MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
TNS1 | polymorphism_automatic | 1.8583042275977e-05 | simple_aae | R1004W | single base exchange | rs3796028 | show file | ||||
TNS1 | polymorphism_automatic | 1.8583042275977e-05 | simple_aae | R1004W | single base exchange | rs3796028 | show file | ||||
TNS1 | polymorphism_automatic | 0.999999888188615 | without_aae | single base exchange | rs3796028 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999981416957724 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr2:218695102G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TNS1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000171887 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_022648 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HBL0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3010C>T cDNA.3463C>T g.172617C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1004W Score: 101 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3796028
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5208 / 5208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1736 / 1736 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5661 / 5661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 454 / 454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5517 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3463 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 172617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 218695102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTTCCTTAGTTACCAGAAGACGGATCCAGCCAGGTAGGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTTCCTTAGTTACCAGAAGATGGATCCAGCCAGGTAGGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CCACAGGAGTTACCAGAAGACGGATCCAGCCAGAGGAAGAT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CCACAGGAGTTACCAGAAGATGGATCCAGCCAGAGGAAGAT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MSVSRTMEDS CELDLVYVTE RIIAVSFPST ANEENFRSNL REVAQMLKSK HGGNYLLFNL SERRPDITKL HAKVLEFGWP DLHTPALEKI CSICKAMDTW LNADPHNVVV LHNKGNRGRI GVVIAAYMHY SNISASADQA LDRFAMKRFY EDKIVPIGQP SQRRYVHYFS GLLSGSIKMN NKPLFLHHVI MHGIPNFESK GGCRPFLRIY QAMQPVYTSG IYNIPGDSQT SVCITIEPGL LLKGDILLKC YHKKFRSPAR DVIFRVQFHT CAIHDLGVVF GKEDLDDAFK DDRFPEYGKV EFVFSYGPEK IQGMEHLENG PSVSVDYNTS DPLIRWDSYD NFSGHRDDGM EEVVGHTQGP LDGSLYAKVK KKDSLHGSTG AVNATRPTLS ATPNHVEHTL SVSSDSGNST ASTKTDKTDE PVPGASSATA ALSPQEKREL DRLLSGFGLE REKQGAMYHT QHLRSRPAGG SAVPSSGRHV VPAQVHVNGG ALASERETDI LDDELPNQDG HSAGSMGTLS SLDGVTNTSE GGYPEALSPL TNGLDKSYPM EPMVNGGGYP YESASRAGPA HAGHTAPMRP SYSAQEGLAG YQREGPHPAW PQPVTTSHYA HDPSGMFRSQ SFSEAEPQLP PAPVRGGSSR EAVQRGLNSW QQQQQQQQQP RPPPRQQERA HLESLVASRP SPQPLAETPI PSLPEFPRAA SQQEIEQSIE TLNMLMLDLE PASAAAPLHK SQSVPGAWPG ASPLSSQPLS GSSRQSHPLT QSRSGYIPSG HSLGTPEPAP RASLESVPPG RSYSPYDYQP CLAGPNQDFH SKSPASSSLP AFLPTTHSPP GPQQPPASLP GLTAQPLLSP KEATSDPSRT PEEEPLNLEG LVAHRVAGVQ AREKQPAEPP APLRRRAASD GQYENQSPEA TSPRSPGVRS PVQCVSPELA LTIALNPGGR PKEPHLHSYK EAFEEMEGTS PSSPPPSGVR SPPGLAKTPL SALGLKPHNP ADILLHPTGV TRRRIQPEED EGKVVVRLSE EPRSYVESVA RTAVAGPRAQ DSEPKSFSAP ATQAYGHEIP LRNGTLGGSF VSPSPLSTSS PILSADSTSV GSFPSGESSD QGPRTPTQPL LESGFRSGSL GQPSPSAQRN YQSSSPLPTV GSSYSSPDYS LQHFSSSPES QARAQFSVAG VHTVPGSPQA RHRTVGTNTP PSPGFGWRAI NPSMAAPSSP SLSHHQMMGP PGTGFHGSTV SSPQSSAATT PGSPSLCRHP AGVYQVSGLH NKVATTPGSP SLGRHPGAHQ GNLASGLHSN AIASPGSPSL GRHLGGSGSV VPGSPCLDRH VAYGGYSTPE DRRPTLSRQS SASGYQAPST PSFPVSPAYY PGLSSPATSP SPDSAAFRQG SPTPALPEKR RMSVGDRAGS LPNYATINGK VSSPVASGMS SPSGGSTVSF SHTLPDFSKY SMPDNSPETR AKVKFVQDTS KYWYKPEISR EQAIALLKDQ EPGAFIIRDS HSFRGAYGLA MKVSSPPPTI MQQNKKGDMT HELVRHFLIE TGPRGVKLKG CPNEPNFGSL SALVYQHSII PLALPCKLVI PNRDPTDESK DSSGPANSTA DLLKQGAACN VLFVNSVDME SLTGPQAISK ATSETLAADP TPAATIVHFK VSAQGITLTD NQRKLFFRRH YPLNTVTFCD LDPQERKWMK TEGGAPAKLF GFVARKQGST TDNACHLFAE LDPNQPASAI VNFVSKVMLN AGQKR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MSVSRTMEDS CELDLVYVTE RIIAVSFPST ANEENFRSNL REVAQMLKSK HGGNYLLFNL SERRPDITKL HAKVLEFGWP DLHTPALEKI CSICKAMDTW LNADPHNVVV LHNKGNRGRI GVVIAAYMHY SNISASADQA LDRFAMKRFY EDKIVPIGQP SQRRYVHYFS GLLSGSIKMN NKPLFLHHVI MHGIPNFESK GGCRPFLRIY QAMQPVYTSG IYNIPGDSQT SVCITIEPGL LLKGDILLKC YHKKFRSPAR DVIFRVQFHT CAIHDLGVVF GKEDLDDAFK DDRFPEYGKV EFVFSYGPEK IQGMEHLENG PSVSVDYNTS DPLIRWDSYD NFSGHRDDGM EEVVGHTQGP LDGSLYAKVK KKDSLHGSTG AVNATRPTLS ATPNHVEHTL SVSSDSGNST ASTKTDKTDE PVPGASSATA ALSPQEKREL DRLLSGFGLE REKQGAMYHT QHLRSRPAGG SAVPSSGRHV VPAQVHVNGG ALASERETDI LDDELPNQDG HSAGSMGTLS SLDGVTNTSE GGYPEALSPL TNGLDKSYPM EPMVNGGGYP YESASRAGPA HAGHTAPMRP SYSAQEGLAG YQREGPHPAW PQPVTTSHYA HDPSGMFRSQ SFSEAEPQLP PAPVRGGSSR EAVQRGLNSW QQQQQQQQQP RPPPRQQERA HLESLVASRP SPQPLAETPI PSLPEFPRAA SQQEIEQSIE TLNMLMLDLE PASAAAPLHK SQSVPGAWPG ASPLSSQPLS GSSRQSHPLT QSRSGYIPSG HSLGTPEPAP RASLESVPPG RSYSPYDYQP CLAGPNQDFH SKSPASSSLP AFLPTTHSPP GPQQPPASLP GLTAQPLLSP KEATSDPSRT PEEEPLNLEG LVAHRVAGVQ AREKQPAEPP APLRRRAASD GQYENQSPEA TSPRSPGVRS PVQCVSPELA LTIALNPGGR PKEPHLHSYK EAFEEMEGTS PSSPPPSGVR SPPGLAKTPL SALGLKPHNP ADILLHPTGV TRRWIQPEED EGKVVVRLSE EPRSYVESVA RTAVAGPRAQ DSEPKSFSAP ATQAYGHEIP LRNGTLGGSF VSPSPLSTSS PILSADSTSV GSFPSGESSD QGPRTPTQPL LESGFRSGSL GQPSPSAQRN YQSSSPLPTV GSSYSSPDYS LQHFSSSPES QARAQFSVAG VHTVPGSPQA RHRTVGTNTP PSPGFGWRAI NPSMAAPSSP SLSHHQMMGP PGTGFHGSTV SSPQSSAATT PGSPSLCRHP AGVYQVSGLH NKVATTPGSP SLGRHPGAHQ GNLASGLHSN AIASPGSPSL GRHLGGSGSV VPGSPCLDRH VAYGGYSTPE DRRPTLSRQS SASGYQAPST PSFPVSPAYY PGLSSPATSP SPDSAAFRQG SPTPALPEKR RMSVGDRAGS LPNYATINGK VSSPVASGMS SPSGGSTVSF SHTLPDFSKY SMPDNSPETR AKVKFVQDTS KYWYKPEISR EQAIALLKDQ EPGAFIIRDS HSFRGAYGLA MKVSSPPPTI MQQNKKGDMT HELVRHFLIE TGPRGVKLKG CPNEPNFGSL SALVYQHSII PLALPCKLVI PNRDPTDESK DSSGPANSTA DLLKQGAACN VLFVNSVDME SLTGPQAISK ATSETLAADP TPAATIVHFK VSAQGITLTD NQRKLFFRRH YPLNTVTFCD LDPQERKWMK TEGGAPAKLF GFVARKQGST TDNACHLFAE LDPNQPASAI VNFVSKVMLN AGQKR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.95 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999981416957724 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr2:218695102G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TNS1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000419504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HBL0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3010C>T cDNA.3172C>T g.172617C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1004W Score: 101 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3796028
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5166 / 5166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1722 / 1722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5328 / 5328 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 163 / 163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4971 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 172617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 218695102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTTCCTTAGTTACCAGAAGACGGATCCAGCCAGGTAGGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTTCCTTAGTTACCAGAAGATGGATCCAGCCAGGTAGGTGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CCACAGGAGTTACCAGAAGACGGATCCAGCCAGAGCCCCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CCACAGGAGTTACCAGAAGATGGATCCAGCCAGAGCCCCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MSVSRTMEDS CELDLVYVTE RIIAVSFPST ANEENFRSNL REVAQMLKSK HGGNYLLFNL SERRPDITKL HAKVLEFGWP DLHTPALEKI CSICKAMDTW LNADPHNVVV LHNKGNRGRI GVVIAAYMHY SNISASADQA LDRFAMKRFY EDKIVPIGQP SQRRYVHYFS GLLSGSIKMN NKPLFLHHVI MHGIPNFESK GGCRPFLRIY QAMQPVYTSG IYNIPGDSQT SVCITIEPGL LLKGDILLKC YHKKFRSPAR DVIFRVQFHT CAIHDLGVVF GKEDLDDAFK DDRFPEYGKV EFVFSYGPEK IQGMEHLENG PSVSVDYNTS DPLIRWDSYD NFSGHRDDGM EEVVGHTQGP LDGSLYAKVK KKDSLHGSTG AVNATRPTLS ATPNHVEHTL SVSSDSGNST ASTKTDKTDE PVPGASSATA ALSPQEKREL DRLLSGFGLE REKQGAMYHT QHLRSRPAGG SAVPSSGRHV VPAQVHVNGG ALASERETDI LDDELPNQDG HSAGSMGTLS SLDGVTNTSE GGYPEALSPL TNGLDKSYPM EPMVNGGGYP YESASRAGPA HAGHTAPMRP SYSAQEGLAG YQREGPHPAW PQPVTTSHYA HDPSGMFRSQ SFSEAEPQLP PAPVRGGSSR EAVQRGLNSW QQQQQQQQQP RPPPRQQERA HLESLVASRP SPQPLAETPI PSLPEFPRAA SQQEIEQSIE TLNMLMLDLE PASAAAPLHK SQSVPGAWPG ASPLSSQPLS GSSRQSHPLT QSRSGYIPSG HSLGTPEPAP RASLESVPPG RSYSPYDYQP CLAGPNQDFH SKSPASSSLP AFLPTTHSPP GPQQPPASLP GLTAQPLLSP KEATSDPSRT PEEEPLNLEG LVAHRVAGVQ AREKQPAEPP APLRRRAASD GQYENQSPEA TSPRSPGVRS PVQCVSPELA LTIALNPGGR PKEPHLHSYK EAFEEMEGTS PSSPPPSGVR SPPGLAKTPL SALGLKPHNP ADILLHPTGV TRRRIQPEPR SYVESVARTA VAGPRAQDSE PKSFSAPATQ AYGHEIPLRN GTLGGSFVSP SPLSTSSPIL SADSTSVGSF PSGESSDQGP RTPTQPLLES GFRSGSLGQP SPSAQRNYQS SSPLPTVGSS YSSPDYSLQH FSSSPESQAR AQFSVAGVHT VPGSPQARHR TVGTNTPPSP GFGWRAINPS MAAPSSPSLS HHQMMGPPGT GFHGSTVSSP QSSAATTPGS PSLCRHPAGV YQVSGLHNKV ATTPGSPSLG RHPGAHQGNL ASGLHSNAIA SPGSPSLGRH LGGSGSVVPG SPCLDRHVAY GGYSTPEDRR PTLSRQSSAS GYQAPSTPSF PVSPAYYPGL SSPATSPSPD SAAFRQGSPT PALPEKRRMS VGDRAGSLPN YATINGKVSS PVASGMSSPS GGSTVSFSHT LPDFSKYSMP DNSPETRAKV KFVQDTSKYW YKPEISREQA IALLKDQEPG AFIIRDSHSF RGAYGLAMKV SSPPPTIMQQ NKKDMTHELV RHFLIETGPR GVKLKGCPNE PNFGSLSALV YQHSIIPLAL PCKLVIPNRD PTDESKDSSG PANSTADLLK QGAACNVLFV NSVDMESLTG PQAISKATSE TLAADPTPAA TIVHFKVSAQ GITLTDNQRK LFFRRHYPLN TVTFCDLDPQ ERKWMKTEGG APAKLFGFVA RKQGSTTDNA CHLFAELDPN QPASAIVNFV SKVMLNAGQK R* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MSVSRTMEDS CELDLVYVTE RIIAVSFPST ANEENFRSNL REVAQMLKSK HGGNYLLFNL SERRPDITKL HAKVLEFGWP DLHTPALEKI CSICKAMDTW LNADPHNVVV LHNKGNRGRI GVVIAAYMHY SNISASADQA LDRFAMKRFY EDKIVPIGQP SQRRYVHYFS GLLSGSIKMN NKPLFLHHVI MHGIPNFESK GGCRPFLRIY QAMQPVYTSG IYNIPGDSQT SVCITIEPGL LLKGDILLKC YHKKFRSPAR DVIFRVQFHT CAIHDLGVVF GKEDLDDAFK DDRFPEYGKV EFVFSYGPEK IQGMEHLENG PSVSVDYNTS DPLIRWDSYD NFSGHRDDGM EEVVGHTQGP LDGSLYAKVK KKDSLHGSTG AVNATRPTLS ATPNHVEHTL SVSSDSGNST ASTKTDKTDE PVPGASSATA ALSPQEKREL DRLLSGFGLE REKQGAMYHT QHLRSRPAGG SAVPSSGRHV VPAQVHVNGG ALASERETDI LDDELPNQDG HSAGSMGTLS SLDGVTNTSE GGYPEALSPL TNGLDKSYPM EPMVNGGGYP YESASRAGPA HAGHTAPMRP SYSAQEGLAG YQREGPHPAW PQPVTTSHYA HDPSGMFRSQ SFSEAEPQLP PAPVRGGSSR EAVQRGLNSW QQQQQQQQQP RPPPRQQERA HLESLVASRP SPQPLAETPI PSLPEFPRAA SQQEIEQSIE TLNMLMLDLE PASAAAPLHK SQSVPGAWPG ASPLSSQPLS GSSRQSHPLT QSRSGYIPSG HSLGTPEPAP RASLESVPPG RSYSPYDYQP CLAGPNQDFH SKSPASSSLP AFLPTTHSPP GPQQPPASLP GLTAQPLLSP KEATSDPSRT PEEEPLNLEG LVAHRVAGVQ AREKQPAEPP APLRRRAASD GQYENQSPEA TSPRSPGVRS PVQCVSPELA LTIALNPGGR PKEPHLHSYK EAFEEMEGTS PSSPPPSGVR SPPGLAKTPL SALGLKPHNP ADILLHPTGV TRRWIQPEPR SYVESVARTA VAGPRAQDSE PKSFSAPATQ AYGHEIPLRN GTLGGSFVSP SPLSTSSPIL SADSTSVGSF PSGESSDQGP RTPTQPLLES GFRSGSLGQP SPSAQRNYQS SSPLPTVGSS YSSPDYSLQH FSSSPESQAR AQFSVAGVHT VPGSPQARHR TVGTNTPPSP GFGWRAINPS MAAPSSPSLS HHQMMGPPGT GFHGSTVSSP QSSAATTPGS PSLCRHPAGV YQVSGLHNKV ATTPGSPSLG RHPGAHQGNL ASGLHSNAIA SPGSPSLGRH LGGSGSVVPG SPCLDRHVAY GGYSTPEDRR PTLSRQSSAS GYQAPSTPSF PVSPAYYPGL SSPATSPSPD SAAFRQGSPT PALPEKRRMS VGDRAGSLPN YATINGKVSS PVASGMSSPS GGSTVSFSHT LPDFSKYSMP DNSPETRAKV KFVQDTSKYW YKPEISREQA IALLKDQEPG AFIIRDSHSF RGAYGLAMKV SSPPPTIMQQ NKKDMTHELV RHFLIETGPR GVKLKGCPNE PNFGSLSALV YQHSIIPLAL PCKLVIPNRD PTDESKDSSG PANSTADLLK QGAACNVLFV NSVDMESLTG PQAISKATSE TLAADPTPAA TIVHFKVSAQ GITLTDNQRK LFFRRHYPLN TVTFCDLDPQ ERKWMKTEGG APAKLFGFVA RKQGSTTDNA CHLFAELDPN QPASAIVNFV SKVMLNAGQK R* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.35 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 1.11811384634791e-07 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||
alteration (phys. location) | chr2:218695102G>AN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||
HGNC symbol | TNS1 | |||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000430930 | |||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||
UniProt peptide | N/A | |||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||
DNA changes | g.172617C>T | |||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3796028
| |||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | |||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||
distance from splice site | 1076 | |||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||
protein features | N/A | |||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 163 / 163 | |||||||||||||
chromosome | 2 | |||||||||||||
strand | -1 | |||||||||||||
last intron/exon boundary | 5163 | |||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4950 | |||||||||||||
length of CDS | 5145 | |||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 172617 | |||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 218695102 | |||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTTCCTTAGTTACCAGAAGACGGATCCAGCCAGGTAGGTGG | |||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTTCCTTAGTTACCAGAAGATGGATCCAGCCAGGTAGGTGG | |||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
wildtype AA sequence | MSVSRTMEDS CELDLVYVTE RIIAVSFPST ANEENFRSNL REVAQMLKSK HGGNYLLFNL SERRPDITKL HAKVLEFGWP DLHTPALEKI CSICKAMDTW LNADPHNVVV LHNKGNRGRI GVVIAAYMHY SNISASADQA LDRFAMKRFY EDKIVPIGQP SQRRYVHYFS GLLSGSIKMN NKPLFLHHVI MHGIPNFESK GGCRPFLRIY QAMQPVYTSG IYNIPGDSQT SVCITIEPGL LLKGDILLKC YHKKFRSPAR DVIFRVQFHT CAIHDLGVVF GKEDLDDAFK DDRFPEYGKV EFVFSYGPEK IQGMEHLENG PSVSVDYNTS DPLIRWDSYD NFSGHRDDGM EEVVGHTQGP LDGSLYAKVK KKDSLHGSTG AVNATRPTLS ATPNHVEHTL SVSSDSGNST ASTKTDKTDE PVPGASSATA ALSPQEKREL DRLLSGFGLE REKQGAMYHT QHLRSRPAGG SAVPSSGRHV VPAQVHVNGG ALASERETDI LDDELPNQDG HSAGSMGTLS SLDGVTNTSE GGYPEALSPL TNGLDKSYPM EPMVNGGGYP YESASRAGPA HAGHTAPMRP SYSAQEGLAG YQREGPHPAW PQPVTTSHYA HDPSGMFRSQ SFSEAEPQLP PAPVRGGSSR EAVQRGLNSW QQQQQQQQQP RPPPRQQERA HLESLVASRP SPQPLAETPI PSLPEFPRAA SQQEIEQSIE TLNMLMLDLE PASAAAPLHK SQSVPGAWPG ASPLSSQPLS GSSRQSHPLT QSRSGYIPSG HSLGTPEPAP RASLESVPPG RSYSPYDYQP CLAGPNQDFH SKSPASSSLP AFLPTTHSPP GPQQPPASLP GLTAQPLLSP KEATSDPSRT PEEEPLNLEG LVAHRVAGVQ AREKQPAEPP APLRRRAASD GQYENQSPEA TSPRSPGVRS PVQCVSPELA LTIALNPGGR PKEPHLHSYK EAFEEMEGTS PSSPPPSGVR SPPGLAKTPL SALGLKPHNP ADILLHPTGE PRSYVESVAR TAVAGPRAQD SEPKSFSAPA TQAYGHEIPL RNGTLGGSFV SPSPLSTSSP ILSADSTSVG SFPSGESSDQ GPRTPTQPLL ESGFRSGSLG QPSPSAQRNY QSSSPLPTVG SSYSSPDYSL QHFSSSPESQ ARAQFSVAGV HTVPGSPQAR HRTVGTNTPP SPGFGWRAIN PSMAAPSSPS LSHHQMMGPP GTGFHGSTVS SPQSSAATTP GSPSLCRHPA GVYQVSGLHN KVATTPGSPS LGRHPGAHQG NLASGLHSNA IASPGSPSLG RHLGGSGSVV PGSPCLDRHV AYGGYSTPED RRPTLSRQSS ASGYQAPSTP SFPVSPAYYP GLSSPATSPS PDSAAFRQGS PTPALPEKRR MSVGDRAGSL PNYATINGKV SSPVASGMSS PSGGSTVSFS HTLPDFSKYS MPDNSPETRA KVKFVQDTSK YWYKPEISRE QAIALLKDQE PGAFIIRDSH SFRGAYGLAM KVSSPPPTIM QQNKKGDMTH ELVRHFLIET GPRGVKLKGC PNEPNFGSLS ALVYQHSIIP LALPCKLVIP NRDPTDESKD SSGPANSTAD LLKQGAACNV LFVNSVDMES LTGPQAISKA TSETLAADPT PAATIVHFKV SAQGITLTDN QRKLFFRRHY PLNTVTFCDL DPQERKWMKT EGGAPAKLFG FVARKQGSTT DNACHLFAEL DPNQPASAIV NFVSKVMLNA GQKR* | |||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||
speed | 1.05 s | |||||||||||||