSSQSKIIRF TLGQKKISRL PGPTARVSAA GSEAKTRGGS TTANNRRSQS FNNYDKSKPV TSPPPPPSSH EKEPLASSAS SHPGMSDNAP ASLESGSSST PTNCSTSSAI PQPGAATKPW RSKSLSVKHS ATVSMLSVKP PGPEAPRPTP EAMKPAPNNQ KSMLEKLKLF NSKGGSKAGE GPGSRDTSCE RLETLPSFEE SEELEAASRM LTTVGPASSS PKIALKGIAQ RTFSRALTNK KSSLKGNEKE KEKQQREKDK EKSKDLAKRA SVTERLDLKE EPKEDPSGAA VPEMPKKSSK IASFIPKGGK LNSAKKEPMA PSHSGIPKPG MKSMPGKSPS APAPSKEGER SRSGKLSSGL PQQKPQLDGR HSSSSSSLAS SEGKGPGGTT LNHSISSQTV SGSVGTTQTT GSNTVSVQLP QPQQQYNHPN TATVAPFLYR SQTDTEGNVT AESSSTGVSV EPSHFTKTGQ PALEELTGED PEARRLRTVK NIADLRQNLE ETMSSLRGTQ VTHSTLETTF DTNVTTEMSG RSILSLTGRP TPLSWRLGQS SPRLQAGDAP SMGNGYPPRA NASRFINTES GRYVYSAPLR RQLASRGSSV CHVDVSDKAG DEMDLEGISM DAPGYMSDGD VLSKNIRTDD ITSGYMTDGG LGLYTRRLNR LPDGMAVVRE TLQRNTSLGL GDADSWDDSS SVSSGISDTI DNLSTDDINT SSSISSYANT PASSRKNLDV QTDAEKHSQV ERNSLWSGDD VKKSDGGSDS GIKMEPGSKW RRNPSDVSDE SDKSTSGKKN PVISQTGSWR RGMTAQVGIT MPRTKPSAPA GALKTPGTGK TDDAKVSEKG RLSPKASQVK RSPSDAGRSS GDESKKPLPS SSRTPTANAN SFGFKKQSGS AAGLAMITAS GVTVTSRSAT LGKIPKSSAL VSRSAGRKSS MDGAQNQDDG YLALSSRTNL QYRSLPRPSK SNSRNGAGNR SSTSSIDSNI SSKSAGLPVP KLREPSKTAL GSSLPGLVNQ TDKEKGISSD NESVASCNSV KVNPAAQPVS SPAQTSLQPG AKYPDVASPT LRRLFGGKPT KQVPIATAEN MKNSVVISNP HATMTQQGNL DSPSGSGVLS SGSSSPLYSK NVDLNQSPLA SSPSSAHSAP SNSLTWGTNA SSSSAVSKDG LGFQSVSSLH TSCESIDISL SSGGVPSHNS STGLIASSKD DSLTPFVRTN SVKTTLSESP LSSPAASPKF CRSTLPRKQD SDPHLDRNTL PKKGLRYTPT SQLRTQEDAK EWLRSHSAGG LQDTAANSPF SSGSSVTSPS GTRFNFSQLA SPTTVTQMSL SNPTMLRTHS LSNADGQYDP YTDSRFRNSS MSLDEKSRTM SRSGSFRDGF EEESWEKSSV DNFVSRLHSS LHFSLPLFHH ARYELVHGSS LSLVSSTSSV YSTPEEKCQS EIRKLRRELD ASQEKVSALT TQLTANAHLV AAFEQSLGNM TIRLQSLTMT AEQKDSELNE LRKTIELLKK QNAAAQAAIN GVINTPELNC KGNGTAQSAD LRIRRQHSSD SVSSINSATS HSSVGSNIES DSKKKKRKNW VNELRSSFKQ AFGKKKSPKS ASSHSDIEEM TDSSLPSSPK LPHNGSTGST PLLRNSHSNS LISECMDSEA ETVMQLRNEL RDKEMKLTDI RLEALSSAHQ LDQLREAMNR MQSEIEKLKA ENDRLKSESQ GSGCSRAPSQ VSISASPRQS MGLSQHSLNL TESTSLDMLL DDTGECSARK EGGRHVKIVV SFQEEMKWKE DSRPHLFLIG CIGVSGKTKW DVLDGVVRRL FKEYIIHVDP VSQLGLNSDS VLGYSIGEIK RSNTSETPEL LPCGYLVGEN TTISVTVKGL AENSLDSLVF ESLIPKPILQ RYVSLLIEHR RIILSGPSGT GKTYLANRLS EYIVLREGRE LTDGVIATFN VDHKSSKELR QYLSNLADQC NSENNAVDMP LVIILDNLHH VSSLGEIFNG LLNCKYHKCP YIIGTMNQAT SSTPNLQLHH NFRWVLCANH TEPVKGFLGR FLRRKLMETE ISGRVRNMEL VKIIDWIPKV WHHLNRFLEA HSSSDVTIGP RLFLSCPIDV DGSRVWFTDL WNYSIIPYLL EAVREGLQLY GRRAPWEDPA KWVMDTYPWA ASPQQHEWPP LLQLRPEDVG FDGYSMPREG STSKQMPPSD AEGDPLMNML MRLQEAANYS SPQSYDSDSN SNSHHDDILD SSLESTL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MSVMLWRWEQ NNTTMKLQIY TDWANHYLAK SGHKRLIKDL QQDVTDGVLL AQIIQVVANE KIEDINGCPK NRSQMIENID ACLNFLAAKG INIQGLSAEE IRNGNLKAIL GLFFSLSRYK QQQQQPQKQH LSSPLPPAVS QVAGAPSQCQ AGTPQQQVPV TPQAPCQPHQ PAPHQQSKAQ AEMQSSASSK DSSQSKIIRF TLGQKKISRL PGPTARVSAA GSEAKTRGGS TTANNRRSQS FNNYDKSKPV TSPPPPPSSH EKEPLASSAS SHPGMSDNAP ASLESGSSST PTNCSTSSAI PQPGAATKPW RSKSLSVKHS ATVSMLSVKP PGPEAPRPTP EAMKPAPNNQ KSMLEKLKLF NSKGGSKAGE GPGSRDTSCE RLETLPSFEE SEELEAASRM LTTVGPASSS PKIALKGIAQ RTFSRALTNK KSSLKGNEKE KEKQQREKDK EKSKDLAKRA SVTERLDLKE EPKEDPSGAA VPEMPKKSSK IASFIPKGGK LNSAKKEPMA PSHSGIPKPG MKSMPGKSPS APAPSKEGER SRSGKLSSGL PQQKPQLDGR HSSSSSSLAS SEGKGPGGTT LNHSISSQTV SGSVGTTQTT GSNTVSVQLP QPQQQYNHPN TATVAPFLYR SQTDTEGNVT AESSSTGVSV EPSHFTKTGQ PALEELTGED PEARRLRTVK NIADLRQNLE ETMSSLRGTQ VTHSTLETTF DTNVTTEMSG RSILSLTGRP TPLSWRLGQS SPRLQAGDAP SMGNGYPPRA NASRFINTES GRYVYSAPLR RQLASRGSSV CHVDVSDKAG DEMDLEGISM DAPGYMSDGD VLSKNIRTDD ITSGYMTDGG LGLYTRRLNR LPDGMAVVRE TLQRNTSLGL GDADSWDDSS SVSSGISDTI DNLSTDDINT SSSISSYANT PASSRKNLDV QTDAEKHSQV ERNSLWSGDD VKKSDGGSDS GIKMEPGSKW RRNPSDVSDE SDKSTSGKKN PVISQTGSWR RGMTAQVGIT MPRTKPSAPA GALKTPGTGK TDDAKVSEKG RLSPKASQVK RSPSDAGRSS GDESKKPLPS SSRTPTANAN SFGFKKQSGS AAGLAMITAS GVTVTSRSAT LGKIPKSSAL VSRSAGRKSS MDGAQNQDDG YLALSSRTNL QYRSLPRPSK SNSRNGAGNR SSTSSIDSNI SSKSAGLPVP KLREPSKTAL GSSLPGLVNQ TDKEKGISSD NESVASCNSV KVNPAAQPVS SPAQTSLQPG AKYPDVASPT LRRLFGGKPT KQVPIATAEN MKNSVVISNP HATMTQQGNL DSPSGSGVLS SGSSSPLYSK NVDLNQSPLA SSPSSAHSAP SNSLTWGTNA SSSSAVSKDG LGFQSVSSLH TSCESIDISL SSGGVPSHNS STGLIASSKD DSLTPFVRTN SVKTTLSESP LSSPAASPKF CRSTLPRKQD SDPHLDRNTL PKKGLRYTPT SQLRTQEDAK EWLRSHSAGG LQDTAANSPF SSGSSVTSPS GTRFNFSQLA SPTTVTQMSL SNPTMLRTHS LSNADGQYDP YTDSRFRNSS MSLDEKSRTM SRSGSFRDGF EEESWEKSSV DNFVSRLHSS LHFSLPLFHH ARYELVHGSS LSLVSSTSSV YSTPEEKCQS EIRKLRRELD ASQEKVSALT TQLTANAHLV AAFEQSLGNM TIRLQSLTMT AEQKDSELNE LRKTIELLKK QNAAAQAAIN GVINTPELNC KGNGTAQSAD LRIRRQHSSD SVSSINSATS HSSVGSNIES DSKKKKRKNW VNELRSSFKQ AFGKKKSPKS ASSHSDIEEM TDSSLPSSPK LPHNGSTGST PLLRNSHSNS LISECMDSEA ETVMQLRNEL RDKEMKLTDI RLEALSSAHQ LDQLREAMNR MQSEIEKLKA ENDRLKSESQ GSGCSRAPSQ VSISASPRQS MGLSQHSLNL TESTSLDMLL DDTGECSARK EGGRHVKIVV SFQEEMKWKE DSRPHLFLIG CIGVSGKTKW DVLDGVVRRL FKEYIIHVDP VSQLGLNSDS VLGYSIGEIK RSNTSETPEL LPCGYLVGEN TTISVTVKGL AENSLDSLVF ESLIPKPILQ RYVSLLIEHR RIILSGPSGT GKTYLANRLS EYIVLREGRE LTDGVIATFN VDHKSSKELR QYLSNLADQC NSENNAVDMP LVIILDNLHH VSSLGEIFNG LLNCKYHKCP YIIGTMNQAT SSTPNLQLHH NFRWVLCANH TEPVKGFLGR FLRRKLMETE ISGRVRNMEL VKIIDWIPKV WHHLNRFLEA HSSSDVTIGP RLFLSCPIDV DGSRVWFTDL WNYSIIPYLL EAVREGLQLY GRRAPWEDPA KWVMDTYPWA ASPQQHEWPP LLQLRPEDVG FDGYSMPREG STSKQMPPSD AEGDPLMNML MRLQEAANYS SPQSYDSDSN SNSHHDDILD SSLESTL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.85 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999983599510316 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr11:19854088G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NAV2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000540292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001244963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8IVL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.119G>A cDNA.119G>A g.481818G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R40K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6483617
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7260 / 7260 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2420 / 2420 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7260 / 7260 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7135 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 7084 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7260 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 481818 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 19854088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAGGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAAGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAGGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAAGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAIDLYCGLA CLWGIHEPRQ IYTDWANHYL AKSGHKRLIR DLQQDVTDGV LLAQIIQVVA NEKIEDINGC PKNRSQMIEN IDACLNFLAA KGINIQGLSA EEIRNGNLKA ILGLFFSLSR YKQQQQQPQK QHLSSPLPPA VSQVAGAPSQ CQAGTPQQQV PVTPQAPCQP HQPAPHQQSK AQAEMQSSAS SKDSSQSKII RFTLGQKKIS RLPGPTARVS AAGSEAKTRG GSTTANNRRS QSFNNYDKSK PVTSPPPPPS SHEKEPLASS ASSHPGMSDN APASLESGSS STPTNCSTSS AIPQPGAATK PWRSKSLSVK HSATVSMLSV KPPGPEAPRP TPEAMKPAPN NQKSMLEKLK LFNSKGGSKA GEGPGSRDTS CERLETLPSF EESEELEAAS RMLTTVGPAS SSPKIALKGI AQRTFSRALT NKKSSLKGNE KEKEKQQREK DKEKSKDLAK RASVTERLDL KEEPKEDPSG AAVPEMPKKS SKIASFIPKG GKLNSAKKEP MAPSHSGIPK PGMKSMPGKS PSAPAPSKEG ERSRSGKLSS GLPQQKPQLD GRHSSSSSSL ASSEGKGPGG TTLNHSISSQ TVSGSVGTTQ TTGSNTVSVQ LPQPQQQYNH PNTATVAPFL YRSQTDTEGN VTAESSSTGV SVEPSHFTKT GQPALEELTG EDPEARRLRT VKNIADLRQN LEETMSSLRG TQVTHSTLET TFDTNVTTEM SGRSILSLTG RPTPLSWRLG QSSPRLQAGD APSMGNGYPP RANASRFINT ESGRYVYSAP LRRQLASRGS SVCHVDVSDK AGDEMDLEGI SMDAPGYMSD GDVLSKNIRT DDITSGYMTD GGLGLYTRRL NRLPDGMAVV RETLQRNTSL GLGDADSWDD SSSVSSGISD TIDNLSTDDI NTSSSISSYA NTPASSRKNL DVQTDAEKHS QVERNSLWSG DDVKKSDGGS DSGIKMEPGS KWRRNPSDVS DESDKSTSGK KNPVISQTGS WRRGMTAQVG ITMPRTKPSA PAGALKTPGT GKTDDAKVSE KGRLSPKASQ VKRSPSDAGR SSGDESKKPL PSSSRTPTAN ANSFGFKKQS GSAAGLAMIT ASGVTVTSRS ATLGKIPKSS ALVSRSAGRK SSMDGAQNQD DGYLALSSRT NLQYRSLPRP SKSNSRNGAG NRSSTSSIDS NISSKSAGLP VPKLREPSKT ALGSSLPGLV NQTDKEKGIS SDNESVASCN SVKVNPAAQP VSSPAQTSLQ PGAKYPDVAS PTLRRLFGGK PTKQVPIATA ENMKNSVVIS NPHATMTQQG NLDSPSGSGV LSSGSSSPLY SKNVDLNQSP LASSPSSAHS APSNSLTWGT NASSSSAVSK DGLGFQSVSS LHTSCESIDI SLSSGGVPSH NSSTGLIASS KDDSLTPFVR TNSVKTTLSE SPLSSPAASP KFCRSTLPRK QDSDPHLDRN TLPKKGLRYT PTSQLRTQED AKEWLRSHSA GGLQDTAANS PFSSGSSVTS PSGTRFNFSQ LASPTTVTQM SLSNPTMLRT HSLSNADGQY DPYTDSRFRN SSMSLDEKSR TMSRSGSFRD GFEEESWEKS SVDNFVSRLH SSLHFSLPLF HHARYELVHG SSLSLVSSTS SVYSTPEEKC QSEIRKLRRE LDASQEKVSA LTTQLTANAH LVAAFEQSLG NMTIRLQSLT MTAEQKDSEL NELRKTIELL KKQNAAAQAA INGVINTPEL NCKGNGTAQS ADLRIRRQHS SDSVSSINSA TSHSSVGSNI ESDSKKKKRK NWVNELRSSF KQAFGKKKSP KSASSHSDIE EMTDSSLPSS PKLPHNGSTG STPLLRNSHS NSLISECMDS EAETVMQLRN ELRDKEMKLT DIRLEALSSA HQLDQLREAM NRMQSEIEKL KAENDRLKSE SQGSGCSRAP SQVSISASPR QSMGLSQHSL NLTESTSLDM LLDDTGECSA RKEGGRHVKI VVSFQEEMKW KEDSRPHLFL IGCIGVSGKT KWDVLDGVVR RLFKEYIIHV DPVSQLGLNS DSVLGYSIGE IKRSNTSETP ELLPCGYLVG ENTTISVTVK GLAENSLDSL VFESLIPKPI LQRYVSLLIE HRRIILSGPS GTGKTYLANR LSEYIVLREG RELTDGVIAT FNVDHKSSKE LRQYLSNLAD QCNSENNAVD MPLVIILDNL HHVSSLGEIF NGLLNCKYHK CPYIIGTMNQ ATSSTPNLQL HHNFRWVLCA NHTEPVKGFL GRFLRRKLME TEISGRVRNM ELVKIIDWIP KVWHHLNRFL EAHSSSDVTI GPRLFLSCPI DVDGSRVWFT DLWNYSIIPY LLEAVREGLQ LYGRRAPWED PAKWVMDTYP WAASPQQHEW PPLLQLRPED VGFDGYSMPR EGSTSKQMPP SDAEGDPLMN MLMRLQEAAN YSSPQSYDSD SNSNSHHDDI LDSSLESTL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MAIDLYCGLA CLWGIHEPRQ IYTDWANHYL AKSGHKRLIK DLQQDVTDGV LLAQIIQVVA NEKIEDINGC PKNRSQMIEN IDACLNFLAA KGINIQGLSA EEIRNGNLKA ILGLFFSLSR YKQQQQQPQK QHLSSPLPPA VSQVAGAPSQ CQAGTPQQQV PVTPQAPCQP HQPAPHQQSK AQAEMQSSAS SKDSSQSKII RFTLGQKKIS RLPGPTARVS AAGSEAKTRG GSTTANNRRS QSFNNYDKSK PVTSPPPPPS SHEKEPLASS ASSHPGMSDN APASLESGSS STPTNCSTSS AIPQPGAATK PWRSKSLSVK HSATVSMLSV KPPGPEAPRP TPEAMKPAPN NQKSMLEKLK LFNSKGGSKA GEGPGSRDTS CERLETLPSF EESEELEAAS RMLTTVGPAS SSPKIALKGI AQRTFSRALT NKKSSLKGNE KEKEKQQREK DKEKSKDLAK RASVTERLDL KEEPKEDPSG AAVPEMPKKS SKIASFIPKG GKLNSAKKEP MAPSHSGIPK PGMKSMPGKS PSAPAPSKEG ERSRSGKLSS GLPQQKPQLD GRHSSSSSSL ASSEGKGPGG TTLNHSISSQ TVSGSVGTTQ TTGSNTVSVQ LPQPQQQYNH PNTATVAPFL YRSQTDTEGN VTAESSSTGV SVEPSHFTKT GQPALEELTG EDPEARRLRT VKNIADLRQN LEETMSSLRG TQVTHSTLET TFDTNVTTEM SGRSILSLTG RPTPLSWRLG QSSPRLQAGD APSMGNGYPP RANASRFINT ESGRYVYSAP LRRQLASRGS SVCHVDVSDK AGDEMDLEGI SMDAPGYMSD GDVLSKNIRT DDITSGYMTD GGLGLYTRRL NRLPDGMAVV RETLQRNTSL GLGDADSWDD SSSVSSGISD TIDNLSTDDI NTSSSISSYA NTPASSRKNL DVQTDAEKHS QVERNSLWSG DDVKKSDGGS DSGIKMEPGS KWRRNPSDVS DESDKSTSGK KNPVISQTGS WRRGMTAQVG ITMPRTKPSA PAGALKTPGT GKTDDAKVSE KGRLSPKASQ VKRSPSDAGR SSGDESKKPL PSSSRTPTAN ANSFGFKKQS GSAAGLAMIT ASGVTVTSRS ATLGKIPKSS ALVSRSAGRK SSMDGAQNQD DGYLALSSRT NLQYRSLPRP SKSNSRNGAG NRSSTSSIDS NISSKSAGLP VPKLREPSKT ALGSSLPGLV NQTDKEKGIS SDNESVASCN SVKVNPAAQP VSSPAQTSLQ PGAKYPDVAS PTLRRLFGGK PTKQVPIATA ENMKNSVVIS NPHATMTQQG NLDSPSGSGV LSSGSSSPLY SKNVDLNQSP LASSPSSAHS APSNSLTWGT NASSSSAVSK DGLGFQSVSS LHTSCESIDI SLSSGGVPSH NSSTGLIASS KDDSLTPFVR TNSVKTTLSE SPLSSPAASP KFCRSTLPRK QDSDPHLDRN TLPKKGLRYT PTSQLRTQED AKEWLRSHSA GGLQDTAANS PFSSGSSVTS PSGTRFNFSQ LASPTTVTQM SLSNPTMLRT HSLSNADGQY DPYTDSRFRN SSMSLDEKSR TMSRSGSFRD GFEEESWEKS SVDNFVSRLH SSLHFSLPLF HHARYELVHG SSLSLVSSTS SVYSTPEEKC QSEIRKLRRE LDASQEKVSA LTTQLTANAH LVAAFEQSLG NMTIRLQSLT MTAEQKDSEL NELRKTIELL KKQNAAAQAA INGVINTPEL NCKGNGTAQS ADLRIRRQHS SDSVSSINSA TSHSSVGSNI ESDSKKKKRK NWVNELRSSF KQAFGKKKSP KSASSHSDIE EMTDSSLPSS PKLPHNGSTG STPLLRNSHS NSLISECMDS EAETVMQLRN ELRDKEMKLT DIRLEALSSA HQLDQLREAM NRMQSEIEKL KAENDRLKSE SQGSGCSRAP SQVSISASPR QSMGLSQHSL NLTESTSLDM LLDDTGECSA RKEGGRHVKI VVSFQEEMKW KEDSRPHLFL IGCIGVSGKT KWDVLDGVVR RLFKEYIIHV DPVSQLGLNS DSVLGYSIGE IKRSNTSETP ELLPCGYLVG ENTTISVTVK GLAENSLDSL VFESLIPKPI LQRYVSLLIE HRRIILSGPS GTGKTYLANR LSEYIVLREG RELTDGVIAT FNVDHKSSKE LRQYLSNLAD QCNSENNAVD MPLVIILDNL HHVSSLGEIF NGLLNCKYHK CPYIIGTMNQ ATSSTPNLQL HHNFRWVLCA NHTEPVKGFL GRFLRRKLME TEISGRVRNM ELVKIIDWIP KVWHHLNRFL EAHSSSDVTI GPRLFLSCPI DVDGSRVWFT DLWNYSIIPY LLEAVREGLQ LYGRRAPWED PAKWVMDTYP WAASPQQHEW PPLLQLRPED VGFDGYSMPR EGSTSKQMPP SDAEGDPLMN MLMRLQEAAN YSSPQSYDSD SNSNSHHDDI LDSSLESTL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.85 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99997276566877 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr11:19854088G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NAV2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000396085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_182964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8IVL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.326G>A cDNA.687G>A g.481818G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R109K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 109 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6483617
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7299 / 7299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2433 / 2433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7660 / 7660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 362 / 362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 7123 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 326 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 687 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 481818 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 19854088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAGGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAAGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAGGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAAGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MPAILVASKM KSGLPKPVHS AAPILHVPPA RAGPQPCYLK LGSKVEVSKT TYPSQIPLKS QVLQGLQEPA GEGLPLRKSG SVENGFDTQI YTDWANHYLA KSGHKRLIRD LQQDVTDGVL LAQIIQVVAN EKIEDINGCP KNRSQMIENI DACLNFLAAK GINIQGLSAE EIRNGNLKAI LGLFFSLSRY KQQQQQPQKQ HLSSPLPPAV SQVAGAPSQC QAGTPQQQVP VTPQAPCQPH QPAPHQQSKA QAEMQSRLPG PTARVSAAGS EAKTRGGSTT ANNRRSQSFN NYDKSKPVTS PPPPPSSHEK EPLASSASSH PGMSDNAPAS LESGSSSTPT NCSTSSAIPQ PGAATKPWRS KSLSVKHSAT VSMLSVKPPG PEAPRPTPEA MKPAPNNQKS MLEKLKLFNS KGGSKAGEGP GSRDTSCERL ETLPSFEESE ELEAASRMLT TVGPASSSPK IALKGIAQRT FSRALTNKKS SLKGNEKEKE KQQREKDKEK SKDLAKRASV TERLDLKEEP KEDPSGAAVP EMPKKSSKIA SFIPKGGKLN SAKKEPMAPS HSGIPKPGMK SMPGKSPSAP APSKEGERSR SGKLSSGLPQ QKPQLDGRHS SSSSSLASSE GKGPGGTTLN HSISSQTVSG SVGTTQTTGS NTVSVQLPQP QQQYNHPNTA TVAPFLYRSQ TDTEGNVTAE SSSTGVSVEP SHFTKTGQPA LEELTGEDPE ARRLRTVKNI ADLRQNLEET MSSLRGTQVT HSTLETTFDT NVTTEMSGRS ILSLTGRPTP LSWRLGQSSP RLQAGDAPSM GNGYPPRANA SRFINTESGR YVYSAPLRRQ LASRGSSVCH VDVSDKAGDE MDLEGISMDA PGYMSDGDVL SKNIRTDDIT SGYMTDGGLG LYTRRLNRLP DGMAVVRETL QRNTSLGLGD ADSWDDSSSV SSGISDTIDN LSTDDINTSS SISSYANTPA SSRKNLDVQT DAEKHSQVER NSLWSGDDVK KSDGGSDSGI KMEPGSKWRR NPSDVSDESD KSTSGKKNPV ISQTGSWRRG MTAQVGITMP RTKPSAPAGA LKTPGTGKTD DAKVSEKGRL SPKASQVKRS PSDAGRSSGD ESKKPLPSSS RTPTANANSF GFKKQSGSAA GLAMITASGV TVTSRSATLG KIPKSSALVS RSAGRKSSMD GAQNQDDGYL ALSSRTNLQY RSLPRPSKSN SRNGAGNRSS TSSIDSNISS KSAGLPVPKL REPSKTALGS SLPGLVNQTD KEKGISSDNE SVASCNSVKV NPAAQPVSSP AQTSLQPGAK YPDVASPTLR RLFGGKPTKQ VPIATAENMK NSVVISNPHA TMTQQGNLDS PSGSGVLSSG SSSPLYSKNV DLNQSPLASS PSSAHSAPSN SLTWGTNASS SSAVSKDGLG FQSVSSLHTS CESIDISLSS GGVPSHNSST GLIASSKDDS LTPFVRTNSV KTTLSESPLS SPAASPKFCR STLPRKQDSD PHLDRNTLPK KGLRYTPTSQ LRTQEDAKEW LRSHSAGGLQ DTAANSPFSS GSSVTSPSGT RFNFSQLASP TTVTQMSLSN PTMLRTHSLS NADGQYDPYT DSRFRNSSMS LDEKSRTMSR SGSFRDGFEE VHGSSLSLVS STSSVYSTPE EKCQSEIRKL RRELDASQEK VSALTTQLTA NAHLVAAFEQ SLGNMTIRLQ SLTMTAEQKD SELNELRKTI ELLKKQNAAA QAAINGVINT PELNCKGNGT AQSADLRIRR QHSSDSVSSI NSATSHSSVG SNIESDSKKK KRKNWVNELR SSFKQAFGKK KSPKSASSHS DIEEMTDSSL PSSPKLPHNG STGSTPLLRN SHSNSLISEC MDSEAETVMQ LRNELRDKEM KLTDIRLEAL SSAHQLDQLR EAMNRMQSEI EKLKAENDRL KSESQGSGCS RAPSQVSISA SPRQSMGLSQ HSLNLTESTS LDMLLDDTGE CSARKEGGRH VKIVVSFQEE MKWKEDSRPH LFLIGCIGVS GKTKWDVLDG VVRRLFKEYI IHVDPVSQLG LNSDSVLGYS IGEIKRSNTS ETPELLPCGY LVGENTTISV TVKGLAENSL DSLVFESLIP KPILQRYVSL LIEHRRIILS GPSGTGKTYL ANRLSEYIVL REGRELTDGV IATFNVDHKS SKELRQYLSN LADQCNSENN AVDMPLVIIL DNLHHVSSLG EIFNGLLNCK YHKCPYIIGT MNQATSSTPN LQLHHNFRWV LCANHTEPVK GFLGRFLRRK LMETEISGRV RNMELVKIID WIPKVWHHLN RFLEAHSSSD VTIGPRLFLS CPIDVDGSRV WFTDLWNYSI IPYLLEAVRE GLQLYGRRAP WEDPAKWVMD TYPWAASPQQ HEWPPLLQLR PEDVGFDGYS MPREGSTSKQ MPPSDAEGDP LMNMLMRLQE AANYSSPQSY DSDSNSNSHH DDILDSSLES TL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MPAILVASKM KSGLPKPVHS AAPILHVPPA RAGPQPCYLK LGSKVEVSKT TYPSQIPLKS QVLQGLQEPA GEGLPLRKSG SVENGFDTQI YTDWANHYLA KSGHKRLIKD LQQDVTDGVL LAQIIQVVAN EKIEDINGCP KNRSQMIENI DACLNFLAAK GINIQGLSAE EIRNGNLKAI LGLFFSLSRY KQQQQQPQKQ HLSSPLPPAV SQVAGAPSQC QAGTPQQQVP VTPQAPCQPH QPAPHQQSKA QAEMQSRLPG PTARVSAAGS EAKTRGGSTT ANNRRSQSFN NYDKSKPVTS PPPPPSSHEK EPLASSASSH PGMSDNAPAS LESGSSSTPT NCSTSSAIPQ PGAATKPWRS KSLSVKHSAT VSMLSVKPPG PEAPRPTPEA MKPAPNNQKS MLEKLKLFNS KGGSKAGEGP GSRDTSCERL ETLPSFEESE ELEAASRMLT TVGPASSSPK IALKGIAQRT FSRALTNKKS SLKGNEKEKE KQQREKDKEK SKDLAKRASV TERLDLKEEP KEDPSGAAVP EMPKKSSKIA SFIPKGGKLN SAKKEPMAPS HSGIPKPGMK SMPGKSPSAP APSKEGERSR SGKLSSGLPQ QKPQLDGRHS SSSSSLASSE GKGPGGTTLN HSISSQTVSG SVGTTQTTGS NTVSVQLPQP QQQYNHPNTA TVAPFLYRSQ TDTEGNVTAE SSSTGVSVEP SHFTKTGQPA LEELTGEDPE ARRLRTVKNI ADLRQNLEET MSSLRGTQVT HSTLETTFDT NVTTEMSGRS ILSLTGRPTP LSWRLGQSSP RLQAGDAPSM GNGYPPRANA SRFINTESGR YVYSAPLRRQ LASRGSSVCH VDVSDKAGDE MDLEGISMDA PGYMSDGDVL SKNIRTDDIT SGYMTDGGLG LYTRRLNRLP DGMAVVRETL QRNTSLGLGD ADSWDDSSSV SSGISDTIDN LSTDDINTSS SISSYANTPA SSRKNLDVQT DAEKHSQVER NSLWSGDDVK KSDGGSDSGI KMEPGSKWRR NPSDVSDESD KSTSGKKNPV ISQTGSWRRG MTAQVGITMP RTKPSAPAGA LKTPGTGKTD DAKVSEKGRL SPKASQVKRS PSDAGRSSGD ESKKPLPSSS RTPTANANSF GFKKQSGSAA GLAMITASGV TVTSRSATLG KIPKSSALVS RSAGRKSSMD GAQNQDDGYL ALSSRTNLQY RSLPRPSKSN SRNGAGNRSS TSSIDSNISS KSAGLPVPKL REPSKTALGS SLPGLVNQTD KEKGISSDNE SVASCNSVKV NPAAQPVSSP AQTSLQPGAK YPDVASPTLR RLFGGKPTKQ VPIATAENMK NSVVISNPHA TMTQQGNLDS PSGSGVLSSG SSSPLYSKNV DLNQSPLASS PSSAHSAPSN SLTWGTNASS SSAVSKDGLG FQSVSSLHTS CESIDISLSS GGVPSHNSST GLIASSKDDS LTPFVRTNSV KTTLSESPLS SPAASPKFCR STLPRKQDSD PHLDRNTLPK KGLRYTPTSQ LRTQEDAKEW LRSHSAGGLQ DTAANSPFSS GSSVTSPSGT RFNFSQLASP TTVTQMSLSN PTMLRTHSLS NADGQYDPYT DSRFRNSSMS LDEKSRTMSR SGSFRDGFEE VHGSSLSLVS STSSVYSTPE EKCQSEIRKL RRELDASQEK VSALTTQLTA NAHLVAAFEQ SLGNMTIRLQ SLTMTAEQKD SELNELRKTI ELLKKQNAAA QAAINGVINT PELNCKGNGT AQSADLRIRR QHSSDSVSSI NSATSHSSVG SNIESDSKKK KRKNWVNELR SSFKQAFGKK KSPKSASSHS DIEEMTDSSL PSSPKLPHNG STGSTPLLRN SHSNSLISEC MDSEAETVMQ LRNELRDKEM KLTDIRLEAL SSAHQLDQLR EAMNRMQSEI EKLKAENDRL KSESQGSGCS RAPSQVSISA SPRQSMGLSQ HSLNLTESTS LDMLLDDTGE CSARKEGGRH VKIVVSFQEE MKWKEDSRPH LFLIGCIGVS GKTKWDVLDG VVRRLFKEYI IHVDPVSQLG LNSDSVLGYS IGEIKRSNTS ETPELLPCGY LVGENTTISV TVKGLAENSL DSLVFESLIP KPILQRYVSL LIEHRRIILS GPSGTGKTYL ANRLSEYIVL REGRELTDGV IATFNVDHKS SKELRQYLSN LADQCNSENN AVDMPLVIIL DNLHHVSSLG EIFNGLLNCK YHKCPYIIGT MNQATSSTPN LQLHHNFRWV LCANHTEPVK GFLGRFLRRK LMETEISGRV RNMELVKIID WIPKVWHHLN RFLEAHSSSD VTIGPRLFLS CPIDVDGSRV WFTDLWNYSI IPYLLEAVRE GLQLYGRRAP WEDPAKWVMD TYPWAASPQQ HEWPPLLQLR PEDVGFDGYS MPREGSTSKQ MPPSDAEGDP LMNMLMRLQE AANYSSPQSY DSDSNSNSHH DDILDSSLES TL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.97 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99997276566877 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr11:19854088G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NAV2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000349880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_145117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8IVL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.326G>A cDNA.656G>A g.481818G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R109K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 109 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6483617
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7290 / 7290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2430 / 2430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7620 / 7620 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 331 / 331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7495 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 7114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 326 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 481818 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 19854088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAGGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAAGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAGGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAAGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MPAILVASKM KSGLPKPVHS AAPILHVPPA RAGPQPCYLK LGSKVEVSKT TYPSQIPLKS QVLQGLQEPA GEGLPLRKSG SVENGFDTQI YTDWANHYLA KSGHKRLIRD LQQDVTDGVL LAQIIQVVAN EKIEDINGCP KNRSQMIENI DACLNFLAAK GINIQGLSAE EIRNGNLKAI LGLFFSLSRY KQQQQQPQKQ HLSSPLPPAV SQVAGAPSQC QAGTPQQQVP VTPQAPCQPH QPAPHQQSKA QAEMQSRLPG PTARVSAAGS EAKTRGGSTT ANNRRSQSFN NYDKSKPVTS PPPPPSSHEK EPLASSASSH PGMSDNAPAS LESGSSSTPT NCSTSSAIPQ PGAATKPWRS KSLSVKHSAT VSMLSVKPPG PEAPRPTPEA MKPAPNNQKS MLEKLKLFNS KGGSKAGEGP GSRDTSCERL ETLPSFEESE ELEAASRMLT TVGPASSSPK IALKGIAQRT FSRALTNKKS SLKGNEKEKE KQQREKDKEK SKDLAKRASV TERLDLKEEP KEDPSGAAVP EMPKKSSKIA SFIPKGGKLN SAKKEPMAPS HSGIPKPGMK SMPGKSPSAP APSKEGERSR SGKLSSGLPQ QKPQLDGRHS SSSSSLASSE GKGPGGTTLN HSISSQTVSG SVGTTQTTGS NTVSVQLPQP QQQYNHPNTA TVAPFLYRSQ TDTEGNVTAE SSSTGVSVEP SHFTKTGQPA LEELTGEDPE ARRLRTVKNI ADLRQNLEET MSSLRGTQVT HSTLETTFDT NVTTEMSGRS ILSLTGRPTP LSWRLGQSSP RLQAGDAPSM GNGYPPRANA SRFINTESGR YVYSAPLRRQ LASRGSSVCH VDVSDKAGDE MDLEGISMDA PGYMSDGDVL SKNIRTDDIT SGYMTDGGLG LYTRRLNRLP DGMAVVRETL QRNTSLGLGD ADSWDDSSSV SSGISDTIDN LSTDDINTSS SISSYANTPA SSRKNLDVQT DAEKHSQVER NSLWSGDDVK KSDGGSDSGI KMEPGSKWRR NPSDVSDESD KSTSGKKNPV ISQTGSWRRG MTAQVGITMP RTKPSAPAGA LKTPGTGKTD DAKVSEKGRL SPKASQVKRS PSDAGRSSGD ESKKPLPSSS RTPTANANSF GFKKQSGSAA GLAMITASGV TVTSRSATLG KIPKSSALVS RSAGRKSSMD GAQNQDDGYL ALSSRTNLQY RSLPRPSKSN SRNGAGNRSS TSSIDSNISS KSAGLPVPKL REPSKTALGS SLPGLVNQTD KEKGISSDNE SVASCNSVKV NPAAQPVSSP AQTSLQPGAK YPDVASPTLR RLFGGKPTKQ VPIATAENMK NSVVISNPHA TMTQQGNLDS PSGSGVLSSG SSSPLYSKNV DLNQSPLASS PSSAHSAPSN SLTWGTNASS SSAVSKDGLG FQSVSSLHTS CESIDISLSS GGVPSHNSST GLIASSKDDS LTPFVRTNSV KTTLSESPLS SPAASPKFCR STLPRKQDSD PHLDRNTLPK KGLRYTPTSQ LRTQEDAKEW LRSHSAGGLQ DTAANSPFSS GSSVTSPSGT RFNFSQLASP TTVTQMSLSN PTMLRTHSLS NADGQYDPYT DSRFRNSSMS LDEKSRTMSR SGSFRDGFEE VHGSSLSLVS STSSVYSTPE EKCQSEIRKL RRELDASQEK VSALTTQLTA NAHLVAAFEQ SLGNMTIRLQ SLTMTAEQKD SELNELRKTI ELLKKQNAAA QAAINGVINT PELNCKGNGT AQSADLRIRR QHSSDSVSSI NSATSHSSVG SNIESDSKKK KRKNWLRSSF KQAFGKKKSP KSASSHSDIE EMTDSSLPSS PKLPHNGSTG STPLLRNSHS NSLISECMDS EAETVMQLRN ELRDKEMKLT DIRLEALSSA HQLDQLREAM NRMQSEIEKL KAENDRLKSE SQGSGCSRAP SQVSISASPR QSMGLSQHSL NLTESTSLDM LLDDTGECSA RKEGGRHVKI VVSFQEEMKW KEDSRPHLFL IGCIGVSGKT KWDVLDGVVR RLFKEYIIHV DPVSQLGLNS DSVLGYSIGE IKRSNTSETP ELLPCGYLVG ENTTISVTVK GLAENSLDSL VFESLIPKPI LQRYVSLLIE HRRIILSGPS GTGKTYLANR LSEYIVLREG RELTDGVIAT FNVDHKSSKE LRQYLSNLAD QCNSENNAVD MPLVIILDNL HHVSSLGEIF NGLLNCKYHK CPYIIGTMNQ ATSSTPNLQL HHNFRWVLCA NHTEPVKGFL GRFLRRKLME TEISGRVRNM ELVKIIDWIP KVWHHLNRFL EAHSSSDVTI GPRLFLSCPI DVDGSRVWFT DLWNYSIIPY LLEAVREGLQ LYGRRAPWED PAKWVMDTYP WAASPQQHEW PPLLQLRPED VGFDGYSMPR EGSTSKQMPP SDAEGDPLMN MLMRLQEAAN YSSPQSYDSD SNSNSHHDDI LDSSLESTL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MPAILVASKM KSGLPKPVHS AAPILHVPPA RAGPQPCYLK LGSKVEVSKT TYPSQIPLKS QVLQGLQEPA GEGLPLRKSG SVENGFDTQI YTDWANHYLA KSGHKRLIKD LQQDVTDGVL LAQIIQVVAN EKIEDINGCP KNRSQMIENI DACLNFLAAK GINIQGLSAE EIRNGNLKAI LGLFFSLSRY KQQQQQPQKQ HLSSPLPPAV SQVAGAPSQC QAGTPQQQVP VTPQAPCQPH QPAPHQQSKA QAEMQSRLPG PTARVSAAGS EAKTRGGSTT ANNRRSQSFN NYDKSKPVTS PPPPPSSHEK EPLASSASSH PGMSDNAPAS LESGSSSTPT NCSTSSAIPQ PGAATKPWRS KSLSVKHSAT VSMLSVKPPG PEAPRPTPEA MKPAPNNQKS MLEKLKLFNS KGGSKAGEGP GSRDTSCERL ETLPSFEESE ELEAASRMLT TVGPASSSPK IALKGIAQRT FSRALTNKKS SLKGNEKEKE KQQREKDKEK SKDLAKRASV TERLDLKEEP KEDPSGAAVP EMPKKSSKIA SFIPKGGKLN SAKKEPMAPS HSGIPKPGMK SMPGKSPSAP APSKEGERSR SGKLSSGLPQ QKPQLDGRHS SSSSSLASSE GKGPGGTTLN HSISSQTVSG SVGTTQTTGS NTVSVQLPQP QQQYNHPNTA TVAPFLYRSQ TDTEGNVTAE SSSTGVSVEP SHFTKTGQPA LEELTGEDPE ARRLRTVKNI ADLRQNLEET MSSLRGTQVT HSTLETTFDT NVTTEMSGRS ILSLTGRPTP LSWRLGQSSP RLQAGDAPSM GNGYPPRANA SRFINTESGR YVYSAPLRRQ LASRGSSVCH VDVSDKAGDE MDLEGISMDA PGYMSDGDVL SKNIRTDDIT SGYMTDGGLG LYTRRLNRLP DGMAVVRETL QRNTSLGLGD ADSWDDSSSV SSGISDTIDN LSTDDINTSS SISSYANTPA SSRKNLDVQT DAEKHSQVER NSLWSGDDVK KSDGGSDSGI KMEPGSKWRR NPSDVSDESD KSTSGKKNPV ISQTGSWRRG MTAQVGITMP RTKPSAPAGA LKTPGTGKTD DAKVSEKGRL SPKASQVKRS PSDAGRSSGD ESKKPLPSSS RTPTANANSF GFKKQSGSAA GLAMITASGV TVTSRSATLG KIPKSSALVS RSAGRKSSMD GAQNQDDGYL ALSSRTNLQY RSLPRPSKSN SRNGAGNRSS TSSIDSNISS KSAGLPVPKL REPSKTALGS SLPGLVNQTD KEKGISSDNE SVASCNSVKV NPAAQPVSSP AQTSLQPGAK YPDVASPTLR RLFGGKPTKQ VPIATAENMK NSVVISNPHA TMTQQGNLDS PSGSGVLSSG SSSPLYSKNV DLNQSPLASS PSSAHSAPSN SLTWGTNASS SSAVSKDGLG FQSVSSLHTS CESIDISLSS GGVPSHNSST GLIASSKDDS LTPFVRTNSV KTTLSESPLS SPAASPKFCR STLPRKQDSD PHLDRNTLPK KGLRYTPTSQ LRTQEDAKEW LRSHSAGGLQ DTAANSPFSS GSSVTSPSGT RFNFSQLASP TTVTQMSLSN PTMLRTHSLS NADGQYDPYT DSRFRNSSMS LDEKSRTMSR SGSFRDGFEE VHGSSLSLVS STSSVYSTPE EKCQSEIRKL RRELDASQEK VSALTTQLTA NAHLVAAFEQ SLGNMTIRLQ SLTMTAEQKD SELNELRKTI ELLKKQNAAA QAAINGVINT PELNCKGNGT AQSADLRIRR QHSSDSVSSI NSATSHSSVG SNIESDSKKK KRKNWLRSSF KQAFGKKKSP KSASSHSDIE EMTDSSLPSS PKLPHNGSTG STPLLRNSHS NSLISECMDS EAETVMQLRN ELRDKEMKLT DIRLEALSSA HQLDQLREAM NRMQSEIEKL KAENDRLKSE SQGSGCSRAP SQVSISASPR QSMGLSQHSL NLTESTSLDM LLDDTGECSA RKEGGRHVKI VVSFQEEMKW KEDSRPHLFL IGCIGVSGKT KWDVLDGVVR RLFKEYIIHV DPVSQLGLNS DSVLGYSIGE IKRSNTSETP ELLPCGYLVG ENTTISVTVK GLAENSLDSL VFESLIPKPI LQRYVSLLIE HRRIILSGPS GTGKTYLANR LSEYIVLREG RELTDGVIAT FNVDHKSSKE LRQYLSNLAD QCNSENNAVD MPLVIILDNL HHVSSLGEIF NGLLNCKYHK CPYIIGTMNQ ATSSTPNLQL HHNFRWVLCA NHTEPVKGFL GRFLRRKLME TEISGRVRNM ELVKIIDWIP KVWHHLNRFL EAHSSSDVTI GPRLFLSCPI DVDGSRVWFT DLWNYSIIPY LLEAVREGLQ LYGRRAPWED PAKWVMDTYP WAASPQQHEW PPLLQLRPED VGFDGYSMPR EGSTSKQMPP SDAEGDPLMN MLMRLQEAAN YSSPQSYDSD SNSNSHHDDI LDSSLESTL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.57 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99997276566877 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr11:19854088G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NAV2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000396087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8IVL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.326G>A cDNA.425G>A g.481818G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R109K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 109 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6483617
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7467 / 7467 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2489 / 2489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7566 / 7566 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 100 / 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7441 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 7291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7467 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 326 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 481818 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 19854088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAGGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAAGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAGGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CGGCCACAAGCGTCTCATCAAGGATCTCCAGCAAGATGTGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MPAILVASKM KSGLPKPVHS AAPILHVPPA RAGPQPCYLK LGSKVEVSKT TYPSQIPLKS QVLQGLQEPA GEGLPLRKSG SVENGFDTQI YTDWANHYLA KSGHKRLIRD LQQDVTDGVL LAQIIQVVAN EKIEDINGCP KNRSQMIENI DACLNFLAAK GINIQGLSAE EIRNGNLKAI LGLFFSLSRY KQQQQQPQKQ HLSSPLPPAV SQVAGAPSQC QAGTPQQQVP VTPQAPCQPH QPAPHQQSKA QAEMQSSASS KDSSQSKIIR FTLGQKKISR LPGPTARVSA AGSEAKTRGG STTANNRRSQ SFNNYDKSKP VTSPPPPPSS HEKEPLASSA SSHPGMSDNA PASLESGSSS TPTNCSTSSA IPQPGAATKP WRSKSLSVKH SATVSMLSVK PPGPEAPRPT PEAMKPAPNN QKSMLEKLKL FNSKGGSKAG EGPGSRDTSC ERLETLPSFE ESEELEAASR MLTTVGPASS SPKIALKGIA QRTFSRALTN KKSSLKGNEK EKEKQQREKD KEKSKDLAKR ASVTERLDLK EEPKEDPSGA AVPEMPKKSS KIASFIPKGG KLNSAKKEPM APSHSGIPKP GMKSMPGKSP SAPAPSKEGE RSRSGKLSSG LPQQKPQLDG RHSSSSSSLA SSEGKGPGGT TLNHSISSQT VSGSVGTTQT TGSNTVSVQL PQPQQQYNHP NTATVAPFLY RSQTDTEGNV TAESSSTGVS VEPSHFTKTG QPALEELTGE DPEARRLRTV KNIADLRQNL EETMSSLRGT QVTHSTLETT FDTNVTTEMS GRSILSLTGR PTPLSWRLGQ SSPRLQAGDA PSMGNGYPPR ANASRFINTE SGRYVYSAPL RRQLASRGSS VCHVDVSDKA GDEMDLEGIS MDAPGYMSDG DVLSKNIRTD DITSGYMTDG GLGLYTRRLN RLPDGMAVVR ETLQRNTSLG LGDADSWDDS SSVSSGISDT IDNLSTDDIN TSSSISSYAN TPASSRKNLD VQTDAEKHSQ VERNSLWSGD DVKKSDGGSD SGIKMEPGSK WRRNPSDVSD ESDKSTSGKK NPVISQTGSW RRGMTAQVGI TMPRTKPSAP AGALKTPGTG KTDDAKVSEK GRLSPKASQV KRSPSDAGRS SGDESKKPLP SSSRTPTANA NSFGFKKQSG SAAGLAMITA SGVTVTSRSA TLGKIPKSSA LVSRSAGRKS SMDGAQNQDD GYLALSSRTN LQYRSLPRPS KSNSRNGAGN RSSTSSIDSN ISSKSAGLPV PKLREPSKTA LGSSLPGLVN QTDKEKGISS DNESVASCNS VKVNPAAQPV SSPAQTSLQP GAKYPDVASP TLRRLFGGKP TKQVPIATAE NMKNSVVISN PHATMTQQGN LDSPSGSGVL SSGSSSPLYS KNVDLNQSPL ASSPSSAHSA PSNSLTWGTN ASSSSAVSKD GLGFQSVSSL HTSCESIDIS LSSGGVPSHN SSTGLIASSK DDSLTPFVRT NSVKTTLSES PLSSPAASPK FCRSTLPRKQ DSDPHLDRNT LPKKGLRYTP TSQLRTQEDA KEWLRSHSAG GLQDTAANSP FSSGSSVTSP SGTRFNFSQL ASPTTVTQMS LSNPTMLRTH SLSNADGQYD PYTDSRFRNS SMSLDEKSRT MSRSGSFRDG FEEESWEKSS VDNFVSRLHS SLHFSLPLFH HARYELVHGS SLSLVSSTSS VYSTPEEKCQ SEIRKLRREL DASQEKVSAL TTQLTANAHL VAAFEQSLGN MTIRLQSLTM TAEQKDSELN ELRKTIELLK KQNAAAQAAI NGVINTPELN CKGNGTAQSA DLRIRRQHSS DSVSSINSAT SHSSVGSNIE SDSKKKKRKN WVNELRSSFK QAFGKKKSPK SASSHSDIEE MTDSSLPSSP KLPHNGSTGS TPLLRNSHSN SLISECMDSE AETVMQLRNE LRDKEMKLTD IRLEALSSAH QLDQLREAMN RMQSEIEKLK AENDRLKSES QGSGCSRAPS QVSISASPRQ SMGLSQHSLN LTESTSLDML LDDTGECSAR KEGGRHVKIV VSFQEEMKWK EDSRPHLFLI GCIGVSGKTK WDVLDGVVRR LFKEYIIHVD PVSQLGLNSD SVLGYSIGEI KRSNTSETPE LLPCGYLVGE NTTISVTVKG LAENSLDSLV FESLIPKPIL QRYVSLLIEH RRIILSGPSG TGKTYLANRL SEYIVLREGR ELTDGVIATF NVDHKSSKEL RQYLSNLADQ CNSENNAVDM PLVIILDNLH HVSSLGEIFN GLLNCKYHKC PYIIGTMNQA TSSTPNLQLH HNFRWVLCAN HTEPVKGFLG RFLRRKLMET EISGRVRNME LVKIIDWIPK VWHHLNRFLE AHSSSDVTIG PRLFLSCPID VDGSRVWFTD LWNYSIIPYL LEAVREGLQL YGRRAPWEDP AKWVMDTYPW AASPQQHEWP PLLQLRPEDV GFDGYSMPRE GSTSKQMPPS DAEGDPLMNM LMRLQEAANY SSPQSYDSDS NSNSHHDDIL DSSLESTL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MPAILVASKM KSGLPKPVHS AAPILHVPPA RAGPQPCYLK LGSKVEVSKT TYPSQIPLKS QVLQGLQEPA GEGLPLRKSG SVENGFDTQI YTDWANHYLA KSGHKRLIKD LQQDVTDGVL LAQIIQVVAN EKIEDINGCP KNRSQMIENI DACLNFLAAK GINIQGLSAE EIRNGNLKAI LGLFFSLSRY KQQQQQPQKQ HLSSPLPPAV SQVAGAPSQC QAGTPQQQVP VTPQAPCQPH QPAPHQQSKA QAEMQSSASS KDSSQSKIIR FTLGQKKISR LPGPTARVSA AGSEAKTRGG STTANNRRSQ SFNNYDKSKP VTSPPPPPSS HEKEPLASSA SSHPGMSDNA PASLESGSSS TPTNCSTSSA IPQPGAATKP WRSKSLSVKH SATVSMLSVK PPGPEAPRPT PEAMKPAPNN QKSMLEKLKL FNSKGGSKAG EGPGSRDTSC ERLETLPSFE ESEELEAASR MLTTVGPASS SPKIALKGIA QRTFSRALTN KKSSLKGNEK EKEKQQREKD KEKSKDLAKR ASVTERLDLK EEPKEDPSGA AVPEMPKKSS KIASFIPKGG KLNSAKKEPM APSHSGIPKP GMKSMPGKSP SAPAPSKEGE RSRSGKLSSG LPQQKPQLDG RHSSSSSSLA SSEGKGPGGT TLNHSISSQT VSGSVGTTQT TGSNTVSVQL PQPQQQYNHP NTATVAPFLY RSQTDTEGNV TAESSSTGVS VEPSHFTKTG QPALEELTGE DPEARRLRTV KNIADLRQNL EETMSSLRGT QVTHSTLETT FDTNVTTEMS GRSILSLTGR PTPLSWRLGQ SSPRLQAGDA PSMGNGYPPR ANASRFINTE SGRYVYSAPL RRQLASRGSS VCHVDVSDKA GDEMDLEGIS MDAPGYMSDG DVLSKNIRTD DITSGYMTDG GLGLYTRRLN RLPDGMAVVR ETLQRNTSLG LGDADSWDDS SSVSSGISDT IDNLSTDDIN TSSSISSYAN TPASSRKNLD VQTDAEKHSQ VERNSLWSGD DVKKSDGGSD SGIKMEPGSK WRRNPSDVSD ESDKSTSGKK NPVISQTGSW RRGMTAQVGI TMPRTKPSAP AGALKTPGTG KTDDAKVSEK GRLSPKASQV KRSPSDAGRS SGDESKKPLP SSSRTPTANA NSFGFKKQSG SAAGLAMITA SGVTVTSRSA TLGKIPKSSA LVSRSAGRKS SMDGAQNQDD GYLALSSRTN LQYRSLPRPS KSNSRNGAGN RSSTSSIDSN ISSKSAGLPV PKLREPSKTA LGSSLPGLVN QTDKEKGISS DNESVASCNS VKVNPAAQPV SSPAQTSLQP GAKYPDVASP TLRRLFGGKP TKQVPIATAE NMKNSVVISN PHATMTQQGN LDSPSGSGVL SSGSSSPLYS KNVDLNQSPL ASSPSSAHSA PSNSLTWGTN ASSSSAVSKD GLGFQSVSSL HTSCESIDIS LSSGGVPSHN SSTGLIASSK DDSLTPFVRT NSVKTTLSES PLSSPAASPK FCRSTLPRKQ DSDPHLDRNT LPKKGLRYTP TSQLRTQEDA KEWLRSHSAG GLQDTAANSP FSSGSSVTSP SGTRFNFSQL ASPTTVTQMS LSNPTMLRTH SLSNADGQYD PYTDSRFRNS SMSLDEKSRT MSRSGSFRDG FEEESWEKSS VDNFVSRLHS SLHFSLPLFH HARYELVHGS SLSLVSSTSS VYSTPEEKCQ SEIRKLRREL DASQEKVSAL TTQLTANAHL VAAFEQSLGN MTIRLQSLTM TAEQKDSELN ELRKTIELLK KQNAAAQAAI NGVINTPELN CKGNGTAQSA DLRIRRQHSS DSVSSINSAT SHSSVGSNIE SDSKKKKRKN WVNELRSSFK QAFGKKKSPK SASSHSDIEE MTDSSLPSSP KLPHNGSTGS TPLLRNSHSN SLISECMDSE AETVMQLRNE LRDKEMKLTD IRLEALSSAH QLDQLREAMN RMQSEIEKLK AENDRLKSES QGSGCSRAPS QVSISASPRQ SMGLSQHSLN LTESTSLDML LDDTGECSAR KEGGRHVKIV VSFQEEMKWK EDSRPHLFLI GCIGVSGKTK WDVLDGVVRR LFKEYIIHVD PVSQLGLNSD SVLGYSIGEI KRSNTSETPE LLPCGYLVGE NTTISVTVKG LAENSLDSLV FESLIPKPIL QRYVSLLIEH RRIILSGPSG TGKTYLANRL SEYIVLREGR ELTDGVIATF NVDHKSSKEL RQYLSNLADQ CNSENNAVDM PLVIILDNLH HVSSLGEIFN GLLNCKYHKC PYIIGTMNQA TSSTPNLQLH HNFRWVLCAN HTEPVKGFLG RFLRRKLMET EISGRVRNME LVKIIDWIPK VWHHLNRFLE AHSSSDVTIG PRLFLSCPID VDGSRVWFTD LWNYSIIPYL LEAVREGLQL YGRRAPWEDP AKWVMDTYPW AASPQQHEWP PLLQLRPEDV GFDGYSMPRE GSTSKQMPPS DAEGDPLMNM LMRLQEAANY SSPQSYDSDS NSNSHHDDIL DSSLESTL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.81 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||