MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
TDRD6 | polymorphism_automatic | 0.00808686563516603 | simple_aae | affected | Q1014E | single base exchange | rs9381472 | show file | |||
TDRD6 | polymorphism_automatic | 0.00808686563516603 | simple_aae | affected | Q1014E | single base exchange | rs9381472 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.991913134364834 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:46658905C>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TDRD6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000316081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001010870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O60522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3040C>G cDNA.3040C>G g.3294C>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | Q1014E Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs9381472
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 3007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6291 / 6291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2097 / 2097 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6291 / 6291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6262 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6211 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 46658905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GAAATGCAAATATTTTAGAACAGTTGTCATGTAGTATTACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GAAATGCAAATATTTTAGAAGAGTTGTCATGTAGTATTACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GAAATGCAAATATTTTAGAACAGTTGTCATGTAGTATTACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GAAATGCAAATATTTTAGAAGAGTTGTCATGTAGTATTACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MCSTPGMPAP GASLALRVSF VDVHPDVIPV QLWGLVGERR GEYLRLSREI QEAAATRGQW ALGSASASPG ELCLVQVGLL WHRCRVVSRQ AQESRVFLLD EGRTITAGAG SLAPGRREFF NLPSEVLGCV LAGLVPAGCG AGSGEPPQHW PADAVDFLSN LQGKEVHGCV LDVLLLHRLV LLEVPDVFQQ MRELGLARRV PDSLFRSLLE RYLTAATASV GSGVPVLSRV PLKQKQPGLD YFYPQLQLGV TEAVVITQVC HPHRIHCQLR SVSQEIHRLS ESMAQVYRGS TGTGDENSTS ATWEEREESP DKPGSPCASC GLDGHWYRAL LLETFRPQRC AQVLHVDYGR KELVSCSSLR YLLPEYFRMP VVTYPCALYG LWDGGRGWSR SQVGDLKTLI LGKAVNAKIE FYCSFEHVYY VSLYGEDGIN LNRVFGVQSC CLADRVLQSQ ATEEEEPETS QSQSPAEEVD EEISLPALRS IRLKMNAFYD AQVEFVKNPS EFWIRLRKHN VTFSKLMRRM CGFYSSASKL DGVVLKPEPD DLCCVKWKEN GYYRAIVTKL DDKSVDVFLV DRGNSENVDW YDVRMLLPQF RQLPILAVKC TLADIWPLGK TWSQEAVSFF KKTVLHKELV IHILDKQDHQ YVIEILDESR TGEENISKVI AQAGYAKYQE FETKENILVN AHSPGHVSNH FTTESNKIPF AKTGEGEQKA KRENKTTSVS KALSDTTVVT NGSTELVVQE KVKRASVYFP LMQNCLEIKP GSSSKGELEV GSTVEVRVSY VENPGYFWCQ LTRNIQGLKT LMSDIQYYCK NTAAPHQRNT LACLAKRTVN RQWSRALISG IQSVEHVNVT FVDYGDREMV SVKNIYSISE EFLKVKAQAF RCSLYNLIQP VGQNPFVWDV KAIQAFNEFI DNAWQKNLEL KCTIFALASI NEELFNIVDL LTPFQSACHF LVEKRLARPV KLQKPLESSV QLHSYFYSTH DMKIGSEELV YITHIDDPWT FYCQLARNAN ILEQLSCSIT QLSKVLLNLK TSPLNPGTLC LAKYTDGNWY RGIVIEKEPK KVFFVDFGNI YVVTSDDLLP IPSDAYDVLL LPMQAVRCSL SDIPDHIPEE VVVWFQETIL DKSLKALVVA KDPDGTLIIE LYGDNIQISA SINKKLGLLS YKDRIRKKES EVLCSTTETL EEKNENMKLP CTEYLSKSVG YKLPNKEILE ESYKPQINSS YKELKLLQSL TKTNLVTQYQ DSVGNKNSQV FPLTTEKKEE ISAETPLKTA RVEATLSERK IGDSCDKDLP LKFCEFPQKT IMPGFKTTVY VSHINDLSDF YVQLIEDEAE ISHLSERLNS VKTRPEYYVG PPLQRGDMIC AVFPEDNLWY RAVIKEQQPN DLLSVQFIDY GNVSVVHTNK IGRLDLVNAI LPGLCIHCSL QGFEVPDNKN SKKMMHYFSQ RTSEAAIRCE FVKFQDRWEV ILADEHGIIA DDMISRYALS EKSQVELSTQ VIKSASSKSV NKSDIDTSVF LNWYNPEKKM IRAYATVIDG PEYFWCQFAD TEKLQCLEVE VQTAGEQVAD RRNCIPCPYI GDPCIVRYRE DGHYYRALIT NICEDYLVSV RLVDFGNIED CVDPKALWAI PSELLSVPMQ AFPCCLSGFN ISEGLCSQEG NDYFYEIITE DVLEITILEI RRDVCDIPLA IVDLKSKGKS INEKMEKYSK TGIKSALPYE NIDSEIKQTL GSYNLDVGLK KLSNKAVQNK IYMEQQTDEL AEITEKDVNI IGTKPSNFRD PKTDNICEGF ENPCKDKIDT EELEGELECH LVDKAEFDDK YLITGFNTLL PHANETKEIL ELNSLEVPLS PDDESKEFLE LESIELQNSL VVDEEKGELS PVPPNVPLSQ ECVTKGAMEL FTLQLPLSCE AEKQPELELP TAQLPLDDKM DPLSLGVSQK AQESMCTEDM RKSSCVESFD DQRRMSLHLH GADCDPKTQN EMNICEEEFV EYKNRDAISA LMPLFSEEES SDGSKHNNGL PDHISAQLQN TYTLKAFTVG SKCVVWSSLR NTWSKCEILE TAEEGTRVLN LSNGMEEIVN PENVWNGIPK LDKSPPEKRG LEVMEI* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MCSTPGMPAP GASLALRVSF VDVHPDVIPV QLWGLVGERR GEYLRLSREI QEAAATRGQW ALGSASASPG ELCLVQVGLL WHRCRVVSRQ AQESRVFLLD EGRTITAGAG SLAPGRREFF NLPSEVLGCV LAGLVPAGCG AGSGEPPQHW PADAVDFLSN LQGKEVHGCV LDVLLLHRLV LLEVPDVFQQ MRELGLARRV PDSLFRSLLE RYLTAATASV GSGVPVLSRV PLKQKQPGLD YFYPQLQLGV TEAVVITQVC HPHRIHCQLR SVSQEIHRLS ESMAQVYRGS TGTGDENSTS ATWEEREESP DKPGSPCASC GLDGHWYRAL LLETFRPQRC AQVLHVDYGR KELVSCSSLR YLLPEYFRMP VVTYPCALYG LWDGGRGWSR SQVGDLKTLI LGKAVNAKIE FYCSFEHVYY VSLYGEDGIN LNRVFGVQSC CLADRVLQSQ ATEEEEPETS QSQSPAEEVD EEISLPALRS IRLKMNAFYD AQVEFVKNPS EFWIRLRKHN VTFSKLMRRM CGFYSSASKL DGVVLKPEPD DLCCVKWKEN GYYRAIVTKL DDKSVDVFLV DRGNSENVDW YDVRMLLPQF RQLPILAVKC TLADIWPLGK TWSQEAVSFF KKTVLHKELV IHILDKQDHQ YVIEILDESR TGEENISKVI AQAGYAKYQE FETKENILVN AHSPGHVSNH FTTESNKIPF AKTGEGEQKA KRENKTTSVS KALSDTTVVT NGSTELVVQE KVKRASVYFP LMQNCLEIKP GSSSKGELEV GSTVEVRVSY VENPGYFWCQ LTRNIQGLKT LMSDIQYYCK NTAAPHQRNT LACLAKRTVN RQWSRALISG IQSVEHVNVT FVDYGDREMV SVKNIYSISE EFLKVKAQAF RCSLYNLIQP VGQNPFVWDV KAIQAFNEFI DNAWQKNLEL KCTIFALASI NEELFNIVDL LTPFQSACHF LVEKRLARPV KLQKPLESSV QLHSYFYSTH DMKIGSEELV YITHIDDPWT FYCQLARNAN ILEELSCSIT QLSKVLLNLK TSPLNPGTLC LAKYTDGNWY RGIVIEKEPK KVFFVDFGNI YVVTSDDLLP IPSDAYDVLL LPMQAVRCSL SDIPDHIPEE VVVWFQETIL DKSLKALVVA KDPDGTLIIE LYGDNIQISA SINKKLGLLS YKDRIRKKES EVLCSTTETL EEKNENMKLP CTEYLSKSVG YKLPNKEILE ESYKPQINSS YKELKLLQSL TKTNLVTQYQ DSVGNKNSQV FPLTTEKKEE ISAETPLKTA RVEATLSERK IGDSCDKDLP LKFCEFPQKT IMPGFKTTVY VSHINDLSDF YVQLIEDEAE ISHLSERLNS VKTRPEYYVG PPLQRGDMIC AVFPEDNLWY RAVIKEQQPN DLLSVQFIDY GNVSVVHTNK IGRLDLVNAI LPGLCIHCSL QGFEVPDNKN SKKMMHYFSQ RTSEAAIRCE FVKFQDRWEV ILADEHGIIA DDMISRYALS EKSQVELSTQ VIKSASSKSV NKSDIDTSVF LNWYNPEKKM IRAYATVIDG PEYFWCQFAD TEKLQCLEVE VQTAGEQVAD RRNCIPCPYI GDPCIVRYRE DGHYYRALIT NICEDYLVSV RLVDFGNIED CVDPKALWAI PSELLSVPMQ AFPCCLSGFN ISEGLCSQEG NDYFYEIITE DVLEITILEI RRDVCDIPLA IVDLKSKGKS INEKMEKYSK TGIKSALPYE NIDSEIKQTL GSYNLDVGLK KLSNKAVQNK IYMEQQTDEL AEITEKDVNI IGTKPSNFRD PKTDNICEGF ENPCKDKIDT EELEGELECH LVDKAEFDDK YLITGFNTLL PHANETKEIL ELNSLEVPLS PDDESKEFLE LESIELQNSL VVDEEKGELS PVPPNVPLSQ ECVTKGAMEL FTLQLPLSCE AEKQPELELP TAQLPLDDKM DPLSLGVSQK AQESMCTEDM RKSSCVESFD DQRRMSLHLH GADCDPKTQN EMNICEEEFV EYKNRDAISA LMPLFSEEES SDGSKHNNGL PDHISAQLQN TYTLKAFTVG SKCVVWSSLR NTWSKCEILE TAEEGTRVLN LSNGMEEIVN PENVWNGIPK LDKSPPEKRG LEVMEI* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.77 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.991913134364834 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:46658905C>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TDRD6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000544460 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001168359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | O60522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3040C>G cDNA.3294C>G g.3294C>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | Q1014E Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs9381472
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 3007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6201 / 6201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2067 / 2067 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6455 / 6455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 255 / 255 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6426 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 46658905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GAAATGCAAATATTTTAGAACAGTTGTCATGTAGTATTACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GAAATGCAAATATTTTAGAAGAGTTGTCATGTAGTATTACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GAAATGCAAATATTTTAGAACAGTTGTCATGTAGTATTACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GAAATGCAAATATTTTAGAAGAGTTGTCATGTAGTATTACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MCSTPGMPAP GASLALRVSF VDVHPDVIPV QLWGLVGERR GEYLRLSREI QEAAATRGQW ALGSASASPG ELCLVQVGLL WHRCRVVSRQ AQESRVFLLD EGRTITAGAG SLAPGRREFF NLPSEVLGCV LAGLVPAGCG AGSGEPPQHW PADAVDFLSN LQGKEVHGCV LDVLLLHRLV LLEVPDVFQQ MRELGLARRV PDSLFRSLLE RYLTAATASV GSGVPVLSRV PLKQKQPGLD YFYPQLQLGV TEAVVITQVC HPHRIHCQLR SVSQEIHRLS ESMAQVYRGS TGTGDENSTS ATWEEREESP DKPGSPCASC GLDGHWYRAL LLETFRPQRC AQVLHVDYGR KELVSCSSLR YLLPEYFRMP VVTYPCALYG LWDGGRGWSR SQVGDLKTLI LGKAVNAKIE FYCSFEHVYY VSLYGEDGIN LNRVFGVQSC CLADRVLQSQ ATEEEEPETS QSQSPAEEVD EEISLPALRS IRLKMNAFYD AQVEFVKNPS EFWIRLRKHN VTFSKLMRRM CGFYSSASKL DGVVLKPEPD DLCCVKWKEN GYYRAIVTKL DDKSVDVFLV DRGNSENVDW YDVRMLLPQF RQLPILAVKC TLADIWPLGK TWSQEAVSFF KKTVLHKELV IHILDKQDHQ YVIEILDESR TGEENISKVI AQAGYAKYQE FETKENILVN AHSPGHVSNH FTTESNKIPF AKTGEGEQKA KRENKTTSVS KALSDTTVVT NGSTELVVQE KVKRASVYFP LMQNCLEIKP GSSSKGELEV GSTVEVRVSY VENPGYFWCQ LTRNIQGLKT LMSDIQYYCK NTAAPHQRNT LACLAKRTVN RQWSRALISG IQSVEHVNVT FVDYGDREMV SVKNIYSISE EFLKVKAQAF RCSLYNLIQP VGQNPFVWDV KAIQAFNEFI DNAWQKNLEL KCTIFALASI NEELFNIVDL LTPFQSACHF LVEKRLARPV KLQKPLESSV QLHSYFYSTH DMKIGSEELV YITHIDDPWT FYCQLARNAN ILEQLSCSIT QLSKVLLNLK TSPLNPGTLC LAKYTDGNWY RGIVIEKEPK KVFFVDFGNI YVVTSDDLLP IPSDAYDVLL LPMQAVRCSL SDIPDHIPEE VVVWFQETIL DKSLKALVVA KDPDGTLIIE LYGDNIQISA SINKKLGLLS YKDRIRKKES EVLCSTTETL EEKNENMKLP CTEYLSKSVG YKLPNKEILE ESYKPQINSS YKELKLLQSL TKTNLVTQYQ DSVGNKNSQV FPLTTEKKEE ISAETPLKTA RVEATLSERK IGDSCDKDLP LKFCEFPQKT IMPGFKTTVY VSHINDLSDF YVQLIEDEAE ISHLSERLNS VKTRPEYYVG PPLQRGDMIC AVFPEDNLWY RAVIKEQQPN DLLSVQFIDY GNVSVVHTNK IGRLDLVNAI LPGLCIHCSL QGFEVPDNKN SKKMMHYFSQ RTSEAAIRCE FVKFQDRWEV ILADEHGIIA DDMISRYALS EKSQVELSTQ VIKSASSKSV NKSDIDTSVF LNWYNPEKKM IRAYATVIDG PEYFWCQFAD TEKLQCLEVE VQTAGEQVAD RRNCIPCPYI GDPCIVRYRE DGHYYRALIT NICEDYLVSV RLVDFGNIED CVDPKALWAI PSELLSVPMQ AFPCCLSGFN ISEGLCSQEG NDYFYEIITE DVLEITILEI RRDVCDIPLA IVDLKSKGKS INEKMEKYSK TGIKSALPYE NIDSEIKQTL GSYNLDVGLK KLSNKAVQNK IYMEQQTDEL AEITEKDVNI IGTKPSNFRD PKTDNICEGF ENPCKDKIDT EELEGELECH LVDKAEFDDK YLITGFNTLL PHANETKEIL ELNSLEVPLS PDDESKEFLE LESIELQNSL VVDEEKGELS PVPPNVPLSQ ECVTKGAMEL FTLQLPLSCE AEKQPELELP TAQLPLDDKM DPLSLGVSQK AQESMCTEDM RKSSCVESFD DQRRMSLHLH GADCDPKTQN EMNICEEEFV EYKNRDAISA LMPLFSEEES SDGSKHNNGL PDHISAQLQN TYTLKAFTVG SKCVVWSSLR NTWSKCEILE TAEEGTRKRG LEVMEI* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MCSTPGMPAP GASLALRVSF VDVHPDVIPV QLWGLVGERR GEYLRLSREI QEAAATRGQW ALGSASASPG ELCLVQVGLL WHRCRVVSRQ AQESRVFLLD EGRTITAGAG SLAPGRREFF NLPSEVLGCV LAGLVPAGCG AGSGEPPQHW PADAVDFLSN LQGKEVHGCV LDVLLLHRLV LLEVPDVFQQ MRELGLARRV PDSLFRSLLE RYLTAATASV GSGVPVLSRV PLKQKQPGLD YFYPQLQLGV TEAVVITQVC HPHRIHCQLR SVSQEIHRLS ESMAQVYRGS TGTGDENSTS ATWEEREESP DKPGSPCASC GLDGHWYRAL LLETFRPQRC AQVLHVDYGR KELVSCSSLR YLLPEYFRMP VVTYPCALYG LWDGGRGWSR SQVGDLKTLI LGKAVNAKIE FYCSFEHVYY VSLYGEDGIN LNRVFGVQSC CLADRVLQSQ ATEEEEPETS QSQSPAEEVD EEISLPALRS IRLKMNAFYD AQVEFVKNPS EFWIRLRKHN VTFSKLMRRM CGFYSSASKL DGVVLKPEPD DLCCVKWKEN GYYRAIVTKL DDKSVDVFLV DRGNSENVDW YDVRMLLPQF RQLPILAVKC TLADIWPLGK TWSQEAVSFF KKTVLHKELV IHILDKQDHQ YVIEILDESR TGEENISKVI AQAGYAKYQE FETKENILVN AHSPGHVSNH FTTESNKIPF AKTGEGEQKA KRENKTTSVS KALSDTTVVT NGSTELVVQE KVKRASVYFP LMQNCLEIKP GSSSKGELEV GSTVEVRVSY VENPGYFWCQ LTRNIQGLKT LMSDIQYYCK NTAAPHQRNT LACLAKRTVN RQWSRALISG IQSVEHVNVT FVDYGDREMV SVKNIYSISE EFLKVKAQAF RCSLYNLIQP VGQNPFVWDV KAIQAFNEFI DNAWQKNLEL KCTIFALASI NEELFNIVDL LTPFQSACHF LVEKRLARPV KLQKPLESSV QLHSYFYSTH DMKIGSEELV YITHIDDPWT FYCQLARNAN ILEELSCSIT QLSKVLLNLK TSPLNPGTLC LAKYTDGNWY RGIVIEKEPK KVFFVDFGNI YVVTSDDLLP IPSDAYDVLL LPMQAVRCSL SDIPDHIPEE VVVWFQETIL DKSLKALVVA KDPDGTLIIE LYGDNIQISA SINKKLGLLS YKDRIRKKES EVLCSTTETL EEKNENMKLP CTEYLSKSVG YKLPNKEILE ESYKPQINSS YKELKLLQSL TKTNLVTQYQ DSVGNKNSQV FPLTTEKKEE ISAETPLKTA RVEATLSERK IGDSCDKDLP LKFCEFPQKT IMPGFKTTVY VSHINDLSDF YVQLIEDEAE ISHLSERLNS VKTRPEYYVG PPLQRGDMIC AVFPEDNLWY RAVIKEQQPN DLLSVQFIDY GNVSVVHTNK IGRLDLVNAI LPGLCIHCSL QGFEVPDNKN SKKMMHYFSQ RTSEAAIRCE FVKFQDRWEV ILADEHGIIA DDMISRYALS EKSQVELSTQ VIKSASSKSV NKSDIDTSVF LNWYNPEKKM IRAYATVIDG PEYFWCQFAD TEKLQCLEVE VQTAGEQVAD RRNCIPCPYI GDPCIVRYRE DGHYYRALIT NICEDYLVSV RLVDFGNIED CVDPKALWAI PSELLSVPMQ AFPCCLSGFN ISEGLCSQEG NDYFYEIITE DVLEITILEI RRDVCDIPLA IVDLKSKGKS INEKMEKYSK TGIKSALPYE NIDSEIKQTL GSYNLDVGLK KLSNKAVQNK IYMEQQTDEL AEITEKDVNI IGTKPSNFRD PKTDNICEGF ENPCKDKIDT EELEGELECH LVDKAEFDDK YLITGFNTLL PHANETKEIL ELNSLEVPLS PDDESKEFLE LESIELQNSL VVDEEKGELS PVPPNVPLSQ ECVTKGAMEL FTLQLPLSCE AEKQPELELP TAQLPLDDKM DPLSLGVSQK AQESMCTEDM RKSSCVESFD DQRRMSLHLH GADCDPKTQN EMNICEEEFV EYKNRDAISA LMPLFSEEES SDGSKHNNGL PDHISAQLQN TYTLKAFTVG SKCVVWSSLR NTWSKCEILE TAEEGTRKRG LEVMEI* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.76 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||