MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
ARHGEF28 | polymorphism_automatic | 4.72955008490317e-13 | simple_aae | affected | H780N | single base exchange | rs2973558 | show file | |||
ARHGEF28 | polymorphism_automatic | 4.72955008490317e-13 | simple_aae | affected | H780N | single base exchange | rs2973558 | show file | |||
ARHGEF28 | polymorphism_automatic | 4.72955008490317e-13 | simple_aae | affected | H780N | single base exchange | rs2973558 | show file | |||
ARHGEF28 | polymorphism_automatic | 4.72955008490317e-13 | simple_aae | affected | H780N | single base exchange | rs2973558 | show file | |||
ARHGEF28 | polymorphism_automatic | 4.72955008490317e-13 | simple_aae | affected | H467N | single base exchange | rs2973558 | show file | |||
ARHGEF28 | polymorphism_automatic | 4.72955008490317e-13 | simple_aae | affected | H780N | single base exchange | rs2973558 | show file | |||
ARHGEF28 | polymorphism_automatic | 4.72955008490317e-13 | simple_aae | affected | H780N | single base exchange | rs2973558 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999527 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:73163965C>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | ARHGEF28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000296794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8N1W1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2338C>A cDNA.2514C>A g.241983C>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H780N Score: 68 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2973558
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4956 / 4956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1652 / 1652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5132 / 5132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 177 / 177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4824 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4597 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 241983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73163965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MELSCSEAPL YGQMMIYAKF DKNVYLPEDA EFYFTYDGSH QRHVMIAERI EDNVLQSSVP GHGLQETVTV SVCLCSEGYS PVTMGSGSVT YVDNMACRLA RLLVTQANRL TACSHQTLLT PFALTAGALP ALDEELVLAL THLELPLEWT VLGSSSLEVS SHRESLLHLA MRWGLAKLSQ FFLCLPGGVQ ALALPNEEGA TPLDLALREG HSKLVEDVTN FQGRWSPSFS RVQLSEEASL HYIHSSETLT LTLNHTAEHL LEADIKLFRK YFWDRAFLVK AFEPEARPEE RTAMPSSGAE TEEEIKNSVS SRSAAEKEDI KRVKSLVVQH NEHEDQHSLD LDRSFDILKK SKPPSTLLAA GRLSDMLNGG DEVYANCMVI DQVGDLDISY INIEGITATT SPESRGCTLW PQSSKHTLPT ETSPSVYPLS ENVEGTAHTE AQQSFMSPSS SCASNLNLSF GWHGFEKEQS HLKKRSSSLD ALDADSEGEG HSEPSHICYT PGSQSSSRTG IPSGDELDSF ETNTEPDFNI SRAESLPLSS NLQSKESLLS GVRSRSYSCS SPKISLGKTR LVRELTVCSS SEEQRAYSLS EPPRENRIQE EEWDKYIIPA KSESEKYKVS RTFSFLMNRM TSPRNKSKTK SKDAKDKEKL NRHQFAPGTF SGVLQCLVCD KTLLGKESLQ CSNCNANVHK GCKDAAPACT KKFQEKYNKN KPQTILGNSS FRDIPQPGLS LHPSSSVPVG LPTGRRETVG QVHPLSRSVP GTTLESFRRS ATSLESESDH NSCRSRSHSD ELLQSMGSSP STESFIMEDV VDSSLWSDLS SDAQEFEAES WSLVVDPSFC NRQEKDVIKR QDVIFELMQT EMHHIQTLFI MSEIFRKGMK EELQLDHSTV DKIFPCLDEL LEIHRHFFYS MKERRQESCA GSDRNFVIDR IGDILVQQFS EENASKMKKI YGEFCCHHKE AVNLFKELQQ NKKFQNFIKL RNSNLLARRR GIPECILLVT QRITKYPVLV ERILQYTKER TEEHKDLRKA LCLIKDMIAT VDLKVNEYEK NQKWLEILNK IENKTYTKLK NGHVFRKQAL MSEERTLLYD GLVYWKTATG RFKDILALLL TDVLLFLQEK DQKYIFAAVD QKPSVISLQK LIAREVANEE RGMFLISASS AGPEMYEIHT NSKEERNNWM RRIQQAVESC PEEKGGRTSE SDEDKRKAEA RVAKIQQCQE ILTNQDQQIC AYLEEKLHIY AELGELSGFE DVHLEPHLLI KPDPGEPPQA ASLLAAALKE AESLQVAVKA SQMGAVSQSC EDSCGDSVLA DTLSSHDVPG SPTASLVTGG REGRGCSDVD PGIQGVVTDL AVSDAGEKVE CRNFPGSSQS EIIQAIQNLT RLLYSLQAAL TIQDSHIEIH RLVLQQQEGL SLGHSILRGG PLQDQKSRDA DRQHEELANV HQLQHQLQQE QRRWLRRCEQ QQRAQATRES WLQERERECQ SQEELLLRSR GELDLQLQEY QHSLERLREG QRLVEREQAR MRAQQSLLGH WKHGRQRSLP AVLLPGGPEV MELNRSESLC HENSFFINEA LVQMSFNTFN KLNPSVIHQD ATYPTTQSHS DLVRTSEHQV DLKVDPSQPS NVSHKLWTAA GSGHQILPFH ESSKDSCKNG N* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MELSCSEAPL YGQMMIYAKF DKNVYLPEDA EFYFTYDGSH QRHVMIAERI EDNVLQSSVP GHGLQETVTV SVCLCSEGYS PVTMGSGSVT YVDNMACRLA RLLVTQANRL TACSHQTLLT PFALTAGALP ALDEELVLAL THLELPLEWT VLGSSSLEVS SHRESLLHLA MRWGLAKLSQ FFLCLPGGVQ ALALPNEEGA TPLDLALREG HSKLVEDVTN FQGRWSPSFS RVQLSEEASL HYIHSSETLT LTLNHTAEHL LEADIKLFRK YFWDRAFLVK AFEPEARPEE RTAMPSSGAE TEEEIKNSVS SRSAAEKEDI KRVKSLVVQH NEHEDQHSLD LDRSFDILKK SKPPSTLLAA GRLSDMLNGG DEVYANCMVI DQVGDLDISY INIEGITATT SPESRGCTLW PQSSKHTLPT ETSPSVYPLS ENVEGTAHTE AQQSFMSPSS SCASNLNLSF GWHGFEKEQS HLKKRSSSLD ALDADSEGEG HSEPSHICYT PGSQSSSRTG IPSGDELDSF ETNTEPDFNI SRAESLPLSS NLQSKESLLS GVRSRSYSCS SPKISLGKTR LVRELTVCSS SEEQRAYSLS EPPRENRIQE EEWDKYIIPA KSESEKYKVS RTFSFLMNRM TSPRNKSKTK SKDAKDKEKL NRHQFAPGTF SGVLQCLVCD KTLLGKESLQ CSNCNANVHK GCKDAAPACT KKFQEKYNKN KPQTILGNSS FRDIPQPGLS LHPSSSVPVG LPTGRRETVG QVHPLSRSVP GTTLESFRRS ATSLESESDN NSCRSRSHSD ELLQSMGSSP STESFIMEDV VDSSLWSDLS SDAQEFEAES WSLVVDPSFC NRQEKDVIKR QDVIFELMQT EMHHIQTLFI MSEIFRKGMK EELQLDHSTV DKIFPCLDEL LEIHRHFFYS MKERRQESCA GSDRNFVIDR IGDILVQQFS EENASKMKKI YGEFCCHHKE AVNLFKELQQ NKKFQNFIKL RNSNLLARRR GIPECILLVT QRITKYPVLV ERILQYTKER TEEHKDLRKA LCLIKDMIAT VDLKVNEYEK NQKWLEILNK IENKTYTKLK NGHVFRKQAL MSEERTLLYD GLVYWKTATG RFKDILALLL TDVLLFLQEK DQKYIFAAVD QKPSVISLQK LIAREVANEE RGMFLISASS AGPEMYEIHT NSKEERNNWM RRIQQAVESC PEEKGGRTSE SDEDKRKAEA RVAKIQQCQE ILTNQDQQIC AYLEEKLHIY AELGELSGFE DVHLEPHLLI KPDPGEPPQA ASLLAAALKE AESLQVAVKA SQMGAVSQSC EDSCGDSVLA DTLSSHDVPG SPTASLVTGG REGRGCSDVD PGIQGVVTDL AVSDAGEKVE CRNFPGSSQS EIIQAIQNLT RLLYSLQAAL TIQDSHIEIH RLVLQQQEGL SLGHSILRGG PLQDQKSRDA DRQHEELANV HQLQHQLQQE QRRWLRRCEQ QQRAQATRES WLQERERECQ SQEELLLRSR GELDLQLQEY QHSLERLREG QRLVEREQAR MRAQQSLLGH WKHGRQRSLP AVLLPGGPEV MELNRSESLC HENSFFINEA LVQMSFNTFN KLNPSVIHQD ATYPTTQSHS DLVRTSEHQV DLKVDPSQPS NVSHKLWTAA GSGHQILPFH ESSKDSCKNG N* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.10 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999527 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:73163965C>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | ARHGEF28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000437974 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8N1W1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2338C>A cDNA.2358C>A g.241983C>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H780N Score: 68 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2973558
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5196 / 5196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1732 / 1732 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5216 / 5216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 21 / 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5047 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 241983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73163965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MELSCSEAPL YGQMMIYAKF DKNVYLPEDA EFYFTYDGSH QRHVMIAERI EDNVLQSSVP GHGLQETVTV SVCLCSEGYS PVTMGSGSVT YVDNMACRLA RLLVTQANRL TACSHQTLLT PFALTAGALP ALDEELVLAL THLELPLEWT VLGSSSLEVS SHRESLLHLA MRWGLAKLSQ FFLCLPGGVQ ALALPNEEGA TPLDLALREG HSKLVEDVTN FQGRWSPSFS RVQLSEEASL HYIHSSETLT LTLNHTAEHL LEADIKLFRK YFWDRAFLVK AFEPEARPEE RTAMPSSGAE TEEEIKNSVS SRSAAEKEDI KRVKSLVVQH NEHEDQHSLD LDRSFDILKK SKPPSTLLAA GRLSDMLNGG DEVYANCMVI DQVGDLDISY INIEGITATT SPESRGCTLW PQSSKHTLPT ETSPSVYPLS ENVEGTAHTE AQQSFMSPSS SCASNLNLSF GWHGFEKEQS HLKKRSSSLD ALDADSEGEG HSEPSHICYT PGSQSSSRTG IPSGDELDSF ETNTEPDFNI SRAESLPLSS NLQSKESLLS GVRSRSYSCS SPKISLGKTR LVRELTVCSS SEEQRAYSLS EPPRENRIQE EEWDKYIIPA KSESEKYKVS RTFSFLMNRM TSPRNKSKTK SKDAKDKEKL NRHQFAPGTF SGVLQCLVCD KTLLGKESLQ CSNCNANVHK GCKDAAPACT KKFQEKYNKN KPQTILGNSS FRDIPQPGLS LHPSSSVPVG LPTGRRETVG QVHPLSRSVP GTTLESFRRS ATSLESESDH NSCRSRSHSD ELLQSMGSSP STESFIMEDV VDSSLWSDLS SDAQEFEAES WSLVVDPSFC NRQEKDVIKR QDVIFELMQT EMHHIQTLFI MSEIFRKGMK EELQLDHSTV DKIFPCLDEL LEIHRHFFYS MKERRQESCA GSDRNFVIDR IGDILVQQFS EENASKMKKI YGEFCCHHKE AVNLFKELQQ NKKFQNFIKL RNSNLLARRR GIPECILLVT QRITKYPVLV ERILQYTKER TEEHKDLRKA LCLIKDMIAT VDLKVNEYEK NQKWLEILNK IENKTYTKLK NGHVFRKQAL MSEERTLLYD GLVYWKTATG RFKDILALLL TDVLLFLQEK DQKYIFAAVD QKPSVISLQK LIAREVANEE RGMFLISASS AGPEMYEIHT NSKEERNNWM RRIQQAVESC PEEKGGRTSE SDEDKRKAEA RVAKIQQCQE ILTNQDQQIC AYLEEKLHIY AELGELSGFE DVHLEPHLLI KPDPGEPPQA ASLLAAALKE AESLQVAVKA SQMGAVSQSC EDSCGDSVLA DTLSSHDVPG SPTASLVTGG REGRGCSDVD PGIQGVVTDL AVSDAGEKVE CRNFPGSSQS EIIQAIQNLT RLLYSLQAAL TIQDSHIEIH RLVLQQQEGL SLGHSILRGG PLQDQKSRDA DRQHEELANV HQLQHQLQQE QRRWLRRCEQ QQRAQATRES WLQERERECQ SQEELLLRSR GELDLQLQEY QHSLERLREG QRLVEREQAR MRAQQSLLGH WKHGRQRSLP AVLLPGGPEV MELNRSESLC HENSFFINEA LVQMSFNTFN KLNPSVIHQD ATYPTTQSHS DLVRTSEHQV DLKVDPSQPS NVSHKLWTAA GSGHQILPFH ESSKDSCKNG SSMTKCSCTL TSPPGLWTGT TSTLKDLDTS HTESPTPHDS NSHRPQLQAF ITEAKLNLPT RTMTRQDGET GDGAKENIVY L* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MELSCSEAPL YGQMMIYAKF DKNVYLPEDA EFYFTYDGSH QRHVMIAERI EDNVLQSSVP GHGLQETVTV SVCLCSEGYS PVTMGSGSVT YVDNMACRLA RLLVTQANRL TACSHQTLLT PFALTAGALP ALDEELVLAL THLELPLEWT VLGSSSLEVS SHRESLLHLA MRWGLAKLSQ FFLCLPGGVQ ALALPNEEGA TPLDLALREG HSKLVEDVTN FQGRWSPSFS RVQLSEEASL HYIHSSETLT LTLNHTAEHL LEADIKLFRK YFWDRAFLVK AFEPEARPEE RTAMPSSGAE TEEEIKNSVS SRSAAEKEDI KRVKSLVVQH NEHEDQHSLD LDRSFDILKK SKPPSTLLAA GRLSDMLNGG DEVYANCMVI DQVGDLDISY INIEGITATT SPESRGCTLW PQSSKHTLPT ETSPSVYPLS ENVEGTAHTE AQQSFMSPSS SCASNLNLSF GWHGFEKEQS HLKKRSSSLD ALDADSEGEG HSEPSHICYT PGSQSSSRTG IPSGDELDSF ETNTEPDFNI SRAESLPLSS NLQSKESLLS GVRSRSYSCS SPKISLGKTR LVRELTVCSS SEEQRAYSLS EPPRENRIQE EEWDKYIIPA KSESEKYKVS RTFSFLMNRM TSPRNKSKTK SKDAKDKEKL NRHQFAPGTF SGVLQCLVCD KTLLGKESLQ CSNCNANVHK GCKDAAPACT KKFQEKYNKN KPQTILGNSS FRDIPQPGLS LHPSSSVPVG LPTGRRETVG QVHPLSRSVP GTTLESFRRS ATSLESESDN NSCRSRSHSD ELLQSMGSSP STESFIMEDV VDSSLWSDLS SDAQEFEAES WSLVVDPSFC NRQEKDVIKR QDVIFELMQT EMHHIQTLFI MSEIFRKGMK EELQLDHSTV DKIFPCLDEL LEIHRHFFYS MKERRQESCA GSDRNFVIDR IGDILVQQFS EENASKMKKI YGEFCCHHKE AVNLFKELQQ NKKFQNFIKL RNSNLLARRR GIPECILLVT QRITKYPVLV ERILQYTKER TEEHKDLRKA LCLIKDMIAT VDLKVNEYEK NQKWLEILNK IENKTYTKLK NGHVFRKQAL MSEERTLLYD GLVYWKTATG RFKDILALLL TDVLLFLQEK DQKYIFAAVD QKPSVISLQK LIAREVANEE RGMFLISASS AGPEMYEIHT NSKEERNNWM RRIQQAVESC PEEKGGRTSE SDEDKRKAEA RVAKIQQCQE ILTNQDQQIC AYLEEKLHIY AELGELSGFE DVHLEPHLLI KPDPGEPPQA ASLLAAALKE AESLQVAVKA SQMGAVSQSC EDSCGDSVLA DTLSSHDVPG SPTASLVTGG REGRGCSDVD PGIQGVVTDL AVSDAGEKVE CRNFPGSSQS EIIQAIQNLT RLLYSLQAAL TIQDSHIEIH RLVLQQQEGL SLGHSILRGG PLQDQKSRDA DRQHEELANV HQLQHQLQQE QRRWLRRCEQ QQRAQATRES WLQERERECQ SQEELLLRSR GELDLQLQEY QHSLERLREG QRLVEREQAR MRAQQSLLGH WKHGRQRSLP AVLLPGGPEV MELNRSESLC HENSFFINEA LVQMSFNTFN KLNPSVIHQD ATYPTTQSHS DLVRTSEHQV DLKVDPSQPS NVSHKLWTAA GSGHQILPFH ESSKDSCKNG SSMTKCSCTL TSPPGLWTGT TSTLKDLDTS HTESPTPHDS NSHRPQLQAF ITEAKLNLPT RTMTRQDGET GDGAKENIVY L* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.54 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999527 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:73163965C>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | ARHGEF28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000426542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001244364 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8N1W1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2338C>A cDNA.2358C>A g.241983C>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H780N Score: 68 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2973558
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5118 / 5118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1706 / 1706 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5138 / 5138 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 21 / 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 241983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73163965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MELSCSEAPL YGQMMIYAKF DKNVYLPEDA EFYFTYDGSH QRHVMIAERI EDNVLQSSVP GHGLQETVTV SVCLCSEGYS PVTMGSGSVT YVDNMACRLA RLLVTQANRL TACSHQTLLT PFALTAGALP ALDEELVLAL THLELPLEWT VLGSSSLEVS SHRESLLHLA MRWGLAKLSQ FFLCLPGGVQ ALALPNEEGA TPLDLALREG HSKLVEDVTN FQGRWSPSFS RVQLSEEASL HYIHSSETLT LTLNHTAEHL LEADIKLFRK YFWDRAFLVK AFEPEARPEE RTAMPSSGAE TEEEIKNSVS SRSAAEKEDI KRVKSLVVQH NEHEDQHSLD LDRSFDILKK SKPPSTLLAA GRLSDMLNGG DEVYANCMVI DQVGDLDISY INIEGITATT SPESRGCTLW PQSSKHTLPT ETSPSVYPLS ENVEGTAHTE AQQSFMSPSS SCASNLNLSF GWHGFEKEQS HLKKRSSSLD ALDADSEGEG HSEPSHICYT PGSQSSSRTG IPSGDELDSF ETNTEPDFNI SRAESLPLSS NLQSKESLLS GVRSRSYSCS SPKISLGKTR LVRELTVCSS SEEQRAYSLS EPPRENRIQE EEWDKYIIPA KSESEKYKVS RTFSFLMNRM TSPRNKSKTK SKDAKDKEKL NRHQFAPGTF SGVLQCLVCD KTLLGKESLQ CSNCNANVHK GCKDAAPACT KKFQEKYNKN KPQTILGNSS FRDIPQPGLS LHPSSSVPVG LPTGRRETVG QVHPLSRSVP GTTLESFRRS ATSLESESDH NSCRSRSHSD ELLQSMGSSP STESFIMEDV VDSSLWSDLS SDAQEFEAES WSLVVDPSFC NRQEKDVIKR QDVIFELMQT EMHHIQTLFI MSEIFRKGMK EELQLDHSTV DKIFPCLDEL LEIHRHFFYS MKERRQESCA GSDRNFVIDR IGDILVQQFS EENASKMKKI YGEFCCHHKE AVNLFKELQQ NKKFQNFIKL RNSNLLARRR GIPECILLVT QRITKYPVLV ERILQYTKER TEEHKDLRKA LCLIKDMIAT VDLKVNEYEK NQKWLEILNK IENKTYTKLK NGHVFRKQAL MSEERTLLYD GLVYWKTATG RFKDILALLL TDVLLFLQEK DQKYIFAAVD QKPSVISLQK LIAREVANEE RGMFLISASS AGPEMYEIHT NSKEERNNWM RRIQQAVESC PEEKGGRTSE SDEDKRKAEA RVAKIQQCQE ILTNQDQQIC AYLEEKLHIY AELGELSGFE DVHLEPHLLI KPDPGEPPQA ASLLAAALKE AESLQVAVKA SQMGAVSQSC EDSCGDSVLA DTLSSHDVPG SPTASLVTGG REGRGCSDVD PGIQGVVTDL AVSDAGEKVE CRNFPGSSQS EIIQAIQNLT RLLYSLQAAL TIQDSHIEIH RLVLQQQEGL SLGHSILRGG PLQDQKSRDA DRQHEELANV HQLQHQLQQE QRRWLRRCEQ QQRAQATRES WLQERERECQ SQEELLLRSR GELDLQLQEY QHSLERLREG QRLVEREQAR MRAQQSLLGH WKHGRQRSLP AVLLPGGPEV MELNRSESLC HENSFFINEA LVQMSFNTFN KLNPSVIHQD ATYPTTQSHS DLVRTSEHQV DLKVDPSQPS NVSHKLWTAA GSGHQILPFH ESSKDSCKND LDTSHTESPT PHDSNSHRPQ LQAFITEAKL NLPTRTMTRQ DGETGDGAKE NIVYL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MELSCSEAPL YGQMMIYAKF DKNVYLPEDA EFYFTYDGSH QRHVMIAERI EDNVLQSSVP GHGLQETVTV SVCLCSEGYS PVTMGSGSVT YVDNMACRLA RLLVTQANRL TACSHQTLLT PFALTAGALP ALDEELVLAL THLELPLEWT VLGSSSLEVS SHRESLLHLA MRWGLAKLSQ FFLCLPGGVQ ALALPNEEGA TPLDLALREG HSKLVEDVTN FQGRWSPSFS RVQLSEEASL HYIHSSETLT LTLNHTAEHL LEADIKLFRK YFWDRAFLVK AFEPEARPEE RTAMPSSGAE TEEEIKNSVS SRSAAEKEDI KRVKSLVVQH NEHEDQHSLD LDRSFDILKK SKPPSTLLAA GRLSDMLNGG DEVYANCMVI DQVGDLDISY INIEGITATT SPESRGCTLW PQSSKHTLPT ETSPSVYPLS ENVEGTAHTE AQQSFMSPSS SCASNLNLSF GWHGFEKEQS HLKKRSSSLD ALDADSEGEG HSEPSHICYT PGSQSSSRTG IPSGDELDSF ETNTEPDFNI SRAESLPLSS NLQSKESLLS GVRSRSYSCS SPKISLGKTR LVRELTVCSS SEEQRAYSLS EPPRENRIQE EEWDKYIIPA KSESEKYKVS RTFSFLMNRM TSPRNKSKTK SKDAKDKEKL NRHQFAPGTF SGVLQCLVCD KTLLGKESLQ CSNCNANVHK GCKDAAPACT KKFQEKYNKN KPQTILGNSS FRDIPQPGLS LHPSSSVPVG LPTGRRETVG QVHPLSRSVP GTTLESFRRS ATSLESESDN NSCRSRSHSD ELLQSMGSSP STESFIMEDV VDSSLWSDLS SDAQEFEAES WSLVVDPSFC NRQEKDVIKR QDVIFELMQT EMHHIQTLFI MSEIFRKGMK EELQLDHSTV DKIFPCLDEL LEIHRHFFYS MKERRQESCA GSDRNFVIDR IGDILVQQFS EENASKMKKI YGEFCCHHKE AVNLFKELQQ NKKFQNFIKL RNSNLLARRR GIPECILLVT QRITKYPVLV ERILQYTKER TEEHKDLRKA LCLIKDMIAT VDLKVNEYEK NQKWLEILNK IENKTYTKLK NGHVFRKQAL MSEERTLLYD GLVYWKTATG RFKDILALLL TDVLLFLQEK DQKYIFAAVD QKPSVISLQK LIAREVANEE RGMFLISASS AGPEMYEIHT NSKEERNNWM RRIQQAVESC PEEKGGRTSE SDEDKRKAEA RVAKIQQCQE ILTNQDQQIC AYLEEKLHIY AELGELSGFE DVHLEPHLLI KPDPGEPPQA ASLLAAALKE AESLQVAVKA SQMGAVSQSC EDSCGDSVLA DTLSSHDVPG SPTASLVTGG REGRGCSDVD PGIQGVVTDL AVSDAGEKVE CRNFPGSSQS EIIQAIQNLT RLLYSLQAAL TIQDSHIEIH RLVLQQQEGL SLGHSILRGG PLQDQKSRDA DRQHEELANV HQLQHQLQQE QRRWLRRCEQ QQRAQATRES WLQERERECQ SQEELLLRSR GELDLQLQEY QHSLERLREG QRLVEREQAR MRAQQSLLGH WKHGRQRSLP AVLLPGGPEV MELNRSESLC HENSFFINEA LVQMSFNTFN KLNPSVIHQD ATYPTTQSHS DLVRTSEHQV DLKVDPSQPS NVSHKLWTAA GSGHQILPFH ESSKDSCKND LDTSHTESPT PHDSNSHRPQ LQAFITEAKL NLPTRTMTRQ DGETGDGAKE NIVYL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.48 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999527 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:73163965C>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | ARHGEF28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000545377 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001080479 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8N1W1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2338C>A cDNA.2514C>A g.241983C>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H780N Score: 68 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2973558
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5196 / 5196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1732 / 1732 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5372 / 5372 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 177 / 177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 241983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73163965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MELSCSEAPL YGQMMIYAKF DKNVYLPEDA EFYFTYDGSH QRHVMIAERI EDNVLQSSVP GHGLQETVTV SVCLCSEGYS PVTMGSGSVT YVDNMACRLA RLLVTQANRL TACSHQTLLT PFALTAGALP ALDEELVLAL THLELPLEWT VLGSSSLEVS SHRESLLHLA MRWGLAKLSQ FFLCLPGGVQ ALALPNEEGA TPLDLALREG HSKLVEDVTN FQGRWSPSFS RVQLSEEASL HYIHSSETLT LTLNHTAEHL LEADIKLFRK YFWDRAFLVK AFEPEARPEE RTAMPSSGAE TEEEIKNSVS SRSAAEKEDI KRVKSLVVQH NEHEDQHSLD LDRSFDILKK SKPPSTLLAA GRLSDMLNGG DEVYANCMVI DQVGDLDISY INIEGITATT SPESRGCTLW PQSSKHTLPT ETSPSVYPLS ENVEGTAHTE AQQSFMSPSS SCASNLNLSF GWHGFEKEQS HLKKRSSSLD ALDADSEGEG HSEPSHICYT PGSQSSSRTG IPSGDELDSF ETNTEPDFNI SRAESLPLSS NLQSKESLLS GVRSRSYSCS SPKISLGKTR LVRELTVCSS SEEQRAYSLS EPPRENRIQE EEWDKYIIPA KSESEKYKVS RTFSFLMNRM TSPRNKSKTK SKDAKDKEKL NRHQFAPGTF SGVLQCLVCD KTLLGKESLQ CSNCNANVHK GCKDAAPACT KKFQEKYNKN KPQTILGNSS FRDIPQPGLS LHPSSSVPVG LPTGRRETVG QVHPLSRSVP GTTLESFRRS ATSLESESDH NSCRSRSHSD ELLQSMGSSP STESFIMEDV VDSSLWSDLS SDAQEFEAES WSLVVDPSFC NRQEKDVIKR QDVIFELMQT EMHHIQTLFI MSEIFRKGMK EELQLDHSTV DKIFPCLDEL LEIHRHFFYS MKERRQESCA GSDRNFVIDR IGDILVQQFS EENASKMKKI YGEFCCHHKE AVNLFKELQQ NKKFQNFIKL RNSNLLARRR GIPECILLVT QRITKYPVLV ERILQYTKER TEEHKDLRKA LCLIKDMIAT VDLKVNEYEK NQKWLEILNK IENKTYTKLK NGHVFRKQAL MSEERTLLYD GLVYWKTATG RFKDILALLL TDVLLFLQEK DQKYIFAAVD QKPSVISLQK LIAREVANEE RGMFLISASS AGPEMYEIHT NSKEERNNWM RRIQQAVESC PEEKGGRTSE SDEDKRKAEA RVAKIQQCQE ILTNQDQQIC AYLEEKLHIY AELGELSGFE DVHLEPHLLI KPDPGEPPQA ASLLAAALKE AESLQVAVKA SQMGAVSQSC EDSCGDSVLA DTLSSHDVPG SPTASLVTGG REGRGCSDVD PGIQGVVTDL AVSDAGEKVE CRNFPGSSQS EIIQAIQNLT RLLYSLQAAL TIQDSHIEIH RLVLQQQEGL SLGHSILRGG PLQDQKSRDA DRQHEELANV HQLQHQLQQE QRRWLRRCEQ QQRAQATRES WLQERERECQ SQEELLLRSR GELDLQLQEY QHSLERLREG QRLVEREQAR MRAQQSLLGH WKHGRQRSLP AVLLPGGPEV MELNRSESLC HENSFFINEA LVQMSFNTFN KLNPSVIHQD ATYPTTQSHS DLVRTSEHQV DLKVDPSQPS NVSHKLWTAA GSGHQILPFH ESSKDSCKNG SSMTKCSCTL TSPPGLWTGT TSTLKDLDTS HTESPTPHDS NSHRPQLQAF ITEAKLNLPT RTMTRQDGET GDGAKENIVY L* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MELSCSEAPL YGQMMIYAKF DKNVYLPEDA EFYFTYDGSH QRHVMIAERI EDNVLQSSVP GHGLQETVTV SVCLCSEGYS PVTMGSGSVT YVDNMACRLA RLLVTQANRL TACSHQTLLT PFALTAGALP ALDEELVLAL THLELPLEWT VLGSSSLEVS SHRESLLHLA MRWGLAKLSQ FFLCLPGGVQ ALALPNEEGA TPLDLALREG HSKLVEDVTN FQGRWSPSFS RVQLSEEASL HYIHSSETLT LTLNHTAEHL LEADIKLFRK YFWDRAFLVK AFEPEARPEE RTAMPSSGAE TEEEIKNSVS SRSAAEKEDI KRVKSLVVQH NEHEDQHSLD LDRSFDILKK SKPPSTLLAA GRLSDMLNGG DEVYANCMVI DQVGDLDISY INIEGITATT SPESRGCTLW PQSSKHTLPT ETSPSVYPLS ENVEGTAHTE AQQSFMSPSS SCASNLNLSF GWHGFEKEQS HLKKRSSSLD ALDADSEGEG HSEPSHICYT PGSQSSSRTG IPSGDELDSF ETNTEPDFNI SRAESLPLSS NLQSKESLLS GVRSRSYSCS SPKISLGKTR LVRELTVCSS SEEQRAYSLS EPPRENRIQE EEWDKYIIPA KSESEKYKVS RTFSFLMNRM TSPRNKSKTK SKDAKDKEKL NRHQFAPGTF SGVLQCLVCD KTLLGKESLQ CSNCNANVHK GCKDAAPACT KKFQEKYNKN KPQTILGNSS FRDIPQPGLS LHPSSSVPVG LPTGRRETVG QVHPLSRSVP GTTLESFRRS ATSLESESDN NSCRSRSHSD ELLQSMGSSP STESFIMEDV VDSSLWSDLS SDAQEFEAES WSLVVDPSFC NRQEKDVIKR QDVIFELMQT EMHHIQTLFI MSEIFRKGMK EELQLDHSTV DKIFPCLDEL LEIHRHFFYS MKERRQESCA GSDRNFVIDR IGDILVQQFS EENASKMKKI YGEFCCHHKE AVNLFKELQQ NKKFQNFIKL RNSNLLARRR GIPECILLVT QRITKYPVLV ERILQYTKER TEEHKDLRKA LCLIKDMIAT VDLKVNEYEK NQKWLEILNK IENKTYTKLK NGHVFRKQAL MSEERTLLYD GLVYWKTATG RFKDILALLL TDVLLFLQEK DQKYIFAAVD QKPSVISLQK LIAREVANEE RGMFLISASS AGPEMYEIHT NSKEERNNWM RRIQQAVESC PEEKGGRTSE SDEDKRKAEA RVAKIQQCQE ILTNQDQQIC AYLEEKLHIY AELGELSGFE DVHLEPHLLI KPDPGEPPQA ASLLAAALKE AESLQVAVKA SQMGAVSQSC EDSCGDSVLA DTLSSHDVPG SPTASLVTGG REGRGCSDVD PGIQGVVTDL AVSDAGEKVE CRNFPGSSQS EIIQAIQNLT RLLYSLQAAL TIQDSHIEIH RLVLQQQEGL SLGHSILRGG PLQDQKSRDA DRQHEELANV HQLQHQLQQE QRRWLRRCEQ QQRAQATRES WLQERERECQ SQEELLLRSR GELDLQLQEY QHSLERLREG QRLVEREQAR MRAQQSLLGH WKHGRQRSLP AVLLPGGPEV MELNRSESLC HENSFFINEA LVQMSFNTFN KLNPSVIHQD ATYPTTQSHS DLVRTSEHQV DLKVDPSQPS NVSHKLWTAA GSGHQILPFH ESSKDSCKNG SSMTKCSCTL TSPPGLWTGT TSTLKDLDTS HTESPTPHDS NSHRPQLQAF ITEAKLNLPT RTMTRQDGET GDGAKENIVY L* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.53 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999527 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:73163965C>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | ARHGEF28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000296799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8N1W1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1399C>A cDNA.1470C>A g.241983C>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H467N Score: 68 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 467 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2973558
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4179 / 4179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1393 / 1393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4250 / 4250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 72 / 72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3959 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1470 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 241983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73163965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDSDSDSPFN YSWPSFPKMK IRRRTSKQDR SFDILKKSKP PSTLLAAGRL SDMLNGGDEV YANCMVIDQV GDLDISYINI EGITATTSPE SRGCTLWPQS SKHTLPTETS PSVYPLSENV EGTAHTEAQQ SFMSPSSSCA SNLNLSFGWH GFEKEQSHLK KRSSSLDALD ADSEGEGHSE PSHICYTPGS QSSSRTGIPS GDELDSFETN TEPDFNISRA ESLPLSSNLQ SKESLLSGVR SRSYSCSSPK ISLGKTRLVR ELTVCSSSEE QRAYSLSEPP RENRIQEEEW DKYIIPAKSE SEKYKVSRTF SFLMNRMTSP RNKSKTKSKD AKDKEKLNRH QFAPGTFSGV LQCLVCDKTL LGKESLQCSN CNANVHKGCK DAAPACTKKF QEKYNKNKPQ TILGNSSFRD IPQPGLSLHP SSSVPVGLPT GRRETVGQVH PLSRSVPGTT LESFRRSATS LESESDHNSC RSRSHSDELL QSMGSSPSTE SFIMEDVVDS SLWSDLSSDA QEFEAESWSL VVDPSFCNRQ EKDVIKRQDV IFELMQTEMH HIQTLFIMSE IFRKGMKEEL QLDHSTVDKI FPCLDELLEI HRHFFYSMKE RRQESCAGSD RNFVIDRIGD ILVQQFSEEN ASKMKKIYGE FCCHHKEAVN LFKELQQNKK FQNFIKLRNS NLLARRRGIP ECILLVTQRI TKYPVLVERI LQYTKERTEE HKDLRKALCL IKDMIATVDL KVNEYEKNQK WLEILNKIEN KTYTKLKNGH VFRKQALMSE ERTLLYDGLV YWKTATGRFK DILALLLTDV LLFLQEKDQK YIFAAVDQKP SVISLQKLIA REVANEERGM FLISASSAGP EMYEIHTNSK EERNNWMRRI QQAVESCPEE KGGRTSESDE DKRKAEARVA KIQQCQEILT NQDQQICAYL EEKLHIYAEL GELSGFEDVH LEPHLLIKPD PGEPPQAASL LAAALKEAES LQVAVKASQM GAVSQSCEDS CGDSVLADTL SSHDVPGSPT ASLVTGGREG RGCSDVDPGI QGVVTDLAVS DAGEKVECRN FPGSSQSEII QAIQNLTRLL YSLQAALTIQ DSHIEIHRLV LQQQEGLSLG HSILRGGPLQ DQKSRDADRQ HEELANVHQL QHQLQQEQRR WLRRCEQQQR AQATRESWLQ ERERECQSQE ELLLRSRGEL DLQLQEYQHS LERLREGQRL VEREQARMRA QQSLLGHWKH GRQRSLPAVL LPGGPEVMEL NRSESLCHEN SFFINEALVQ MSFNTFNKLN PSVIHQDATY PTTQSHSDLV RTSEHQVDLK VDPSQPSNVS HKLWTAAGSG HQILPFHESS KDSCKNDLDT SHTESPTPHD SNSHRPQLQA FITEAKLNLP TRTMTRQDGE TGDGAKENIV YL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MDSDSDSPFN YSWPSFPKMK IRRRTSKQDR SFDILKKSKP PSTLLAAGRL SDMLNGGDEV YANCMVIDQV GDLDISYINI EGITATTSPE SRGCTLWPQS SKHTLPTETS PSVYPLSENV EGTAHTEAQQ SFMSPSSSCA SNLNLSFGWH GFEKEQSHLK KRSSSLDALD ADSEGEGHSE PSHICYTPGS QSSSRTGIPS GDELDSFETN TEPDFNISRA ESLPLSSNLQ SKESLLSGVR SRSYSCSSPK ISLGKTRLVR ELTVCSSSEE QRAYSLSEPP RENRIQEEEW DKYIIPAKSE SEKYKVSRTF SFLMNRMTSP RNKSKTKSKD AKDKEKLNRH QFAPGTFSGV LQCLVCDKTL LGKESLQCSN CNANVHKGCK DAAPACTKKF QEKYNKNKPQ TILGNSSFRD IPQPGLSLHP SSSVPVGLPT GRRETVGQVH PLSRSVPGTT LESFRRSATS LESESDNNSC RSRSHSDELL QSMGSSPSTE SFIMEDVVDS SLWSDLSSDA QEFEAESWSL VVDPSFCNRQ EKDVIKRQDV IFELMQTEMH HIQTLFIMSE IFRKGMKEEL QLDHSTVDKI FPCLDELLEI HRHFFYSMKE RRQESCAGSD RNFVIDRIGD ILVQQFSEEN ASKMKKIYGE FCCHHKEAVN LFKELQQNKK FQNFIKLRNS NLLARRRGIP ECILLVTQRI TKYPVLVERI LQYTKERTEE HKDLRKALCL IKDMIATVDL KVNEYEKNQK WLEILNKIEN KTYTKLKNGH VFRKQALMSE ERTLLYDGLV YWKTATGRFK DILALLLTDV LLFLQEKDQK YIFAAVDQKP SVISLQKLIA REVANEERGM FLISASSAGP EMYEIHTNSK EERNNWMRRI QQAVESCPEE KGGRTSESDE DKRKAEARVA KIQQCQEILT NQDQQICAYL EEKLHIYAEL GELSGFEDVH LEPHLLIKPD PGEPPQAASL LAAALKEAES LQVAVKASQM GAVSQSCEDS CGDSVLADTL SSHDVPGSPT ASLVTGGREG RGCSDVDPGI QGVVTDLAVS DAGEKVECRN FPGSSQSEII QAIQNLTRLL YSLQAALTIQ DSHIEIHRLV LQQQEGLSLG HSILRGGPLQ DQKSRDADRQ HEELANVHQL QHQLQQEQRR WLRRCEQQQR AQATRESWLQ ERERECQSQE ELLLRSRGEL DLQLQEYQHS LERLREGQRL VEREQARMRA QQSLLGHWKH GRQRSLPAVL LPGGPEVMEL NRSESLCHEN SFFINEALVQ MSFNTFNKLN PSVIHQDATY PTTQSHSDLV RTSEHQVDLK VDPSQPSNVS HKLWTAAGSG HQILPFHESS KDSCKNDLDT SHTESPTPHD SNSHRPQLQA FITEAKLNLP TRTMTRQDGE TGDGAKENIV YL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.62 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999527 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:73163965C>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | ARHGEF28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000513042 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001177693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8N1W1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2338C>A cDNA.2514C>A g.241983C>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H780N Score: 68 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2973558
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5118 / 5118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1706 / 1706 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5294 / 5294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 177 / 177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 241983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73163965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MELSCSEAPL YGQMMIYAKF DKNVYLPEDA EFYFTYDGSH QRHVMIAERI EDNVLQSSVP GHGLQETVTV SVCLCSEGYS PVTMGSGSVT YVDNMACRLA RLLVTQANRL TACSHQTLLT PFALTAGALP ALDEELVLAL THLELPLEWT VLGSSSLEVS SHRESLLHLA MRWGLAKLSQ FFLCLPGGVQ ALALPNEEGA TPLDLALREG HSKLVEDVTN FQGRWSPSFS RVQLSEEASL HYIHSSETLT LTLNHTAEHL LEADIKLFRK YFWDRAFLVK AFEPEARPEE RTAMPSSGAE TEEEIKNSVS SRSAAEKEDI KRVKSLVVQH NEHEDQHSLD LDRSFDILKK SKPPSTLLAA GRLSDMLNGG DEVYANCMVI DQVGDLDISY INIEGITATT SPESRGCTLW PQSSKHTLPT ETSPSVYPLS ENVEGTAHTE AQQSFMSPSS SCASNLNLSF GWHGFEKEQS HLKKRSSSLD ALDADSEGEG HSEPSHICYT PGSQSSSRTG IPSGDELDSF ETNTEPDFNI SRAESLPLSS NLQSKESLLS GVRSRSYSCS SPKISLGKTR LVRELTVCSS SEEQRAYSLS EPPRENRIQE EEWDKYIIPA KSESEKYKVS RTFSFLMNRM TSPRNKSKTK SKDAKDKEKL NRHQFAPGTF SGVLQCLVCD KTLLGKESLQ CSNCNANVHK GCKDAAPACT KKFQEKYNKN KPQTILGNSS FRDIPQPGLS LHPSSSVPVG LPTGRRETVG QVHPLSRSVP GTTLESFRRS ATSLESESDH NSCRSRSHSD ELLQSMGSSP STESFIMEDV VDSSLWSDLS SDAQEFEAES WSLVVDPSFC NRQEKDVIKR QDVIFELMQT EMHHIQTLFI MSEIFRKGMK EELQLDHSTV DKIFPCLDEL LEIHRHFFYS MKERRQESCA GSDRNFVIDR IGDILVQQFS EENASKMKKI YGEFCCHHKE AVNLFKELQQ NKKFQNFIKL RNSNLLARRR GIPECILLVT QRITKYPVLV ERILQYTKER TEEHKDLRKA LCLIKDMIAT VDLKVNEYEK NQKWLEILNK IENKTYTKLK NGHVFRKQAL MSEERTLLYD GLVYWKTATG RFKDILALLL TDVLLFLQEK DQKYIFAAVD QKPSVISLQK LIAREVANEE RGMFLISASS AGPEMYEIHT NSKEERNNWM RRIQQAVESC PEEKGGRTSE SDEDKRKAEA RVAKIQQCQE ILTNQDQQIC AYLEEKLHIY AELGELSGFE DVHLEPHLLI KPDPGEPPQA ASLLAAALKE AESLQVAVKA SQMGAVSQSC EDSCGDSVLA DTLSSHDVPG SPTASLVTGG REGRGCSDVD PGIQGVVTDL AVSDAGEKVE CRNFPGSSQS EIIQAIQNLT RLLYSLQAAL TIQDSHIEIH RLVLQQQEGL SLGHSILRGG PLQDQKSRDA DRQHEELANV HQLQHQLQQE QRRWLRRCEQ QQRAQATRES WLQERERECQ SQEELLLRSR GELDLQLQEY QHSLERLREG QRLVEREQAR MRAQQSLLGH WKHGRQRSLP AVLLPGGPEV MELNRSESLC HENSFFINEA LVQMSFNTFN KLNPSVIHQD ATYPTTQSHS DLVRTSEHQV DLKVDPSQPS NVSHKLWTAA GSGHQILPFH ESSKDSCKND LDTSHTESPT PHDSNSHRPQ LQAFITEAKL NLPTRTMTRQ DGETGDGAKE NIVYL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MELSCSEAPL YGQMMIYAKF DKNVYLPEDA EFYFTYDGSH QRHVMIAERI EDNVLQSSVP GHGLQETVTV SVCLCSEGYS PVTMGSGSVT YVDNMACRLA RLLVTQANRL TACSHQTLLT PFALTAGALP ALDEELVLAL THLELPLEWT VLGSSSLEVS SHRESLLHLA MRWGLAKLSQ FFLCLPGGVQ ALALPNEEGA TPLDLALREG HSKLVEDVTN FQGRWSPSFS RVQLSEEASL HYIHSSETLT LTLNHTAEHL LEADIKLFRK YFWDRAFLVK AFEPEARPEE RTAMPSSGAE TEEEIKNSVS SRSAAEKEDI KRVKSLVVQH NEHEDQHSLD LDRSFDILKK SKPPSTLLAA GRLSDMLNGG DEVYANCMVI DQVGDLDISY INIEGITATT SPESRGCTLW PQSSKHTLPT ETSPSVYPLS ENVEGTAHTE AQQSFMSPSS SCASNLNLSF GWHGFEKEQS HLKKRSSSLD ALDADSEGEG HSEPSHICYT PGSQSSSRTG IPSGDELDSF ETNTEPDFNI SRAESLPLSS NLQSKESLLS GVRSRSYSCS SPKISLGKTR LVRELTVCSS SEEQRAYSLS EPPRENRIQE EEWDKYIIPA KSESEKYKVS RTFSFLMNRM TSPRNKSKTK SKDAKDKEKL NRHQFAPGTF SGVLQCLVCD KTLLGKESLQ CSNCNANVHK GCKDAAPACT KKFQEKYNKN KPQTILGNSS FRDIPQPGLS LHPSSSVPVG LPTGRRETVG QVHPLSRSVP GTTLESFRRS ATSLESESDN NSCRSRSHSD ELLQSMGSSP STESFIMEDV VDSSLWSDLS SDAQEFEAES WSLVVDPSFC NRQEKDVIKR QDVIFELMQT EMHHIQTLFI MSEIFRKGMK EELQLDHSTV DKIFPCLDEL LEIHRHFFYS MKERRQESCA GSDRNFVIDR IGDILVQQFS EENASKMKKI YGEFCCHHKE AVNLFKELQQ NKKFQNFIKL RNSNLLARRR GIPECILLVT QRITKYPVLV ERILQYTKER TEEHKDLRKA LCLIKDMIAT VDLKVNEYEK NQKWLEILNK IENKTYTKLK NGHVFRKQAL MSEERTLLYD GLVYWKTATG RFKDILALLL TDVLLFLQEK DQKYIFAAVD QKPSVISLQK LIAREVANEE RGMFLISASS AGPEMYEIHT NSKEERNNWM RRIQQAVESC PEEKGGRTSE SDEDKRKAEA RVAKIQQCQE ILTNQDQQIC AYLEEKLHIY AELGELSGFE DVHLEPHLLI KPDPGEPPQA ASLLAAALKE AESLQVAVKA SQMGAVSQSC EDSCGDSVLA DTLSSHDVPG SPTASLVTGG REGRGCSDVD PGIQGVVTDL AVSDAGEKVE CRNFPGSSQS EIIQAIQNLT RLLYSLQAAL TIQDSHIEIH RLVLQQQEGL SLGHSILRGG PLQDQKSRDA DRQHEELANV HQLQHQLQQE QRRWLRRCEQ QQRAQATRES WLQERERECQ SQEELLLRSR GELDLQLQEY QHSLERLREG QRLVEREQAR MRAQQSLLGH WKHGRQRSLP AVLLPGGPEV MELNRSESLC HENSFFINEA LVQMSFNTFN KLNPSVIHQD ATYPTTQSHS DLVRTSEHQV DLKVDPSQPS NVSHKLWTAA GSGHQILPFH ESSKDSCKND LDTSHTESPT PHDSNSHRPQ LQAFITEAKL NLPTRTMTRQ DGETGDGAKE NIVYL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.09 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999527 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:73163965C>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | ARHGEF28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000287898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8N1W1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2338C>A cDNA.2514C>A g.241983C>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H780N Score: 68 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2973558
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
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distance from splice site | 41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5064 / 5064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1688 / 1688 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5240 / 5240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 177 / 177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4844 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 241983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73163965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACCATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CCTTGGAGTCTGAGAGTGACAATAACAGCTGCAGAAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MELSCSEAPL YGQMMIYAKF DKNVYLPEDA EFYFTYDGSH QRHVMIAERI EDNVLQSSVP GHGLQETVTV SVCLCSEGYS PVTMGSGSVT YVDNMACRLA RLLVTQANRL TACSHQTLLT PFALTAGALP ALDEELVLAL THLELPLEWT VLGSSSLEVS SHRESLLHLA MRWGLAKLSQ FFLCLPGGVQ ALALPNEEGA TPLDLALREG HSKLVEDVTN FQGRWSPSFS RVQLSEEASL HYIHSSETLT LTLNHTAEHL LEADIKLFRK YFWDRAFLVK AFEPEARPEE RTAMPSSGAE TEEEIKNSVS SRSAAEKEDI KRVKSLVVQH NEHEDQHSLD LDRSFDILKK SKPPSTLLAA GRLSDMLNGG DEVYANCMVI DQVGDLDISY INIEGITATT SPESRGCTLW PQSSKHTLPT ETSPSVYPLS ENVEGTAHTE AQQSFMSPSS SCASNLNLSF GWHGFEKEQS HLKKRSSSLD ALDADSEGEG HSEPSHICYT PGSQSSSRTG IPSGDELDSF ETNTEPDFNI SRAESLPLSS NLQSKESLLS GVRSRSYSCS SPKISLGKTR LVRELTVCSS SEEQRAYSLS EPPRENRIQE EEWDKYIIPA KSESEKYKVS RTFSFLMNRM TSPRNKSKTK SKDAKDKEKL NRHQFAPGTF SGVLQCLVCD KTLLGKESLQ CSNCNANVHK GCKDAAPACT KKFQEKYNKN KPQTILGNSS FRDIPQPGLS LHPSSSVPVG LPTGRRETVG QVHPLSRSVP GTTLESFRRS ATSLESESDH NSCRSRSHSD ELLQSMGSSP STESFIMEDV VDSSLWSDLS SDAQEFEAES WSLVVDPSFC NRQEKDVIKR QDVIFELMQT EMHHIQTLFI MSEIFRKGMK EELQLDHSTV DKIFPCLDEL LEIHRHFFYS MKERRQESCA GSDRNFVIDR IGDILVQQFS EENASKMKKI YGEFCCHHKE AVNLFKELQQ NKKFQNFIKL RNSNLLARRR GIPECILLVT QRITKYPVLV ERILQYTKER TEEHKDLRKA LCLIKDMIAT VDLKVNEYEK NQKWLEILNK IENKTYTKLK NGHVFRKQAL MSEERTLLYD GLVYWKTATG RFKDILALLL TDVLLFLQEK DQKYIFAAVD QKPSVISLQK LIAREVANEE RGMFLISASS AGPEMYEIHT NSKEERNNWM RRIQQAVESC PEEKGGRTSE SDEDKRKAEA RVAKIQQCQE ILTNQDQQIC AYLEEKLHIY AELGELSGFE DVHLEPHLLI KPDPGEPPQA ASLLAAALKE ALVTGGREGR GCSDVDPGIQ GVVTDLAVSD AGEKVECRNF PGSSQSEIIQ AIQNLTRLLY SLQAALTIQD SHIEIHRLVL QQQEGLSLGH SILRGGPLQD QKSRDADRQH EELANVHQLQ HQLQQEQRRW LRRCEQQQRA QATRESWLQE RERECQSQEE LLLRSRGELD LQLQEYQHSL ERLREGQRLV EREQARMRAQ QSLLGHWKHG RQRSLPAVLL PGGPEVMELN RSESLCHENS FFINEALVQM SFNTFNKLNP SVIHQDATYP TTQSHSDLVR TSEHQVDLKV DPSQPSNVSH KLWTAAGSGH QILPFHESSK DSCKNGSSMT KCSCTLTSPP GLWTGTTSTL KDLDTSHTES PTPHDSNSHR PQLQAFITEA KLNLPTRTMT RQDGETGDGA KENIVYL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MELSCSEAPL YGQMMIYAKF DKNVYLPEDA EFYFTYDGSH QRHVMIAERI EDNVLQSSVP GHGLQETVTV SVCLCSEGYS PVTMGSGSVT YVDNMACRLA RLLVTQANRL TACSHQTLLT PFALTAGALP ALDEELVLAL THLELPLEWT VLGSSSLEVS SHRESLLHLA MRWGLAKLSQ FFLCLPGGVQ ALALPNEEGA TPLDLALREG HSKLVEDVTN FQGRWSPSFS RVQLSEEASL HYIHSSETLT LTLNHTAEHL LEADIKLFRK YFWDRAFLVK AFEPEARPEE RTAMPSSGAE TEEEIKNSVS SRSAAEKEDI KRVKSLVVQH NEHEDQHSLD LDRSFDILKK SKPPSTLLAA GRLSDMLNGG DEVYANCMVI DQVGDLDISY INIEGITATT SPESRGCTLW PQSSKHTLPT ETSPSVYPLS ENVEGTAHTE AQQSFMSPSS SCASNLNLSF GWHGFEKEQS HLKKRSSSLD ALDADSEGEG HSEPSHICYT PGSQSSSRTG IPSGDELDSF ETNTEPDFNI SRAESLPLSS NLQSKESLLS GVRSRSYSCS SPKISLGKTR LVRELTVCSS SEEQRAYSLS EPPRENRIQE EEWDKYIIPA KSESEKYKVS RTFSFLMNRM TSPRNKSKTK SKDAKDKEKL NRHQFAPGTF SGVLQCLVCD KTLLGKESLQ CSNCNANVHK GCKDAAPACT KKFQEKYNKN KPQTILGNSS FRDIPQPGLS LHPSSSVPVG LPTGRRETVG QVHPLSRSVP GTTLESFRRS ATSLESESDN NSCRSRSHSD ELLQSMGSSP STESFIMEDV VDSSLWSDLS SDAQEFEAES WSLVVDPSFC NRQEKDVIKR QDVIFELMQT EMHHIQTLFI MSEIFRKGMK EELQLDHSTV DKIFPCLDEL LEIHRHFFYS MKERRQESCA GSDRNFVIDR IGDILVQQFS EENASKMKKI YGEFCCHHKE AVNLFKELQQ NKKFQNFIKL RNSNLLARRR GIPECILLVT QRITKYPVLV ERILQYTKER TEEHKDLRKA LCLIKDMIAT VDLKVNEYEK NQKWLEILNK IENKTYTKLK NGHVFRKQAL MSEERTLLYD GLVYWKTATG RFKDILALLL TDVLLFLQEK DQKYIFAAVD QKPSVISLQK LIAREVANEE RGMFLISASS AGPEMYEIHT NSKEERNNWM RRIQQAVESC PEEKGGRTSE SDEDKRKAEA RVAKIQQCQE ILTNQDQQIC AYLEEKLHIY AELGELSGFE DVHLEPHLLI KPDPGEPPQA ASLLAAALKE ALVTGGREGR GCSDVDPGIQ GVVTDLAVSD AGEKVECRNF PGSSQSEIIQ AIQNLTRLLY SLQAALTIQD SHIEIHRLVL QQQEGLSLGH SILRGGPLQD QKSRDADRQH EELANVHQLQ HQLQQEQRRW LRRCEQQQRA QATRESWLQE RERECQSQEE LLLRSRGELD LQLQEYQHSL ERLREGQRLV EREQARMRAQ QSLLGHWKHG RQRSLPAVLL PGGPEVMELN RSESLCHENS FFINEALVQM SFNTFNKLNP SVIHQDATYP TTQSHSDLVR TSEHQVDLKV DPSQPSNVSH KLWTAAGSGH QILPFHESSK DSCKNGSSMT KCSCTLTSPP GLWTGTTSTL KDLDTSHTES PTPHDSNSHR PQLQAFITEA KLNLPTRTMT RQDGETGDGA KENIVYL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.12 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||