MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
USP6 | polymorphism_automatic | 2.15405471237773e-12 | simple_aae | W475R | single base exchange | rs8073787 | show file | ||||
USP6 | polymorphism_automatic | 2.15405471237773e-12 | simple_aae | W475R | single base exchange | rs8073787 | show file | ||||
USP6 | polymorphism_automatic | 3.57702756303979e-12 | simple_aae | W158R | single base exchange | rs8073787 | show file | ||||
USP6 | polymorphism_automatic | 4.53304060954451e-12 | simple_aae | W475R | single base exchange | rs8073787 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999997846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr17:5042894T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | USP6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000574788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P35125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1423T>C cDNA.3653T>C g.23162T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | W475R Score: 101 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs8073787
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | Promoter Associated, Regulatory Feature, Promoter like regulatory feature H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4221 / 4221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1407 / 1407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6451 / 6451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 2231 / 2231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1423 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5042894 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAATGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAACGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAATGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAACGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDMVENADSL QAQERKDILM KYDKGHRAGL PEDKGPEPVG INSSIDRFGI LHETELPPVT AREAKKIRRE MTRTSKWMEM LGEWETYKHS SKLIDRVYKG IPMNIRGPVW SVLLNIQEIK LKNPGRYQIM KERGKRSSEH IHHIDLDVRT TLRNHVFFRD RYGAKQRELF YILLAYSEYN PEVGYCRDLS HITALFLLYL PEEDAFWALV QLLASERHSL PGFHSPNGGT VQGLQDQQEH VVPKSQPKTM WHQDKEGLCG QCASLGCLLR NLIDGISLGL TLRLWDVYLV EGEQVLMPIT SIALKVQQKR LMKTSRCGLW ARLRNQFFDT WAMNDDTVLK HLRASTKKLT RKQGDLPPPA KREQGSLAPR PVPASRGGKT LCKGYRQAPP GPPAQFQRPI CSASPPWASR FSTPCPGGAV REDTYPVGTQ GVPSLALAQG GPQGSWRFLE WKSMPRLPTD LDIGGPWFPH YDFEWSCWVR AISQEDQLAT CWQAEHCGEV HNKDMSWPEE MSFTANSSKI DRQKVPTEKG ATGLSNLGNT CFMNSSIQCV SNTQPLTQYF ISGRHLYELN RTNPIGMKGH MAKCYGDLVQ ELWSGTQKSV APLKLRRTIA KYAPKFDGFQ QQDSQELLAF LLDGLHEDLN RVHEKPYVEL KDSDGRPDWE VAAEAWDNHL RRNRSIIVDL FHGQLRSQVK CKTCGHISVR FDPFNFLSLP LPMDSYMDLE ITVIKLDGTT PVRYGLRLNM DEKYTGLKKQ LRDLCGLNSE QILLAEVHDS NIKNFPQDNQ KVQLSVSGFL CAFEIPVPSS PISASSPTQI DFSSSPSTNG MFTLTTNGDL PKPIFIPNGM PNTVVPCGTE KNFTNGMVNG HMPSLPDSPF TGYIIAVHRK MMRTELYFLS PQENRPSLFG MPLIVPCTVH TRKKDLYDAV WIQVSWLARP LPPQEASIHA QDRDNCMGYQ YPFTLRVVQK DGNSCAWCPQ YRFCRGCKID CGEDRAFIGN AYIAVDWHPT ALHLRYQTSQ ERVVDKHESV EQSRRAQAEP INLDSCLRAF TSEEELGESE MYYCSKCKTH CLATKKLDLW RLPPFLIIHL KRFQFVNDQW IKSQKIVRFL RESFDPSAFL VPRDPALCQH KPLTPQGDEL SKPRILAREV KKVDAQSSAG KEDMLLSKSP SSLSANISSS PKGSPSSSRK SGTSCPSSKN SSPNSSPRTL GRSKGRLRLP QIGSKNKPSS SKKNLDASKE NGAGQICELA DALSRGHMRG GSQPELVTPQ DHEVALANGF LYEHEACGNG CGDGYSNGQL GNHSEEDSTD DQREDTHIKP IYNLYAISCH SGILSGGHYI TYAKNPNCKW YCYNDSSCEE LHPDEIDTDS AYILFYEQQG IDYAQFLPKI DGKKMADTSS TDEDSESDYE KYSMLQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MDMVENADSL QAQERKDILM KYDKGHRAGL PEDKGPEPVG INSSIDRFGI LHETELPPVT AREAKKIRRE MTRTSKWMEM LGEWETYKHS SKLIDRVYKG IPMNIRGPVW SVLLNIQEIK LKNPGRYQIM KERGKRSSEH IHHIDLDVRT TLRNHVFFRD RYGAKQRELF YILLAYSEYN PEVGYCRDLS HITALFLLYL PEEDAFWALV QLLASERHSL PGFHSPNGGT VQGLQDQQEH VVPKSQPKTM WHQDKEGLCG QCASLGCLLR NLIDGISLGL TLRLWDVYLV EGEQVLMPIT SIALKVQQKR LMKTSRCGLW ARLRNQFFDT WAMNDDTVLK HLRASTKKLT RKQGDLPPPA KREQGSLAPR PVPASRGGKT LCKGYRQAPP GPPAQFQRPI CSASPPWASR FSTPCPGGAV REDTYPVGTQ GVPSLALAQG GPQGSWRFLE WKSMPRLPTD LDIGGPWFPH YDFERSCWVR AISQEDQLAT CWQAEHCGEV HNKDMSWPEE MSFTANSSKI DRQKVPTEKG ATGLSNLGNT CFMNSSIQCV SNTQPLTQYF ISGRHLYELN RTNPIGMKGH MAKCYGDLVQ ELWSGTQKSV APLKLRRTIA KYAPKFDGFQ QQDSQELLAF LLDGLHEDLN RVHEKPYVEL KDSDGRPDWE VAAEAWDNHL RRNRSIIVDL FHGQLRSQVK CKTCGHISVR FDPFNFLSLP LPMDSYMDLE ITVIKLDGTT PVRYGLRLNM DEKYTGLKKQ LRDLCGLNSE QILLAEVHDS NIKNFPQDNQ KVQLSVSGFL CAFEIPVPSS PISASSPTQI DFSSSPSTNG MFTLTTNGDL PKPIFIPNGM PNTVVPCGTE KNFTNGMVNG HMPSLPDSPF TGYIIAVHRK MMRTELYFLS PQENRPSLFG MPLIVPCTVH TRKKDLYDAV WIQVSWLARP LPPQEASIHA QDRDNCMGYQ YPFTLRVVQK DGNSCAWCPQ YRFCRGCKID CGEDRAFIGN AYIAVDWHPT ALHLRYQTSQ ERVVDKHESV EQSRRAQAEP INLDSCLRAF TSEEELGESE MYYCSKCKTH CLATKKLDLW RLPPFLIIHL KRFQFVNDQW IKSQKIVRFL RESFDPSAFL VPRDPALCQH KPLTPQGDEL SKPRILAREV KKVDAQSSAG KEDMLLSKSP SSLSANISSS PKGSPSSSRK SGTSCPSSKN SSPNSSPRTL GRSKGRLRLP QIGSKNKPSS SKKNLDASKE NGAGQICELA DALSRGHMRG GSQPELVTPQ DHEVALANGF LYEHEACGNG CGDGYSNGQL GNHSEEDSTD DQREDTHIKP IYNLYAISCH SGILSGGHYI TYAKNPNCKW YCYNDSSCEE LHPDEIDTDS AYILFYEQQG IDYAQFLPKI DGKKMADTSS TDEDSESDYE KYSMLQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.89 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999997846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr17:5042894T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | USP6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000250066 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_004505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P35125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1423T>C cDNA.3122T>C g.23162T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | W475R Score: 101 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs8073787
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | Promoter Associated, Regulatory Feature, Promoter like regulatory feature H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4221 / 4221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1407 / 1407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5920 / 5920 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1700 / 1700 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5747 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1423 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5042894 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAATGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAACGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAATGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAACGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDMVENADSL QAQERKDILM KYDKGHRAGL PEDKGPEPVG INSSIDRFGI LHETELPPVT AREAKKIRRE MTRTSKWMEM LGEWETYKHS SKLIDRVYKG IPMNIRGPVW SVLLNIQEIK LKNPGRYQIM KERGKRSSEH IHHIDLDVRT TLRNHVFFRD RYGAKQRELF YILLAYSEYN PEVGYCRDLS HITALFLLYL PEEDAFWALV QLLASERHSL PGFHSPNGGT VQGLQDQQEH VVPKSQPKTM WHQDKEGLCG QCASLGCLLR NLIDGISLGL TLRLWDVYLV EGEQVLMPIT SIALKVQQKR LMKTSRCGLW ARLRNQFFDT WAMNDDTVLK HLRASTKKLT RKQGDLPPPA KREQGSLAPR PVPASRGGKT LCKGYRQAPP GPPAQFQRPI CSASPPWASR FSTPCPGGAV REDTYPVGTQ GVPSLALAQG GPQGSWRFLE WKSMPRLPTD LDIGGPWFPH YDFEWSCWVR AISQEDQLAT CWQAEHCGEV HNKDMSWPEE MSFTANSSKI DRQKVPTEKG ATGLSNLGNT CFMNSSIQCV SNTQPLTQYF ISGRHLYELN RTNPIGMKGH MAKCYGDLVQ ELWSGTQKSV APLKLRRTIA KYAPKFDGFQ QQDSQELLAF LLDGLHEDLN RVHEKPYVEL KDSDGRPDWE VAAEAWDNHL RRNRSIIVDL FHGQLRSQVK CKTCGHISVR FDPFNFLSLP LPMDSYMDLE ITVIKLDGTT PVRYGLRLNM DEKYTGLKKQ LRDLCGLNSE QILLAEVHDS NIKNFPQDNQ KVQLSVSGFL CAFEIPVPSS PISASSPTQI DFSSSPSTNG MFTLTTNGDL PKPIFIPNGM PNTVVPCGTE KNFTNGMVNG HMPSLPDSPF TGYIIAVHRK MMRTELYFLS PQENRPSLFG MPLIVPCTVH TRKKDLYDAV WIQVSWLARP LPPQEASIHA QDRDNCMGYQ YPFTLRVVQK DGNSCAWCPQ YRFCRGCKID CGEDRAFIGN AYIAVDWHPT ALHLRYQTSQ ERVVDKHESV EQSRRAQAEP INLDSCLRAF TSEEELGESE MYYCSKCKTH CLATKKLDLW RLPPFLIIHL KRFQFVNDQW IKSQKIVRFL RESFDPSAFL VPRDPALCQH KPLTPQGDEL SKPRILAREV KKVDAQSSAG KEDMLLSKSP SSLSANISSS PKGSPSSSRK SGTSCPSSKN SSPNSSPRTL GRSKGRLRLP QIGSKNKPSS SKKNLDASKE NGAGQICELA DALSRGHMRG GSQPELVTPQ DHEVALANGF LYEHEACGNG CGDGYSNGQL GNHSEEDSTD DQREDTHIKP IYNLYAISCH SGILSGGHYI TYAKNPNCKW YCYNDSSCEE LHPDEIDTDS AYILFYEQQG IDYAQFLPKI DGKKMADTSS TDEDSESDYE KYSMLQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MDMVENADSL QAQERKDILM KYDKGHRAGL PEDKGPEPVG INSSIDRFGI LHETELPPVT AREAKKIRRE MTRTSKWMEM LGEWETYKHS SKLIDRVYKG IPMNIRGPVW SVLLNIQEIK LKNPGRYQIM KERGKRSSEH IHHIDLDVRT TLRNHVFFRD RYGAKQRELF YILLAYSEYN PEVGYCRDLS HITALFLLYL PEEDAFWALV QLLASERHSL PGFHSPNGGT VQGLQDQQEH VVPKSQPKTM WHQDKEGLCG QCASLGCLLR NLIDGISLGL TLRLWDVYLV EGEQVLMPIT SIALKVQQKR LMKTSRCGLW ARLRNQFFDT WAMNDDTVLK HLRASTKKLT RKQGDLPPPA KREQGSLAPR PVPASRGGKT LCKGYRQAPP GPPAQFQRPI CSASPPWASR FSTPCPGGAV REDTYPVGTQ GVPSLALAQG GPQGSWRFLE WKSMPRLPTD LDIGGPWFPH YDFERSCWVR AISQEDQLAT CWQAEHCGEV HNKDMSWPEE MSFTANSSKI DRQKVPTEKG ATGLSNLGNT CFMNSSIQCV SNTQPLTQYF ISGRHLYELN RTNPIGMKGH MAKCYGDLVQ ELWSGTQKSV APLKLRRTIA KYAPKFDGFQ QQDSQELLAF LLDGLHEDLN RVHEKPYVEL KDSDGRPDWE VAAEAWDNHL RRNRSIIVDL FHGQLRSQVK CKTCGHISVR FDPFNFLSLP LPMDSYMDLE ITVIKLDGTT PVRYGLRLNM DEKYTGLKKQ LRDLCGLNSE QILLAEVHDS NIKNFPQDNQ KVQLSVSGFL CAFEIPVPSS PISASSPTQI DFSSSPSTNG MFTLTTNGDL PKPIFIPNGM PNTVVPCGTE KNFTNGMVNG HMPSLPDSPF TGYIIAVHRK MMRTELYFLS PQENRPSLFG MPLIVPCTVH TRKKDLYDAV WIQVSWLARP LPPQEASIHA QDRDNCMGYQ YPFTLRVVQK DGNSCAWCPQ YRFCRGCKID CGEDRAFIGN AYIAVDWHPT ALHLRYQTSQ ERVVDKHESV EQSRRAQAEP INLDSCLRAF TSEEELGESE MYYCSKCKTH CLATKKLDLW RLPPFLIIHL KRFQFVNDQW IKSQKIVRFL RESFDPSAFL VPRDPALCQH KPLTPQGDEL SKPRILAREV KKVDAQSSAG KEDMLLSKSP SSLSANISSS PKGSPSSSRK SGTSCPSSKN SSPNSSPRTL GRSKGRLRLP QIGSKNKPSS SKKNLDASKE NGAGQICELA DALSRGHMRG GSQPELVTPQ DHEVALANGF LYEHEACGNG CGDGYSNGQL GNHSEEDSTD DQREDTHIKP IYNLYAISCH SGILSGGHYI TYAKNPNCKW YCYNDSSCEE LHPDEIDTDS AYILFYEQQG IDYAQFLPKI DGKKMADTSS TDEDSESDYE KYSMLQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.38 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999996423 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr17:5042894T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | USP6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000304328 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P35125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.472T>C cDNA.3333T>C g.23162T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | W158R Score: 101 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs8073787
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | Promoter Associated, Regulatory Feature, Promoter like regulatory feature H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3270 / 3270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1090 / 1090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6131 / 6131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 2862 / 2862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5958 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 472 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3333 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5042894 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAATGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAACGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAATGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAACGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MPQRLPHARQ HTPLPLGSAD YRRVVSVRPQ GPHRDPKDSR DAAKREQGSL APRPVPASRG GKTLCKGYRQ APPGPPAQFQ RPICSASPPW ASRFSTPCPG GAVREDTYPV GTQGVPSLAL AQGGPQGSWR FLEWKSMPRL PTDLDIGGPW FPHYDFEWSC WVRAISQEDQ LATCWQAEHC GEVHNKDMSW PEEMSFTANS SKIDRQKVPT EKGATGLSNL GNTCFMNSSI QCVSNTQPLT QYFISGRHLY ELNRTNPIGM KGHMAKCYGD LVQELWSGTQ KSVAPLKLRR TIAKYAPKFD GFQQQDSQEL LAFLLDGLHE DLNRVHEKPY VELKDSDGRP DWEVAAEAWD NHLRRNRSII VDLFHGQLRS QVKCKTCGHI SVRFDPFNFL SLPLPMDSYM DLEITVIKLD GTTPVRYGLR LNMDEKYTGL KKQLRDLCGL NSEQILLAEV HDSNIKNFPQ DNQKVQLSVS GFLCAFEIPV PSSPISASSP TQIDFSSSPS TNGMFTLTTN GDLPKPIFIP NGMPNTVVPC GTEKNFTNGM VNGHMPSLPD SPFTGYIIAV HRKMMRTELY FLSPQENRPS LFGMPLIVPC TVHTRKKDLY DAVWIQVSWL ARPLPPQEAS IHAQDRDNCM GYQYPFTLRV VQKDGNSCAW CPQYRFCRGC KIDCGEDRAF IGNAYIAVDW HPTALHLRYQ TSQERVVDKH ESVEQSRRAQ AEPINLDSCL RAFTSEEELG ESEMYYCSKC KTHCLATKKL DLWRLPPFLI IHLKRFQFVN DQWIKSQKIV RFLRESFDPS AFLVPRDPAL CQHKPLTPQG DELSKPRILA REVKKVDAQS SAGKEDMLLS KSPSSLSANI SSSPKGSPSS SRKSGTSCPS SKNSSPNSSP RTLGRSKGRL RLPQIGSKNK PSSSKKNLDA SKENGAGQIC ELADALSRGH MRGGSQPELV TPQDHEVALA NGFLYEHEAC GNGCGDGYSN GQLGNHSEED STDDQREDTH IKPIYNLYAI SCHSGILSGG HYITYAKNPN CKWYCYNDSS CEELHPDEID TDSAYILFYE QQGIDYAQFL PKIDGKKMAD TSSTDEDSES DYEKYSMLQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MPQRLPHARQ HTPLPLGSAD YRRVVSVRPQ GPHRDPKDSR DAAKREQGSL APRPVPASRG GKTLCKGYRQ APPGPPAQFQ RPICSASPPW ASRFSTPCPG GAVREDTYPV GTQGVPSLAL AQGGPQGSWR FLEWKSMPRL PTDLDIGGPW FPHYDFERSC WVRAISQEDQ LATCWQAEHC GEVHNKDMSW PEEMSFTANS SKIDRQKVPT EKGATGLSNL GNTCFMNSSI QCVSNTQPLT QYFISGRHLY ELNRTNPIGM KGHMAKCYGD LVQELWSGTQ KSVAPLKLRR TIAKYAPKFD GFQQQDSQEL LAFLLDGLHE DLNRVHEKPY VELKDSDGRP DWEVAAEAWD NHLRRNRSII VDLFHGQLRS QVKCKTCGHI SVRFDPFNFL SLPLPMDSYM DLEITVIKLD GTTPVRYGLR LNMDEKYTGL KKQLRDLCGL NSEQILLAEV HDSNIKNFPQ DNQKVQLSVS GFLCAFEIPV PSSPISASSP TQIDFSSSPS TNGMFTLTTN GDLPKPIFIP NGMPNTVVPC GTEKNFTNGM VNGHMPSLPD SPFTGYIIAV HRKMMRTELY FLSPQENRPS LFGMPLIVPC TVHTRKKDLY DAVWIQVSWL ARPLPPQEAS IHAQDRDNCM GYQYPFTLRV VQKDGNSCAW CPQYRFCRGC KIDCGEDRAF IGNAYIAVDW HPTALHLRYQ TSQERVVDKH ESVEQSRRAQ AEPINLDSCL RAFTSEEELG ESEMYYCSKC KTHCLATKKL DLWRLPPFLI IHLKRFQFVN DQWIKSQKIV RFLRESFDPS AFLVPRDPAL CQHKPLTPQG DELSKPRILA REVKKVDAQS SAGKEDMLLS KSPSSLSANI SSSPKGSPSS SRKSGTSCPS SKNSSPNSSP RTLGRSKGRL RLPQIGSKNK PSSSKKNLDA SKENGAGQIC ELADALSRGH MRGGSQPELV TPQDHEVALA NGFLYEHEAC GNGCGDGYSN GQLGNHSEED STDDQREDTH IKPIYNLYAI SCHSGILSGG HYITYAKNPN CKWYCYNDSS CEELHPDEID TDSAYILFYE QQGIDYAQFL PKIDGKKMAD TSSTDEDSES DYEKYSMLQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.86 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999995467 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr17:5042894T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | USP6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000332776 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P35125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1423T>C cDNA.3653T>C g.23162T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | W475R Score: 101 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs8073787
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | Promoter Associated, Regulatory Feature, Promoter like regulatory feature H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 2361 / 2361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 787 / 787 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4591 / 4591 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 2231 / 2231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1423 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5042894 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAATGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAACGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAATGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TCCCCCATTATGATTTTGAACGGAGCTGCTGGGTCCGTGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDMVENADSL QAQERKDILM KYDKGHRAGL PEDKGPEPVG INSSIDRFGI LHETELPPVT AREAKKIRRE MTRTSKWMEM LGEWETYKHS SKLIDRVYKG IPMNIRGPVW SVLLNIQEIK LKNPGRYQIM KERGKRSSEH IHHIDLDVRT TLRNHVFFRD RYGAKQRELF YILLAYSEYN PEVGYCRDLS HITALFLLYL PEEDAFWALV QLLASERHSL PGFHSPNGGT VQGLQDQQEH VVPKSQPKTM WHQDKEGLCG QCASLGCLLR NLIDGISLGL TLRLWDVYLV EGEQVLMPIT SIALKVQQKR LMKTSRCGLW ARLRNQFFDT WAMNDDTVLK HLRASTKKLT RKQGDLPPPA KREQGSLAPR PVPASRGGKT LCKGYRQAPP GPPAQFQRPI CSASPPWASR FSTPCPGGAV REDTYPVGTQ GVPSLALAQG GPQGSWRFLE WKSMPRLPTD LDIGGPWFPH YDFEWSCWVR AISQEDQLAT CWQAEHCGEV HNKDMSWPEE MSFTANSSKI DRQKVPTEKG ATGLSNLGNT CFMNSSIQCV SNTQPLTQYF ISGRHLYELN RTNPIGMKGH MAKCYGDLVQ ELWSGTQKSV APLKLRRTIA KYAPKFDGFQ QQDSQELLAF LLDGLHEDLN RVHEKPYVEL KDSDGRPDWE VAAEAWDNHL RRNRSIIVDL FHGQLRSQVK CKTCGHISVR FDPFNFLSLP LPMDSYMDLE ITVIKLDGTT PVRYGLRLNM DEKYTGLKKQ LRDLCGLNSE QILLAEVHDS NIKISPLHHL QMECSP* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MDMVENADSL QAQERKDILM KYDKGHRAGL PEDKGPEPVG INSSIDRFGI LHETELPPVT AREAKKIRRE MTRTSKWMEM LGEWETYKHS SKLIDRVYKG IPMNIRGPVW SVLLNIQEIK LKNPGRYQIM KERGKRSSEH IHHIDLDVRT TLRNHVFFRD RYGAKQRELF YILLAYSEYN PEVGYCRDLS HITALFLLYL PEEDAFWALV QLLASERHSL PGFHSPNGGT VQGLQDQQEH VVPKSQPKTM WHQDKEGLCG QCASLGCLLR NLIDGISLGL TLRLWDVYLV EGEQVLMPIT SIALKVQQKR LMKTSRCGLW ARLRNQFFDT WAMNDDTVLK HLRASTKKLT RKQGDLPPPA KREQGSLAPR PVPASRGGKT LCKGYRQAPP GPPAQFQRPI CSASPPWASR FSTPCPGGAV REDTYPVGTQ GVPSLALAQG GPQGSWRFLE WKSMPRLPTD LDIGGPWFPH YDFERSCWVR AISQEDQLAT CWQAEHCGEV HNKDMSWPEE MSFTANSSKI DRQKVPTEKG ATGLSNLGNT CFMNSSIQCV SNTQPLTQYF ISGRHLYELN RTNPIGMKGH MAKCYGDLVQ ELWSGTQKSV APLKLRRTIA KYAPKFDGFQ QQDSQELLAF LLDGLHEDLN RVHEKPYVEL KDSDGRPDWE VAAEAWDNHL RRNRSIIVDL FHGQLRSQVK CKTCGHISVR FDPFNFLSLP LPMDSYMDLE ITVIKLDGTT PVRYGLRLNM DEKYTGLKKQ LRDLCGLNSE QILLAEVHDS NIKISPLHHL QMECSP* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.40 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||