MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
HBS1L | polymorphism_automatic | 5.50004486399303e-13 | simple_aae | E343A | single base exchange | rs7742542 | show file | ||||
HBS1L | polymorphism_automatic | 2.16869995961488e-07 | without_aae | single base exchange | rs7742542 | show file | |||||
HBS1L | polymorphism_automatic | 2.16869995961488e-07 | without_aae | single base exchange | rs7742542 | show file | |||||
HBS1L | polymorphism_automatic | 2.16869995961488e-07 | without_aae | single base exchange | rs7742542 | show file | |||||
HBS1L | polymorphism_automatic | 2.16869995961488e-07 | without_aae | single base exchange | rs7742542 | show file | |||||
HBS1L | polymorphism_automatic | 2.16869995961488e-07 | without_aae | single base exchange | rs7742542 | show file | |||||
HBS1L | polymorphism_automatic | 2.16869995961488e-07 | without_aae | single base exchange | rs7742542 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99999999999945 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:135358567T>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | HBS1L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000367822 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001145207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1028A>C cDNA.1221A>C g.65628A>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | E343A Score: 107 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs7742542
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 1899 / 1899 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 633 / 633 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 2092 / 2092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 194 / 194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 624 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 380 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 1899 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1028 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 65628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 135358567 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGAAACTGAAGTTGGAAATGTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGCAACTGAAGTTGGAAATGTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGAAACTGAAGTTGGAAATGTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGCAACTGAAGTTGGAAATGTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MARHRNVRGY NYDEDFEDDD LYGQSVEDDY CISPSTAAQF IYSRRDKPSV EPVEEYDYED LKESSNSVSN HQLSGFDQAR LYSCLDHMRE VLGDAVPDEI LIEAVLKNKF DVQKALSGVL EQDRVQSLKD KNEATVSTGK IAKGVLFSSS EVSADNVQSS YPQSANHLDY SSKPFDFASS VGKYGLSHNS SVPTHCLLHR KKKLDTRKSE KKLESCKLTK ELSLANLIHD MSRDSCESQP SVRLSSTDSL ESLLSKNLDA DLLRPHASEC ISKDDSAFKE IPDLKTIIIK GTTPNNSLYI QNNSLSDFQN IPVQDSLGSS NNPLYLTSSL ENMTVDNLNA SKETEVGNVS LVEQSAKNHT FKNDNLQFSQ CESPSLTELF QEHKENNISQ CFTLSDLCNQ SSASFTDLSL GSFPLSQLAN RCQSSPGISE LTGSLSSLAF HKASPTRDLE NLSLSELIAE TIDVDNSQIK KESFEVSLSE VRSPGIDSNI DLSVLIKNPD FVPKPVVDPS IAPSSRTKVL SSKLGKNSNF AKDNKKNNKG SLTRKPPFSL SWTKALAARP SAFASTLCLR YPLKSCKRRT LDLYKTFLYS RQVQDVKDKE ISPLVAITPF DFKSASPDDI VKANQKKAFT RE* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MARHRNVRGY NYDEDFEDDD LYGQSVEDDY CISPSTAAQF IYSRRDKPSV EPVEEYDYED LKESSNSVSN HQLSGFDQAR LYSCLDHMRE VLGDAVPDEI LIEAVLKNKF DVQKALSGVL EQDRVQSLKD KNEATVSTGK IAKGVLFSSS EVSADNVQSS YPQSANHLDY SSKPFDFASS VGKYGLSHNS SVPTHCLLHR KKKLDTRKSE KKLESCKLTK ELSLANLIHD MSRDSCESQP SVRLSSTDSL ESLLSKNLDA DLLRPHASEC ISKDDSAFKE IPDLKTIIIK GTTPNNSLYI QNNSLSDFQN IPVQDSLGSS NNPLYLTSSL ENMTVDNLNA SKATEVGNVS LVEQSAKNHT FKNDNLQFSQ CESPSLTELF QEHKENNISQ CFTLSDLCNQ SSASFTDLSL GSFPLSQLAN RCQSSPGISE LTGSLSSLAF HKASPTRDLE NLSLSELIAE TIDVDNSQIK KESFEVSLSE VRSPGIDSNI DLSVLIKNPD FVPKPVVDPS IAPSSRTKVL SSKLGKNSNF AKDNKKNNKG SLTRKPPFSL SWTKALAARP SAFASTLCLR YPLKSCKRRT LDLYKTFLYS RQVQDVKDKE ISPLVAITPF DFKSASPDDI VKANQKKAFT RE* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.25 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999783130004 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:135358567T>GN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||
HGNC symbol | HBS1L | |||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000415177 | |||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||
UniProt peptide | N/A | |||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||
DNA changes | g.65628A>C | |||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||
known variant | Reference ID: rs7742542
| |||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | |||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||
distance from splice site | 4572 | |||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||
protein features | N/A | |||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 129 / 129 | |||||||||||||
chromosome | 6 | |||||||||||||
strand | -1 | |||||||||||||
last intron/exon boundary | 1977 | |||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1798 | |||||||||||||
length of CDS | 1860 | |||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 65628 | |||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 135358567 | |||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGAAACTGAAGTTGGAAATGTTT | |||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGCAACTGAAGTTGGAAATGTTT | |||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
wildtype AA sequence | MARHRNVRGY NYDEDFEDDD LYGQSVEDDY CISPSTAAQF IYSRRDKPSV EPVEEYDYED LKESSNSVSN HQLSGFDQGK PVDSQTSRSE SEIVPKVAKM TVSGKKQTMG FEVPGVSSEE NGHSFHTPQK GPPIEDAIAS SDVLETASKS ANPPHTIQAS EEQSSTPAPV KKSGKLRQQI DVKAELEKRQ GGKQLLNLVV IGHVDAGKST LMGHMLYLLG NINKRTMHKY EQESKKAGKA SFAYAWVLDE TGEERERGVT MDVGMTKFET TTKVITLMDA PGHKDFIPNM ITGAAQADVA VLVVDASRGE FEAGFETGGQ TREHGLLVRS LGVTQLAVAV NKMDQVNWQQ ERFQEITGKL GHFLKQAGFK ESDVGFIPTS GLSGENLITR SQSSELTKWY KGLCLLEQID SFKPPQRSID KPFRLCVSDV FKDQGSGFCI TGKIEAGYIQ TGDRLLAMPP NETCTVKGIT LHDEPVDWAA AGDHVSLTLV GMDIIKINVG CIFCGPKVPI KACTRFRARI LIFNIEIPIT KGFPVLLHYQ TVSEPAVIKR LISVLNKSTG EVTKKKPKFL TKGQNALVEL QTQRPIALEL YKDFKELGRF MLRYGGSTIA AGVVTEIKE* | |||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||
speed | 1.00 s | |||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999783130004 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:135358567T>GN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||
HGNC symbol | HBS1L | |||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000367837 | |||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_006620 | |||||||||||||
UniProt peptide | N/A | |||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||
DNA changes | g.65628A>C | |||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||
known variant | Reference ID: rs7742542
| |||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | |||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||
distance from splice site | 2144 | |||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||
protein features | N/A | |||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 208 / 208 | |||||||||||||
chromosome | 6 | |||||||||||||
strand | -1 | |||||||||||||
last intron/exon boundary | 2251 | |||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1993 | |||||||||||||
length of CDS | 2055 | |||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 65628 | |||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 135358567 | |||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGAAACTGAAGTTGGAAATGTTT | |||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGCAACTGAAGTTGGAAATGTTT | |||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
wildtype AA sequence | MARHRNVRGY NYDEDFEDDD LYGQSVEDDY CISPSTAAQF IYSRRDKPSV EPVEEYDYED LKESSNSVSN HQLSGFDQAR LYSCLDHMRE VLGDAVPDEI LIEAVLKNKF DVQKALSGVL EQDRVQSLKD KNEATVSTGK IAKGKPVDSQ TSRSESEIVP KVAKMTVSGK KQTMGFEVPG VSSEENGHSF HTPQKGPPIE DAIASSDVLE TASKSANPPH TIQASEEQSS TPAPVKKSGK LRQQIDVKAE LEKRQGGKQL LNLVVIGHVD AGKSTLMGHM LYLLGNINKR TMHKYEQESK KAGKASFAYA WVLDETGEER ERGVTMDVGM TKFETTTKVI TLMDAPGHKD FIPNMITGAA QADVAVLVVD ASRGEFEAGF ETGGQTREHG LLVRSLGVTQ LAVAVNKMDQ VNWQQERFQE ITGKLGHFLK QAGFKESDVG FIPTSGLSGE NLITRSQSSE LTKWYKGLCL LEQIDSFKPP QRSIDKPFRL CVSDVFKDQG SGFCITGKIE AGYIQTGDRL LAMPPNETCT VKGITLHDEP VDWAAAGDHV SLTLVGMDII KINVGCIFCG PKVPIKACTR FRARILIFNI EIPITKGFPV LLHYQTVSEP AVIKRLISVL NKSTGEVTKK KPKFLTKGQN ALVELQTQRP IALELYKDFK ELGRFMLRYG GSTIAAGVVT EIKE* | |||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||
speed | 1.05 s | |||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999783130004 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:135358567T>GN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||
HGNC symbol | HBS1L | |||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000367826 | |||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001145158 | |||||||||||||
UniProt peptide | N/A | |||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||
DNA changes | g.65628A>C | |||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||
known variant | Reference ID: rs7742542
| |||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | |||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||
distance from splice site | 2144 | |||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||
protein features | N/A | |||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 129 / 129 | |||||||||||||
chromosome | 6 | |||||||||||||
strand | -1 | |||||||||||||
last intron/exon boundary | 2046 | |||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1867 | |||||||||||||
length of CDS | 1929 | |||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 65628 | |||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 135358567 | |||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGAAACTGAAGTTGGAAATGTTT | |||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGCAACTGAAGTTGGAAATGTTT | |||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
wildtype AA sequence | MARHRNVRGY NYDEDFEDDD LYGQSVEDDY CISPSTARLY SCLDHMREVL GDAVPDEILI EAVLKNKFDV QKALSGVLEQ DRVQSLKDKN EATVSTGKIA KGKPVDSQTS RSESEIVPKV AKMTVSGKKQ TMGFEVPGVS SEENGHSFHT PQKGPPIEDA IASSDVLETA SKSANPPHTI QASEEQSSTP APVKKSGKLR QQIDVKAELE KRQGGKQLLN LVVIGHVDAG KSTLMGHMLY LLGNINKRTM HKYEQESKKA GKASFAYAWV LDETGEERER GVTMDVGMTK FETTTKVITL MDAPGHKDFI PNMITGAAQA DVAVLVVDAS RGEFEAGFET GGQTREHGLL VRSLGVTQLA VAVNKMDQVN WQQERFQEIT GKLGHFLKQA GFKESDVGFI PTSGLSGENL ITRSQSSELT KWYKGLCLLE QIDSFKPPQR SIDKPFRLCV SDVFKDQGSG FCITGKIEAG YIQTGDRLLA MPPNETCTVK GITLHDEPVD WAAAGDHVSL TLVGMDIIKI NVGCIFCGPK VPIKACTRFR ARILIFNIEI PITKGFPVLL HYQTVSEPAV IKRLISVLNK STGEVTKKKP KFLTKGQNAL VELQTQRPIA LELYKDFKEL GRFMLRYGGS TIAAGVVTEI KE* | |||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||
speed | 0.97 s | |||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999783130004 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:135358567T>GN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||
HGNC symbol | HBS1L | |||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000367820 | |||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||
UniProt peptide | N/A | |||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||
DNA changes | g.65628A>C | |||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||
known variant | Reference ID: rs7742542
| |||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | |||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||
distance from splice site | 635 | |||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||
protein features | N/A | |||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 110 / 110 | |||||||||||||
chromosome | 6 | |||||||||||||
strand | -1 | |||||||||||||
last intron/exon boundary | 540 | |||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 380 | |||||||||||||
length of CDS | 444 | |||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 65628 | |||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 135358567 | |||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGAAACTGAAGTTGGAAATGTTT | |||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGCAACTGAAGTTGGAAATGTTT | |||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
wildtype AA sequence | MARHRNVRGY NYDEDFEDDD LYGQSVEDDY CISPSTAAQF IYSRRDKPSV EPVEEYDYED LKESSNSVSN HQLSGFDQAR LYSCLDHMRE VLGDAVPDEI LIEAVLKNKF DVQKALSGVL EQDRVQSLKD KNEATVSTGK IAKGPCC* | |||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||
speed | 1.24 s | |||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999783130004 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:135358567T>GN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||
HGNC symbol | HBS1L | |||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000367824 | |||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||
UniProt peptide | N/A | |||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||
DNA changes | g.65628A>C | |||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||
known variant | Reference ID: rs7742542
| |||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | |||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||
distance from splice site | 13153 | |||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||
protein features | N/A | |||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 103 / 103 | |||||||||||||
chromosome | 6 | |||||||||||||
strand | -1 | |||||||||||||
last intron/exon boundary | 1654 | |||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1501 | |||||||||||||
length of CDS | 1563 | |||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 65628 | |||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 135358567 | |||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGAAACTGAAGTTGGAAATGTTT | |||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGCAACTGAAGTTGGAAATGTTT | |||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
wildtype AA sequence | MTVSGKKQTM GFEVPGVSSE ENGHSFHTPQ KGPPIEDAIA SSDVLETASK SANPPHTIQA SEEQSSTPAP VKKSGKLRQQ IDVKAELEKR QGGKQLLNLV VIGHVDAGKS TLMGHMLYLL GNINKRTMHK YEQESKKAGK ASFAYAWVLD ETGEERERGV TMDVGMTKFE TTTKVITLMD APGHKDFIPN MITGAAQADV AVLVVDASRG EFEAGFETGG QTREHGLLVR SLGVTQLAVA VNKMDQVNWQ QERFQEITGK LGHFLKQAGF KESDVGFIPT SGLSGENLIT RSQSSELTKW YKGLCLLEQI DSFKPPQRSI DKPFRLCVSD VFKDQGSGFC ITGKIEAGYI QTGDRLLAMP PNETCTVKGI TLHDEPVDWA AAGDHVSLTL VGMDIIKINV GCIFCGPKVP IKACTRFRAR ILIFNIEIPI TKGFPVLLHY QTVSEPAVIK RLISVLNKST GEVTKKKPKF LTKGQNALVE LQTQRPIALE LYKDFKELGR FMLRYGGSTI AAGVVTEIKE * | |||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||
speed | 1.01 s | |||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999783130004 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:135358567T>GN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||
HGNC symbol | HBS1L | |||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000445176 | |||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||
UniProt peptide | N/A | |||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||
DNA changes | g.65628A>C | |||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||
known variant | Reference ID: rs7742542
| |||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | |||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||
distance from splice site | 4572 | |||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||
protein features | N/A | |||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 244 / 244 | |||||||||||||
chromosome | 6 | |||||||||||||
strand | -1 | |||||||||||||
last intron/exon boundary | 1459 | |||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1165 | |||||||||||||
length of CDS | 1227 | |||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 65628 | |||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 135358567 | |||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGAAACTGAAGTTGGAAATGTTT | |||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TAATTTAAATGCTAGTAAAGCAACTGAAGTTGGAAATGTTT | |||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||
wildtype AA sequence | MGHMLYLLGN INKRTMHKYE QESKKAGKAS FAYAWVLDET GEERERGVTM DVGMTKFETT TKVITLMDAP GHKDFIPNMI TGAAQADVAV LVVDASRGEF EAGFETGGQT REHGLLVRSL GVTQLAVAVN KMDQVNWQQE RFQEITGKLG HFLKQAGFKE SDVGFIPTSG LSGENLITRS QSSELTKWYK GLCLLEQIDS FKPPQRSIDK PFRLCVSDVF KDQGSGFCIT GKIEAGYIQT GDRLLAMPPN ETCTVKGITL HDEPVDWAAA GDHVSLTLVG MDIIKINVGC IFCGPKVPIK ACTRFRARIL IFNIEIPITK GFPVLLHYQT VSEPAVIKRL ISVLNKSTGE VTKKKPKFLT KGQNALVELQ TQRPIALELY KDFKELGRFM LRYGGSTIAA GVVTEIKE* | |||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||
speed | 0.11 s | |||||||||||||