MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
ADGB | polymorphism_automatic | 0.00094620060452999 | simple_aae | E1621D | single base exchange | rs1052444 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99905379939547 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:147136212A>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | ADGB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000397944 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_024694 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8N7X0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.4863A>T cDNA.4939A>T g.216112A>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | E1621D Score: 45 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1621 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs1052444
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regulatory features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5004 / 5004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1668 / 1668 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5080 / 5080 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 77 / 77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4895 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 4863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 4939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 216112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 147136212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | AAAATTTTCGACATCCGGGAAGAGTACAGAAACAAATTGCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | AAAATTTTCGACATCCGGGATGAGTACAGAAACAAATTGCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AAAATTTTCGACATCCGGGAAGAGTACAGAAACAAATTGCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AAAATTTTCGACATCCGGGATGAGTACAGAAACAAATTGCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MASKQTKKKE VHRINSAHGS DKSKDFYPFG SNVQSGSTEQ KKGKFPLWPE WSEADINSEK WDAGKGAKEK DKTGKSPVFH FFEDPEGKIE LPPSLKIYSW KRPQDILFSQ TPVVVKNEIT FDLFSANEHL LCSELMRWII SEIYAVWKIF NGGILSNYFK GTSGEPPLLP WKPWEHIYSL CKAVKGHMPL FNSYGKYVVK LYWMGCWRKI TIDDFLPFDE DNNLLLPATT YEFELWPMLL SKAIIKLANI DIHVADRREL GEFTVIHALT GWLPEVISLH PGYMDKVWEL LKEILPEFKL SDEASSESKI AVLDSKLKEP GKEGKEGKEI KDGKEVKDVK EFKPESSLTT LKAPEKSDKV PKEKADARDI GKKRSKDGEK EKFKFSLHGS RPSSEVQYSV QSLSDCSSAI QTSHMVVYAT FTPLYLFENK IFSLEKMADS AEKLREYGLS HICSHPVLVT RSRSCPLVAP PKPPPLPPWK LIRQKKETVI TDEAQELIVK KPERFLEISS PFLNYRMTPF TIPTEMHFVR SLIKKGIPPG SDLPSVSETD ETATHSQTDL SQITKATSQG NTASQVILGK GTDEQTDFGL GDAHQSDGLN LEREIVSQTT ATQEKSQEEL PTTNNSVSKE IWLDFEDFCV CFQNIYIFHK PSSYCLNFQK SEFKFSEERV SYYLFVDSLK PIELLVCFSA LVRWGEYGAL TKDSPPIEPG LLTAETFSWK SLKPGSLVLK IHTYATKATV VRLPVGRHML LFNAYSPVGH SIHICSMVSF VIGDEHVVLP NFEPESCRFT EQSLLIMKAI GNVIANFKDK GKLSAALKDL QTAHYPVPFH DKELTAQHFR VFHLSLWRLM KKVQITKPPP NFKFAFRAMV LDLELLNSSL EEVSLVEWLD VKYCMPTSDK EYSAEEVAAA IKIQAMWRGT YVRLLMKARI PDTKENISVA DTLQKVWAVL EMNLEQYAVS LLRLMFKSKC KSLESYPCYQ DEETKIAFAD YTVTYQEQPP NSWFIVFRET FLVHQDMILV PKVYTTLPIC ILHIVNNDTM EQVPKVFQKV VPYLYTKNKK GYTFVAEAFT GDTYVAASRW KLRLIGSSAP LPCLSRDSPC NSFAIKEIRD YYIPNDKKIL FRYSVKVLTP QPATIQVRTS KPDAFIKLQV LENEETMVSS TGKGQAIIPA FHFLKSEKGL SSQSSKHILS FHSASKKEQE VYVKKKAAQG IQKSPKGRAV SAIQDIGLPL VEEETTSTPT REDSSSTPLQ NYKYIIQCSV LYNSWPLTES QLTFVQALKD LKKSNTKAYG ERHEELINLG SPDSHTISEG QKSSVTSKTT RKGKEKSSEK EKTAKEKQAP RFEPQISTVH PQQEDPNKPY WILRLVTEHN ESELFEVKKD TERADEIRAM KQAWETTEPG RAIKASQARL HYLSGFIKKT SDAESPPISE SQTKPKEEVE TAARGVKEPN SKNSAGSESK EMTQTGSGSA VWKKWQLTKG LRDVAKSTSS ESGGVSSPGK EEREQSTRKE NIQTGPRTRS PTILETSPRL IRKALEFMDL SQYVRKTDTD PLLQTDELNQ QQAMQKAEEI HQFRQHRTRV LSIRNIDQEE RLKLKDEVLD MYKEMQDSLD EARQKIFDIR EEYRNKLLEA EHLKLETLAA QEAAMKLETE KMTPAPDTQK KKKGKKK* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MASKQTKKKE VHRINSAHGS DKSKDFYPFG SNVQSGSTEQ KKGKFPLWPE WSEADINSEK WDAGKGAKEK DKTGKSPVFH FFEDPEGKIE LPPSLKIYSW KRPQDILFSQ TPVVVKNEIT FDLFSANEHL LCSELMRWII SEIYAVWKIF NGGILSNYFK GTSGEPPLLP WKPWEHIYSL CKAVKGHMPL FNSYGKYVVK LYWMGCWRKI TIDDFLPFDE DNNLLLPATT YEFELWPMLL SKAIIKLANI DIHVADRREL GEFTVIHALT GWLPEVISLH PGYMDKVWEL LKEILPEFKL SDEASSESKI AVLDSKLKEP GKEGKEGKEI KDGKEVKDVK EFKPESSLTT LKAPEKSDKV PKEKADARDI GKKRSKDGEK EKFKFSLHGS RPSSEVQYSV QSLSDCSSAI QTSHMVVYAT FTPLYLFENK IFSLEKMADS AEKLREYGLS HICSHPVLVT RSRSCPLVAP PKPPPLPPWK LIRQKKETVI TDEAQELIVK KPERFLEISS PFLNYRMTPF TIPTEMHFVR SLIKKGIPPG SDLPSVSETD ETATHSQTDL SQITKATSQG NTASQVILGK GTDEQTDFGL GDAHQSDGLN LEREIVSQTT ATQEKSQEEL PTTNNSVSKE IWLDFEDFCV CFQNIYIFHK PSSYCLNFQK SEFKFSEERV SYYLFVDSLK PIELLVCFSA LVRWGEYGAL TKDSPPIEPG LLTAETFSWK SLKPGSLVLK IHTYATKATV VRLPVGRHML LFNAYSPVGH SIHICSMVSF VIGDEHVVLP NFEPESCRFT EQSLLIMKAI GNVIANFKDK GKLSAALKDL QTAHYPVPFH DKELTAQHFR VFHLSLWRLM KKVQITKPPP NFKFAFRAMV LDLELLNSSL EEVSLVEWLD VKYCMPTSDK EYSAEEVAAA IKIQAMWRGT YVRLLMKARI PDTKENISVA DTLQKVWAVL EMNLEQYAVS LLRLMFKSKC KSLESYPCYQ DEETKIAFAD YTVTYQEQPP NSWFIVFRET FLVHQDMILV PKVYTTLPIC ILHIVNNDTM EQVPKVFQKV VPYLYTKNKK GYTFVAEAFT GDTYVAASRW KLRLIGSSAP LPCLSRDSPC NSFAIKEIRD YYIPNDKKIL FRYSVKVLTP QPATIQVRTS KPDAFIKLQV LENEETMVSS TGKGQAIIPA FHFLKSEKGL SSQSSKHILS FHSASKKEQE VYVKKKAAQG IQKSPKGRAV SAIQDIGLPL VEEETTSTPT REDSSSTPLQ NYKYIIQCSV LYNSWPLTES QLTFVQALKD LKKSNTKAYG ERHEELINLG SPDSHTISEG QKSSVTSKTT RKGKEKSSEK EKTAKEKQAP RFEPQISTVH PQQEDPNKPY WILRLVTEHN ESELFEVKKD TERADEIRAM KQAWETTEPG RAIKASQARL HYLSGFIKKT SDAESPPISE SQTKPKEEVE TAARGVKEPN SKNSAGSESK EMTQTGSGSA VWKKWQLTKG LRDVAKSTSS ESGGVSSPGK EEREQSTRKE NIQTGPRTRS PTILETSPRL IRKALEFMDL SQYVRKTDTD PLLQTDELNQ QQAMQKAEEI HQFRQHRTRV LSIRNIDQEE RLKLKDEVLD MYKEMQDSLD EARQKIFDIR DEYRNKLLEA EHLKLETLAA QEAAMKLETE KMTPAPDTQK KKKGKKK* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.32 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||