MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
ADAMTS7 | polymorphism_automatic | 1.1349809980743e-12 | simple_aae | S214P | single base exchange | rs3825807 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999998865 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr15:79089111A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | ADAMTS7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000388820 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_014272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UKP4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.640T>C cDNA.851T>C g.14663T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S214P Score: 74 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3825807
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regulatory features | Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Nrsf, Transcription Factor, Nrsf TF binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5061 / 5061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1687 / 1687 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5272 / 5272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 212 / 212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5115 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4853 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 640 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 851 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 14663 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 79089111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAGTGTACCCAGAGCTGGAGTCTCGACGGGAGCGTTGGGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAGTGTACCCAGAGCTGGAGCCTCGACGGGAGCGTTGGGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AAGTGTACCCAGAGCTGGAGTCTCGACGGGAGCGTTGGGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AAGTGTACCCAGAGCTGGAGCCTCGACGGGAGCGTTGGGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MPGGPSPRSP APLLRPLLLL LCALAPGAPG PAPGRATEGR AALDIVHPVR VDAGGSFLSY ELWPRALRKR DVSVRRDAPA FYELQYRGRE LRFNLTANQH LLAPGFVSET RRRGGLGRAH IRAHTPACHL LGEVQDPELE GGLAAISACD GLKGVFQLSN EDYFIEPLDS APARPGHAQP HVVYKRQAPE RLAQRGDSSA PSTCGVQVYP ELESRRERWE QRQQWRRPRL RRLHQRSVSK EKWVETLVVA DAKMVEYHGQ PQVESYVLTI MNMVAGLFHD PSIGNPIHIT IVRLVLLEDE EEDLKITHHA DNTLKSFCKW QKSINMKGDA HPLHHDTAIL LTRKDLCAAM NRPCETLGLS HVAGMCQPHR SCSINEDTGL PLAFTVAHEL GHSFGIQHDG SGNDCEPVGK RPFIMSPQLL YDAAPLTWSR CSRQYITRFL DRGWGLCLDD PPAKDIIDFP SVPPGVLYDV SHQCRLQYGA YSAFCEDMDN VCHTLWCSVG TTCHSKLDAA VDGTRCGENK WCLSGECVPV GFRPEAVDGG WSGWSAWSIC SRSCGMGVQS AERQCTQPTP KYKGRYCVGE RKRFRLCNLQ ACPAGRPSFR HVQCSHFDAM LYKGQLHTWV PVVNDVNPCE LHCRPANEYF AEKLRDAVVD GTPCYQVRAS RDLCINGICK NVGCDFEIDS GAMEDRCGVC HGNGSTCHTV SGTFEEAEGL GYVDVGLIPA GAREIRIQEV AEAANFLALR SEDPEKYFLN GGWTIQWNGD YQVAGTTFTY ARRGNWENLT SPGPTKEPVW IQLLFQESNP GVHYEYTIHR EAGGHDEVPP PVFSWHYGPW TKCTVTCGRG VQRQNVYCLE RQAGPVDEEH CDPLGRPDDQ QRKCSEQPCP ARWWAGEWQL CSSSCGPGGL SRRAVLCIRS VGLDEQSALE PPACEHLPRP PTETPCNRHV PCPATWAVGN WSQCSVTCGE GTQRRNVLCT NDTGVPCDEA QQPASEVTCS LPLCRWPLGT LGPEGSGSGS SSHELFNEAD FIPHHLAPRP SPASSPKPGT MGNAIEEEAP ELDLPGPVFV DDFYYDYNFI NFHEDLSYGP SEEPDLDLAG TGDRTPPPHS HPAAPSTGSP VPATEPPAAK EEGVLGPWSP SPWPSQAGRS PPPPSEQTPG NPLINFLPEE DTPIGAPDLG LPSLSWPRVS TDGLQTPATP ESQNDFPVGK DSQSQLPPPW RDRTNEVFKD DEEPKGRGAP HLPPRPSSTL PPLSPVGSTH SSPSPDVAEL WTGGTVAWEP ALEGGLGPVD SELWPTVGVA SLLPPPIAPL PEMKVRDSSL EPGTPSFPTP GPGSWDLQTV AVWGTFLPTT LTGLGHMPEP ALNPGPKGQP ESLSPEVPLS SRLLSTPAWD SPANSHRVPE TQPLAPSLAE AGPPADPLVV RNAGWQAGNW SECSTTCGLG AVWRPVRCSS GRDEDCAPAG RPQPARRCHL RPCATWHSGN WSKCSRSCGG GSSVRDVQCV DTRDLRPLRP FHCQPGPAKP PAHRPCGAQP CLSWYTSSWR ECSEACGGGE QQRLVTCPEP GLCEEALRPN TTRPCNTHPC TQWVVGPWGQ CSGPCGGGVQ RRLVKCVNTQ TGLPEEDSDQ CGHEAWPESS RPCGTEDCEP VEPPRCERDR LSFGFCETLR LLGRCQLPTI RTQCCRSCSP PSHGAPSRGH QRVARR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MPGGPSPRSP APLLRPLLLL LCALAPGAPG PAPGRATEGR AALDIVHPVR VDAGGSFLSY ELWPRALRKR DVSVRRDAPA FYELQYRGRE LRFNLTANQH LLAPGFVSET RRRGGLGRAH IRAHTPACHL LGEVQDPELE GGLAAISACD GLKGVFQLSN EDYFIEPLDS APARPGHAQP HVVYKRQAPE RLAQRGDSSA PSTCGVQVYP ELEPRRERWE QRQQWRRPRL RRLHQRSVSK EKWVETLVVA DAKMVEYHGQ PQVESYVLTI MNMVAGLFHD PSIGNPIHIT IVRLVLLEDE EEDLKITHHA DNTLKSFCKW QKSINMKGDA HPLHHDTAIL LTRKDLCAAM NRPCETLGLS HVAGMCQPHR SCSINEDTGL PLAFTVAHEL GHSFGIQHDG SGNDCEPVGK RPFIMSPQLL YDAAPLTWSR CSRQYITRFL DRGWGLCLDD PPAKDIIDFP SVPPGVLYDV SHQCRLQYGA YSAFCEDMDN VCHTLWCSVG TTCHSKLDAA VDGTRCGENK WCLSGECVPV GFRPEAVDGG WSGWSAWSIC SRSCGMGVQS AERQCTQPTP KYKGRYCVGE RKRFRLCNLQ ACPAGRPSFR HVQCSHFDAM LYKGQLHTWV PVVNDVNPCE LHCRPANEYF AEKLRDAVVD GTPCYQVRAS RDLCINGICK NVGCDFEIDS GAMEDRCGVC HGNGSTCHTV SGTFEEAEGL GYVDVGLIPA GAREIRIQEV AEAANFLALR SEDPEKYFLN GGWTIQWNGD YQVAGTTFTY ARRGNWENLT SPGPTKEPVW IQLLFQESNP GVHYEYTIHR EAGGHDEVPP PVFSWHYGPW TKCTVTCGRG VQRQNVYCLE RQAGPVDEEH CDPLGRPDDQ QRKCSEQPCP ARWWAGEWQL CSSSCGPGGL SRRAVLCIRS VGLDEQSALE PPACEHLPRP PTETPCNRHV PCPATWAVGN WSQCSVTCGE GTQRRNVLCT NDTGVPCDEA QQPASEVTCS LPLCRWPLGT LGPEGSGSGS SSHELFNEAD FIPHHLAPRP SPASSPKPGT MGNAIEEEAP ELDLPGPVFV DDFYYDYNFI NFHEDLSYGP SEEPDLDLAG TGDRTPPPHS HPAAPSTGSP VPATEPPAAK EEGVLGPWSP SPWPSQAGRS PPPPSEQTPG NPLINFLPEE DTPIGAPDLG LPSLSWPRVS TDGLQTPATP ESQNDFPVGK DSQSQLPPPW RDRTNEVFKD DEEPKGRGAP HLPPRPSSTL PPLSPVGSTH SSPSPDVAEL WTGGTVAWEP ALEGGLGPVD SELWPTVGVA SLLPPPIAPL PEMKVRDSSL EPGTPSFPTP GPGSWDLQTV AVWGTFLPTT LTGLGHMPEP ALNPGPKGQP ESLSPEVPLS SRLLSTPAWD SPANSHRVPE TQPLAPSLAE AGPPADPLVV RNAGWQAGNW SECSTTCGLG AVWRPVRCSS GRDEDCAPAG RPQPARRCHL RPCATWHSGN WSKCSRSCGG GSSVRDVQCV DTRDLRPLRP FHCQPGPAKP PAHRPCGAQP CLSWYTSSWR ECSEACGGGE QQRLVTCPEP GLCEEALRPN TTRPCNTHPC TQWVVGPWGQ CSGPCGGGVQ RRLVKCVNTQ TGLPEEDSDQ CGHEAWPESS RPCGTEDCEP VEPPRCERDR LSFGFCETLR LLGRCQLPTI RTQCCRSCSP PSHGAPSRGH QRVARR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.15 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||