MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
PAPLN | polymorphism_automatic | 1.48600021177003e-11 | simple_aae | affected | M666R | single base exchange | rs177389 | show file | |||
PAPLN | polymorphism_automatic | 1.48600021177003e-11 | simple_aae | affected | M693R | single base exchange | rs177389 | show file | |||
PAPLN | polymorphism_automatic | 1.48600021177003e-11 | simple_aae | affected | M693R | single base exchange | rs177389 | show file | |||
PAPLN | polymorphism_automatic | 1.48600021177003e-11 | simple_aae | affected | M693R | single base exchange | rs177389 | show file | |||
PAPLN | polymorphism_automatic | 1.48600021177003e-11 | simple_aae | affected | M693R | single base exchange | rs177389 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99999999998514 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr14:73727509T>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PAPLN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000340738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_173462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1997T>G cDNA.2099T>G g.23305T>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M666R Score: 91 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs177389
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3756 / 3756 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1252 / 1252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3858 / 3858 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 103 / 103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3689 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3536 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3756 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2099 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73727509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCATGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCAGGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCATGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCAGGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MRLLLLVPLL LAPAPGSSAP KVRRQSDTWG PWSQWSPCSR TCGGGVSFRE RPCYSQRRDG GSSCVGPARS HRSCRTESCP DGARDFRAEQ CAEFDGAEFQ GRRYRWLPYY SAPNKCELNC IPKGENFYYK HREAVVDGTP CEPGKRDVCV DGSCRVVGCD HELDSSKQED KCLRCGGDGT TCYPVAGTFD ANDLSRAVKN VRGEYYLNGH WTIEAARALP AASTILHYER GAEGDLAPER LHARGPTSEP LVIELISQEP NPGVHYEYHL PLRRPSPGFS WSHGSWSDCS AECGGGHQSR LVFCTIDHEA YPDHMCQRQP RPADRRSCNL HPCPETKRWK AGPWAPCSAS CGGGSQSRSV YCISSDGAGI QEAVEEAECA GLPGKPPAIQ ACNLQRCAAW SPEPWGECSV SCGVGVRKRS VTCRGERGSL LHTAACSLED RPPLTEPCVH EDCPLLSDQA WHVGTWGLCS KSCSSGTRRR QVICAIGPPS HCGSLQHSKP VDVEPCNTQP CHLPQEVPSM QDVHTPASNP WMPLGPQESP ASDSRGQWWA AQEHPSARGD HRGERGDPRG DQGTHLSALG PAPSLQQPPY QQPLRSGSGP HDCRHSPHGC CPDGHTASLG PQWQGCPGAP CQQSRYGCCP DRVSVAEGPH HAGCTKSYGG DSTGGMPRSR AVASTVHNTH QPQAQQNEPS ECRGSQFGCC YDNVATAAGP LGEGCVGQPS HAYPVRCLLP SAHGSCADWA ARWYFVASVG QCNRFWYGGC HGNANNFASE QECMSSCQGS LHGPRRPQPG ASGRSTHTDG GGSSPAGEQE PSQHRTGAAV QRKPWPSGGL WRQDQQPGPG EAPHTQAFGE WPWGQELGSR APGLGGDAGS PAPPFHSSSY RISLAGVEPS LVQAALGQLV RLSCSDDTAP ESQAAWQKDG QPISSDRHRL QFDGSLIIHP LQAEDAGTYS CGSTRPGRDS QKIQLRIIGG DMAVLSEAEL SRFPQPRDPA QDFGQAGAAG PLGAIPSSHP QPANRLRLDQ NQPRVVDASP GQRIRMTCRA EGFPPPAIEW QRDGQPVSSP RHQLQPDGSL VISRVAVEDG GFYTCVAFNG QDRDQRWVQL RVLGELTISG LPPTVTVPEG DTARLLCVVA GESVNIRWSR NGLPVQADGH RVHQSPDGTL LIYNLRARDE GSYTCSAYQG SQAVSRSTEV KVVSPAPTAQ PRDPGRDCVD QPELANCDLI LQAQLCGNEY YSSFCCASCS RFQPHAQPIW Q* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MRLLLLVPLL LAPAPGSSAP KVRRQSDTWG PWSQWSPCSR TCGGGVSFRE RPCYSQRRDG GSSCVGPARS HRSCRTESCP DGARDFRAEQ CAEFDGAEFQ GRRYRWLPYY SAPNKCELNC IPKGENFYYK HREAVVDGTP CEPGKRDVCV DGSCRVVGCD HELDSSKQED KCLRCGGDGT TCYPVAGTFD ANDLSRAVKN VRGEYYLNGH WTIEAARALP AASTILHYER GAEGDLAPER LHARGPTSEP LVIELISQEP NPGVHYEYHL PLRRPSPGFS WSHGSWSDCS AECGGGHQSR LVFCTIDHEA YPDHMCQRQP RPADRRSCNL HPCPETKRWK AGPWAPCSAS CGGGSQSRSV YCISSDGAGI QEAVEEAECA GLPGKPPAIQ ACNLQRCAAW SPEPWGECSV SCGVGVRKRS VTCRGERGSL LHTAACSLED RPPLTEPCVH EDCPLLSDQA WHVGTWGLCS KSCSSGTRRR QVICAIGPPS HCGSLQHSKP VDVEPCNTQP CHLPQEVPSM QDVHTPASNP WMPLGPQESP ASDSRGQWWA AQEHPSARGD HRGERGDPRG DQGTHLSALG PAPSLQQPPY QQPLRSGSGP HDCRHSPHGC CPDGHTASLG PQWQGCPGAP CQQSRYGCCP DRVSVAEGPH HAGCTKSYGG DSTGGRPRSR AVASTVHNTH QPQAQQNEPS ECRGSQFGCC YDNVATAAGP LGEGCVGQPS HAYPVRCLLP SAHGSCADWA ARWYFVASVG QCNRFWYGGC HGNANNFASE QECMSSCQGS LHGPRRPQPG ASGRSTHTDG GGSSPAGEQE PSQHRTGAAV QRKPWPSGGL WRQDQQPGPG EAPHTQAFGE WPWGQELGSR APGLGGDAGS PAPPFHSSSY RISLAGVEPS LVQAALGQLV RLSCSDDTAP ESQAAWQKDG QPISSDRHRL QFDGSLIIHP LQAEDAGTYS CGSTRPGRDS QKIQLRIIGG DMAVLSEAEL SRFPQPRDPA QDFGQAGAAG PLGAIPSSHP QPANRLRLDQ NQPRVVDASP GQRIRMTCRA EGFPPPAIEW QRDGQPVSSP RHQLQPDGSL VISRVAVEDG GFYTCVAFNG QDRDQRWVQL RVLGELTISG LPPTVTVPEG DTARLLCVVA GESVNIRWSR NGLPVQADGH RVHQSPDGTL LIYNLRARDE GSYTCSAYQG SQAVSRSTEV KVVSPAPTAQ PRDPGRDCVD QPELANCDLI LQAQLCGNEY YSSFCCASCS RFQPHAQPIW Q* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.47 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99999999998514 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr14:73727509T>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PAPLN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000554301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2078T>G cDNA.2241T>G g.23305T>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M693R Score: 91 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs177389
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
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distance from splice site | 29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3837 / 3837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1279 / 1279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4000 / 4000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 164 / 164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3831 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73727509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCATGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCAGGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCATGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCAGGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MRLLLLVPLL LAPAPGSSAP KVRRQSDTWG PWSQWSPCSR TCGGGVSFRE RPCYSQRRDG GSSCVGPARS HRSCRTESCP DGARDFRAEQ CAEFDGAEFQ GRRYRWLPYY SAPNKCELNC IPKGENFYYK HREAVVDGTP CEPGKRDVCV DGSCRVVGCD HELDSSKQED KCLRCGGDGT TCYPVAGTFD ANDLSRGYNQ ILIVPMGATS ILIDEAAASR NFLAVKNVRG EYYLNGHWTI EAARALPAAS TILHYERGAE GDLAPERLHA RGPTSEPLVI ELISQEPNPG VHYEYHLPLR RPSPGFSWSH GSWSDCSAEC GGGHQSRLVF CTIDHEAYPD HMCQRQPRPA DRRSCNLHPC PETKRWKAGP WAPCSASCGG GSQSRSVYCI SSDGAGIQEA VEEAECAGLP GKPPAIQACN LQRCAAWSPE PWGECSVSCG VGVRKRSVTC RGERGSLLHT AACSLEDRPP LTEPCVHEDC PLLSDQAWHV GTWGLCSKSC SSGTRRRQVI CAIGPPSHCG SLQHSKPVDV EPCNTQPCHL PQEVPSMQDV HTPASNPWMP LGPQESPASD SRGQWWAAQE HPSARGDHRG ERGDPRGDQG THLSALGPAP SLQQPPYQQP LRSGSGPHDC RHSPHGCCPD GHTASLGPQW QGCPGAPCQQ SRYGCCPDRV SVAEGPHHAG CTKSYGGDST GGMPRSRAVA STVHNTHQPQ AQQNEPSECR GSQFGCCYDN VATAAGPLGE GCVGQPSHAY PVRCLLPSAH GSCADWAARW YFVASVGQCN RFWYGGCHGN ANNFASEQEC MSSCQGSLHG PRRPQPGASG RSTHTDGGGS SPAGEQEPSQ HRTGAAVQRK PWPSGGLWRQ DQQPGPGEAP HTQAFGEWPW GQELGSRAPG LGGDAGSPAP PFHSSSYRIS LAGVEPSLVQ AALGQLVRLS CSDDTAPESQ AAWQKDGQPI SSDRHRLQFD GSLIIHPLQA EDAGTYSCGS TRPGRDSQKI QLRIIGGDMA VLSEAELSRF PQPRDPAQDF GQAGAAGPLG AIPSSHPQPA NRLRLDQNQP RVVDASPGQR IRMTCRAEGF PPPAIEWQRD GQPVSSPRHQ LQPDGSLVIS RVAVEDGGFY TCVAFNGQDR DQRWVQLRVL GELTISGLPP TVTVPEGDTA RLLCVVAGES VNIRWSRNGL PVQADGHRVH QSPDGTLLIY NLRARDEGSY TCSAYQGSQA VSRSTEVKVV SPAPTAQPRD PGRDCVDQPE LANCDLILQA QLCGNEYYSS FCCASCSRFQ PHAQPIWQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MRLLLLVPLL LAPAPGSSAP KVRRQSDTWG PWSQWSPCSR TCGGGVSFRE RPCYSQRRDG GSSCVGPARS HRSCRTESCP DGARDFRAEQ CAEFDGAEFQ GRRYRWLPYY SAPNKCELNC IPKGENFYYK HREAVVDGTP CEPGKRDVCV DGSCRVVGCD HELDSSKQED KCLRCGGDGT TCYPVAGTFD ANDLSRGYNQ ILIVPMGATS ILIDEAAASR NFLAVKNVRG EYYLNGHWTI EAARALPAAS TILHYERGAE GDLAPERLHA RGPTSEPLVI ELISQEPNPG VHYEYHLPLR RPSPGFSWSH GSWSDCSAEC GGGHQSRLVF CTIDHEAYPD HMCQRQPRPA DRRSCNLHPC PETKRWKAGP WAPCSASCGG GSQSRSVYCI SSDGAGIQEA VEEAECAGLP GKPPAIQACN LQRCAAWSPE PWGECSVSCG VGVRKRSVTC RGERGSLLHT AACSLEDRPP LTEPCVHEDC PLLSDQAWHV GTWGLCSKSC SSGTRRRQVI CAIGPPSHCG SLQHSKPVDV EPCNTQPCHL PQEVPSMQDV HTPASNPWMP LGPQESPASD SRGQWWAAQE HPSARGDHRG ERGDPRGDQG THLSALGPAP SLQQPPYQQP LRSGSGPHDC RHSPHGCCPD GHTASLGPQW QGCPGAPCQQ SRYGCCPDRV SVAEGPHHAG CTKSYGGDST GGRPRSRAVA STVHNTHQPQ AQQNEPSECR GSQFGCCYDN VATAAGPLGE GCVGQPSHAY PVRCLLPSAH GSCADWAARW YFVASVGQCN RFWYGGCHGN ANNFASEQEC MSSCQGSLHG PRRPQPGASG RSTHTDGGGS SPAGEQEPSQ HRTGAAVQRK PWPSGGLWRQ DQQPGPGEAP HTQAFGEWPW GQELGSRAPG LGGDAGSPAP PFHSSSYRIS LAGVEPSLVQ AALGQLVRLS CSDDTAPESQ AAWQKDGQPI SSDRHRLQFD GSLIIHPLQA EDAGTYSCGS TRPGRDSQKI QLRIIGGDMA VLSEAELSRF PQPRDPAQDF GQAGAAGPLG AIPSSHPQPA NRLRLDQNQP RVVDASPGQR IRMTCRAEGF PPPAIEWQRD GQPVSSPRHQ LQPDGSLVIS RVAVEDGGFY TCVAFNGQDR DQRWVQLRVL GELTISGLPP TVTVPEGDTA RLLCVVAGES VNIRWSRNGL PVQADGHRVH QSPDGTLLIY NLRARDEGSY TCSAYQGSQA VSRSTEVKVV SPAPTAQPRD PGRDCVDQPE LANCDLILQA QLCGNEYYSS FCCASCSRFQ PHAQPIWQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.02 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
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Model: simple_aae, prob: 0.99999999998514 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr14:73727509T>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PAPLN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000555445 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2078T>G cDNA.2232T>G g.23305T>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M693R Score: 91 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs177389
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3789 / 3789 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1263 / 1263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3943 / 3943 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 155 / 155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3774 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3569 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3789 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73727509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCATGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCAGGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCATGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCAGGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MRLLLLVPLL LAPAPGSSAP KVRRQSDTWG PWSQWSPCSR TCGGGVSFRE RPCYSQRRDG GSSCVGPARS HRSCRTESCP DGARDFRAEQ CAEFDGAEFQ GRRYRWLPYY SAPNKCELNC IPKGENFYYK HREAVVDGTP CEPGKRDVCV DGSCRVVGCD HELDSSKQED KCLRCGGDGT TCYPVAGTFD ANDLSRGYNQ ILIVPMGATS ILIDEAAASR NFLAVKNVRG EYYLNGHWTI EAARALPAAS TILHYERGAE GDLAPERLHA RGPTSEPLVI ELISQEPNPG VHYEYHLPLR RPSPGFSWSH GSWSDCSAEC GGGHQSRLVF CTIDHEAYPD HMCQRQPRPA DRRSCNLHPC PETKRWKAGP WAPCSASCGG GSQSRSVYCI SSDGAGIQEA VEEAECAGLP GKPPAIQACN LQRCAAWSPE PWGECSVSCG VGVRKRSVTC RGERGSLLHT AACSLEDRPP LTEPCVHEDC PLLSDQAWHV GTWGLCSKSC SSGTRRRQVI CAIGPPSHCG SLQHSKPVDV EPCNTQPCHL PQEVPSMQDV HTPASNPWMP LGPQESPASD SRGQWWAAQE HPSARGDHRG ERGDPRGDQG THLSALGPAP SLQQPPYQQP LRSGSGPHDC RHSPHGCCPD GHTASLGPQW QGCPGAPCQQ SRYGCCPDRV SVAEGPHHAG CTKSYGGDST GGMPRSRAVA STVHNTHQPQ AQQNEPSECR GSQFGCCYDN VATAAGPLGE GCVGQPSHDW AARWYFVASV GQCNRFWYGG CHGNANNFAS EQECMSSCQG SLHGPRRPQP GASGRSTHTD GGGSSPAGEQ EPSQHRTGAA VQRKPWPSGG LWRQDQQPGP GEAPHTQAFG EWPWGQELGS RAPGLGGDAG SPAPPFHSSS YRISLAGVEP SLVQAALGQL VRLSCSDDTA PESQAAWQKD GQPISSDRHR LQFDGSLIIH PLQAEDAGTY SCGSTRPGRD SQKIQLRIIG GDMAVLSEAE LSRFPQPRDP AQDFGQAGAA GPLGAIPSSH PQPANRLRLD QNQPRVVDAS PGQRIRMTCR AEGFPPPAIE WQRDGQPVSS PRHQLQPDGS LVISRVAVED GGFYTCVAFN GQDRDQRWVQ LRVLGELTIS GLPPTVTVPE GDTARLLCVV AGESVNIRWS RNGLPVQADG HRVHQSPDGT LLIYNLRARD EGSYTCSAYQ GSQAVSRSTE VKVVSPAPTA QPRDPGRDCV DQPELANCDL ILQAQLCGNE YYSSFCCASC SRFQPHAQPI WQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MRLLLLVPLL LAPAPGSSAP KVRRQSDTWG PWSQWSPCSR TCGGGVSFRE RPCYSQRRDG GSSCVGPARS HRSCRTESCP DGARDFRAEQ CAEFDGAEFQ GRRYRWLPYY SAPNKCELNC IPKGENFYYK HREAVVDGTP CEPGKRDVCV DGSCRVVGCD HELDSSKQED KCLRCGGDGT TCYPVAGTFD ANDLSRGYNQ ILIVPMGATS ILIDEAAASR NFLAVKNVRG EYYLNGHWTI EAARALPAAS TILHYERGAE GDLAPERLHA RGPTSEPLVI ELISQEPNPG VHYEYHLPLR RPSPGFSWSH GSWSDCSAEC GGGHQSRLVF CTIDHEAYPD HMCQRQPRPA DRRSCNLHPC PETKRWKAGP WAPCSASCGG GSQSRSVYCI SSDGAGIQEA VEEAECAGLP GKPPAIQACN LQRCAAWSPE PWGECSVSCG VGVRKRSVTC RGERGSLLHT AACSLEDRPP LTEPCVHEDC PLLSDQAWHV GTWGLCSKSC SSGTRRRQVI CAIGPPSHCG SLQHSKPVDV EPCNTQPCHL PQEVPSMQDV HTPASNPWMP LGPQESPASD SRGQWWAAQE HPSARGDHRG ERGDPRGDQG THLSALGPAP SLQQPPYQQP LRSGSGPHDC RHSPHGCCPD GHTASLGPQW QGCPGAPCQQ SRYGCCPDRV SVAEGPHHAG CTKSYGGDST GGRPRSRAVA STVHNTHQPQ AQQNEPSECR GSQFGCCYDN VATAAGPLGE GCVGQPSHDW AARWYFVASV GQCNRFWYGG CHGNANNFAS EQECMSSCQG SLHGPRRPQP GASGRSTHTD GGGSSPAGEQ EPSQHRTGAA VQRKPWPSGG LWRQDQQPGP GEAPHTQAFG EWPWGQELGS RAPGLGGDAG SPAPPFHSSS YRISLAGVEP SLVQAALGQL VRLSCSDDTA PESQAAWQKD GQPISSDRHR LQFDGSLIIH PLQAEDAGTY SCGSTRPGRD SQKIQLRIIG GDMAVLSEAE LSRFPQPRDP AQDFGQAGAA GPLGAIPSSH PQPANRLRLD QNQPRVVDAS PGQRIRMTCR AEGFPPPAIE WQRDGQPVSS PRHQLQPDGS LVISRVAVED GGFYTCVAFN GQDRDQRWVQ LRVLGELTIS GLPPTVTVPE GDTARLLCVV AGESVNIRWS RNGLPVQADG HRVHQSPDGT LLIYNLRARD EGSYTCSAYQ GSQAVSRSTE VKVVSPAPTA QPRDPGRDCV DQPELANCDL ILQAQLCGNE YYSSFCCASC SRFQPHAQPI WQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.47 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99999999998514 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr14:73727509T>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PAPLN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000427855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2078T>G cDNA.2180T>G g.23305T>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M693R Score: 91 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs177389
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3837 / 3837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1279 / 1279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3939 / 3939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 103 / 103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3770 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73727509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCATGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCAGGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCATGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCAGGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MRLLLLVPLL LAPAPGSSAP KVRRQSDTWG PWSQWSPCSR TCGGGVSFRE RPCYSQRRDG GSSCVGPARS HRSCRTESCP DGARDFRAEQ CAEFDGAEFQ GRRYRWLPYY SAPNKCELNC IPKGENFYYK HREAVVDGTP CEPGKRDVCV DGSCRVVGCD HELDSSKQED KCLRCGGDGT TCYPVAGTFD ANDLSRGYNQ ILIVPMGATS ILIDEAAASR NFLAVKNVRG EYYLNGHWTI EAARALPAAS TILHYERGAE GDLAPERLHA RGPTSEPLVI ELISQEPNPG VHYEYHLPLR RPSPGFSWSH GSWSDCSAEC GGGHQSRLVF CTIDHEAYPD HMCQRQPRPA DRRSCNLHPC PETKRWKAGP WAPCSASCGG GSQSRSVYCI SSDGAGIQEA VEEAECAGLP GKPPAIQACN LQRCAAWSPE PWGECSVSCG VGVRKRSVTC RGERGSLLHT AACSLEDRPP LTEPCVHEDC PLLSDQAWHV GTWGLCSKSC SSGTRRRQVI CAIGPPSHCG SLQHSKPVDV EPCNTQPCHL PQEVPSMQDV HTPASNPWMP LGPQESPASD SRGQWWAAQE HPSARGDHRG ERGDPRGDQG THLSALGPAP SLQQPPYQQP LRSGSGPHDC RHSPHGCCPD GHTASLGPQW QGCPGAPCQQ SRYGCCPDRV SVAEGPHHAG CTKSYGGDST GGMPRSRAVA STVHNTHQPQ AQQNEPSECR GSQFGCCYDN VATAAGPLGE GCVGQPSHAY PVRCLLPSAH GSCADWAARW YFVASVGQCN RFWYGGCHGN ANNFASEQEC MSSCQGSLHG PRRPQPGASG RSTHTDGGGS SPAGEQEPSQ HRTGAAVQRK PWPSGGLWRQ DQQPGPGEAP HTQAFGEWPW GQELGSRAPG LGGDAGSPAP PFHSSSYRIS LAGVEPSLVQ AALGQLVRLS CSDDTAPESQ AAWQKDGQPI SSDRHRLQFD GSLIIHPLQA EDAGTYSCGS TRPGRDSQKI QLRIIGGDMA VLSEAELSRF PQPRDPAQDF GQAGAAGPLG AIPSSHPQPA NRLRLDQNQP RVVDASPGQR IRMTCRAEGF PPPAIEWQRD GQPVSSPRHQ LQPDGSLVIS RVAVEDGGFY TCVAFNGQDR DQRWVQLRVL GELTISGLPP TVTVPEGDTA RLLCVVAGES VNIRWSRNGL PVQADGHRVH QSPDGTLLIY NLRARDEGSY TCSAYQGSQA VSRSTEVKVV SPAPTAQPRD PGRDCVDQPE LANCDLILQA QLCGNEYYSS FCCASCSRFQ PHAQPIWQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MRLLLLVPLL LAPAPGSSAP KVRRQSDTWG PWSQWSPCSR TCGGGVSFRE RPCYSQRRDG GSSCVGPARS HRSCRTESCP DGARDFRAEQ CAEFDGAEFQ GRRYRWLPYY SAPNKCELNC IPKGENFYYK HREAVVDGTP CEPGKRDVCV DGSCRVVGCD HELDSSKQED KCLRCGGDGT TCYPVAGTFD ANDLSRGYNQ ILIVPMGATS ILIDEAAASR NFLAVKNVRG EYYLNGHWTI EAARALPAAS TILHYERGAE GDLAPERLHA RGPTSEPLVI ELISQEPNPG VHYEYHLPLR RPSPGFSWSH GSWSDCSAEC GGGHQSRLVF CTIDHEAYPD HMCQRQPRPA DRRSCNLHPC PETKRWKAGP WAPCSASCGG GSQSRSVYCI SSDGAGIQEA VEEAECAGLP GKPPAIQACN LQRCAAWSPE PWGECSVSCG VGVRKRSVTC RGERGSLLHT AACSLEDRPP LTEPCVHEDC PLLSDQAWHV GTWGLCSKSC SSGTRRRQVI CAIGPPSHCG SLQHSKPVDV EPCNTQPCHL PQEVPSMQDV HTPASNPWMP LGPQESPASD SRGQWWAAQE HPSARGDHRG ERGDPRGDQG THLSALGPAP SLQQPPYQQP LRSGSGPHDC RHSPHGCCPD GHTASLGPQW QGCPGAPCQQ SRYGCCPDRV SVAEGPHHAG CTKSYGGDST GGRPRSRAVA STVHNTHQPQ AQQNEPSECR GSQFGCCYDN VATAAGPLGE GCVGQPSHAY PVRCLLPSAH GSCADWAARW YFVASVGQCN RFWYGGCHGN ANNFASEQEC MSSCQGSLHG PRRPQPGASG RSTHTDGGGS SPAGEQEPSQ HRTGAAVQRK PWPSGGLWRQ DQQPGPGEAP HTQAFGEWPW GQELGSRAPG LGGDAGSPAP PFHSSSYRIS LAGVEPSLVQ AALGQLVRLS CSDDTAPESQ AAWQKDGQPI SSDRHRLQFD GSLIIHPLQA EDAGTYSCGS TRPGRDSQKI QLRIIGGDMA VLSEAELSRF PQPRDPAQDF GQAGAAGPLG AIPSSHPQPA NRLRLDQNQP RVVDASPGQR IRMTCRAEGF PPPAIEWQRD GQPVSSPRHQ LQPDGSLVIS RVAVEDGGFY TCVAFNGQDR DQRWVQLRVL GELTISGLPP TVTVPEGDTA RLLCVVAGES VNIRWSRNGL PVQADGHRVH QSPDGTLLIY NLRARDEGSY TCSAYQGSQA VSRSTEVKVV SPAPTAQPRD PGRDCVDQPE LANCDLILQA QLCGNEYYSS FCCASCSRFQ PHAQPIWQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.34 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99999999998514 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr14:73727509T>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PAPLN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000381166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O95428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2078T>G cDNA.2180T>G g.23305T>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M693R Score: 91 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs177389
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3330 / 3330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1110 / 1110 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3432 / 3432 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 103 / 103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73727509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCATGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCAGGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCATGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGGTGACAGCACCGGGGGCAGGCCCAGGTCAAGGGCAGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MRLLLLVPLL LAPAPGSSAP KVRRQSDTWG PWSQWSPCSR TCGGGVSFRE RPCYSQRRDG GSSCVGPARS HRSCRTESCP DGARDFRAEQ CAEFDGAEFQ GRRYRWLPYY SAPNKCELNC IPKGENFYYK HREAVVDGTP CEPGKRDVCV DGSCRVVGCD HELDSSKQED KCLRCGGDGT TCYPVAGTFD ANDLSRGYNQ ILIVPMGATS ILIDEAAASR NFLAVKNVRG EYYLNGHWTI EAARALPAAS TILHYERGAE GDLAPERLHA RGPTSEPLVI ELISQEPNPG VHYEYHLPLR RPSPGFSWSH GSWSDCSAEC GGGHQSRLVF CTIDHEAYPD HMCQRQPRPA DRRSCNLHPC PETKRWKAGP WAPCSASCGG GSQSRSVYCI SSDGAGIQEA VEEAECAGLP GKPPAIQACN LQRCAAWSPE PWGECSVSCG VGVRKRSVTC RGERGSLLHT AACSLEDRPP LTEPCVHEDC PLLSDQAWHV GTWGLCSKSC SSGTRRRQVI CAIGPPSHCG SLQHSKPVDV EPCNTQPCHL PQEVPSMQDV HTPASNPWMP LGPQESPASD SRGQWWAAQE HPSARGDHRG ERGDPRGDQG THLSALGPAP SLQQPPYQQP LRSGSGPHDC RHSPHGCCPD GHTASLGPQW QGCPGAPCQQ SRYGCCPDRV SVAEGPHHAG CTKSYGGDST GGMPRSRAVA STVHNTHQPQ AQQNEPSECR GSQFGCCYDN VATAAGPLGE GCVGQPSHAY PVRCLLPSAH GSCADWAARW YFVASVGQCN RFWYGGCHGN ANNFASEQEC MSSCQGSLHG PRRPQPGASG RSTHTDGGGS SPAGEQEPSQ HRTGAAVQRK PWPSGGLWRQ DQQPGPGEAP HTQAFGEWPW GQELGSRAPG LGGDAGSPAP PFHSSSYRIS LAGVEPSLVQ AALGQLVRLS CSDDTAPESQ AAWQKDGQPI SSDRHRLQFD GSLIIHPLQA EDAGTYSCGS TRPGRDSQKI QLRIIGGDMA VLSEAELSRF PQPRDPAQDF GQAGAAGPLG AIPSSHPQPA NRLRLDQNQP RVVDASPGQR IRMTCRAEGF PPPAIEWQRD GQPVSSPSTH RPAQGPWQGL RRPARAGQL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MRLLLLVPLL LAPAPGSSAP KVRRQSDTWG PWSQWSPCSR TCGGGVSFRE RPCYSQRRDG GSSCVGPARS HRSCRTESCP DGARDFRAEQ CAEFDGAEFQ GRRYRWLPYY SAPNKCELNC IPKGENFYYK HREAVVDGTP CEPGKRDVCV DGSCRVVGCD HELDSSKQED KCLRCGGDGT TCYPVAGTFD ANDLSRGYNQ ILIVPMGATS ILIDEAAASR NFLAVKNVRG EYYLNGHWTI EAARALPAAS TILHYERGAE GDLAPERLHA RGPTSEPLVI ELISQEPNPG VHYEYHLPLR RPSPGFSWSH GSWSDCSAEC GGGHQSRLVF CTIDHEAYPD HMCQRQPRPA DRRSCNLHPC PETKRWKAGP WAPCSASCGG GSQSRSVYCI SSDGAGIQEA VEEAECAGLP GKPPAIQACN LQRCAAWSPE PWGECSVSCG VGVRKRSVTC RGERGSLLHT AACSLEDRPP LTEPCVHEDC PLLSDQAWHV GTWGLCSKSC SSGTRRRQVI CAIGPPSHCG SLQHSKPVDV EPCNTQPCHL PQEVPSMQDV HTPASNPWMP LGPQESPASD SRGQWWAAQE HPSARGDHRG ERGDPRGDQG THLSALGPAP SLQQPPYQQP LRSGSGPHDC RHSPHGCCPD GHTASLGPQW QGCPGAPCQQ SRYGCCPDRV SVAEGPHHAG CTKSYGGDST GGRPRSRAVA STVHNTHQPQ AQQNEPSECR GSQFGCCYDN VATAAGPLGE GCVGQPSHAY PVRCLLPSAH GSCADWAARW YFVASVGQCN RFWYGGCHGN ANNFASEQEC MSSCQGSLHG PRRPQPGASG RSTHTDGGGS SPAGEQEPSQ HRTGAAVQRK PWPSGGLWRQ DQQPGPGEAP HTQAFGEWPW GQELGSRAPG LGGDAGSPAP PFHSSSYRIS LAGVEPSLVQ AALGQLVRLS CSDDTAPESQ AAWQKDGQPI SSDRHRLQFD GSLIIHPLQA EDAGTYSCGS TRPGRDSQKI QLRIIGGDMA VLSEAELSRF PQPRDPAQDF GQAGAAGPLG AIPSSHPQPA NRLRLDQNQP RVVDASPGQR IRMTCRAEGF PPPAIEWQRD GQPVSSPSTH RPAQGPWQGL RRPARAGQL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.46 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||