MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
MED12L | polymorphism_automatic | 0.00041530404467105 | simple_aae | R1210Q | single base exchange | rs3732765 | show file | ||||
MED12L | polymorphism_automatic | 0.00041530404467105 | simple_aae | R1070Q | single base exchange | rs3732765 | show file | ||||
P2RY12 | polymorphism_automatic | 0.999551662556529 | without_aae | single base exchange | rs3732765 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999584695955329 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr3:151090424G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MED12L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000474524 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_053002 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q86YW9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3629G>A cDNA.3667G>A g.286941G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1210Q Score: 43 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3732765
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6438 / 6438 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2146 / 2146 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6476 / 6476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 39 / 39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6424 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6438 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3667 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 286941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 151090424 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTTCACCATGAGAGGTTTGCGATGTGATGGGAATGCTGATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTTCACCATGAGAGGTTTGCAATGTGATGGGAATGCTGATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTTCACCATGAGAGGTTTGCGATGTGATGGGAATGCTGATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTTCACCATGAGAGGTTTGCAATGTGATGGGAATGCTGATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAAFGLLSYE QRPLKRPRLG PPDVYPQDPK QKEDELTAVN VKQGFNNQPA FTGDEHGSAR NIVINPSKIG AYFSSILAEK LKLNTFQDTG KKKPQVNAKD NYWLVTARSQ SAIHSWFSDL AGNKPLSILA KKVPILSKKE DVFAYLAKYS VPMVRATWLI KMTCAYYSAI SEAKIKKRQA PDPNLEWTQI STRYLREQLA KISDFYHMAS STGDGPVPVP PEVEQAMKQW EYNEKLAFHM FQEGMLEKHE YLTWILDVLE KIRPMDDDLL KLLLPLMLQY SDEFVQSAYL SRRLAYFCAR RLSLLLSDSP NLLAAHSPHM MIGPNNSSIG APSPGPPGPG MSPVQLAFSD FLSCAQHGPL VYGLSCMLQT VTLCCPSALV WNYSTNENKS ANPGSPLDLL QVAPSSLPMP GGNTAFNQQV RARIYEVEQQ IKQRGRAVEV RWSFDKCQES TAGVTISRVL HTLEVLDRHC FDRTDSSNSM ETLYHKIFWA NQNKDNQEVA PNDEAVVTLL CEWAVSCKRS GKHRAMAVAK LLEKRQAEIE AERCGESEVL DEKESISSSS LAGSSLPVFQ NVLLRFLDTQ APSLSDPNSE CEKVEFVNLV LLFCEFIRHD VFSHDAYMCT LISRGDLSVT ASTRPRSPVG ENADEHYSKD HDVKMEIFSP MPGESCENAN TSLGRRMSVN CEKLVKREKP RELIFPSNYD LLRHLQYATH FPIPLDESSS HECNQRTILL YGVGKERDEA RHQLKKITKD ILKILNKKST TETGVGDEGQ KARKNKQETF PTLETVFTKL QLLSYFDQHQ VTSQISNNVL EQITSFASGT SYHLPLAHHI QLIFDLMEPA LNINGLIDFA IQLLNELSVV EAELLLKSSS LAGSYTTGLC VCIVAVLRRY HSCLILNPDQ TAQVFEGLCG VVKHVVNPSE CSSPERCILA YLYDLYVSCS HLRSKFGDLF SSACSKVKQT IYNNVMPANS NLRWDPDFMM DFIENPSARS INYSMLGKIL SDNAANRYSF VCNTLMNVCM GHQDAGRIND IANFSSELTA CCTVLSSEWL GVLKALCCSS NHVWGFNDVL CTVDVSDLSF HDSLATFIAI LIARQCFSLE DVVQHVALPS LLAAACGDAD AEPGARMTCR LLLHLFRAPQ ACFLPQATGK PFPGIRSSCD RHLLAAAHNS IEVGAVFAVL KAIMMLGDAK IGNNSVSSLK NDDFTMRGLR CDGNADDIWT ASQNPKSCGK SISIETANLR EYARYVLRTI CQQEWVGEHC LKEPERLCTD KELILDPVLS NMQAQKLLQL ICYPHGIKEC TEGDNLQRQH IKRILQNLEQ WTLRQSWLEL QLMIKQCLKD PGSGSVAEMN NLLDNIAKAT IEVFQQSADL NNSSNSGMSL FNPNSIGSAD TSSTRQNGIK TFLSSSERRG VWLVAPLIAR LPTSVQGRVL KAAGEELEKG QHLGSSSKKE RDRQKQKSMS LLSQQPFLSL VLTCLKGQDE QREGLLTSLQ NQVNQILSNW REERYQDDIK ARQMMHEALQ LRLNLVGGMF DTVQRSTQWT TDWALLLLQI ITSGTVDMHT NNELFTTVLD MLGVLINGTL ASDLSNASPG GSEENKRAYM NLVKKLKKEL GDKRSESIDK VRQLLPLPKQ TCDVITCEPM GSLIDTKGNK IAGFDSIDKK QGLQVSTKQK VSPWDLFEGQ KNPAPLSWAW FGTVRVDRRV IKYEEQHHLL LYHTHPMPKP RSYYLQPLPL PPEEEEEEPT SPVSQEPERK SAELSDQGKT TTDEEKKTKG RKRKTKSSSR VDEYPQSNIY RVPPNYSPIS SQMMHHPQST LWGYNLVGQP QQPGFFLQNQ SLTPGGSRLD PAGSFVPTNT KQALSNMLQR RSGAMMQPPS LHAITSQQQL IQMKLLQQQQ QQRLLRQAQT RPFQQGQPGD QAALFAAQAR PSPQLPQYPG LQQAQTMPQG YTMYGTQMPL QQTSQQQAGS VVLSPSYNSR AYPAAHSNPV LMERLRQIQQ QPSGYVQQQA SPYLQPLTGS QRLNHQALQQ SPLVGGGIDA VLTSAHPNLP SVPLPQDPMR PRQPQVRQQQ RLLQMQQPQQ PQPQQPPQPQ QSSQSQSQTL GLQAMQPQQP LFPRQGLQQT QQQQQTAALV RQLQKQLSSN QPQQGVTPYG HPSHF* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MAAFGLLSYE QRPLKRPRLG PPDVYPQDPK QKEDELTAVN VKQGFNNQPA FTGDEHGSAR NIVINPSKIG AYFSSILAEK LKLNTFQDTG KKKPQVNAKD NYWLVTARSQ SAIHSWFSDL AGNKPLSILA KKVPILSKKE DVFAYLAKYS VPMVRATWLI KMTCAYYSAI SEAKIKKRQA PDPNLEWTQI STRYLREQLA KISDFYHMAS STGDGPVPVP PEVEQAMKQW EYNEKLAFHM FQEGMLEKHE YLTWILDVLE KIRPMDDDLL KLLLPLMLQY SDEFVQSAYL SRRLAYFCAR RLSLLLSDSP NLLAAHSPHM MIGPNNSSIG APSPGPPGPG MSPVQLAFSD FLSCAQHGPL VYGLSCMLQT VTLCCPSALV WNYSTNENKS ANPGSPLDLL QVAPSSLPMP GGNTAFNQQV RARIYEVEQQ IKQRGRAVEV RWSFDKCQES TAGVTISRVL HTLEVLDRHC FDRTDSSNSM ETLYHKIFWA NQNKDNQEVA PNDEAVVTLL CEWAVSCKRS GKHRAMAVAK LLEKRQAEIE AERCGESEVL DEKESISSSS LAGSSLPVFQ NVLLRFLDTQ APSLSDPNSE CEKVEFVNLV LLFCEFIRHD VFSHDAYMCT LISRGDLSVT ASTRPRSPVG ENADEHYSKD HDVKMEIFSP MPGESCENAN TSLGRRMSVN CEKLVKREKP RELIFPSNYD LLRHLQYATH FPIPLDESSS HECNQRTILL YGVGKERDEA RHQLKKITKD ILKILNKKST TETGVGDEGQ KARKNKQETF PTLETVFTKL QLLSYFDQHQ VTSQISNNVL EQITSFASGT SYHLPLAHHI QLIFDLMEPA LNINGLIDFA IQLLNELSVV EAELLLKSSS LAGSYTTGLC VCIVAVLRRY HSCLILNPDQ TAQVFEGLCG VVKHVVNPSE CSSPERCILA YLYDLYVSCS HLRSKFGDLF SSACSKVKQT IYNNVMPANS NLRWDPDFMM DFIENPSARS INYSMLGKIL SDNAANRYSF VCNTLMNVCM GHQDAGRIND IANFSSELTA CCTVLSSEWL GVLKALCCSS NHVWGFNDVL CTVDVSDLSF HDSLATFIAI LIARQCFSLE DVVQHVALPS LLAAACGDAD AEPGARMTCR LLLHLFRAPQ ACFLPQATGK PFPGIRSSCD RHLLAAAHNS IEVGAVFAVL KAIMMLGDAK IGNNSVSSLK NDDFTMRGLQ CDGNADDIWT ASQNPKSCGK SISIETANLR EYARYVLRTI CQQEWVGEHC LKEPERLCTD KELILDPVLS NMQAQKLLQL ICYPHGIKEC TEGDNLQRQH IKRILQNLEQ WTLRQSWLEL QLMIKQCLKD PGSGSVAEMN NLLDNIAKAT IEVFQQSADL NNSSNSGMSL FNPNSIGSAD TSSTRQNGIK TFLSSSERRG VWLVAPLIAR LPTSVQGRVL KAAGEELEKG QHLGSSSKKE RDRQKQKSMS LLSQQPFLSL VLTCLKGQDE QREGLLTSLQ NQVNQILSNW REERYQDDIK ARQMMHEALQ LRLNLVGGMF DTVQRSTQWT TDWALLLLQI ITSGTVDMHT NNELFTTVLD MLGVLINGTL ASDLSNASPG GSEENKRAYM NLVKKLKKEL GDKRSESIDK VRQLLPLPKQ TCDVITCEPM GSLIDTKGNK IAGFDSIDKK QGLQVSTKQK VSPWDLFEGQ KNPAPLSWAW FGTVRVDRRV IKYEEQHHLL LYHTHPMPKP RSYYLQPLPL PPEEEEEEPT SPVSQEPERK SAELSDQGKT TTDEEKKTKG RKRKTKSSSR VDEYPQSNIY RVPPNYSPIS SQMMHHPQST LWGYNLVGQP QQPGFFLQNQ SLTPGGSRLD PAGSFVPTNT KQALSNMLQR RSGAMMQPPS LHAITSQQQL IQMKLLQQQQ QQRLLRQAQT RPFQQGQPGD QAALFAAQAR PSPQLPQYPG LQQAQTMPQG YTMYGTQMPL QQTSQQQAGS VVLSPSYNSR AYPAAHSNPV LMERLRQIQQ QPSGYVQQQA SPYLQPLTGS QRLNHQALQQ SPLVGGGIDA VLTSAHPNLP SVPLPQDPMR PRQPQVRQQQ RLLQMQQPQQ PQPQQPPQPQ QSSQSQSQTL GLQAMQPQQP LFPRQGLQQT QQQQQTAALV RQLQKQLSSN QPQQGVTPYG HPSHF* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.19 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999584695955329 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr3:151090424G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MED12L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000273432 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q86YW9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3209G>A cDNA.3242G>A g.286941G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1070Q Score: 43 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3732765
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
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distance from splice site | 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5430 / 5430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1810 / 1810 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5463 / 5463 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 34 / 34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3209 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 286941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 151090424 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTTCACCATGAGAGGTTTGCGATGTGATGGGAATGCTGATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTTCACCATGAGAGGTTTGCAATGTGATGGGAATGCTGATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTTCACCATGAGAGGTTTGCGATGTGATGGGAATGCTGATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTTCACCATGAGAGGTTTGCAATGTGATGGGAATGCTGATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAAFGLLSYE QRPLKRPRLG PPDVYPQDPK QKEDELTAVN VKQGFNNQPA FTGDEHGSAR NIVINPSKIG AYFSSILAEK LKLNTFQDTG KKKPQVNAKD NYWLVTARSQ SAIHSWFSDL AGNKPLSILA KKVPILSKKE DVFAYLAKYS VPMVRATWLI KMTCAYYSAI SEAKIKKRQA PDPNLEWTQI STRYLREQLA KISDFYHMAS STGDGPVPVP PEVEQAMKQW EYNEKLAFHM FQEGMLEKHE YLTWILDVLE KIRPMDDDLL KLLLPLMLQV RARIYEVEQQ IKQRGRAVEV RWSFDKCQES TAGVTISRVL HTLEVLDRHC FDRTDSSNSM ETLYHKIFWA NQNKDNQEVA PNDEAVVTLL CEWAVSCKRS GKHRAMAVAK LLEKRQAEIE AERCGESEVL DEKESISSSS LAGSSLPVFQ NVLLRFLDTQ APSLSDPNSE CEKVEFVNLV LLFCEFIRHD VFSHDAYMCT LISRGDLSVT ASTRPRSPVG ENADEHYSKD HDVKMEIFSP MPGESCENAN TSLGRRMSVN CEKLVKREKP RELIFPSNYD LLRHLQYATH FPIPLDESSS HECNQRTILL YGVGKERDEA RHQLKKITKD ILKILNKKST TETGVGDEGQ KARKNKQETF PTLETVFTKL QLLSYFDQHQ VTSQISNNVL EQITSFASGT SYHLPLAHHI QLIFDLMEPA LNINGLIDFA IQLLNELSVV EAELLLKSSS LAGSYTTGLC VCIVAVLRRY HSCLILNPDQ TAQVFEGLCG VVKHVVNPSE CSSPERCILA YLYDLYVSCS HLRSKFGDLF SSACSKVKQT IYNNVMPANS NLRWDPDFMM DFIENPSARS INYSMLGKIL SDNAANRYSF VCNTLMNVCM GHQDAGRIND IANFSSELTA CCTVLSSEWL GVLKALCCSS NHVWGFNDVL CTVDVSDLSF HDSLATFIAI LIARQCFSLE DVVQHVALPS LLAAACGDAD AEPGARMTCR LLLHLFRAPQ ACFLPQATGK PFPGIRSSCD RHLLAAAHNS IEVGAVFAVL KAIMMLGDAK IGNNSVSSLK NDDFTMRGLR CDGNADDIWT ASQNPKSCGK SISIETANLR EYARYVLRTI CQQEWVGEHC LKEPERLCTD KELILDPVLS NMQAQKLLQL ICYPHGIKEC TEGDNLQRQH IKRILQNLEQ WTLRQSWLEL QLMIKQCLKD PGSGSVAEMN NLLDNIAKAT IEVFQQSADL NNSSNSGMSL FNPNSIGSAD TSSTRQNGIK TFLSSSERRG VWLVAPLIAR LPTSVQGRVL KAAGEELEKG QHLGSSSKKE RDRQKQKSMS LLSQQPFLSL VLTCLKGQDE QREGLLTSLQ NQVNQILSNW REERYQDDIK ARQMMHEALQ LRLNLVGGMF DTVQRSTQWT TDWALLLLQI ITSGTVDMHT NNELFTTVLD MLGVLINGTL ASDLSNASPG GSEENKRAYM NLVKKLKKEL GDKRSESIDK VRQLLPLPKQ TCDVITCEPM GSLIDTKGNK IAGFDSIDKK QGLQVSTKQK VSPWDLFEGQ KNPAPLSWAW FGTVRVDRRV IKYEEQHHLL LYHTHPMPKP RSYYLQPLPL PPEEEEEEPT SPVSQEPERK SAELSDQGKT TTDEEKKTKG RKRKTKSSSR VDEYPQSNIY RVPPNYSPIS SQMMHHPQST LWGYNLVGQP QQPGFFLQNQ SLTPGGSRLD PAGSFVPTNT KQALSNMLQR RSGAMMQPPS LHAITSQQQL IQMKLLQQQQ QQRLLRQAQT RPFQQFPRQG LQQTQQQQQT AALVRQLQKQ LSSNQPQQGV TPYGHPSHF* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MAAFGLLSYE QRPLKRPRLG PPDVYPQDPK QKEDELTAVN VKQGFNNQPA FTGDEHGSAR NIVINPSKIG AYFSSILAEK LKLNTFQDTG KKKPQVNAKD NYWLVTARSQ SAIHSWFSDL AGNKPLSILA KKVPILSKKE DVFAYLAKYS VPMVRATWLI KMTCAYYSAI SEAKIKKRQA PDPNLEWTQI STRYLREQLA KISDFYHMAS STGDGPVPVP PEVEQAMKQW EYNEKLAFHM FQEGMLEKHE YLTWILDVLE KIRPMDDDLL KLLLPLMLQV RARIYEVEQQ IKQRGRAVEV RWSFDKCQES TAGVTISRVL HTLEVLDRHC FDRTDSSNSM ETLYHKIFWA NQNKDNQEVA PNDEAVVTLL CEWAVSCKRS GKHRAMAVAK LLEKRQAEIE AERCGESEVL DEKESISSSS LAGSSLPVFQ NVLLRFLDTQ APSLSDPNSE CEKVEFVNLV LLFCEFIRHD VFSHDAYMCT LISRGDLSVT ASTRPRSPVG ENADEHYSKD HDVKMEIFSP MPGESCENAN TSLGRRMSVN CEKLVKREKP RELIFPSNYD LLRHLQYATH FPIPLDESSS HECNQRTILL YGVGKERDEA RHQLKKITKD ILKILNKKST TETGVGDEGQ KARKNKQETF PTLETVFTKL QLLSYFDQHQ VTSQISNNVL EQITSFASGT SYHLPLAHHI QLIFDLMEPA LNINGLIDFA IQLLNELSVV EAELLLKSSS LAGSYTTGLC VCIVAVLRRY HSCLILNPDQ TAQVFEGLCG VVKHVVNPSE CSSPERCILA YLYDLYVSCS HLRSKFGDLF SSACSKVKQT IYNNVMPANS NLRWDPDFMM DFIENPSARS INYSMLGKIL SDNAANRYSF VCNTLMNVCM GHQDAGRIND IANFSSELTA CCTVLSSEWL GVLKALCCSS NHVWGFNDVL CTVDVSDLSF HDSLATFIAI LIARQCFSLE DVVQHVALPS LLAAACGDAD AEPGARMTCR LLLHLFRAPQ ACFLPQATGK PFPGIRSSCD RHLLAAAHNS IEVGAVFAVL KAIMMLGDAK IGNNSVSSLK NDDFTMRGLQ CDGNADDIWT ASQNPKSCGK SISIETANLR EYARYVLRTI CQQEWVGEHC LKEPERLCTD KELILDPVLS NMQAQKLLQL ICYPHGIKEC TEGDNLQRQH IKRILQNLEQ WTLRQSWLEL QLMIKQCLKD PGSGSVAEMN NLLDNIAKAT IEVFQQSADL NNSSNSGMSL FNPNSIGSAD TSSTRQNGIK TFLSSSERRG VWLVAPLIAR LPTSVQGRVL KAAGEELEKG QHLGSSSKKE RDRQKQKSMS LLSQQPFLSL VLTCLKGQDE QREGLLTSLQ NQVNQILSNW REERYQDDIK ARQMMHEALQ LRLNLVGGMF DTVQRSTQWT TDWALLLLQI ITSGTVDMHT NNELFTTVLD MLGVLINGTL ASDLSNASPG GSEENKRAYM NLVKKLKKEL GDKRSESIDK VRQLLPLPKQ TCDVITCEPM GSLIDTKGNK IAGFDSIDKK QGLQVSTKQK VSPWDLFEGQ KNPAPLSWAW FGTVRVDRRV IKYEEQHHLL LYHTHPMPKP RSYYLQPLPL PPEEEEEEPT SPVSQEPERK SAELSDQGKT TTDEEKKTKG RKRKTKSSSR VDEYPQSNIY RVPPNYSPIS SQMMHHPQST LWGYNLVGQP QQPGFFLQNQ SLTPGGSRLD PAGSFVPTNT KQALSNMLQR RSGAMMQPPS LHAITSQQQL IQMKLLQQQQ QQRLLRQAQT RPFQQFPRQG LQQTQQQQQT AALVRQLQKQ LSSNQPQQGV TPYGHPSHF* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.08 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.000448337443471005 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||
alteration (phys. location) | chr3:151090424G>AN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||
HGNC symbol | P2RY12 | |||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000302632 | |||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_022788 | |||||||||||||
UniProt peptide | N/A | |||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||
DNA changes | g.12177C>T | |||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3732765
| |||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | |||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||
distance from splice site | 12056 | |||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||
protein features | N/A | |||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 301 / 301 | |||||||||||||
chromosome | 3 | |||||||||||||
strand | -1 | |||||||||||||
last intron/exon boundary | 287 | |||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | cannot be calculated, too little distance between start ATG and last intron/exon boundary | |||||||||||||
length of CDS | 1029 | |||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 12177 | |||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 151090424 | |||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CATCAGCATTCCCATCACATCGCAAACCTCTCATGGTGAAG | |||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CATCAGCATTCCCATCACATTGCAAACCTCTCATGGTGAAG | |||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
wildtype AA sequence | MQAVDNLTSA PGNTSLCTRD YKITQVLFPL LYTVLFFVGL ITNGLAMRIF FQIRSKSNFI IFLKNTVISD LLMILTFPFK ILSDAKLGTG PLRTFVCQVT SVIFYFTMYI SISFLGLITI DRYQKTTRPF KTSNPKNLLG AKILSVVIWA FMFLLSLPNM ILTNRQPRDK NVKKCSFLKS EFGLVWHEIV NYICQVIFWI NFLIVIVCYT LITKELYRSY VRTRGVGKVP RKKVNVKVFI IIAVFFICFV PFHFARIPYT LSQTRDVFDC TAENTLFYVK ESTLWLTSLN ACLDPFIYFF LCKSFRNSLI SMLKCPNSAT SLSQDNRKKE QDGGDPNEET PM* | |||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||
speed | 0.91 s | |||||||||||||