MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
SLCO1C1 | polymorphism_automatic | 0.618765319582112 | simple_aae | S677F | single base exchange | rs6487138 | show file | ||||
SLCO1C1 | polymorphism_automatic | 0.618765319582112 | simple_aae | S677F | single base exchange | rs6487138 | show file | ||||
SLCO1C1 | polymorphism_automatic | 0.740780375744748 | simple_aae | S559F | single base exchange | rs6487138 | show file | ||||
SLCO1C1 | polymorphism_automatic | 1 | without_aae | single base exchange | rs6487138 | show file | |||||
SLCO1C1 | polymorphism_automatic | 1 | without_aae | single base exchange | rs6487138 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.381234680417888 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr12:20905250C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | SLCO1C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000545604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001145946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9NYB5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2030C>T cDNA.2385C>T g.56962C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S677F Score: 155 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 677 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6487138
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 2193 / 2193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 731 / 731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 2548 / 2548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 356 / 356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2030 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 56962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 20905250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTTCTTCTAGACATATATATCTGGGACTAACTGTGATACTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTTCTTCTAGACATATATATTTGGGACTAACTGTGATACTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGCTTGTAAGACATATATATCTGGGACTAACTGTGATACTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGCTTGTAAGACATATATATTTGGGACTAACTGTGATACTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDTSSKENIQ LFCKTSVQPV GRPSFKTEYP SSEEKQPCCG ELKVFLCALS FVYFAKALAE GYLKSTITQI ERRFDIPSSL VGVIDGSFEI GNLLVITFVS YFGAKLHRPK IIGAGCVIMG VGTLLIAMPQ FFMEQYKYER YSPSSNSTLS ISPCLLESSS QLPVSVMEKS KSKISNECEV DTSSSMWIYV FLGNLLRGIG ETPIQPLGIA YLDDFASEDN AAFYIGCVQT VAIIGPIFGF LLGSLCAKLY VDIGFVNLDH ITITPKDPQW VGAWWLGYLI AGIISLLAAV PFWYLPKSLP RSQSREDSNS SSEKSKFIID DHTDYQTPQG ENAKIMEMAR DFLPSLKNLF GNPVYFLYLC TSTVQFNSLF GMVTYKPKYI EQQYGQSSSR ANFVIGLINI PAVALGIFSG GIVMKKFRIS VCGAAKLYLG SSVFGYLLFL SLFALGCENS DVAGLTVSYQ GTKPVSYHER ALFSDCNSRC KCSETKWEPM CGENGITYVS ACLAGCQTSN RSGKNIIFYN CTCVGIAASK SGNSSGIVGR CQKDNGCPQM FLYFLVISVI TSYTLSLGGI PGYILLLRCI KPQLKSFALG IYTLAIRVLA GIPAPVYFGV LIDTSCLKWG FKRCGSRGSC RLYDSNVFRY QIKSIPASHC YSIPDLHNAT DTNKFSCHFT ACKTYISGTN CDTGHSVNSP KHCSTFHFKE KLCFKTQKFY NQERKNNGVY KIPKGKLHYK * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MDTSSKENIQ LFCKTSVQPV GRPSFKTEYP SSEEKQPCCG ELKVFLCALS FVYFAKALAE GYLKSTITQI ERRFDIPSSL VGVIDGSFEI GNLLVITFVS YFGAKLHRPK IIGAGCVIMG VGTLLIAMPQ FFMEQYKYER YSPSSNSTLS ISPCLLESSS QLPVSVMEKS KSKISNECEV DTSSSMWIYV FLGNLLRGIG ETPIQPLGIA YLDDFASEDN AAFYIGCVQT VAIIGPIFGF LLGSLCAKLY VDIGFVNLDH ITITPKDPQW VGAWWLGYLI AGIISLLAAV PFWYLPKSLP RSQSREDSNS SSEKSKFIID DHTDYQTPQG ENAKIMEMAR DFLPSLKNLF GNPVYFLYLC TSTVQFNSLF GMVTYKPKYI EQQYGQSSSR ANFVIGLINI PAVALGIFSG GIVMKKFRIS VCGAAKLYLG SSVFGYLLFL SLFALGCENS DVAGLTVSYQ GTKPVSYHER ALFSDCNSRC KCSETKWEPM CGENGITYVS ACLAGCQTSN RSGKNIIFYN CTCVGIAASK SGNSSGIVGR CQKDNGCPQM FLYFLVISVI TSYTLSLGGI PGYILLLRCI KPQLKSFALG IYTLAIRVLA GIPAPVYFGV LIDTSCLKWG FKRCGSRGSC RLYDSNVFRY QIKSIPASHC YSIPDLHNAT DTNKFSCHFT ACKTYIFGTN CDTGHSVNSP KHCSTFHFKE KLCFKTQKFY NQERKNNGVY KIPKGKLHYK * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.32 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.381234680417888 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr12:20905250C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | SLCO1C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000381552 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9NYB5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2030C>T cDNA.2398C>T g.56962C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S677F Score: 155 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 677 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6487138
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 2193 / 2193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 731 / 731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 2561 / 2561 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 369 / 369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2030 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 56962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 20905250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTTCTTCTAGACATATATATCTGGGACTAACTGTGATACTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTTCTTCTAGACATATATATTTGGGACTAACTGTGATACTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGCTTGTAAGACATATATATCTGGGACTAACTGTGATACTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGCTTGTAAGACATATATATTTGGGACTAACTGTGATACTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDTSSKENIQ LFCKTSVQPV GRPSFKTEYP SSEEKQPCCG ELKVFLCALS FVYFAKALAE GYLKSTITQI ERRFDIPSSL VGVIDGSFEI GNLLVITFVS YFGAKLHRPK IIGAGCVIMG VGTLLIAMPQ FFMEQYKYER YSPSSNSTLS ISPCLLESSS QLPVSVMEKS KSKISNECEV DTSSSMWIYV FLGNLLRGIG ETPIQPLGIA YLDDFASEDN AAFYIGCVQT VAIIGPIFGF LLGSLCAKLY VDIGFVNLDH ITITPKDPQW VGAWWLGYLI AGIISLLAAV PFWYLPKSLP RSQSREDSNS SSEKSKFIID DHTDYQTPQG ENAKIMEMAR DFLPSLKNLF GNPVYFLYLC TSTVQFNSLF GMVTYKPKYI EQQYGQSSSR ANFVIGLINI PAVALGIFSG GIVMKKFRIS VCGAAKLYLG SSVFGYLLFL SLFALGCENS DVAGLTVSYQ GTKPVSYHER ALFSDCNSRC KCSETKWEPM CGENGITYVS ACLAGCQTSN RSGKNIIFYN CTCVGIAASK SGNSSGIVGR CQKDNGCPQM FLYFLVISVI TSYTLSLGGI PGYILLLRCI KPQLKSFALG IYTLAIRVLA GIPAPVYFGV LIDTSCLKWG FKRCGSRGSC RLYDSNVFRY QIKSIPASHC YSIPDLHNAT DTNKFSCHFT ACKTYISGTN CDTGHSVNSP KHCSTFHFKE KLCFKTQKFY NQERKNNGVY KIPKGKLHYK * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MDTSSKENIQ LFCKTSVQPV GRPSFKTEYP SSEEKQPCCG ELKVFLCALS FVYFAKALAE GYLKSTITQI ERRFDIPSSL VGVIDGSFEI GNLLVITFVS YFGAKLHRPK IIGAGCVIMG VGTLLIAMPQ FFMEQYKYER YSPSSNSTLS ISPCLLESSS QLPVSVMEKS KSKISNECEV DTSSSMWIYV FLGNLLRGIG ETPIQPLGIA YLDDFASEDN AAFYIGCVQT VAIIGPIFGF LLGSLCAKLY VDIGFVNLDH ITITPKDPQW VGAWWLGYLI AGIISLLAAV PFWYLPKSLP RSQSREDSNS SSEKSKFIID DHTDYQTPQG ENAKIMEMAR DFLPSLKNLF GNPVYFLYLC TSTVQFNSLF GMVTYKPKYI EQQYGQSSSR ANFVIGLINI PAVALGIFSG GIVMKKFRIS VCGAAKLYLG SSVFGYLLFL SLFALGCENS DVAGLTVSYQ GTKPVSYHER ALFSDCNSRC KCSETKWEPM CGENGITYVS ACLAGCQTSN RSGKNIIFYN CTCVGIAASK SGNSSGIVGR CQKDNGCPQM FLYFLVISVI TSYTLSLGGI PGYILLLRCI KPQLKSFALG IYTLAIRVLA GIPAPVYFGV LIDTSCLKWG FKRCGSRGSC RLYDSNVFRY QIKSIPASHC YSIPDLHNAT DTNKFSCHFT ACKTYIFGTN CDTGHSVNSP KHCSTFHFKE KLCFKTQKFY NQERKNNGVY KIPKGKLHYK * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.37 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.259219624255252 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr12:20905250C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | SLCO1C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000545102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001145944 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9NYB5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1676C>T cDNA.1970C>T g.56962C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S559F Score: 155 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6487138
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 1839 / 1839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 613 / 613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 2133 / 2133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 295 / 295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 1839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1676 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 56962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 20905250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTTCTTCTAGACATATATATCTGGGACTAACTGTGATACTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTTCTTCTAGACATATATATTTGGGACTAACTGTGATACTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGCTTGTAAGACATATATATCTGGGACTAACTGTGATACTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGCTTGTAAGACATATATATTTGGGACTAACTGTGATACTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGVGTLLIAM PQFFMEQYKY ERYSPSSNST LSISPCLLES SSQLPVSVME KSKSKISNEC EVDTSSSMWI YVFLGNLLRG IGETPIQPLG IAYLDDFASE DNAAFYIGCV QTVAIIGPIF GFLLGSLCAK LYVDIGFVNL DHITITPKDP QWVGAWWLGY LIAGIISLLA AVPFWYLPKS LPRSQSREDS NSSSEKSKFI IDDHTDYQTP QGENAKIMEM ARDFLPSLKN LFGNPVYFLY LCTSTVQFNS LFGMVTYKPK YIEQQYGQSS SRANFVIGLI NIPAVALGIF SGGIVMKKFR ISVCGAAKLY LGSSVFGYLL FLSLFALGCE NSDVAGLTVS YQGTKPVSYH ERALFSDCNS RCKCSETKWE PMCGENGITY VSACLAGCQT SNRSGKNIIF YNCTCVGIAA SKSGNSSGIV GRCQKDNGCP QMFLYFLVIS VITSYTLSLG GIPGYILLLR CIKPQLKSFA LGIYTLAIRV LAGIPAPVYF GVLIDTSCLK WGFKRCGSRG SCRLYDSNVF RYQIKSIPAS HCYSIPDLHN ATDTNKFSCH FTACKTYISG TNCDTGHSVN SPKHCSTFHF KEKLCFKTQK FYNQERKNNG VYKIPKGKLH YK* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGVGTLLIAM PQFFMEQYKY ERYSPSSNST LSISPCLLES SSQLPVSVME KSKSKISNEC EVDTSSSMWI YVFLGNLLRG IGETPIQPLG IAYLDDFASE DNAAFYIGCV QTVAIIGPIF GFLLGSLCAK LYVDIGFVNL DHITITPKDP QWVGAWWLGY LIAGIISLLA AVPFWYLPKS LPRSQSREDS NSSSEKSKFI IDDHTDYQTP QGENAKIMEM ARDFLPSLKN LFGNPVYFLY LCTSTVQFNS LFGMVTYKPK YIEQQYGQSS SRANFVIGLI NIPAVALGIF SGGIVMKKFR ISVCGAAKLY LGSSVFGYLL FLSLFALGCE NSDVAGLTVS YQGTKPVSYH ERALFSDCNS RCKCSETKWE PMCGENGITY VSACLAGCQT SNRSGKNIIF YNCTCVGIAA SKSGNSSGIV GRCQKDNGCP QMFLYFLVIS VITSYTLSLG GIPGYILLLR CIKPQLKSFA LGIYTLAIRV LAGIPAPVYF GVLIDTSCLK WGFKRCGSRG SCRLYDSNVF RYQIKSIPAS HCYSIPDLHN ATDTNKFSCH FTACKTYIFG TNCDTGHSVN SPKHCSTFHF KEKLCFKTQK FYNQERKNNG VYKIPKGKLH YK* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.28 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 1.83266877624817e-36 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr12:20905250C>TN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||
HGNC symbol | SLCO1C1 | |||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000266509 | |||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_017435 | |||||||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | |||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | |||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1927C>T cDNA.2295C>T g.56962C>T | |||||||||||||||||||||
AA changes | no AA changes | |||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||
frameshift | no | |||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6487138
| |||||||||||||||||||||
regulatory features | N/A | |||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||
distance from splice site | 11 | |||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||
protein features | N/A | |||||||||||||||||||||
length of protein | normal | |||||||||||||||||||||
AA sequence altered | no | |||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 2139 / 2139 | |||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 713 / 713 | |||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 2507 / 2507 | |||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 369 / 369 | |||||||||||||||||||||
chromosome | 12 | |||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2285 | |||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1866 | |||||||||||||||||||||
length of CDS | 2139 | |||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1927 | |||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2295 | |||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 56962 | |||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 20905250 | |||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTTCTTCTAGACATATATATCTGGGACTAACTGTGATACTG | |||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTTCTTCTAGACATATATATTTGGGACTAACTGTGATACTG | |||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | ATGTCTTCAGACATATATATCTGGGACTAACTGTGATACTG | |||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | ATGTCTTCAGACATATATATTTGGGACTAACTGTGATACTG | |||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDTSSKENIQ LFCKTSVQPV GRPSFKTEYP SSEEKQPCCG ELKVFLCALS FVYFAKALAE GYLKSTITQI ERRFDIPSSL VGVIDGSFEI GNLLVITFVS YFGAKLHRPK IIGAGCVIMG VGTLLIAMPQ FFMEQYKYER YSPSSNSTLS ISPCLLESSS QLPVSVMEKS KSKISNECEV DTSSSMWIYV FLGNLLRGIG ETPIQPLGIA YLDDFASEDN AAFYIGCVQT VAIIGPIFGF LLGSLCAKLY VDIGFVNLDH ITITPKDPQW VGAWWLGYLI AGIISLLAAV PFWYLPKSLP RSQSREDSNS SSEKSKFIID DHTDYQTPQG ENAKIMEMAR DFLPSLKNLF GNPVYFLYLC TSTVQFNSLF GMVTYKPKYI EQQYGQSSSR ANFVIGLINI PAVALGIFSG GIVMKKFRIS VCGAAKLYLG SSVFGYLLFL SLFALGCENS DVAGLTVSYQ GTKPVSYHER ALFSDCNSRC KCSETKWEPM CGENGITYVS ACLAGCQTSN RSGKNIIFYN CTCVGIAASK SGNSSGIVGR CQKDNGCPQM FLYFLVISVI TSYTLSLGGI PGYILLLRCI KPQLKSFALG IYTLAIRVLA GIPAPVYFGV LIDTSCLKWG FKRCGSRGSC RLYDSNVFRH IYLGLTVILG TVSILLSIAV LFILKKNYVS KHRSFITKRE RTMVSTRFQK ENYTTSDHLL QPNYWPGKET QL* | |||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MDTSSKENIQ LFCKTSVQPV GRPSFKTEYP SSEEKQPCCG ELKVFLCALS FVYFAKALAE GYLKSTITQI ERRFDIPSSL VGVIDGSFEI GNLLVITFVS YFGAKLHRPK IIGAGCVIMG VGTLLIAMPQ FFMEQYKYER YSPSSNSTLS ISPCLLESSS QLPVSVMEKS KSKISNECEV DTSSSMWIYV FLGNLLRGIG ETPIQPLGIA YLDDFASEDN AAFYIGCVQT VAIIGPIFGF LLGSLCAKLY VDIGFVNLDH ITITPKDPQW VGAWWLGYLI AGIISLLAAV PFWYLPKSLP RSQSREDSNS SSEKSKFIID DHTDYQTPQG ENAKIMEMAR DFLPSLKNLF GNPVYFLYLC TSTVQFNSLF GMVTYKPKYI EQQYGQSSSR ANFVIGLINI PAVALGIFSG GIVMKKFRIS VCGAAKLYLG SSVFGYLLFL SLFALGCENS DVAGLTVSYQ GTKPVSYHER ALFSDCNSRC KCSETKWEPM CGENGITYVS ACLAGCQTSN RSGKNIIFYN CTCVGIAASK SGNSSGIVGR CQKDNGCPQM FLYFLVISVI TSYTLSLGGI PGYILLLRCI KPQLKSFALG IYTLAIRVLA GIPAPVYFGV LIDTSCLKWG FKRCGSRGSC RLYDSNVFRH IYLGLTVILG TVSILLSIAV LFILKKNYVS KHRSFITKRE RTMVSTRFQK ENYTTSDHLL QPNYWPGKET QL* | |||||||||||||||||||||
speed | 0.94 s | |||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 1.83266877624817e-36 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr12:20905250C>TN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||
HGNC symbol | SLCO1C1 | |||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000540354 | |||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001145945 | |||||||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | |||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | |||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1780C>T cDNA.2028C>T g.56962C>T | |||||||||||||||||||||
AA changes | no AA changes | |||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||
frameshift | no | |||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6487138
| |||||||||||||||||||||
regulatory features | N/A | |||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||
distance from splice site | 11 | |||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||
protein features | N/A | |||||||||||||||||||||
length of protein | normal | |||||||||||||||||||||
AA sequence altered | no | |||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 1992 / 1992 | |||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 664 / 664 | |||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 2240 / 2240 | |||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 249 / 249 | |||||||||||||||||||||
chromosome | 12 | |||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2018 | |||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1719 | |||||||||||||||||||||
length of CDS | 1992 | |||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1780 | |||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2028 | |||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 56962 | |||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 20905250 | |||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTTCTTCTAGACATATATATCTGGGACTAACTGTGATACTG | |||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTTCTTCTAGACATATATATTTGGGACTAACTGTGATACTG | |||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | ATGTCTTCAGACATATATATCTGGGACTAACTGTGATACTG | |||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | ATGTCTTCAGACATATATATTTGGGACTAACTGTGATACTG | |||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDTSSKENIQ LFCKTSVQPV GRPSFKTEYP SSEEKQPCCG ELKVFLCALS FVYFAKALAE GYLKSTITQI ERRFDIPSSL VGVIDGSFEI GNLLVITFVS YFGAKLHRPK IIGAGCVIMG VGTLLIAMPQ FFMEQYKYER YSPSSNSTLS ISPCLLESSS QLPVSVMEKS KSKISNGCVQ TVAIIGPIFG FLLGSLCAKL YVDIGFVNLD HITITPKDPQ WVGAWWLGYL IAGIISLLAA VPFWYLPKSL PRSQSREDSN SSSEKSKFII DDHTDYQTPQ GENAKIMEMA RDFLPSLKNL FGNPVYFLYL CTSTVQFNSL FGMVTYKPKY IEQQYGQSSS RANFVIGLIN IPAVALGIFS GGIVMKKFRI SVCGAAKLYL GSSVFGYLLF LSLFALGCEN SDVAGLTVSY QGTKPVSYHE RALFSDCNSR CKCSETKWEP MCGENGITYV SACLAGCQTS NRSGKNIIFY NCTCVGIAAS KSGNSSGIVG RCQKDNGCPQ MFLYFLVISV ITSYTLSLGG IPGYILLLRC IKPQLKSFAL GIYTLAIRVL AGIPAPVYFG VLIDTSCLKW GFKRCGSRGS CRLYDSNVFR HIYLGLTVIL GTVSILLSIA VLFILKKNYV SKHRSFITKR ERTMVSTRFQ KENYTTSDHL LQPNYWPGKE TQL* | |||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MDTSSKENIQ LFCKTSVQPV GRPSFKTEYP SSEEKQPCCG ELKVFLCALS FVYFAKALAE GYLKSTITQI ERRFDIPSSL VGVIDGSFEI GNLLVITFVS YFGAKLHRPK IIGAGCVIMG VGTLLIAMPQ FFMEQYKYER YSPSSNSTLS ISPCLLESSS QLPVSVMEKS KSKISNGCVQ TVAIIGPIFG FLLGSLCAKL YVDIGFVNLD HITITPKDPQ WVGAWWLGYL IAGIISLLAA VPFWYLPKSL PRSQSREDSN SSSEKSKFII DDHTDYQTPQ GENAKIMEMA RDFLPSLKNL FGNPVYFLYL CTSTVQFNSL FGMVTYKPKY IEQQYGQSSS RANFVIGLIN IPAVALGIFS GGIVMKKFRI SVCGAAKLYL GSSVFGYLLF LSLFALGCEN SDVAGLTVSY QGTKPVSYHE RALFSDCNSR CKCSETKWEP MCGENGITYV SACLAGCQTS NRSGKNIIFY NCTCVGIAAS KSGNSSGIVG RCQKDNGCPQ MFLYFLVISV ITSYTLSLGG IPGYILLLRC IKPQLKSFAL GIYTLAIRVL AGIPAPVYFG VLIDTSCLKW GFKRCGSRGS CRLYDSNVFR HIYLGLTVIL GTVSILLSIA VLFILKKNYV SKHRSFITKR ERTMVSTRFQ KENYTTSDHL LQPNYWPGKE TQL* | |||||||||||||||||||||
speed | 2.08 s | |||||||||||||||||||||