MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
C2orf16 | polymorphism_automatic | 1.99840144432528e-15 | simple_aae | affected | S1665P | single base exchange | rs28381983 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999998 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr2:27804432T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | C2orf16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000408964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_032266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q68DN1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.4993T>C cDNA.5044T>C g.5044T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S1665P Score: 74 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs28381983
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regulatory features | H2BK20ac, Histone, Histone 2B Lysine 20 Acetylation H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 1157 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5955 / 5955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1985 / 1985 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6006 / 6006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 52 / 52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | cannot be calculated, too little distance between start ATG and last intron/exon boundary | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 4993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 27804432 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAGAGAGAAGCCATCGCAGTTCCTCTGAGAGAAGACATCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAGAGAGAAGCCATCGCAGTCCCTCTGAGAGAAGACATCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAGAGAGAAGCCATCGCAGTTCCTCTGAGAGAAGACATCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAGAGAGAAGCCATCGCAGTCCCTCTGAGAGAAGACATCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MELTPGAQQQ GINYQELTSG WQDVKSMMLV PEPTRKFPSG PLLTSVRFSN LSPESQQQDV KSLEFTVEPK LQSVKHVKLS SVSLQQTIKS VELAPGSLPQ RVKYGEQTPR TNYQIMESSE LIPRPGHQFA KYAEMIPQPK YQIPKSANLI SIPIYHATES SEMAQGLAYK GIDTVEKSVG LTPKLTGRAK ESLGMLLQPD LQVPKFVDLT PMVRDQGSKF LGLTPEKSYQ ILETMELLSQ SRPRVKDVGE LYMKPLQQTV EYEGITPELK HYFTEAMGLT AEARIQANEF FGMTPKPTSQ ATGFAERSPR LCPQNLECVE VISEKRLQGE ESVVLIPKSL HHVPDSASGM TPGLGHRVPE SVELTSKSGV QVEKTLQLTP KPQHHVGSPG IISGLGHQVP ESVNLTCKQW LQMEESLEVP LKQTSQVIGH EESVELTSEA RQHREVSMGL TKSKNQSMKS PGTTPGPLGR IVEFMRISPE PLDQVTESAR TQLQVAQSEE VILIDVPKVV QSVKVTPGPP FQIVKSVTIP RPTPQMVEYI ELTPKLQYVR PSEHHTGPCL QDVKSTKLIT KPKHQILETV ELTGFQIVKT MLIPGPSLQI VKSEELAPGP IPQVVEPIGV ALESGIEAIN CVDLLPRPHL QELIVPAELT PSPCTQVKSA ELTSPQTSPF EEHTILTHKQ GLQAVKSTVI KTEPPKVMET EDLNLGHVCQ NRDCQKLTSE ELQVGTDFSR FLQSSSTTLI SSSVRTASEL GGLWDSGIQE VSRALDIKNP GTDILQPEET YIDPTMIQSL TFPLALHNQS SDKTANIVEN PCPEILGVDV ISKETTKRKQ MEELENSLQR HLPQSWRSRS RTFQAESGVQ KGLIKSFPGR QHNVWESHAW RQRLPRKYLS TMLMLGNILG TTMERKLCSQ TSLAERATAD TCQSIQNLFG IPAELMEPSQ SLPEKGPVTI SQPSVVKNYI QRHTFYHGHK KRMALRIWTR GSTSSIIQQY SGTRVRIKKT NSTFNGISQE VIQHMPVSCA GGQLPVLVKS ESSLSIFYDR EDLVPMEESE DSQSDSQTRI SESQHSLKPN YLSQAKTDFS EQFQLLEDLQ LKIAAKLLRS QIPPDVPPPL ASGLVLKYPI CLQCGRCSGL NCHHKLQTTS GPYLLIYPQL HLVRTPEGHG EVRLHLGFRL RIGKRSQISK YRERDRPVIR RSPISPSQRK AKIYTQASKS PTSTIDLQSG PSQSPAPVQV YIRRGQRSRP DLVEKTKTRA PGHYEFTQVH NLPESDSEST QNEKRAKVRT KKTSDSKYPM KRITKRLRKH RKFYTNSRTT IESPSRELAA HLRRKRIGAT QTSTASLKRQ PKKPSQPKFM QLLFQSLKRA FQTAHRVIAS VGRKPVDGTR PDNLWASKNY YPKQNARDYC LPSSIKRDKR SADKLTPAGS TIKQEDILWG GTVQCRSAQQ PRRAYSFQPR PLRLPKPTDS QSGIAFQTAS VGQPLRTVQK DSSSRSKKNF YRNETSSQES KNLSTPGTRV QARGRILPGS PVKRTWHRHL KDKLTHKEHN HPSFYRERTP RGPSERTRHN PSWRNHRSPS ERSQRSSLER RHHSPSQRSH CSPSRKNHSS PSERSWRSPS QRNHCSPPER SCHSLSERGL HSPSQRSHRG PSQRRHHSPS ERSHRSPSER SHRSSSERRH RSPSQRSHRG PSERSHCSPS ERRHRSPSQR SHRGPSERRH HSPSKRSHRS PARRSHRSPS ERSHHSPSER SHHSPSERRH HSPSERSHCS PSERSHCSPS ERRHRSPSER RHHSPSEKSH HSPSERSHHS PSERRRHSPL ERSRHSLLER SHRSPSERRS HRSFERSHRR ISERSHSPSE KSHLSPLERS RCSPSERRGH SSSGKTCHSP SERSHRSPSG MRQGRTSERS HRSSCERTRH SPSEMRPGRP SGRNHCSPSE RSRRSPLKEG LKYSFPGERP SHSLSRDFKN QTTLLGTTHK NPKAGQVWRP EATR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MELTPGAQQQ GINYQELTSG WQDVKSMMLV PEPTRKFPSG PLLTSVRFSN LSPESQQQDV KSLEFTVEPK LQSVKHVKLS SVSLQQTIKS VELAPGSLPQ RVKYGEQTPR TNYQIMESSE LIPRPGHQFA KYAEMIPQPK YQIPKSANLI SIPIYHATES SEMAQGLAYK GIDTVEKSVG LTPKLTGRAK ESLGMLLQPD LQVPKFVDLT PMVRDQGSKF LGLTPEKSYQ ILETMELLSQ SRPRVKDVGE LYMKPLQQTV EYEGITPELK HYFTEAMGLT AEARIQANEF FGMTPKPTSQ ATGFAERSPR LCPQNLECVE VISEKRLQGE ESVVLIPKSL HHVPDSASGM TPGLGHRVPE SVELTSKSGV QVEKTLQLTP KPQHHVGSPG IISGLGHQVP ESVNLTCKQW LQMEESLEVP LKQTSQVIGH EESVELTSEA RQHREVSMGL TKSKNQSMKS PGTTPGPLGR IVEFMRISPE PLDQVTESAR TQLQVAQSEE VILIDVPKVV QSVKVTPGPP FQIVKSVTIP RPTPQMVEYI ELTPKLQYVR PSEHHTGPCL QDVKSTKLIT KPKHQILETV ELTGFQIVKT MLIPGPSLQI VKSEELAPGP IPQVVEPIGV ALESGIEAIN CVDLLPRPHL QELIVPAELT PSPCTQVKSA ELTSPQTSPF EEHTILTHKQ GLQAVKSTVI KTEPPKVMET EDLNLGHVCQ NRDCQKLTSE ELQVGTDFSR FLQSSSTTLI SSSVRTASEL GGLWDSGIQE VSRALDIKNP GTDILQPEET YIDPTMIQSL TFPLALHNQS SDKTANIVEN PCPEILGVDV ISKETTKRKQ MEELENSLQR HLPQSWRSRS RTFQAESGVQ KGLIKSFPGR QHNVWESHAW RQRLPRKYLS TMLMLGNILG TTMERKLCSQ TSLAERATAD TCQSIQNLFG IPAELMEPSQ SLPEKGPVTI SQPSVVKNYI QRHTFYHGHK KRMALRIWTR GSTSSIIQQY SGTRVRIKKT NSTFNGISQE VIQHMPVSCA GGQLPVLVKS ESSLSIFYDR EDLVPMEESE DSQSDSQTRI SESQHSLKPN YLSQAKTDFS EQFQLLEDLQ LKIAAKLLRS QIPPDVPPPL ASGLVLKYPI CLQCGRCSGL NCHHKLQTTS GPYLLIYPQL HLVRTPEGHG EVRLHLGFRL RIGKRSQISK YRERDRPVIR RSPISPSQRK AKIYTQASKS PTSTIDLQSG PSQSPAPVQV YIRRGQRSRP DLVEKTKTRA PGHYEFTQVH NLPESDSEST QNEKRAKVRT KKTSDSKYPM KRITKRLRKH RKFYTNSRTT IESPSRELAA HLRRKRIGAT QTSTASLKRQ PKKPSQPKFM QLLFQSLKRA FQTAHRVIAS VGRKPVDGTR PDNLWASKNY YPKQNARDYC LPSSIKRDKR SADKLTPAGS TIKQEDILWG GTVQCRSAQQ PRRAYSFQPR PLRLPKPTDS QSGIAFQTAS VGQPLRTVQK DSSSRSKKNF YRNETSSQES KNLSTPGTRV QARGRILPGS PVKRTWHRHL KDKLTHKEHN HPSFYRERTP RGPSERTRHN PSWRNHRSPS ERSQRSSLER RHHSPSQRSH CSPSRKNHSS PSERSWRSPS QRNHCSPPER SCHSLSERGL HSPSQRSHRG PSQRRHHSPS ERSHRSPSER SHRSPSERRH RSPSQRSHRG PSERSHCSPS ERRHRSPSQR SHRGPSERRH HSPSKRSHRS PARRSHRSPS ERSHHSPSER SHHSPSERRH HSPSERSHCS PSERSHCSPS ERRHRSPSER RHHSPSEKSH HSPSERSHHS PSERRRHSPL ERSRHSLLER SHRSPSERRS HRSFERSHRR ISERSHSPSE KSHLSPLERS RCSPSERRGH SSSGKTCHSP SERSHRSPSG MRQGRTSERS HRSSCERTRH SPSEMRPGRP SGRNHCSPSE RSRRSPLKEG LKYSFPGERP SHSLSRDFKN QTTLLGTTHK NPKAGQVWRP EATR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.81 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||