MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
NWD1 | polymorphism_automatic | 4.72460571998568e-06 | simple_aae | affected | H935R | single base exchange | rs2608738 | show file | |||
NWD1 | polymorphism_automatic | 8.16632823497088e-06 | simple_aae | affected | H800R | single base exchange | rs2608738 | show file | |||
NWD1 | polymorphism_automatic | 8.16632823497088e-06 | simple_aae | affected | H729R | single base exchange | rs2608738 | show file | |||
NWD1 | polymorphism_automatic | 1.10305128350197e-05 | simple_aae | affected | H935R | single base exchange | rs2608738 | show file | |||
NWD1 | polymorphism_automatic | 1.10305128350197e-05 | simple_aae | affected | H935R | single base exchange | rs2608738 | show file | |||
NWD1 | polymorphism_automatic | 1.10305128350197e-05 | simple_aae | affected | H935R | single base exchange | rs2608738 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99999527539428 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr19:16899865A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NWD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000549814 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q149M9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2804A>G cDNA.3055A>G g.69079A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H935R Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2608738
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4569 / 4569 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1523 / 1523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4820 / 4820 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 252 / 252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4569 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3055 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 69079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 16899865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MQRGKPCRAL PTLKCQTFCQ RHGLMFEVVD LRWGIRNIEA TDHLTTELCL EEVDRCWKTS IGPAFVALIG DQYGPCLIPS RIDEKEWEVL RDHLTARPSD LELVARYFQR DENAFPPTYV LQAPGTGEAC EPEEATLTSV LRSGAQEARR LGLITQEQWQ HYHRSVIEWE IERSLLSSED REQGATVFLR EIQDLHKHIL EDCALRMVDR LADGCLDADA QNLLSSLKSH ITDMHPGVLK THRLPWSRDL VNPKNKTHAC YLKELGEQFV VRANHQVLTR LRELDTAGQE LAWLYQEIRH HLWQSSEVIQ TFCGRQELLA RLGQQLRHDD SKQHTPLVLF GPPGIGKTAL MCKLAEQMPR LLGHKTVTVL RLLGTSQMSS DARGLLKSIC FQVCLAYGLP LPPAQVLDAH TRVVQFFHTL LHTVSCRNFE SLVLLLDAMD DLDSVRHARR VPWLPLNCPP RVHLILSACS GALGVLDTLQ RVLLDPEAYW EVKPLSGNQG QQMIQLLLAA ARRTLSPVHT DLLWASLPEC GNPGRLRLAF EEARKWASFT VPVPLATTAE EATHQLCTRL EQTHGQLLVA HVLGYIVSSR HGLSEAELKD VLSLDDEVLQ DVYRDWTPPS KELLRFPPLL WVRLRRDLGY YLARRPVDGF TLLAIAHRQL VEVVRERYLS GSERAKRHGV LADFFSGTWS QGTKKLITLP LVGKPLNLDR KVAPQPLWFS HTVANLRKLK ELPYHLLHSG RLEELKQEVL GSMSWISCRG ISGGIEDLLD DFDLCAPHLD SPEVGLVREA LQLCRPAVEL RGMERSLLYT ELLARLHFFA TSHPALVGQL CQQAQSWFQL CAHPVLVPLG GFLQPPGGPL RATLSGCHKG ITAMAWGVEE KLLVIGTQDG IMAVWDMEEQ HVIHMLTGHT GEVRCVKIFA KGTLANSASK DYTLHLWNLL SGQEKFTIWD GGSKNPAEPQ IWNLHVDEAH KVVYSASGSK INAWNLETAE PVFHILGDAS DPWMCMAVLA SQATLLTVSR DGVVSLWSSA TGKLQGKQHM SSIKEETPTC AVSVQKQGKL VTGFSNGSIS LVSSKGDRLL EKLPDAVRFL VVSEDESLLA AGFGRSVRIF LADSRGFRRF MAMDLEHEDM VETAVFGTEN NLIITGSLDA LIQVWDLSDA HRSRVPAPFL DRTGLTAVSH NGSYVYFPKI GDKNKVTIWD LAEGEEQDSL DTSSEIRCLE VAEQRKLLFT GLVSGVVLVF PLNSRQDVIC IPPPEARKAI NCMSLSKCED RLAIAYDNIV LVLDITSGDP CPVIDGPRYT FYTQLPETLS SVAILTDYRV VYSMTNGDLF LYECATSKAF PLETHRSRVA CVEVSHKEQL VVSGSEDALL CLWDLQARKW KFEMSYTSSY CRGVQCACFS KDDKYVYVGL KDRSILVWSV LDGTLLTVQF VHAVVNRIIP TTSGFIAPTR HGYLIRENFQ CLSAKASPQD PLKNFKKAMW MVKSRQREEL VAAAGAPQDL ESESAQGNET KSNKCSQVCL IV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MQRGKPCRAL PTLKCQTFCQ RHGLMFEVVD LRWGIRNIEA TDHLTTELCL EEVDRCWKTS IGPAFVALIG DQYGPCLIPS RIDEKEWEVL RDHLTARPSD LELVARYFQR DENAFPPTYV LQAPGTGEAC EPEEATLTSV LRSGAQEARR LGLITQEQWQ HYHRSVIEWE IERSLLSSED REQGATVFLR EIQDLHKHIL EDCALRMVDR LADGCLDADA QNLLSSLKSH ITDMHPGVLK THRLPWSRDL VNPKNKTHAC YLKELGEQFV VRANHQVLTR LRELDTAGQE LAWLYQEIRH HLWQSSEVIQ TFCGRQELLA RLGQQLRHDD SKQHTPLVLF GPPGIGKTAL MCKLAEQMPR LLGHKTVTVL RLLGTSQMSS DARGLLKSIC FQVCLAYGLP LPPAQVLDAH TRVVQFFHTL LHTVSCRNFE SLVLLLDAMD DLDSVRHARR VPWLPLNCPP RVHLILSACS GALGVLDTLQ RVLLDPEAYW EVKPLSGNQG QQMIQLLLAA ARRTLSPVHT DLLWASLPEC GNPGRLRLAF EEARKWASFT VPVPLATTAE EATHQLCTRL EQTHGQLLVA HVLGYIVSSR HGLSEAELKD VLSLDDEVLQ DVYRDWTPPS KELLRFPPLL WVRLRRDLGY YLARRPVDGF TLLAIAHRQL VEVVRERYLS GSERAKRHGV LADFFSGTWS QGTKKLITLP LVGKPLNLDR KVAPQPLWFS HTVANLRKLK ELPYHLLHSG RLEELKQEVL GSMSWISCRG ISGGIEDLLD DFDLCAPHLD SPEVGLVREA LQLCRPAVEL RGMERSLLYT ELLARLHFFA TSHPALVGQL CQQAQSWFQL CAHPVLVPLG GFLQPPGGPL RATLSGCHKG ITAMAWGVEE KLLVIGTQDG IMAVWDMEEQ HVIHMLTGHT GEVRCVKIFA KGTLANSASK DYTLRLWNLL SGQEKFTIWD GGSKNPAEPQ IWNLHVDEAH KVVYSASGSK INAWNLETAE PVFHILGDAS DPWMCMAVLA SQATLLTVSR DGVVSLWSSA TGKLQGKQHM SSIKEETPTC AVSVQKQGKL VTGFSNGSIS LVSSKGDRLL EKLPDAVRFL VVSEDESLLA AGFGRSVRIF LADSRGFRRF MAMDLEHEDM VETAVFGTEN NLIITGSLDA LIQVWDLSDA HRSRVPAPFL DRTGLTAVSH NGSYVYFPKI GDKNKVTIWD LAEGEEQDSL DTSSEIRCLE VAEQRKLLFT GLVSGVVLVF PLNSRQDVIC IPPPEARKAI NCMSLSKCED RLAIAYDNIV LVLDITSGDP CPVIDGPRYT FYTQLPETLS SVAILTDYRV VYSMTNGDLF LYECATSKAF PLETHRSRVA CVEVSHKEQL VVSGSEDALL CLWDLQARKW KFEMSYTSSY CRGVQCACFS KDDKYVYVGL KDRSILVWSV LDGTLLTVQF VHAVVNRIIP TTSGFIAPTR HGYLIRENFQ CLSAKASPQD PLKNFKKAMW MVKSRQREEL VAAAGAPQDL ESESAQGNET KSNKCSQVCL IV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.45 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999991833671765 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr19:16899865A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NWD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000339803 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q149M9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2399A>G cDNA.2399A>G g.69079A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H800R Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2608738
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
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distance from splice site | 73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4290 / 4290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1430 / 1430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4290 / 4290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3938 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 69079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 16899865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDSQFHMAGE ASQSWLKAKE KQRGTSYMVA VIEWEIERSL LSSEDREQGA TVFLREIQDL HKHILEDCAL RMVDRLADGC LDADAQNLLS SLKSHITDMH PGVLKTHRLP WSRDLVNPKN KTHACYLKEL GEQFVVRANH QVLTRLRELD TAGQELAWLY QEIRHHLWQS SEVIQTFCGR QELLARLGQQ LRHDDSKQHT PLVLFGPPGI GKTALMCKLA EQMPRLLGHK TVTVLRLLGT SQMSSDARGL LKSICFQVCL AYGLPLPPAQ VLDAHTRVVQ FFHTLLHTVS CRNFESLVLL LDAMDDLDSV RHARRVPWLP LNCPPRVHLI LSACSGALGV LDTLQRVLLD PEAYWEVKPL SGNQGQQMIQ LLLAAARRTL SPVHTDLLWA SLPECGNPGR LRLAFEEARK WASFTVPVPL ATTAEEATHQ LCTRLEQTHG QLLVAHVLGY IVSSRHGLSE AELKDVLSLD DEVLQDVYRD WTPPSKELLR FPPLLWVRLR RDLGYYLARR PVDGFTLLAI AHRQLVEVVR ERYLSGSERA KRHGVLADFF SGTWSQGTKK LITLPLVGKP LNLDRKVAPQ PLWFSHTVAN LRKLKELPYH LLHSGRLEEL KQEVLGSMSW ISCRGISGGI EDLLDDFDLC APHLDSPEVG LVREALQLCR PAVELRGMER SLLYTELLAR LHFFATSHPA LVGQLCQQAQ SWFQLCAHPV LVPLGGFLQP PGGPLRATLS GCHKGITAMA WGVEEKLLVI GTQDGIMAVW DMEEQHVIHM LTGHTGEVRC VKIFAKGTLA NSASKDYTLH LWNLLSGQEK FTIWDGGSKN PAEPQIWNLH VDEAHKVVYS ASGSKINAWN LETAEPVFHI LGDASDPWMC MAVLASQATL LTVSRDGVVS LWSSATGKLQ GKQHMSSIKE ETPTCAVSVQ KQGKLVTGFS NGSISLVSSK GDRLLEKLPD AVRFLVVSED ESLLAAGFGR SVRIFLADSR GFRRFMAMDL EHEDMVETAV FGTENNLIIT GSLDALIQVW SLSEQGTLLD ILEGVGAPVS LLARGGALVA SASPQSSSFK VWDLSDAHRS RVPAPFLDRT GLTAVSHNGS YVYFPKIGDK NKVTIWDLAE GEEQDSLDTS SEIRCLEVAE QRKLLFTGLV SGVVLVFPLN SRQDVICIPP PEARKAINCM SLSKCEDRLA IAYDNIVLVL DITSGDPCPV IDGPRYTFYT QLPETLSSVA ILTDYRVVYS MTNGDLFLYE CATSKAFPLE THRSRVACVE VSHKEQLVVS GSEDALLCLW DLQARKWKFE MSYTSSYCRG VQCACFSKDD KYVYVGLKDR SILVWSVLDG TLLTVQFVHA VVNRIIPTTS GFIAPTRHGY LIRENFQCLS AKASPQDPLK NFKKAMWMVK SRQREELVAA AGAPQDLESE SAQGNETKSN KCSQVCLIV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MDSQFHMAGE ASQSWLKAKE KQRGTSYMVA VIEWEIERSL LSSEDREQGA TVFLREIQDL HKHILEDCAL RMVDRLADGC LDADAQNLLS SLKSHITDMH PGVLKTHRLP WSRDLVNPKN KTHACYLKEL GEQFVVRANH QVLTRLRELD TAGQELAWLY QEIRHHLWQS SEVIQTFCGR QELLARLGQQ LRHDDSKQHT PLVLFGPPGI GKTALMCKLA EQMPRLLGHK TVTVLRLLGT SQMSSDARGL LKSICFQVCL AYGLPLPPAQ VLDAHTRVVQ FFHTLLHTVS CRNFESLVLL LDAMDDLDSV RHARRVPWLP LNCPPRVHLI LSACSGALGV LDTLQRVLLD PEAYWEVKPL SGNQGQQMIQ LLLAAARRTL SPVHTDLLWA SLPECGNPGR LRLAFEEARK WASFTVPVPL ATTAEEATHQ LCTRLEQTHG QLLVAHVLGY IVSSRHGLSE AELKDVLSLD DEVLQDVYRD WTPPSKELLR FPPLLWVRLR RDLGYYLARR PVDGFTLLAI AHRQLVEVVR ERYLSGSERA KRHGVLADFF SGTWSQGTKK LITLPLVGKP LNLDRKVAPQ PLWFSHTVAN LRKLKELPYH LLHSGRLEEL KQEVLGSMSW ISCRGISGGI EDLLDDFDLC APHLDSPEVG LVREALQLCR PAVELRGMER SLLYTELLAR LHFFATSHPA LVGQLCQQAQ SWFQLCAHPV LVPLGGFLQP PGGPLRATLS GCHKGITAMA WGVEEKLLVI GTQDGIMAVW DMEEQHVIHM LTGHTGEVRC VKIFAKGTLA NSASKDYTLR LWNLLSGQEK FTIWDGGSKN PAEPQIWNLH VDEAHKVVYS ASGSKINAWN LETAEPVFHI LGDASDPWMC MAVLASQATL LTVSRDGVVS LWSSATGKLQ GKQHMSSIKE ETPTCAVSVQ KQGKLVTGFS NGSISLVSSK GDRLLEKLPD AVRFLVVSED ESLLAAGFGR SVRIFLADSR GFRRFMAMDL EHEDMVETAV FGTENNLIIT GSLDALIQVW SLSEQGTLLD ILEGVGAPVS LLARGGALVA SASPQSSSFK VWDLSDAHRS RVPAPFLDRT GLTAVSHNGS YVYFPKIGDK NKVTIWDLAE GEEQDSLDTS SEIRCLEVAE QRKLLFTGLV SGVVLVFPLN SRQDVICIPP PEARKAINCM SLSKCEDRLA IAYDNIVLVL DITSGDPCPV IDGPRYTFYT QLPETLSSVA ILTDYRVVYS MTNGDLFLYE CATSKAFPLE THRSRVACVE VSHKEQLVVS GSEDALLCLW DLQARKWKFE MSYTSSYCRG VQCACFSKDD KYVYVGLKDR SILVWSVLDG TLLTVQFVHA VVNRIIPTTS GFIAPTRHGY LIRENFQCLS AKASPQDPLK NFKKAMWMVK SRQREELVAA AGAPQDLESE SAQGNETKSN KCSQVCLIV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.51 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999991833671765 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr19:16899865A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NWD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000523826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q149M9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2186A>G cDNA.2874A>G g.69079A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H729R Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 729 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2608738
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4077 / 4077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1359 / 1359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4765 / 4765 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 689 / 689 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3725 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2874 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 69079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 16899865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVDRLADGCL DADAQNLLSS LKSHITDMHP GVLKTHRLPW SRDLVNPKNK THACYLKELG EQFVVRANHQ VLTRLRELDT AGQELAWLYQ EIRHHLWQSS EVIQTFCGRQ ELLARLGQQL RHDDSKQHTP LVLFGPPGIG KTALMCKLAE QMPRLLGHKT VTVLRLLGTS QMSSDARGLL KSICFQVCLA YGLPLPPAQV LDAHTRVVQF FHTLLHTVSC RNFESLVLLL DAMDDLDSVR HARRVPWLPL NCPPRVHLIL SACSGALGVL DTLQRVLLDP EAYWEVKPLS GNQGQQMIQL LLAAARRTLS PVHTDLLWAS LPECGNPGRL RLAFEEARKW ASFTVPVPLA TTAEEATHQL CTRLEQTHGQ LLVAHVLGYI VSSRHGLSEA ELKDVLSLDD EVLQDVYRDW TPPSKELLRF PPLLWVRLRR DLGYYLARRP VDGFTLLAIA HRQLVEVVRE RYLSGSERAK RHGVLADFFS GTWSQGTKKL ITLPLVGKPL NLDRKVAPQP LWFSHTVANL RKLKELPYHL LHSGRLEELK QEVLGSMSWI SCRGISGGIE DLLDDFDLCA PHLDSPEVGL VREALQLCRP AVELRGMERS LLYTELLARL HFFATSHPAL VGQLCQQAQS WFQLCAHPVL VPLGGFLQPP GGPLRATLSG CHKGITAMAW GVEEKLLVIG TQDGIMAVWD MEEQHVIHML TGHTGEVRCV KIFAKGTLAN SASKDYTLHL WNLLSGQEKF TIWDGGSKNP AEPQIWNLHV DEAHKVVYSA SGSKINAWNL ETAEPVFHIL GDASDPWMCM AVLASQATLL TVSRDGVVSL WSSATGKLQG KQHMSSIKEE TPTCAVSVQK QGKLVTGFSN GSISLVSSKG DRLLEKLPDA VRFLVVSEDE SLLAAGFGRS VRIFLADSRG FRRFMAMDLE HEDMVETAVF GTENNLIITG SLDALIQVWS LSEQGTLLDI LEGVGAPVSL LARGGALVAS ASPQSSSFKV WDLSDAHRSR VPAPFLDRTG LTAVSHNGSY VYFPKIGDKN KVTIWDLAEG EEQDSLDTSS EIRCLEVAEQ RKLLFTGLVS GVVLVFPLNS RQDVICIPPP EARKAINCMS LSKCEDRLAI AYDNIVLVLD ITSGDPCPVI DGPRYTFYTQ LPETLSSVAI LTDYRVVYSM TNGDLFLYEC ATSKAFPLET HRSRVACVEV SHKEQLVVSG SEDALLCLWD LQARKWKFEM SYTSSYCRGV QCACFSKDDK YVYVGLKDRS ILVWSVLDGT LLTVQFVHAV VNRIIPTTSG FIAPTRHGYL IRENFQCLSA KASPQDPLKN FKKAMWMVKS RQREELVAAA GAPQDLESES AQGNETKSNK CSQVCLIV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MVDRLADGCL DADAQNLLSS LKSHITDMHP GVLKTHRLPW SRDLVNPKNK THACYLKELG EQFVVRANHQ VLTRLRELDT AGQELAWLYQ EIRHHLWQSS EVIQTFCGRQ ELLARLGQQL RHDDSKQHTP LVLFGPPGIG KTALMCKLAE QMPRLLGHKT VTVLRLLGTS QMSSDARGLL KSICFQVCLA YGLPLPPAQV LDAHTRVVQF FHTLLHTVSC RNFESLVLLL DAMDDLDSVR HARRVPWLPL NCPPRVHLIL SACSGALGVL DTLQRVLLDP EAYWEVKPLS GNQGQQMIQL LLAAARRTLS PVHTDLLWAS LPECGNPGRL RLAFEEARKW ASFTVPVPLA TTAEEATHQL CTRLEQTHGQ LLVAHVLGYI VSSRHGLSEA ELKDVLSLDD EVLQDVYRDW TPPSKELLRF PPLLWVRLRR DLGYYLARRP VDGFTLLAIA HRQLVEVVRE RYLSGSERAK RHGVLADFFS GTWSQGTKKL ITLPLVGKPL NLDRKVAPQP LWFSHTVANL RKLKELPYHL LHSGRLEELK QEVLGSMSWI SCRGISGGIE DLLDDFDLCA PHLDSPEVGL VREALQLCRP AVELRGMERS LLYTELLARL HFFATSHPAL VGQLCQQAQS WFQLCAHPVL VPLGGFLQPP GGPLRATLSG CHKGITAMAW GVEEKLLVIG TQDGIMAVWD MEEQHVIHML TGHTGEVRCV KIFAKGTLAN SASKDYTLRL WNLLSGQEKF TIWDGGSKNP AEPQIWNLHV DEAHKVVYSA SGSKINAWNL ETAEPVFHIL GDASDPWMCM AVLASQATLL TVSRDGVVSL WSSATGKLQG KQHMSSIKEE TPTCAVSVQK QGKLVTGFSN GSISLVSSKG DRLLEKLPDA VRFLVVSEDE SLLAAGFGRS VRIFLADSRG FRRFMAMDLE HEDMVETAVF GTENNLIITG SLDALIQVWS LSEQGTLLDI LEGVGAPVSL LARGGALVAS ASPQSSSFKV WDLSDAHRSR VPAPFLDRTG LTAVSHNGSY VYFPKIGDKN KVTIWDLAEG EEQDSLDTSS EIRCLEVAEQ RKLLFTGLVS GVVLVFPLNS RQDVICIPPP EARKAINCMS LSKCEDRLAI AYDNIVLVLD ITSGDPCPVI DGPRYTFYTQ LPETLSSVAI LTDYRVVYSM TNGDLFLYEC ATSKAFPLET HRSRVACVEV SHKEQLVVSG SEDALLCLWD LQARKWKFEM SYTSSYCRGV QCACFSKDDK YVYVGLKDRS ILVWSVLDGT LLTVQFVHAV VNRIIPTTSG FIAPTRHGYL IRENFQCLSA KASPQDPLKN FKKAMWMVKS RQREELVAAA GAPQDLESES AQGNETKSNK CSQVCLIV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.50 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999988969487165 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr19:16899865A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NWD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000524140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001007525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q149M9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2804A>G cDNA.3222A>G g.69079A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H935R Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2608738
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4299 / 4299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1433 / 1433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4717 / 4717 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 419 / 419 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4706 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 69079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 16899865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MQRGKPCRAL PTLKCQTFCQ RHGLMFEVVD LRWGIRNIEA TDHLTTELCL EEVDRCWKTS IGPAFVALIG DQYGPCLIPS RIDEKEWEVL RDHLTARPSD LELVARYFQR DENAFPPTYV LQAPGTGEAC EPEEATLTSV LRSGAQEARR LGLITQEQWQ HYHRSVIEWE IERSLLSSED REQGATVFLR EIQDLHKHIL EDCALRMVDR LADGCLDADA QNLLSSLKSH ITDMHPGVLK THRLPWSRDL VNPKNKTHAC YLKELGEQFV VRANHQVLTR LRELDTAGQE LAWLYQEIRH HLWQSSEVIQ TFCGRQELLA RLGQQLRHDD SKQHTPLVLF GPPGIGKTAL MCKLAEQMPR LLGHKTVTVL RLLGTSQMSS DARGLLKSIC FQVCLAYGLP LPPAQVLDAH TRVVQFFHTL LHTVSCRNFE SLVLLLDAMD DLDSVRHARR VPWLPLNCPP RVHLILSACS GALGVLDTLQ RVLLDPEAYW EVKPLSGNQG QQMIQLLLAA ARRTLSPVHT DLLWASLPEC GNPGRLRLAF EEARKWASFT VPVPLATTAE EATHQLCTRL EQTHGQLLVA HVLGYIVSSR HGLSEAELKD VLSLDDEVLQ DVYRDWTPPS KELLRFPPLL WVRLRRDLGY YLARRPVDGF TLLAIAHRQL VEVVRERYLS GSERAKRHGV LADFFSGTWS QGTKKLITLP LVGKPLNLDR KVAPQPLWFS HTVANLRKLK ELPYHLLHSG RLEELKQEVL GSMSWISCRG ISGGIEDLLD DFDLCAPHLD SPEVGLVREA LQLCRPAVEL RGMERSLLYT ELLARLHFFA TSHPALVGQL CQQAQSWFQL CAHPVLVPLG GFLQPPGGPL RATLSGCHKG ITAMAWGVEE KLLVIGTQDG IMAVWDMEEQ HVIHMLTGHT GEVRCVKIFA KGTLANSASK DYTLHLWNLL SGQEKFTIWD GGSKNPAEPQ IWNLHVDEAH KVVYSASGSK INAWNLETAE PVFHILGDAS DPWMCMAVLA SQATLLTVSR DGVVSLWSSA TGKLQGKQHM SSIKEETPTC AVSVQKQGKL VTGFSNGSIS LVSSKGDRLL EKLPDAVRFL VVSEDESLLA AGFGRSVRIF LADSRGFRRF MAMDLEHEDM VETAVFGTEN NLIITGSLDA LIQVWSLSEQ GTLLDILEGV GAPVSLLARG GALVASASPQ SSSFKVWDLS DAHRSRVPAP FLDRTGLTAV SHNGSYVYFP KIGDKNKVTI WDLAEGEEQD SLDTSSEIRC LEVAEQRKLL FTGLVSGVVL VFPLNSRQDV ICIPPPEARK AINCMSLSKC EDRLAIAYDN IVLVLDITSG DPCPVIDGPR YTFYTQLPET LSSVAILTDY RVVYSMTNGD LFLYECATSK AFPLETHRSR VACVEVSHKE QLVVSGSEDA LLCLWDLQAR KWKFEMSYTA PC* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MQRGKPCRAL PTLKCQTFCQ RHGLMFEVVD LRWGIRNIEA TDHLTTELCL EEVDRCWKTS IGPAFVALIG DQYGPCLIPS RIDEKEWEVL RDHLTARPSD LELVARYFQR DENAFPPTYV LQAPGTGEAC EPEEATLTSV LRSGAQEARR LGLITQEQWQ HYHRSVIEWE IERSLLSSED REQGATVFLR EIQDLHKHIL EDCALRMVDR LADGCLDADA QNLLSSLKSH ITDMHPGVLK THRLPWSRDL VNPKNKTHAC YLKELGEQFV VRANHQVLTR LRELDTAGQE LAWLYQEIRH HLWQSSEVIQ TFCGRQELLA RLGQQLRHDD SKQHTPLVLF GPPGIGKTAL MCKLAEQMPR LLGHKTVTVL RLLGTSQMSS DARGLLKSIC FQVCLAYGLP LPPAQVLDAH TRVVQFFHTL LHTVSCRNFE SLVLLLDAMD DLDSVRHARR VPWLPLNCPP RVHLILSACS GALGVLDTLQ RVLLDPEAYW EVKPLSGNQG QQMIQLLLAA ARRTLSPVHT DLLWASLPEC GNPGRLRLAF EEARKWASFT VPVPLATTAE EATHQLCTRL EQTHGQLLVA HVLGYIVSSR HGLSEAELKD VLSLDDEVLQ DVYRDWTPPS KELLRFPPLL WVRLRRDLGY YLARRPVDGF TLLAIAHRQL VEVVRERYLS GSERAKRHGV LADFFSGTWS QGTKKLITLP LVGKPLNLDR KVAPQPLWFS HTVANLRKLK ELPYHLLHSG RLEELKQEVL GSMSWISCRG ISGGIEDLLD DFDLCAPHLD SPEVGLVREA LQLCRPAVEL RGMERSLLYT ELLARLHFFA TSHPALVGQL CQQAQSWFQL CAHPVLVPLG GFLQPPGGPL RATLSGCHKG ITAMAWGVEE KLLVIGTQDG IMAVWDMEEQ HVIHMLTGHT GEVRCVKIFA KGTLANSASK DYTLRLWNLL SGQEKFTIWD GGSKNPAEPQ IWNLHVDEAH KVVYSASGSK INAWNLETAE PVFHILGDAS DPWMCMAVLA SQATLLTVSR DGVVSLWSSA TGKLQGKQHM SSIKEETPTC AVSVQKQGKL VTGFSNGSIS LVSSKGDRLL EKLPDAVRFL VVSEDESLLA AGFGRSVRIF LADSRGFRRF MAMDLEHEDM VETAVFGTEN NLIITGSLDA LIQVWSLSEQ GTLLDILEGV GAPVSLLARG GALVASASPQ SSSFKVWDLS DAHRSRVPAP FLDRTGLTAV SHNGSYVYFP KIGDKNKVTI WDLAEGEEQD SLDTSSEIRC LEVAEQRKLL FTGLVSGVVL VFPLNSRQDV ICIPPPEARK AINCMSLSKC EDRLAIAYDN IVLVLDITSG DPCPVIDGPR YTFYTQLPET LSSVAILTDY RVVYSMTNGD LFLYECATSK AFPLETHRSR VACVEVSHKE QLVVSGSEDA LLCLWDLQAR KWKFEMSYTA PC* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.32 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999988969487165 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr19:16899865A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NWD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000552788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q149M9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2804A>G cDNA.2804A>G g.69079A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H935R Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2608738
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4695 / 4695 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1565 / 1565 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4695 / 4695 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4695 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 69079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 16899865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MQRGKPCRAL PTLKCQTFCQ RHGLMFEVVD LRWGIRNIEA TDHLTTELCL EEVDRCWKTS IGPAFVALIG DQYGPCLIPS RIDEKEWEVL RDHLTARPSD LELVARYFQR DENAFPPTYV LQAPGTGEAC EPEEATLTSV LRSGAQEARR LGLITQEQWQ HYHRSVIEWE IERSLLSSED REQGATVFLR EIQDLHKHIL EDCALRMVDR LADGCLDADA QNLLSSLKSH ITDMHPGVLK THRLPWSRDL VNPKNKTHAC YLKELGEQFV VRANHQVLTR LRELDTAGQE LAWLYQEIRH HLWQSSEVIQ TFCGRQELLA RLGQQLRHDD SKQHTPLVLF GPPGIGKTAL MCKLAEQMPR LLGHKTVTVL RLLGTSQMSS DARGLLKSIC FQVCLAYGLP LPPAQVLDAH TRVVQFFHTL LHTVSCRNFE SLVLLLDAMD DLDSVRHARR VPWLPLNCPP RVHLILSACS GALGVLDTLQ RVLLDPEAYW EVKPLSGNQG QQMIQLLLAA ARRTLSPVHT DLLWASLPEC GNPGRLRLAF EEARKWASFT VPVPLATTAE EATHQLCTRL EQTHGQLLVA HVLGYIVSSR HGLSEAELKD VLSLDDEVLQ DVYRDWTPPS KELLRFPPLL WVRLRRDLGY YLARRPVDGF TLLAIAHRQL VEVVRERYLS GSERAKRHGV LADFFSGTWS QGTKKLITLP LVGKPLNLDR KVAPQPLWFS HTVANLRKLK ELPYHLLHSG RLEELKQEVL GSMSWISCRG ISGGIEDLLD DFDLCAPHLD SPEVGLVREA LQLCRPAVEL RGMERSLLYT ELLARLHFFA TSHPALVGQL CQQAQSWFQL CAHPVLVPLG GFLQPPGGPL RATLSGCHKG ITAMAWGVEE KLLVIGTQDG IMAVWDMEEQ HVIHMLTGHT GEVRCVKIFA KGTLANSASK DYTLHLWNLL SGQEKFTIWD GGSKNPAEPQ IWNLHVDEAH KVVYSASGSK INAWNLETAE PVFHILGDAS DPWMCMAVLA SQATLLTVSR DGVVSLWSSA TGKLQGKQHM SSIKEETPTC AVSVQKQGKL VTGFSNGSIS LVSSKGDRLL EKLPDAVRFL VVSEDESLLA AGFGRSVRIF LADSRGFRRF MAMDLEHEDM VETAVFGTEN NLIITGSLDA LIQVWSLSEQ GTLLDILEGV GAPVSLLARG GALVASASPQ SSSFKVWDLS DAHRSRVPAP FLDRTGLTAV SHNGSYVYFP KIGDKNKVTI WDLAEGEEQD SLDTSSEIRC LEVAEQRKLL FTGLVSGVVL VFPLNSRQDV ICIPPPEARK AINCMSLSKC EDRLAIAYDN IVLVLDITSG DPCPVIDGPR YTFYTQLPET LSSVAILTDY RVVYSMTNGD LFLYECATSK AFPLETHRSR VACVEVSHKE QLVVSGSEDA LLCLWDLQAR KWKFEMSYTS SYCRGVQCAC FSKDDKYVYV GLKDRSILVW SVLDGTLLTV QFVHAVVNRI IPTTSGFIAP TRHGYLIREN FQCLSAKASP QDPLKNFKKA MWMVKSRQRE ELVAAAGAPQ DLESESAQGN ETKSNKCSQV CLIV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MQRGKPCRAL PTLKCQTFCQ RHGLMFEVVD LRWGIRNIEA TDHLTTELCL EEVDRCWKTS IGPAFVALIG DQYGPCLIPS RIDEKEWEVL RDHLTARPSD LELVARYFQR DENAFPPTYV LQAPGTGEAC EPEEATLTSV LRSGAQEARR LGLITQEQWQ HYHRSVIEWE IERSLLSSED REQGATVFLR EIQDLHKHIL EDCALRMVDR LADGCLDADA QNLLSSLKSH ITDMHPGVLK THRLPWSRDL VNPKNKTHAC YLKELGEQFV VRANHQVLTR LRELDTAGQE LAWLYQEIRH HLWQSSEVIQ TFCGRQELLA RLGQQLRHDD SKQHTPLVLF GPPGIGKTAL MCKLAEQMPR LLGHKTVTVL RLLGTSQMSS DARGLLKSIC FQVCLAYGLP LPPAQVLDAH TRVVQFFHTL LHTVSCRNFE SLVLLLDAMD DLDSVRHARR VPWLPLNCPP RVHLILSACS GALGVLDTLQ RVLLDPEAYW EVKPLSGNQG QQMIQLLLAA ARRTLSPVHT DLLWASLPEC GNPGRLRLAF EEARKWASFT VPVPLATTAE EATHQLCTRL EQTHGQLLVA HVLGYIVSSR HGLSEAELKD VLSLDDEVLQ DVYRDWTPPS KELLRFPPLL WVRLRRDLGY YLARRPVDGF TLLAIAHRQL VEVVRERYLS GSERAKRHGV LADFFSGTWS QGTKKLITLP LVGKPLNLDR KVAPQPLWFS HTVANLRKLK ELPYHLLHSG RLEELKQEVL GSMSWISCRG ISGGIEDLLD DFDLCAPHLD SPEVGLVREA LQLCRPAVEL RGMERSLLYT ELLARLHFFA TSHPALVGQL CQQAQSWFQL CAHPVLVPLG GFLQPPGGPL RATLSGCHKG ITAMAWGVEE KLLVIGTQDG IMAVWDMEEQ HVIHMLTGHT GEVRCVKIFA KGTLANSASK DYTLRLWNLL SGQEKFTIWD GGSKNPAEPQ IWNLHVDEAH KVVYSASGSK INAWNLETAE PVFHILGDAS DPWMCMAVLA SQATLLTVSR DGVVSLWSSA TGKLQGKQHM SSIKEETPTC AVSVQKQGKL VTGFSNGSIS LVSSKGDRLL EKLPDAVRFL VVSEDESLLA AGFGRSVRIF LADSRGFRRF MAMDLEHEDM VETAVFGTEN NLIITGSLDA LIQVWSLSEQ GTLLDILEGV GAPVSLLARG GALVASASPQ SSSFKVWDLS DAHRSRVPAP FLDRTGLTAV SHNGSYVYFP KIGDKNKVTI WDLAEGEEQD SLDTSSEIRC LEVAEQRKLL FTGLVSGVVL VFPLNSRQDV ICIPPPEARK AINCMSLSKC EDRLAIAYDN IVLVLDITSG DPCPVIDGPR YTFYTQLPET LSSVAILTDY RVVYSMTNGD LFLYECATSK AFPLETHRSR VACVEVSHKE QLVVSGSEDA LLCLWDLQAR KWKFEMSYTS SYCRGVQCAC FSKDDKYVYV GLKDRSILVW SVLDGTLLTV QFVHAVVNRI IPTTSGFIAP TRHGYLIREN FQCLSAKASP QDPLKNFKKA MWMVKSRQRE ELVAAAGAPQ DLESESAQGN ETKSNKCSQV CLIV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.36 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999988969487165 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr19:16899865A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NWD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000379808 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q149M9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2804A>G cDNA.2807A>G g.69079A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H935R Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2608738
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4299 / 4299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1433 / 1433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4302 / 4302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 4 / 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2807 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 69079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 16899865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MQRGKPCRAL PTLKCQTFCQ RHGLMFEVVD LRWGIRNIEA TDHLTTELCL EEVDRCWKTS IGPAFVALIG DQYGPCLIPS RIDEKEWEVL RDHLTARPSD LELVARYFQR DENAFPPTYV LQAPGTGEAC EPEEATLTSV LRSGAQEARR LGLITQEQWQ HYHRSVIEWE IERSLLSSED REQGATVFLR EIQDLHKHIL EDCALRMVDR LADGCLDADA QNLLSSLKSH ITDMHPGVLK THRLPWSRDL VNPKNKTHAC YLKELGEQFV VRANHQVLTR LRELDTAGQE LAWLYQEIRH HLWQSSEVIQ TFCGRQELLA RLGQQLRHDD SKQHTPLVLF GPPGIGKTAL MCKLAEQMPR LLGHKTVTVL RLLGTSQMSS DARGLLKSIC FQVCLAYGLP LPPAQVLDAH TRVVQFFHTL LHTVSCRNFE SLVLLLDAMD DLDSVRHARR VPWLPLNCPP RVHLILSACS GALGVLDTLQ RVLLDPEAYW EVKPLSGNQG QQMIQLLLAA ARRTLSPVHT DLLWASLPEC GNPGRLRLAF EEARKWASFT VPVPLATTAE EATHQLCTRL EQTHGQLLVA HVLGYIVSSR HGLSEAELKD VLSLDDEVLQ DVYRDWTPPS KELLRFPPLL WVRLRRDLGY YLARRPVDGF TLLAIAHRQL VEVVRERYLS GSERAKRHGV LADFFSGTWS QGTKKLITLP LVGKPLNLDR KVAPQPLWFS HTVANLRKLK ELPYHLLHSG RLEELKQEVL GSMSWISCRG ISGGIEDLLD DFDLCAPHLD SPEVGLVREA LQLCRPAVEL RGMERSLLYT ELLARLHFFA TSHPALVGQL CQQAQSWFQL CAHPVLVPLG GFLQPPGGPL RATLSGCHKG ITAMAWGVEE KLLVIGTQDG IMAVWDMEEQ HVIHMLTGHT GEVRCVKIFA KGTLANSASK DYTLHLWNLL SGQEKFTIWD GGSKNPAEPQ IWNLHVDEAH KVVYSASGSK INAWNLETAE PVFHILGDAS DPWMCMAVLA SQATLLTVSR DGVVSLWSSA TGKLQGKQHM SSIKEETPTC AVSVQKQGKL VTGFSNGSIS LVSSKGDRLL EKLPDAVRFL VVSEDESLLA AGFGRSVRIF LADSRGFRRF MAMDLEHEDM VETAVFGTEN NLIITGSLDA LIQVWSLSEQ GTLLDILEGV GAPVSLLARG GALVASASPQ SSSFKVWDLS DAHRSRVPAP FLDRTGLTAV SHNGSYVYFP KIGDKNKVTI WDLAEGEEQD SLDTSSEIRC LEVAEQRKLL FTGLVSGVVL VFPLNSRQDV ICIPPPEARK AINCMSLSKC EDRLAIAYDN IVLVLDITSG DPCPVIDGPR YTFYTQLPET LSSVAILTDY RVVYSMTNGD LFLYECATSK AFPLETHRSR VACVEVSHKE QLVVSGSEDA LLCLWDLQAR KWKFEMSYTA PC* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MQRGKPCRAL PTLKCQTFCQ RHGLMFEVVD LRWGIRNIEA TDHLTTELCL EEVDRCWKTS IGPAFVALIG DQYGPCLIPS RIDEKEWEVL RDHLTARPSD LELVARYFQR DENAFPPTYV LQAPGTGEAC EPEEATLTSV LRSGAQEARR LGLITQEQWQ HYHRSVIEWE IERSLLSSED REQGATVFLR EIQDLHKHIL EDCALRMVDR LADGCLDADA QNLLSSLKSH ITDMHPGVLK THRLPWSRDL VNPKNKTHAC YLKELGEQFV VRANHQVLTR LRELDTAGQE LAWLYQEIRH HLWQSSEVIQ TFCGRQELLA RLGQQLRHDD SKQHTPLVLF GPPGIGKTAL MCKLAEQMPR LLGHKTVTVL RLLGTSQMSS DARGLLKSIC FQVCLAYGLP LPPAQVLDAH TRVVQFFHTL LHTVSCRNFE SLVLLLDAMD DLDSVRHARR VPWLPLNCPP RVHLILSACS GALGVLDTLQ RVLLDPEAYW EVKPLSGNQG QQMIQLLLAA ARRTLSPVHT DLLWASLPEC GNPGRLRLAF EEARKWASFT VPVPLATTAE EATHQLCTRL EQTHGQLLVA HVLGYIVSSR HGLSEAELKD VLSLDDEVLQ DVYRDWTPPS KELLRFPPLL WVRLRRDLGY YLARRPVDGF TLLAIAHRQL VEVVRERYLS GSERAKRHGV LADFFSGTWS QGTKKLITLP LVGKPLNLDR KVAPQPLWFS HTVANLRKLK ELPYHLLHSG RLEELKQEVL GSMSWISCRG ISGGIEDLLD DFDLCAPHLD SPEVGLVREA LQLCRPAVEL RGMERSLLYT ELLARLHFFA TSHPALVGQL CQQAQSWFQL CAHPVLVPLG GFLQPPGGPL RATLSGCHKG ITAMAWGVEE KLLVIGTQDG IMAVWDMEEQ HVIHMLTGHT GEVRCVKIFA KGTLANSASK DYTLRLWNLL SGQEKFTIWD GGSKNPAEPQ IWNLHVDEAH KVVYSASGSK INAWNLETAE PVFHILGDAS DPWMCMAVLA SQATLLTVSR DGVVSLWSSA TGKLQGKQHM SSIKEETPTC AVSVQKQGKL VTGFSNGSIS LVSSKGDRLL EKLPDAVRFL VVSEDESLLA AGFGRSVRIF LADSRGFRRF MAMDLEHEDM VETAVFGTEN NLIITGSLDA LIQVWSLSEQ GTLLDILEGV GAPVSLLARG GALVASASPQ SSSFKVWDLS DAHRSRVPAP FLDRTGLTAV SHNGSYVYFP KIGDKNKVTI WDLAEGEEQD SLDTSSEIRC LEVAEQRKLL FTGLVSGVVL VFPLNSRQDV ICIPPPEARK AINCMSLSKC EDRLAIAYDN IVLVLDITSG DPCPVIDGPR YTFYTQLPET LSSVAILTDY RVVYSMTNGD LFLYECATSK AFPLETHRSR VACVEVSHKE QLVVSGSEDA LLCLWDLQAR KWKFEMSYTA PC* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.34 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||