MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
RNF212 | polymorphism_automatic | 2.99760216648792e-14 | simple_aae | affected | Q173R | single base exchange | rs615381 | show file | |||
RNF212 | polymorphism_automatic | 6.85864739446984e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs615381 | show file | ||||
RNF212 | polymorphism_automatic | 6.85864739446984e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs615381 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99999999999997 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr4:1087531T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | RNF212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000333673 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001193318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q495C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.518A>G cDNA.584A>G g.19820A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | Q173R Score: 43 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs615381
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 822 / 822 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 274 / 274 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 888 / 888 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 67 / 67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 313 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 822 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 518 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 19820 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1087531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CACCAAGTCCCCTTGGGGCCAGAAGTTGCTTGAGTTCATAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CACCAAGTCCCCTTGGGGCCGGAAGTTGCTTGAGTTCATAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CACCAAGTCCCCTTGGGGCCAGAAGTTGCTTGAGTTCATAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CACCAAGTCCCCTTGGGGCCGGAAGTTGCTTGAGTTCATAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MANWVFCNRC FQPPHRTSCF SLTNCGHVYC DACLGKGKKN ECLICKAPCR TVLLSKHTDA DIQAFFMSID SLCKKYSRET SQYLRLSRGC CRLKLCPATS SKEVPRGSTH GSQAAARDPQ EHWVSTTRAP RPGCRRSQSQ PEAQGNTIQD APHPLTLLHP SRTLIHTKSP WGQKLLEFIK HVCYHRHQSH RPCAPGWFCQ VLQRPGAVSG EKTQQTRPAP PATCLLCLSC LSGFRHGPWR SQALPSDLVA PLFVSYTVEV SITNAGWSFP AAV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MANWVFCNRC FQPPHRTSCF SLTNCGHVYC DACLGKGKKN ECLICKAPCR TVLLSKHTDA DIQAFFMSID SLCKKYSRET SQYLRLSRGC CRLKLCPATS SKEVPRGSTH GSQAAARDPQ EHWVSTTRAP RPGCRRSQSQ PEAQGNTIQD APHPLTLLHP SRTLIHTKSP WGRKLLEFIK HVCYHRHQSH RPCAPGWFCQ VLQRPGAVSG EKTQQTRPAP PATCLLCLSC LSGFRHGPWR SQALPSDLVA PLFVSYTVEV SITNAGWSFP AAV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.41 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999931413526 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr4:1087531T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | RNF212 | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000433731 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001131034 | ||||||||||||||||
UniProt peptide | Q495C1 | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.19820A>G | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs615381
| ||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 2905 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 63 / 63 | ||||||||||||||||
chromosome | 4 | ||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 637 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 524 | ||||||||||||||||
length of CDS | 894 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 19820 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1087531 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CACCAAGTCCCCTTGGGGCCAGAAGTTGCTTGAGTTCATAA | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CACCAAGTCCCCTTGGGGCCGGAAGTTGCTTGAGTTCATAA | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MANWVFCNRC FQPPHRTSCF SLTNCGHVYC DACLGKGKKN ECLICKAPCR TVLLSKHTDA DIQAFFMSID SLCKKYSRET SQILEFQEKH RKRLLAFYRE KISRLEESLR KSVLQIEQLQ SMRSSQQTAF STIKSSVSTK PHGCLLPPHS SAPDRLESME VDLSPSPIRK SEIAAGPARI SMISPPQDGR MGPHLTASFC FIPWLTLSKP PVPGECVISR GSPCFCIDVC PHWLLLLAFS SGRHGELTNS KTLPIYAEVQ RAVLFPFQQA EGTLDTFRTP AVSVVFPLCQ FERKKSF* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.96 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999931413526 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr4:1087531T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | RNF212 | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000382968 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_194439 | ||||||||||||||||
UniProt peptide | Q495C1 | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.19820A>G | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs615381
| ||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 2905 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 99 / 99 | ||||||||||||||||
chromosome | 4 | ||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 673 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 524 | ||||||||||||||||
length of CDS | 699 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 19820 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1087531 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CACCAAGTCCCCTTGGGGCCAGAAGTTGCTTGAGTTCATAA | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CACCAAGTCCCCTTGGGGCCGGAAGTTGCTTGAGTTCATAA | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MANWVFCNRC FQPPHRTSCF SLTNCGHVYC DACLGKGKKN ECLICKAPCR TVLLSKHTDA DIQAFFMSID SLCKKYSRET SQILEFQEKH RKRLLAFYRE KISRLEESLR KSVLQIEQLQ SMRSSQQTAF STIKSSVSTK PHGCLLPPHS SAPDRLESME VDLSPSPIRK SEIAAGPARI SMISPPQDGR MAPCARRVCH FQRFTMFLHR RLSSLAAPPS VQFWKARGTH QL* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 1.24 s | ||||||||||||||||