MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
BRWD1 | polymorphism_automatic | 0.015075658573529 | simple_aae | Q83E | single base exchange | rs2056844 | show file | ||||
BRWD1 | polymorphism_automatic | 0.015075658573529 | simple_aae | Q83E | single base exchange | rs2056844 | show file | ||||
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BRWD1 | polymorphism_automatic | 0.015075658573529 | simple_aae | Q83E | single base exchange | rs2056844 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.984924341426471 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:40670460G>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | BRWD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000333229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_018963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9NSI6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.247C>G cDNA.575C>G g.23026C>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | Q83E Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2056844
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H4K20me1, Histone, Histone 4 Lysine 20 mono-methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6963 / 6963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2321 / 2321 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7291 / 7291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 329 / 329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6900 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6521 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 575 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 40670460 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCCAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCGAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCCAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCGAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAEPSSARRP VPLIESELYF LIARYLSAGP CRRAAQVLVQ ELEQYQLLPK RLDWEGNEHN RSYEELVLSN KHVAPDHLLQ ICQRIGPMLD KEIPPSISRV TSLLGAGRQS LLRTAKDCRH TVWKGSAFAA LHRGRPPEMP VNYGSPPNLV EIHRGKQLTG CSTFSTAFPG TMYQHIKMHR RILGHLSAVY CVAFDRTGHR IFTGSDDCLV KIWSTHNGRL LSTLRGHSAE ISDMAVNYEN TMIAAGSCDK IIRVWCLRTC APVAVLQGHT GSITSLQFSP MAKGSQRYMV STGADGTVCF WQWDLESLKF SPRPLKFTEK PRPGVQMLCS SFSVGGMFLA TGSTDHVIRM YFLGFEAPEK IAELESHTDK VDSIQFCNNG DRFLSGSRDG TARIWRFEQL EWRSILLDMA TRISGDLSSE EERFMKPKVT MIAWNQNDSI VVTAVNDHVL KVWNSYTGQL LHNLMGHADE VFVLETHPFD SRIMLSAGHD GSIFIWDITK GTKMKHYFNM IEGQGHGAVF DCKFSQDGQH FACTDSHGHL LIFGFGCSKP YEKIPDQMFF HTDYRPLIRD SNNYVLDEQT QQAPHLMPPP FLVDVDGNPH PTKYQRLVPG RENSADEHLI PQLGYVATSD GEVIEQIISL QTNDNDERSP ESSILDGMIR QLQQQQDQRM GADQDTIPRG LSNGEETPRR GFRRLSLDIQ SPPNIGLRRS GQVEGVRQMH QNAPRSQIAT ERDLQAWKRR VVVPEVPLGI FRKLEDFRLE KGEEERNLYI IGRKRKTLQL SHKSDSVVLV SQSRQRTCRR KYPNYGRRNR SWRELSSGNE SSSSVRHETS CDQSEGSGSS EEDEWRSDRK SESYSESSSD SSSRYSDWTA DAGINLQPPL RTSCRRRITR FCSSSEDEIS TENLSPPKRR RKRKKENKPK KENLRRMTPA ELANMEHLYE FHPPVWITDT TLRKSPFVPQ MGDEVIYFRQ GHEAYIEAVR RNNIYELNPN KEPWRKMDLR DQELVKIVGI RYEVGPPTLC CLKLAFIDPA TGKLMDKSFS IRYHDMPDVI DFLVLRQFYD EARQRNWQSC DRFRSIIDDA WWFGTVLSQE PYQPQYPDSH FQCYIVRWDN TEIEKLSPWD MEPIPDNVDP PEELGASISV TTDELEKLLY KPQAGEWGQK SRDEECDRII SGIDQLLNLD IAAAFAGPVD LCTYPKYCTV VAYPTDLYTI RMRLVNRFYR RLSALVWEVR YIEHNARTFN EPESVIARSA KKITDQLLKF IKNQHCTNIS ELSNTSENDE QNAEDLDDSD LPKTSSGRRR VHDGKKSIRA TNYVESNWKK QCKELVNLIF QCEDSEPFRQ PVDLVEYPDY RDIIDTPMDF GTVRETLDAG NYDSPLEFCK DIRLIFSNAK AYTPNKRSKI YSMTLRLSAL FEEKMKKISS DFKIGQKFNE KLRRSQRFKQ RQNCKGDSQP NKSIRNLKPK RLKSQTKIIP ELVGSPTQST SSRTAYLGTH KTSAGISSGV TSGDSSDSAE SSERRKRNRP ITNGSTLSES EVEDSLATSL SSSASSSSEE SKESSRARES SSRSGLSRSS NLRVTRTRAA QRKTGPVSLA NGCGRKATRK RVYLSDSDNN SLETGEILKA RAGNNRKVLR KCAAVAANKI KLMSDVEENS SSESVCSGRK LPHRNASAVA RKKLLHNSED EQSLKSEIEE EELKDENQLL PVSSSHTAQS NVDESENRDS ESESDLRVAR KNWHANGYKS HTPAPSKTKF LKIESSEEDS KSHDSDHACN RTAGPSTSVQ KLKAESISEE ADSEPGRSGG RKYNTFHKNA SFFKKTKILS DSEDSESEEQ DREDGKCHKM EMNPISGNLN CDPIAMSQCS SDHGCETDLD SDDDKIEKPN NFMKDSASQD NGLSRKISRK RVCSSDSDSS LQVVKKSSKA RTGLLRITRR CAATAANKIK LMSDVEDVSL ENVHTRSKNG RKKPLHLACT TAKKKLSDCE GSVHCEVPSE QYACEGKPPD PDSEGSTKVL SQALNGDSDS EDMLNSEHKH RHTNIHKIDA PSKRKSSSVT SSGEDSKSHI PGSETDRTFS SESTLAQKAT AENNFEVELN YGLRRWNGRR LRTYGKAPFS KTKVIHDSQE TAEKEVKRKR SHPELENVKI SETTGNSKFR PDTSSKSSDL GSVTESDIDC TDNTKTKRRK TKGKAKVVRK EFVPRDREPN TKVRTCMHNQ KDAVQMPSET LKAKMVPEKV PRRCATVAAN KIKIMSNLKE TISGPENVWI RKSSRKLPHR NASAAAKKKL LNVYKEDDTT INSESEKELE DINRKMLFLR GFRSWKENAQ * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MAEPSSARRP VPLIESELYF LIARYLSAGP CRRAAQVLVQ ELEQYQLLPK RLDWEGNEHN RSYEELVLSN KHVAPDHLLQ ICERIGPMLD KEIPPSISRV TSLLGAGRQS LLRTAKDCRH TVWKGSAFAA LHRGRPPEMP VNYGSPPNLV EIHRGKQLTG CSTFSTAFPG TMYQHIKMHR RILGHLSAVY CVAFDRTGHR IFTGSDDCLV KIWSTHNGRL LSTLRGHSAE ISDMAVNYEN TMIAAGSCDK IIRVWCLRTC APVAVLQGHT GSITSLQFSP MAKGSQRYMV STGADGTVCF WQWDLESLKF SPRPLKFTEK PRPGVQMLCS SFSVGGMFLA TGSTDHVIRM YFLGFEAPEK IAELESHTDK VDSIQFCNNG DRFLSGSRDG TARIWRFEQL EWRSILLDMA TRISGDLSSE EERFMKPKVT MIAWNQNDSI VVTAVNDHVL KVWNSYTGQL LHNLMGHADE VFVLETHPFD SRIMLSAGHD GSIFIWDITK GTKMKHYFNM IEGQGHGAVF DCKFSQDGQH FACTDSHGHL LIFGFGCSKP YEKIPDQMFF HTDYRPLIRD SNNYVLDEQT QQAPHLMPPP FLVDVDGNPH PTKYQRLVPG RENSADEHLI PQLGYVATSD GEVIEQIISL QTNDNDERSP ESSILDGMIR QLQQQQDQRM GADQDTIPRG LSNGEETPRR GFRRLSLDIQ SPPNIGLRRS GQVEGVRQMH QNAPRSQIAT ERDLQAWKRR VVVPEVPLGI FRKLEDFRLE KGEEERNLYI IGRKRKTLQL SHKSDSVVLV SQSRQRTCRR KYPNYGRRNR SWRELSSGNE SSSSVRHETS CDQSEGSGSS EEDEWRSDRK SESYSESSSD SSSRYSDWTA DAGINLQPPL RTSCRRRITR FCSSSEDEIS TENLSPPKRR RKRKKENKPK KENLRRMTPA ELANMEHLYE FHPPVWITDT TLRKSPFVPQ MGDEVIYFRQ GHEAYIEAVR RNNIYELNPN KEPWRKMDLR DQELVKIVGI RYEVGPPTLC CLKLAFIDPA TGKLMDKSFS IRYHDMPDVI DFLVLRQFYD EARQRNWQSC DRFRSIIDDA WWFGTVLSQE PYQPQYPDSH FQCYIVRWDN TEIEKLSPWD MEPIPDNVDP PEELGASISV TTDELEKLLY KPQAGEWGQK SRDEECDRII SGIDQLLNLD IAAAFAGPVD LCTYPKYCTV VAYPTDLYTI RMRLVNRFYR RLSALVWEVR YIEHNARTFN EPESVIARSA KKITDQLLKF IKNQHCTNIS ELSNTSENDE QNAEDLDDSD LPKTSSGRRR VHDGKKSIRA TNYVESNWKK QCKELVNLIF QCEDSEPFRQ PVDLVEYPDY RDIIDTPMDF GTVRETLDAG NYDSPLEFCK DIRLIFSNAK AYTPNKRSKI YSMTLRLSAL FEEKMKKISS DFKIGQKFNE KLRRSQRFKQ RQNCKGDSQP NKSIRNLKPK RLKSQTKIIP ELVGSPTQST SSRTAYLGTH KTSAGISSGV TSGDSSDSAE SSERRKRNRP ITNGSTLSES EVEDSLATSL SSSASSSSEE SKESSRARES SSRSGLSRSS NLRVTRTRAA QRKTGPVSLA NGCGRKATRK RVYLSDSDNN SLETGEILKA RAGNNRKVLR KCAAVAANKI KLMSDVEENS SSESVCSGRK LPHRNASAVA RKKLLHNSED EQSLKSEIEE EELKDENQLL PVSSSHTAQS NVDESENRDS ESESDLRVAR KNWHANGYKS HTPAPSKTKF LKIESSEEDS KSHDSDHACN RTAGPSTSVQ KLKAESISEE ADSEPGRSGG RKYNTFHKNA SFFKKTKILS DSEDSESEEQ DREDGKCHKM EMNPISGNLN CDPIAMSQCS SDHGCETDLD SDDDKIEKPN NFMKDSASQD NGLSRKISRK RVCSSDSDSS LQVVKKSSKA RTGLLRITRR CAATAANKIK LMSDVEDVSL ENVHTRSKNG RKKPLHLACT TAKKKLSDCE GSVHCEVPSE QYACEGKPPD PDSEGSTKVL SQALNGDSDS EDMLNSEHKH RHTNIHKIDA PSKRKSSSVT SSGEDSKSHI PGSETDRTFS SESTLAQKAT AENNFEVELN YGLRRWNGRR LRTYGKAPFS KTKVIHDSQE TAEKEVKRKR SHPELENVKI SETTGNSKFR PDTSSKSSDL GSVTESDIDC TDNTKTKRRK TKGKAKVVRK EFVPRDREPN TKVRTCMHNQ KDAVQMPSET LKAKMVPEKV PRRCATVAAN KIKIMSNLKE TISGPENVWI RKSSRKLPHR NASAAAKKKL LNVYKEDDTT INSESEKELE DINRKMLFLR GFRSWKENAQ * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.46 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.984924341426471 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:40670460G>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | BRWD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000342449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_033656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9NSI6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.247C>G cDNA.326C>G g.23026C>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | Q83E Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2056844
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H4K20me1, Histone, Histone 4 Lysine 20 mono-methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6810 / 6810 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2270 / 2270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6889 / 6889 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 80 / 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6810 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 326 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 40670460 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCCAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCGAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCCAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCGAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAEPSSARRP VPLIESELYF LIARYLSAGP CRRAAQVLVQ ELEQYQLLPK RLDWEGNEHN RSYEELVLSN KHVAPDHLLQ ICQRIGPMLD KEIPPSISRV TSLLGAGRQS LLRTAKDCRH TVWKGSAFAA LHRGRPPEMP VNYGSPPNLV EIHRGKQLTG CSTFSTAFPG TMYQHIKMHR RILGHLSAVY CVAFDRTGHR IFTGSDDCLV KIWSTHNGRL LSTLRGHSAE ISDMAVNYEN TMIAAGSCDK IIRVWCLRTC APVAVLQGHT GSITSLQFSP MAKGSQRYMV STGADGTVCF WQWDLESLKF SPRPLKFTEK PRPGVQMLCS SFSVGGMFLA TGSTDHVIRM YFLGFEAPEK IAELESHTDK VDSIQFCNNG DRFLSGSRDG TARIWRFEQL EWRSILLDMA TRISGDLSSE EERFMKPKVT MIAWNQNDSI VVTAVNDHVL KVWNSYTGQL LHNLMGHADE VFVLETHPFD SRIMLSAGHD GSIFIWDITK GTKMKHYFNM IEGQGHGAVF DCKFSQDGQH FACTDSHGHL LIFGFGCSKP YEKIPDQMFF HTDYRPLIRD SNNYVLDEQT QQAPHLMPPP FLVDVDGNPH PTKYQRLVPG RENSADEHLI PQLGYVATSD GEVIEQIISL QTNDNDERSP ESSILDGMIR QLQQQQDQRM GADQDTIPRG LSNGEETPRR GFRRLSLDIQ SPPNIGLRRS GQVEGVRQMH QNAPRSQIAT ERDLQAWKRR VVVPEVPLGI FRKLEDFRLE KGEEERNLYI IGRKRKTLQL SHKSDSVVLV SQSRQRTCRR KYPNYGRRNR SWRELSSGNE SSSSVRHETS CDQSEGSGSS EEDEWRSDRK SESYSESSSD SSSRYSDWTA DAGINLQPPL RTSCRRRITR FCSSSEDEIS TENLSPPKRR RKRKKENKPK KENLRRMTPA ELANMEHLYE FHPPVWITDT TLRKSPFVPQ MGDEVIYFRQ GHEAYIEAVR RNNIYELNPN KEPWRKMDLR DQELVKIVGI RYEVGPPTLC CLKLAFIDPA TGKLMDKSFS IRYHDMPDVI DFLVLRQFYD EARQRNWQSC DRFRSIIDDA WWFGTVLSQE PYQPQYPDSH FQCYIVRWDN TEIEKLSPWD MEPIPDNVDP PEELGASISV TTDELEKLLY KPQAGEWGQK SRDEECDRII SGIDQLLNLD IAAAFAGPVD LCTYPKYCTV VAYPTDLYTI RMRLVNRFYR RLSALVWEVR YIEHNARTFN EPESVIARSA KKITDQLLKF IKNQHCTNIS ELSNTSENDE QNAEDLDDSD LPKTSSGRRR VHDGKKSIRA TNYVESNWKK QCKELVNLIF QCEDSEPFRQ PVDLVEYPDY RDIIDTPMDF GTVRETLDAG NYDSPLEFCK DIRLIFSNAK AYTPNKRSKI YSMTLRLSAL FEEKMKKISS DFKIGQKFNE KLRRSQRFKQ RQNCKGDSQP NKSIRNLKPK RLKSQTKIIP ELVGSPTQST SSRTAYLGTH KTSAGISSGV TSGDSSDSAE SSERRKRNRP ITNGSTLSES EVEDSLATSL SSSASSSSEE SKESSRARES SSRSGLSRSS NLRVTRTRAA QRKTGPVSLA NGCGRKATRK RVYLSDSDNN SLETGEILKA RAGNNRKVLR KCAAVAANKI KLMSDVEENS SSESVCSGRK LPHRNASAVA RKKLLHNSED EQSLKSEIEE EELKDENQLL PVSSSHTAQS NVDESENRDS ESESDLRVAR KNWHANGYKS HTPAPSKTKF LKIESSEEDS KSHDSDHACN RTAGPSTSVQ KLKAESISEE ADSEPGRSGG RKYNTFHKNA SFFKKTKILS DSEDSESEEQ DREDGKCHKM EMNPISGNLN CDPIAMSQCS SDHGCETDLD SDDDKIEKPN NFMKDSASQD NGLSRKISRK RVCSSDSDSS LQVVKKSSKA RTGLLRITRR CAATAANKIK LMSDVEDVSL ENVHTRSKNG RKKPLHLACT TAKKKLSDCE GSVHCEVPSE QYACEGKPPD PDSEGSTKVL SQALNGDSDS EDMLNSEHKH RHTNIHKIDA PSKRKSSSVT SSGEDSKSHI PGSETDRTFS SESTLAQKAT AENNFEVELN YGLRRWNGRR LRTYGKAPFS KTKVIHDSQE TAEKEVKRKR SHPELENVKI SETTGNSKFR PDTSSKSSDL GSVTESDIDC TDNTKTKRRK TKGKAKVVRK GKTFTANISK TVRRQRQSKR PRLSVDDNDW EDLDYAKSKR VLRRSKIKTR NQGRRTVRYH DGDDDRSLEN VLDFNGCTL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MAEPSSARRP VPLIESELYF LIARYLSAGP CRRAAQVLVQ ELEQYQLLPK RLDWEGNEHN RSYEELVLSN KHVAPDHLLQ ICERIGPMLD KEIPPSISRV TSLLGAGRQS LLRTAKDCRH TVWKGSAFAA LHRGRPPEMP VNYGSPPNLV EIHRGKQLTG CSTFSTAFPG TMYQHIKMHR RILGHLSAVY CVAFDRTGHR IFTGSDDCLV KIWSTHNGRL LSTLRGHSAE ISDMAVNYEN TMIAAGSCDK IIRVWCLRTC APVAVLQGHT GSITSLQFSP MAKGSQRYMV STGADGTVCF WQWDLESLKF SPRPLKFTEK PRPGVQMLCS SFSVGGMFLA TGSTDHVIRM YFLGFEAPEK IAELESHTDK VDSIQFCNNG DRFLSGSRDG TARIWRFEQL EWRSILLDMA TRISGDLSSE EERFMKPKVT MIAWNQNDSI VVTAVNDHVL KVWNSYTGQL LHNLMGHADE VFVLETHPFD SRIMLSAGHD GSIFIWDITK GTKMKHYFNM IEGQGHGAVF DCKFSQDGQH FACTDSHGHL LIFGFGCSKP YEKIPDQMFF HTDYRPLIRD SNNYVLDEQT QQAPHLMPPP FLVDVDGNPH PTKYQRLVPG RENSADEHLI PQLGYVATSD GEVIEQIISL QTNDNDERSP ESSILDGMIR QLQQQQDQRM GADQDTIPRG LSNGEETPRR GFRRLSLDIQ SPPNIGLRRS GQVEGVRQMH QNAPRSQIAT ERDLQAWKRR VVVPEVPLGI FRKLEDFRLE KGEEERNLYI IGRKRKTLQL SHKSDSVVLV SQSRQRTCRR KYPNYGRRNR SWRELSSGNE SSSSVRHETS CDQSEGSGSS EEDEWRSDRK SESYSESSSD SSSRYSDWTA DAGINLQPPL RTSCRRRITR FCSSSEDEIS TENLSPPKRR RKRKKENKPK KENLRRMTPA ELANMEHLYE FHPPVWITDT TLRKSPFVPQ MGDEVIYFRQ GHEAYIEAVR RNNIYELNPN KEPWRKMDLR DQELVKIVGI RYEVGPPTLC CLKLAFIDPA TGKLMDKSFS IRYHDMPDVI DFLVLRQFYD EARQRNWQSC DRFRSIIDDA WWFGTVLSQE PYQPQYPDSH FQCYIVRWDN TEIEKLSPWD MEPIPDNVDP PEELGASISV TTDELEKLLY KPQAGEWGQK SRDEECDRII SGIDQLLNLD IAAAFAGPVD LCTYPKYCTV VAYPTDLYTI RMRLVNRFYR RLSALVWEVR YIEHNARTFN EPESVIARSA KKITDQLLKF IKNQHCTNIS ELSNTSENDE QNAEDLDDSD LPKTSSGRRR VHDGKKSIRA TNYVESNWKK QCKELVNLIF QCEDSEPFRQ PVDLVEYPDY RDIIDTPMDF GTVRETLDAG NYDSPLEFCK DIRLIFSNAK AYTPNKRSKI YSMTLRLSAL FEEKMKKISS DFKIGQKFNE KLRRSQRFKQ RQNCKGDSQP NKSIRNLKPK RLKSQTKIIP ELVGSPTQST SSRTAYLGTH KTSAGISSGV TSGDSSDSAE SSERRKRNRP ITNGSTLSES EVEDSLATSL SSSASSSSEE SKESSRARES SSRSGLSRSS NLRVTRTRAA QRKTGPVSLA NGCGRKATRK RVYLSDSDNN SLETGEILKA RAGNNRKVLR KCAAVAANKI KLMSDVEENS SSESVCSGRK LPHRNASAVA RKKLLHNSED EQSLKSEIEE EELKDENQLL PVSSSHTAQS NVDESENRDS ESESDLRVAR KNWHANGYKS HTPAPSKTKF LKIESSEEDS KSHDSDHACN RTAGPSTSVQ KLKAESISEE ADSEPGRSGG RKYNTFHKNA SFFKKTKILS DSEDSESEEQ DREDGKCHKM EMNPISGNLN CDPIAMSQCS SDHGCETDLD SDDDKIEKPN NFMKDSASQD NGLSRKISRK RVCSSDSDSS LQVVKKSSKA RTGLLRITRR CAATAANKIK LMSDVEDVSL ENVHTRSKNG RKKPLHLACT TAKKKLSDCE GSVHCEVPSE QYACEGKPPD PDSEGSTKVL SQALNGDSDS EDMLNSEHKH RHTNIHKIDA PSKRKSSSVT SSGEDSKSHI PGSETDRTFS SESTLAQKAT AENNFEVELN YGLRRWNGRR LRTYGKAPFS KTKVIHDSQE TAEKEVKRKR SHPELENVKI SETTGNSKFR PDTSSKSSDL GSVTESDIDC TDNTKTKRRK TKGKAKVVRK GKTFTANISK TVRRQRQSKR PRLSVDDNDW EDLDYAKSKR VLRRSKIKTR NQGRRTVRYH DGDDDRSLEN VLDFNGCTL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.80 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.984924341426471 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:40670460G>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | BRWD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000341322 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001007246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9NSI6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.247C>G cDNA.398C>G g.23026C>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | Q83E Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2056844
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H4K20me1, Histone, Histone 4 Lysine 20 mono-methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 363 / 363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 121 / 121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 514 / 514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 152 / 152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 350 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 40670460 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCCAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCGAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCCAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCGAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAEPSSARRP VPLIESELYF LIARYLSAGP CRRAAQVLVQ ELEQYQLLPK RLDWEGNEHN RSYEELVLSN KHVAPDHLLQ ICQRIGPMLD KEIPPSISRV TSLLGAGRQS LLRTAKGTLI * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MAEPSSARRP VPLIESELYF LIARYLSAGP CRRAAQVLVQ ELEQYQLLPK RLDWEGNEHN RSYEELVLSN KHVAPDHLLQ ICERIGPMLD KEIPPSISRV TSLLGAGRQS LLRTAKGTLI * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.38 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.984924341426471 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:40670460G>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | BRWD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000380800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9NSI6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.247C>G cDNA.346C>G g.23026C>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | Q83E Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2056844
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H4K20me1, Histone, Histone 4 Lysine 20 mono-methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6600 / 6600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2200 / 2200 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6699 / 6699 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 100 / 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6521 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 346 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 40670460 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCCAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCGAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCCAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | ATCATCTTTTGCAAATCTGCGAGCGCATCGGTCCTATGTTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAEPSSARRP VPLIESELYF LIARYLSAGP CRRAAQVLVQ ELEQYQLLPK RLDWEGNEHN RSYEELVLSN KHVAPDHLLQ ICQRIGPMLD KEIPPSISRV TSLLGAGRQS LLRTAKDCRH TVWKGSAFAA LHRGRPPEMP VNYGSPPNLV EIHRGKQLTG CSTFSTAFPG TMYQHIKMHR RILGHLSAVY CVAFDRTGHR IFTGSDDCLV KIWSTHNGRL LSTLRGHSAE ISDMAVNYEN TMIAAGSCDK IIRVWCLRTC APVAVLQGHT GSITSLQFSP MAKGSQRYMV STGADGTVCF WQWDLESLKF SPRPLKFTEK PRPGVQMLCS SFSVGGMFLA TGSTDHVIRM YFLGFEAPEK IAELESHTDK VDSIQFCNNG DRFLSGSRDG TARIWRFEQL EWRSILLDMA TRISGDLSSE EERFMKPKVT MIAWNQNDSI VVTAVNDHVL KVWNSYTGQL LHNLMGHADE VFVLETHPFD SRIMLSAGHD GSIFIWDITK GTKMKHYFNM IEGQGHGAVF DCKFSQDGQH FACTDSHGHL LIFGFGCSKP YEKIPDQMFF HTDYRPLIRD SNNYVLDEQT QQAPHLMPPP FLVDVDGNPH PTKYQRLVPG RENSADEHLI PQLGYVATSD GEVIEQIISL QTNDNDERSP ESSILDGMIR QLQQQQDQRM GADQDTIPRG LSNGEETPRR GFRRLSLDIQ SPPNIGLRRS GQVEGVRQMH QNAPRSQIAT ERDLQAWKRR VVVPEVPLGI FRKLEDFRLE KGEEERNLYI IGRKRKTLQL SHKSDSVVLV SQSRQRTCRR KYPNYGRRNR SWRELSSGNE SSSSVRHETS CDQSEGSGSS EEDEWRSDRK SESYSESSSD SSSRYSDWTA DAGINLQPPL RTSCRRRITR FCSSSEDEIS TENLSPPKRR RKRKKENKPK KENLRRMTPA ELANMEHLYE FHPPVWITDT TLRKSPFVPQ MGDEVIYFRQ GHEAYIEAVR RNNIYELNPN KEPWRKMDLR DQELVKIVGI RYEVGPPTLC CLKLAFIDPA TGKLMDKSFS IRYHDMPDVI DFLVLRQFYD EARQRNWQSC DRFRSIIDDA WWFGTVLSQE PYQPQYPDSH FQCYIVRWDN TEIEKLSPWD MEPIPDNVDP PEELGASISV TTDELEKLLY KPQAGEWGQK SRDEECDRII SGIDQLLNLD IAAAFAGPVD LCTYPKYCTV VAYPTDLYTI RMRLVNRFYR RLSALVWEVR YIEHNARTFN EPESVIARSA KKITDQLLKF IKNQHCTNIS ELSNTSENDE QNAEDLDDSD LPKTSSGRRR VHDGKKSIRA TNYVESNWKK QCKELVNLIF QCEDSEPFRQ PVDLVEYPDY RDIIDTPMDF GTVRETLDAG NYDSPLEFCK DIRLIFSNAK AYTPNKRSKI YSMTLRLSAL FEEKMKKISS DFKIGQKFNE KLRRSQRFKQ RQNCKGDSQP NKSIRNLKPK RLKSQTKIIP ELVGSPTQST SSRTAYLGTH KTSAGISSGV TSGDSSDSAE SSERRKRNRP ITNGSTLSES EVEDSLATSL SSSASSSSEE SKESSRARES SSRSGLSRSS NLRVTRTRAA QRKTGPVSLA NGCGRKATRK RVYLSDSDNN SLETGEILKA RAGNNRKVLR KCAAVAANKI KLMSDVEENS SSESVCSGRK LPHRNASAVA RKKLLHNSED EQSLKSEIEE EELKDENQLL PVSSSHTAQS NVDESENRDS ESESDLRVAR KNWHANGYKS HTPAPSKTKF LKIESSEEDS KSHDSDHACN RTAGPSTSVQ KLKAESISEE ADSEPGRSGG RKYNTFHKNA SFFKKTKILS DSEDSESEEQ DREDGKCHKM EMNPISGNLN CDPIAMSQCS SDHGCETDLD SDDDKIEKPN NFMKDSASQD NGLSRKISRK RVCSSDSDSS LQVVKKSSKA RTGLLRITRR CAATAANKIK LMSDVEDVSL ENVHTRSKNG RKKPLHLACT TAKKKLSDCE GSVHCEVPSE QYACEGKPPD PDSEGSTKVL SQALNGDSDS EDMLNSEHKH RHTNIHKIDA PSKRKSSSVT SSGEDSKSHI PGSETDRTFS SESTLAQKAT AENNFEVELN YGLRRWNGRR LRTYGKAPFS KTKVIHDSQE TAEKEVKRKR SHPELENVKI SETTGNSKFR PDTSSKSSDL GSVTESDIDC TDNTKTKRRK TKGKAKVVRK DKTFSPVYL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MAEPSSARRP VPLIESELYF LIARYLSAGP CRRAAQVLVQ ELEQYQLLPK RLDWEGNEHN RSYEELVLSN KHVAPDHLLQ ICERIGPMLD KEIPPSISRV TSLLGAGRQS LLRTAKDCRH TVWKGSAFAA LHRGRPPEMP VNYGSPPNLV EIHRGKQLTG CSTFSTAFPG TMYQHIKMHR RILGHLSAVY CVAFDRTGHR IFTGSDDCLV KIWSTHNGRL LSTLRGHSAE ISDMAVNYEN TMIAAGSCDK IIRVWCLRTC APVAVLQGHT GSITSLQFSP MAKGSQRYMV STGADGTVCF WQWDLESLKF SPRPLKFTEK PRPGVQMLCS SFSVGGMFLA TGSTDHVIRM YFLGFEAPEK IAELESHTDK VDSIQFCNNG DRFLSGSRDG TARIWRFEQL EWRSILLDMA TRISGDLSSE EERFMKPKVT MIAWNQNDSI VVTAVNDHVL KVWNSYTGQL LHNLMGHADE VFVLETHPFD SRIMLSAGHD GSIFIWDITK GTKMKHYFNM IEGQGHGAVF DCKFSQDGQH FACTDSHGHL LIFGFGCSKP YEKIPDQMFF HTDYRPLIRD SNNYVLDEQT QQAPHLMPPP FLVDVDGNPH PTKYQRLVPG RENSADEHLI PQLGYVATSD GEVIEQIISL QTNDNDERSP ESSILDGMIR QLQQQQDQRM GADQDTIPRG LSNGEETPRR GFRRLSLDIQ SPPNIGLRRS GQVEGVRQMH QNAPRSQIAT ERDLQAWKRR VVVPEVPLGI FRKLEDFRLE KGEEERNLYI IGRKRKTLQL SHKSDSVVLV SQSRQRTCRR KYPNYGRRNR SWRELSSGNE SSSSVRHETS CDQSEGSGSS EEDEWRSDRK SESYSESSSD SSSRYSDWTA DAGINLQPPL RTSCRRRITR FCSSSEDEIS TENLSPPKRR RKRKKENKPK KENLRRMTPA ELANMEHLYE FHPPVWITDT TLRKSPFVPQ MGDEVIYFRQ GHEAYIEAVR RNNIYELNPN KEPWRKMDLR DQELVKIVGI RYEVGPPTLC CLKLAFIDPA TGKLMDKSFS IRYHDMPDVI DFLVLRQFYD EARQRNWQSC DRFRSIIDDA WWFGTVLSQE PYQPQYPDSH FQCYIVRWDN TEIEKLSPWD MEPIPDNVDP PEELGASISV TTDELEKLLY KPQAGEWGQK SRDEECDRII SGIDQLLNLD IAAAFAGPVD LCTYPKYCTV VAYPTDLYTI RMRLVNRFYR RLSALVWEVR YIEHNARTFN EPESVIARSA KKITDQLLKF IKNQHCTNIS ELSNTSENDE QNAEDLDDSD LPKTSSGRRR VHDGKKSIRA TNYVESNWKK QCKELVNLIF QCEDSEPFRQ PVDLVEYPDY RDIIDTPMDF GTVRETLDAG NYDSPLEFCK DIRLIFSNAK AYTPNKRSKI YSMTLRLSAL FEEKMKKISS DFKIGQKFNE KLRRSQRFKQ RQNCKGDSQP NKSIRNLKPK RLKSQTKIIP ELVGSPTQST SSRTAYLGTH KTSAGISSGV TSGDSSDSAE SSERRKRNRP ITNGSTLSES EVEDSLATSL SSSASSSSEE SKESSRARES SSRSGLSRSS NLRVTRTRAA QRKTGPVSLA NGCGRKATRK RVYLSDSDNN SLETGEILKA RAGNNRKVLR KCAAVAANKI KLMSDVEENS SSESVCSGRK LPHRNASAVA RKKLLHNSED EQSLKSEIEE EELKDENQLL PVSSSHTAQS NVDESENRDS ESESDLRVAR KNWHANGYKS HTPAPSKTKF LKIESSEEDS KSHDSDHACN RTAGPSTSVQ KLKAESISEE ADSEPGRSGG RKYNTFHKNA SFFKKTKILS DSEDSESEEQ DREDGKCHKM EMNPISGNLN CDPIAMSQCS SDHGCETDLD SDDDKIEKPN NFMKDSASQD NGLSRKISRK RVCSSDSDSS LQVVKKSSKA RTGLLRITRR CAATAANKIK LMSDVEDVSL ENVHTRSKNG RKKPLHLACT TAKKKLSDCE GSVHCEVPSE QYACEGKPPD PDSEGSTKVL SQALNGDSDS EDMLNSEHKH RHTNIHKIDA PSKRKSSSVT SSGEDSKSHI PGSETDRTFS SESTLAQKAT AENNFEVELN YGLRRWNGRR LRTYGKAPFS KTKVIHDSQE TAEKEVKRKR SHPELENVKI SETTGNSKFR PDTSSKSSDL GSVTESDIDC TDNTKTKRRK TKGKAKVVRK DKTFSPVYL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.39 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||