MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
UMODL1 | polymorphism_automatic | 2.99760216648792e-15 | simple_aae | affected | R619G | single base exchange | rs220127 | show file | |||
UMODL1 | polymorphism_automatic | 2.99760216648792e-15 | simple_aae | affected | R691G | single base exchange | rs220127 | show file | |||
UMODL1 | polymorphism_automatic | 8.17417450393876e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs220127 | show file | ||||
UMODL1 | polymorphism_automatic | 8.17417450393876e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs220127 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999997 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:43531403C>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | UMODL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000400427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001199527 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5DID0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1855C>G cDNA.2251C>G g.48336C>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R619G Score: 125 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 619 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs220127
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4125 / 4125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1375 / 1375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4521 / 4521 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 397 / 397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4096 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2251 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 48336 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 43531403 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGCGGAGCACCAGCCACGCGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGGGGAGCACCAGCCACGCGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGCGGAGCACCAGCCACGCGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGGGGAGCACCAGCCACGCGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVYRTQYLVV EVPESRNVTD CCEGYEQLGL YCVLPLNQSG QFTSRPGACP AEGPEPSTSP CSLDIDCPGL EKCCPWSGGR YCMAPAPQAP ERDPVGSWYN VTILVKMDFK ELQQVDPRLL NHMRLLHSLV TSALQPMAST VHHLHSAPGN ASTTVSRLLL GLPRPLPVAD VSTLLGDIAK RVYEVISVQV QDVNECFYEE LNACSGRELC ANLEGSYWCV CHQEAPATSP RKLNLEWEDC PPVSDYVVLN VTSDSFQVSW RLNSTQNHTF HVRVYRGMEL LRSARTQSQA LAVAGLEAGV LYRVKTSYQG CGADVSTTLT IKTNAQVFEV TIKIVNHNLT EKLLNRSSVE YQDFSRQLLH EVESSFPPVV SDLYRSGKLR MQIVSLQAGS VVVRLKLTVQ DPGFPMGIST LAPILQPLLA STVFQIDRQG TRVQDWDECV DSAEHDCSPA AWCINLEGSY TCQCRTTRDA TPSRAGRACE GDLVSPMGGG LSAATGVTVP GLGTGTAALG LENFTLSPSP GYPQGTPAAG QAWTPEPSPR RGGSNVVGYD RNNTGKGVEQ EVPSTAPGLG MDQGSPSQVN PSQGSPSQGS LRQESTSQAS PSQRSTSQGS PSQVNPSQRS TSHANSSQGS PSQGSPSQES PSQGSTSQAS PSHRNTIGVI GTTSSPKATG STHSFPPGAT DGPLALPGQL QGNSIMEPPS WPSPTEDPTG HFLWHATRST RETLLNPTWL RNEDSGPSGS VDLPLTSTLT ALKTPACVPV SIGRIMVSNV TSTGFHLAWE ADLAMDSTFQ LTLTSMWSPA VVLETWNTSV TLSGLEPGVL HLVEIMAKAC GKEGARAHLK VRTAARKLIG KVRIKNVRYS ESFRNASSQE YRDFLELFFR MVRGSLPATM CQHMDAGGVR MEVVSVTNGS IVVEFHLLII ADVDVQEVSA AFLTAFQTVP LLEVIRGDTF IQDYDECERK EDDCVPGTSC RNTLGSFTCS CEGGAPDFPV EYSERPCEGD SPGNETWATS PERPLTTAGT KAAFVQGTSP TPQGLPQRLN LTGAVRVLCE IEKVVVAIQK RFLQQESIPE SSLYLSHPSC NVSHSNGTHV LLEAGWSECG TLMQSNMTNT VVRTTLRNDL SQEGIIHHLK ILSPIYCAFQ NDLLTSSGFT LEWGVYTIIE DLHGAGNFVT EMQLFIGDSP IPQNYSVSAS DDVRIEVGLY RQKSNLKVVL TECWATPSSN ARDPITFSFI NNSCPVPNTY TNVIENGNSN KAQFKLRIFS FINDSIVYLH CKLRVCMESP GATCKINCNN FRLLQNSETS ATHQMSWGPL IRSEGEPPHA EAGLGAGYVV LIVVAIFVLV AGTATLLIVR YQRMNGRYNF KIQSNNFSYQ VFYE* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MVYRTQYLVV EVPESRNVTD CCEGYEQLGL YCVLPLNQSG QFTSRPGACP AEGPEPSTSP CSLDIDCPGL EKCCPWSGGR YCMAPAPQAP ERDPVGSWYN VTILVKMDFK ELQQVDPRLL NHMRLLHSLV TSALQPMAST VHHLHSAPGN ASTTVSRLLL GLPRPLPVAD VSTLLGDIAK RVYEVISVQV QDVNECFYEE LNACSGRELC ANLEGSYWCV CHQEAPATSP RKLNLEWEDC PPVSDYVVLN VTSDSFQVSW RLNSTQNHTF HVRVYRGMEL LRSARTQSQA LAVAGLEAGV LYRVKTSYQG CGADVSTTLT IKTNAQVFEV TIKIVNHNLT EKLLNRSSVE YQDFSRQLLH EVESSFPPVV SDLYRSGKLR MQIVSLQAGS VVVRLKLTVQ DPGFPMGIST LAPILQPLLA STVFQIDRQG TRVQDWDECV DSAEHDCSPA AWCINLEGSY TCQCRTTRDA TPSRAGRACE GDLVSPMGGG LSAATGVTVP GLGTGTAALG LENFTLSPSP GYPQGTPAAG QAWTPEPSPR RGGSNVVGYD RNNTGKGVEQ EVPSTAPGLG MDQGSPSQVN PSQGSPSQGS LRQESTSQAS PSQRSTSQGS PSQVNPSQGS TSHANSSQGS PSQGSPSQES PSQGSTSQAS PSHRNTIGVI GTTSSPKATG STHSFPPGAT DGPLALPGQL QGNSIMEPPS WPSPTEDPTG HFLWHATRST RETLLNPTWL RNEDSGPSGS VDLPLTSTLT ALKTPACVPV SIGRIMVSNV TSTGFHLAWE ADLAMDSTFQ LTLTSMWSPA VVLETWNTSV TLSGLEPGVL HLVEIMAKAC GKEGARAHLK VRTAARKLIG KVRIKNVRYS ESFRNASSQE YRDFLELFFR MVRGSLPATM CQHMDAGGVR MEVVSVTNGS IVVEFHLLII ADVDVQEVSA AFLTAFQTVP LLEVIRGDTF IQDYDECERK EDDCVPGTSC RNTLGSFTCS CEGGAPDFPV EYSERPCEGD SPGNETWATS PERPLTTAGT KAAFVQGTSP TPQGLPQRLN LTGAVRVLCE IEKVVVAIQK RFLQQESIPE SSLYLSHPSC NVSHSNGTHV LLEAGWSECG TLMQSNMTNT VVRTTLRNDL SQEGIIHHLK ILSPIYCAFQ NDLLTSSGFT LEWGVYTIIE DLHGAGNFVT EMQLFIGDSP IPQNYSVSAS DDVRIEVGLY RQKSNLKVVL TECWATPSSN ARDPITFSFI NNSCPVPNTY TNVIENGNSN KAQFKLRIFS FINDSIVYLH CKLRVCMESP GATCKINCNN FRLLQNSETS ATHQMSWGPL IRSEGEPPHA EAGLGAGYVV LIVVAIFVLV AGTATLLIVR YQRMNGRYNF KIQSNNFSYQ VFYE* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.01 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999997 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:43531403C>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | UMODL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000408989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_173568 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5DID0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2071C>G cDNA.2071C>G g.48336C>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R691G Score: 125 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs220127
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
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distance from splice site | 414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4341 / 4341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1447 / 1447 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4341 / 4341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4312 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 48336 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 43531403 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGCGGAGCACCAGCCACGCGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGGGGAGCACCAGCCACGCGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGCGGAGCACCAGCCACGCGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGGGGAGCACCAGCCACGCGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MLRTSGLALL ALVSAVGPSQ ASGFTEKGLS LLGYQLCSHR VTHTVQKVEA VQTSYTSYVS CGGWIPWRRC PKMVYRTQYL VVEVPESRNV TDCCEGYEQL GLYCVLPLNQ SGQFTSRPGA CPAEGPEPST SPCSLDIDCP GLEKCCPWSG GRYCMAPAPQ APERDPVGSW YNVTILVKMD FKELQQVDPR LLNHMRLLHS LVTSALQPMA STVHHLHSAP GNASTTVSRL LLGLPRPLPV ADVSTLLGDI AKRVYEVISV QVQDVNECFY EELNACSGRE LCANLEGSYW CVCHQEAPAT SPRKLNLEWE DCPPVSDYVV LNVTSDSFQV SWRLNSTQNH TFHVRVYRGM ELLRSARTQS QALAVAGLEA GVLYRVKTSY QGCGADVSTT LTIKTNAQVF EVTIKIVNHN LTEKLLNRSS VEYQDFSRQL LHEVESSFPP VVSDLYRSGK LRMQIVSLQA GSVVVRLKLT VQDPGFPMGI STLAPILQPL LASTVFQIDR QGTRVQDWDE CVDSAEHDCS PAAWCINLEG SYTCQCRTTR DATPSRAGRA CEGDLVSPMG GGLSAATGVT VPGLGTGTAA LGLENFTLSP SPGYPQGTPA AGQAWTPEPS PRRGGSNVVG YDRNNTGKGV EQEVPSTAPG LGMDQGSPSQ VNPSQGSPSQ GSLRQESTSQ ASPSQRSTSQ GSPSQVNPSQ RSTSHANSSQ GSPSQGSPSQ ESPSQGSTSQ ASPSHRNTIG VIGTTSSPKA TGSTHSFPPG ATDGPLALPG QLQGNSIMEP PSWPSPTEDP TGHFLWHATR STRETLLNPT WLRNEDSGPS GSVDLPLTST LTALKTPACV PVSIGRIMVS NVTSTGFHLA WEADLAMDST FQLTLTSMWS PAVVLETWNT SVTLSGLEPG VLHLVEIMAK ACGKEGARAH LKVRTAARKL IGKVRIKNVR YSESFRNASS QEYRDFLELF FRMVRGSLPA TMCQHMDAGG VRMEVVSVTN GSIVVEFHLL IIADVDVQEV SAAFLTAFQT VPLLEVIRGD TFIQDYDECE RKEDDCVPGT SCRNTLGSFT CSCEGGAPDF PVEYSERPCE GDSPGNETWA TSPERPLTTA GTKAAFVQGT SPTPQGLPQR LNLTGAVRVL CEIEKVVVAI QKRFLQQESI PESSLYLSHP SCNVSHSNGT HVLLEAGWSE CGTLMQSNMT NTVVRTTLRN DLSQEGIIHH LKILSPIYCA FQNDLLTSSG FTLEWGVYTI IEDLHGAGNF VTEMQLFIGD SPIPQNYSVS ASDDVRIEVG LYRQKSNLKV VLTECWATPS SNARDPITFS FINNSCPVPN TYTNVIENGN SNKAQFKLRI FSFINDSIVY LHCKLRVCME SPGATCKINC NNFRLLQNSE TSATHQMSWG PLIRSEGEPP HAEAGLGAGY VVLIVVAIFV LVAGTATLLI VRYQRMNGRY NFKIQSNNFS YQVFYE* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MLRTSGLALL ALVSAVGPSQ ASGFTEKGLS LLGYQLCSHR VTHTVQKVEA VQTSYTSYVS CGGWIPWRRC PKMVYRTQYL VVEVPESRNV TDCCEGYEQL GLYCVLPLNQ SGQFTSRPGA CPAEGPEPST SPCSLDIDCP GLEKCCPWSG GRYCMAPAPQ APERDPVGSW YNVTILVKMD FKELQQVDPR LLNHMRLLHS LVTSALQPMA STVHHLHSAP GNASTTVSRL LLGLPRPLPV ADVSTLLGDI AKRVYEVISV QVQDVNECFY EELNACSGRE LCANLEGSYW CVCHQEAPAT SPRKLNLEWE DCPPVSDYVV LNVTSDSFQV SWRLNSTQNH TFHVRVYRGM ELLRSARTQS QALAVAGLEA GVLYRVKTSY QGCGADVSTT LTIKTNAQVF EVTIKIVNHN LTEKLLNRSS VEYQDFSRQL LHEVESSFPP VVSDLYRSGK LRMQIVSLQA GSVVVRLKLT VQDPGFPMGI STLAPILQPL LASTVFQIDR QGTRVQDWDE CVDSAEHDCS PAAWCINLEG SYTCQCRTTR DATPSRAGRA CEGDLVSPMG GGLSAATGVT VPGLGTGTAA LGLENFTLSP SPGYPQGTPA AGQAWTPEPS PRRGGSNVVG YDRNNTGKGV EQEVPSTAPG LGMDQGSPSQ VNPSQGSPSQ GSLRQESTSQ ASPSQRSTSQ GSPSQVNPSQ GSTSHANSSQ GSPSQGSPSQ ESPSQGSTSQ ASPSHRNTIG VIGTTSSPKA TGSTHSFPPG ATDGPLALPG QLQGNSIMEP PSWPSPTEDP TGHFLWHATR STRETLLNPT WLRNEDSGPS GSVDLPLTST LTALKTPACV PVSIGRIMVS NVTSTGFHLA WEADLAMDST FQLTLTSMWS PAVVLETWNT SVTLSGLEPG VLHLVEIMAK ACGKEGARAH LKVRTAARKL IGKVRIKNVR YSESFRNASS QEYRDFLELF FRMVRGSLPA TMCQHMDAGG VRMEVVSVTN GSIVVEFHLL IIADVDVQEV SAAFLTAFQT VPLLEVIRGD TFIQDYDECE RKEDDCVPGT SCRNTLGSFT CSCEGGAPDF PVEYSERPCE GDSPGNETWA TSPERPLTTA GTKAAFVQGT SPTPQGLPQR LNLTGAVRVL CEIEKVVVAI QKRFLQQESI PESSLYLSHP SCNVSHSNGT HVLLEAGWSE CGTLMQSNMT NTVVRTTLRN DLSQEGIIHH LKILSPIYCA FQNDLLTSSG FTLEWGVYTI IEDLHGAGNF VTEMQLFIGD SPIPQNYSVS ASDDVRIEVG LYRQKSNLKV VLTECWATPS SNARDPITFS FINNSCPVPN TYTNVIENGN SNKAQFKLRI FSFINDSIVY LHCKLRVCME SPGATCKINC NNFRLLQNSE TSATHQMSWG PLIRSEGEPP HAEAGLGAGY VVLIVVAIFV LVAGTATLLI VRYQRMNGRY NFKIQSNNFS YQVFYE* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.00 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999918258255 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:43531403C>GN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | UMODL1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000400424 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001199528 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5DID0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.48336C>G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs220127
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 172 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 397 / 397 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4159 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3712 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3741 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 48336 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 43531403 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGCGGAGCACCAGCCACGCGAAC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGGGGAGCACCAGCCACGCGAAC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVYRTQYLVV EVPESRNVTD CCEGYEQLGL YCVLPLNQSG QFTSRPGACP AEGPEPSTSP CSLDIDCPGL EKCCPWSGGR YCMAPAPQAP ERDPVGSWYN VTILVKMDFK ELQQVDPRLL NHMRLLHSLV TSALQPMAST VHHLHSAPGN ASTTVSRLLL GLPRPLPVAD VSTLLGDIAK RVYEVISVQV QDVNECFYEE LNACSGRELC ANLEGSYWCV CHQEAPATSP RKLNLEWEDC PPVSDYVVLN VTSDSFQVSW RLNSTQNHTF HVRVYRGMEL LRSARTQSQA LAVAGLEAGV LYRVKTSYQG CGADVSTTLT IKTNAQVFEV TIKIVNHNLT EKLLNRSSVE YQDFSRQLLH EVESSFPPVV SDLYRSGKLR MQIVSLQAGS VVVRLKLTVQ DPGFPMGIST LAPILQPLLA STVFQIDRQG TRVQDWDECV DSAEHDCSPA AWCINLEGSY TCQCRTTRDA TPSRAGRACE GDLVSPMGGG LSAATGVTVP GLGTGTAALG LENFTLSPSP GYPQGTPAAG QAWTPEPSPR RGGSNVVGYD RNNTGKGVEQ ELQGNSIMEP PSWPSPTEDP TGHFLWHATR STRETLLNPT WLRNEDSGPS GSVDLPLTST LTALKTPACV PVSIGRIMVS NVTSTGFHLA WEADLAMDST FQLTLTSMWS PAVVLETWNT SVTLSGLEPG VLHLVEIMAK ACGKEGARAH LKVRTAARKL IGKVRIKNVR YSESFRNASS QEYRDFLELF FRMVRGSLPA TMCQHMDAGG VRMEVVSVTN GSIVVEFHLL IIADVDVQEV SAAFLTAFQT VPLLEVIRGD TFIQDYDECE RKEDDCVPGT SCRNTLGSFT CSCEGGAPDF PVEYSERPCE GDSPGNETWA TSPERPLTTA GTKAAFVQGT SPTPQGLPQR LNLTGAVRVL CEIEKVVVAI QKRFLQQESI PESSLYLSHP SCNVSHSNGT HVLLEAGWSE CGTLMQSNMT NTVVRTTLRN DLSQEGIIHH LKILSPIYCA FQNDLLTSSG FTLEWGVYTI IEDLHGAGNF VTEMQLFIGD SPIPQNYSVS ASDDVRIEVG LYRQKSNLKV VLTECWATPS SNARDPITFS FINNSCPVPN TYTNVIENGN SNKAQFKLRI FSFINDSIVY LHCKLRVCME SPGATCKINC NNFRLLQNSE TSATHQMSWG PLIRSEGEPP HAEAGLGAGY VVLIVVAIFV LVAGTATLLI VRYQRMNGRY NFKIQSNNFS YQVFYE* | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.78 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999918258255 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:43531403C>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | UMODL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000408910 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001004416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5DID0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.48336C>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs220127
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3979 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3928 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3957 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 48336 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 43531403 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGCGGAGCACCAGCCACGCGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGGGGAGCACCAGCCACGCGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MLRTSGLALL ALVSAVGPSQ ASGFTEKGLS LLGYQLCSHR VTHTVQKVEA VQTSYTSYVS CGGWIPWRRC PKMVYRTQYL VVEVPESRNV TDCCEGYEQL GLYCVLPLNQ SGQFTSRPGA CPAEGPEPST SPCSLDIDCP GLEKCCPWSG GRYCMAPAPQ APERDPVGSW YNVTILVKMD FKELQQVDPR LLNHMRLLHS LVTSALQPMA STVHHLHSAP GNASTTVSRL LLGLPRPLPV ADVSTLLGDI AKRVYEVISV QVQDVNECFY EELNACSGRE LCANLEGSYW CVCHQEAPAT SPRKLNLEWE DCPPVSDYVV LNVTSDSFQV SWRLNSTQNH TFHVRVYRGM ELLRSARTQS QALAVAGLEA GVLYRVKTSY QGCGADVSTT LTIKTNAQVF EVTIKIVNHN LTEKLLNRSS VEYQDFSRQL LHEVESSFPP VVSDLYRSGK LRMQIVSLQA GSVVVRLKLT VQDPGFPMGI STLAPILQPL LASTVFQIDR QGTRVQDWDE CVDSAEHDCS PAAWCINLEG SYTCQCRTTR DATPSRAGRA CEGDLVSPMG GGLSAATGVT VPGLGTGTAA LGLENFTLSP SPGYPQGTPA AGQAWTPEPS PRRGGSNVVG YDRNNTGKGV EQELQGNSIM EPPSWPSPTE DPTGHFLWHA TRSTRETLLN PTWLRNEDSG PSGSVDLPLT STLTALKTPA CVPVSIGRIM VSNVTSTGFH LAWEADLAMD STFQLTLTSM WSPAVVLETW NTSVTLSGLE PGVLHLVEIM AKACGKEGAR AHLKVRTAAR KLIGKVRIKN VRYSESFRNA SSQEYRDFLE LFFRMVRGSL PATMCQHMDA GGVRMEVVSV TNGSIVVEFH LLIIADVDVQ EVSAAFLTAF QTVPLLEVIR GDTFIQDYDE CERKEDDCVP GTSCRNTLGS FTCSCEGGAP DFPVEYSERP CEGDSPGNET WATSPERPLT TAGTKAAFVQ GTSPTPQGLP QRLNLTGAVR VLCEIEKVVV AIQKRFLQQE SIPESSLYLS HPSCNVSHSN GTHVLLEAGW SECGTLMQSN MTNTVVRTTL RNDLSQEGII HHLKILSPIY CAFQNDLLTS SGFTLEWGVY TIIEDLHGAG NFVTEMQLFI GDSPIPQNYS VSASDDVRIE VGLYRQKSNL KVVLTECWAT PSSNARDPIT FSFINNSCPV PNTYTNVIEN GNSNKAQFKL RIFSFINDSI VYLHCKLRVC MESPGATCKI NCNNFRLLQN SETSATHQMS WGPLIRSEGE PPHAEAGLGA GYVVLIVVAI FVLVAGTATL LIVRYQRMNG RYNFKIQSNN FSYQVFYE* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.69 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||