MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
NUP214 | polymorphism_automatic | 0.32750805239812 | simple_aae | affected | P574S | single base exchange | rs103612 | show file | |||
NUP214 | polymorphism_automatic | 0.490680698596775 | simple_aae | affected | P574S | single base exchange | rs103612 | show file | |||
NUP214 | polymorphism_automatic | 0.490680698596775 | simple_aae | affected | P574S | single base exchange | rs103612 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.67249194760188 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:134020092C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NUP214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000411637 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P35658 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1720C>T cDNA.1839C>T g.19145C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | P574S Score: 74 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs103612
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6243 / 6243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2081 / 2081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6362 / 6362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 120 / 120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6159 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 19145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 134020092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTCCAAATATAGCAATGAAGCCCTCCTTCCCACCCTCAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTCCAAATATAGCAATGAAGTCCTCCTTCCCACCCTCAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTCCAAATATAGCAATGAAGCCCTCCTTCCCACCCTCAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTCCAAATATAGCAATGAAGTCCTCCTTCCCACCCTCAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGDEMDAMIP EREMKDFQFR ALKKVRIFDS PEELPKERSS LLAVSNKYGL VFAGGASGLQ IFPTKNLLIQ NKPGDDPNKI VDKVQGLLVP MKFPIHHLAL SCDNLTLSAC MMSSEYGSII AFFDVRTFSN EAKQQKRPFA YHKLLKDAGG MVIDMKWNPT VPSMVAVCLA DGSIAVLQVT ETVKVCATLP STVAVTSVCW SPKGKQLAVG KQNGTVVQYL PTLQEKKVIP CPPFYESDHP VRVLDVLWIG TYVFAIVYAA ADGTLETSPD VVMALLPKKE EKHPEIFVNF MEPCYGSCTE RQHHYYLSYI EEWDLVLAAS AASTEVSILA RQSDQINWES WLLEDSSRAE LPVTDKSDDS LPMGVVVDYT NQVEITISDE KTLPPAPVLM LLSTDGVLCP FYMINQNPGV KSLIKTPERL SLEGERQPKS PGSTPTTPTS SQAPQKLDAS AAAAPASLPP SSPAAPIATF SLLPAGGAPT VFSFGSSSLK SSATVTGEPP SYSSGSDSSK AAPGPGPSTF SFVPPSKASL APTPAASPVA PSAASFSFGS SGFKPTLEST PVPSVSAPNI AMKPSFPPST SAVKVNLSEN SSQSAPPMSP FSSASKPAAS GPLSHPTPLS APPSSVPLKS SVLPSPSAGR SAQGSSSPVP SMVQKSPRIT PPAAKPGSPQ AKSLQPAVAE KQGHQWKDSD PVMAGIGEEI AHFQKELEEL KARTSKACFQ VGTSEEMKML RTESDDLHTF LLEIKETTES LHGDISSLKT TLLEGFAGVE EAREQNERNR DSGYLHLLYK RPLDPKSEAQ LQEIRRLHQY VKFAVQDVND VLDLEWDQHL EQKKKQRHLL VPERETLFNT LANNREIINQ QRKRLNHLVD SLQQLRLYKQ TSLWSLSSAV PSQSSIHSFD SDLESLCNAL LKTTIESHTK SLPKVPAKLS PMKQAQLRNF LAKRKTPPVR STAPASLSRS AFLSQRYYED LDEVSSTSSV SQSLESEDAR TSCKDDEAVV QAPRHAPVVR TPSIQPSLLP HAAPFAKSHL VHGSSPGVMG TSVATSASKI IPQGADSTML ATKTVKHGAP SPSHPISAPQ AAAAAALRRQ MASQAPAVNT LTESTLKNVP QVVNVQELKN NPATPSTAMG SSVPYSTAKT PHPVLTPVAA NQAKQGSLIN SLKPSGPTPA SGQLSSGDKA SGTAKIETAV TSTPSASGQF SKPFSFSPSG TGFNFGIITP TPSSNFTAAQ GATPSTKESS QPDAFSSGGG SKPSYEAIPE SSPPSGITSA SNTTPGEPAA SSSRPVAPSG TALSTTSSKL ETPPSKLGEL LFPSSLAGET LGSFSGLRVG QADDSTKPTN KASSTSLTST QPTKTSGVPS GFNFTAPPVL GKHTEPPVTS SATTTSVAPP AATSTSSTAV FGSLPVTSAG SSGVISFGGT SLSAGKTSFS FGSQQTNSTV PPSAPPPTTA ATPLPTSFPT LSFGSLLSSA TTPSLPMSAG RSTEEATSSA LPEKPGDSEV SASAASLLEE QQSAQLPQAP PQTSDSVKKE PVLAQPAVSN SGTAASSTSL VALSAEATPA TTGVPDARTE AVPPASSFSV PGQTAVTAAA ISSAGPVAVE TSSTPIASST TSIVAPGPSA EAAAFGTVTS GSSVFAQPPA ASSSSAFNQL TNNTATAPSA TPVFGQVAAS TAPSLFGQQT GSTASTAAAT PQVSSSGFSS PAFGTTAPGV FGQTTFGQAS VFGQSASSAA SVFSFSQPGF SSVPAFGQPA SSTPTSTSGS VFGAASSTSS SSSFSFGQSS PNTGGGLFGQ SNAPAFGQSP GFGQGGSVFG GTSAATTTAA TSGFSFCQAS GFGSSNTGSV FGQAASTGGI VFGQQSSSSS GSVFGSGNTG RGGGFFSGLG GKPSQDAANK NPFSSASGGF GSTATSNTSN LFGNSGAKTF GGFASSSFGE QKPTGTFSSG GGSVASQGFG FSSPNKTGGF GAAPVFGSPP TFGGSPGFGG VPAFGSAPAF TSPLGSTGGK VFGEGTAAAS AGGFGFGSSS NTTSFGTLAS QNAPTFGSLS QQTSGFGTQS SGFSGFGSGT GGFSFGSNNS SVQGFGGWRS * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGDEMDAMIP EREMKDFQFR ALKKVRIFDS PEELPKERSS LLAVSNKYGL VFAGGASGLQ IFPTKNLLIQ NKPGDDPNKI VDKVQGLLVP MKFPIHHLAL SCDNLTLSAC MMSSEYGSII AFFDVRTFSN EAKQQKRPFA YHKLLKDAGG MVIDMKWNPT VPSMVAVCLA DGSIAVLQVT ETVKVCATLP STVAVTSVCW SPKGKQLAVG KQNGTVVQYL PTLQEKKVIP CPPFYESDHP VRVLDVLWIG TYVFAIVYAA ADGTLETSPD VVMALLPKKE EKHPEIFVNF MEPCYGSCTE RQHHYYLSYI EEWDLVLAAS AASTEVSILA RQSDQINWES WLLEDSSRAE LPVTDKSDDS LPMGVVVDYT NQVEITISDE KTLPPAPVLM LLSTDGVLCP FYMINQNPGV KSLIKTPERL SLEGERQPKS PGSTPTTPTS SQAPQKLDAS AAAAPASLPP SSPAAPIATF SLLPAGGAPT VFSFGSSSLK SSATVTGEPP SYSSGSDSSK AAPGPGPSTF SFVPPSKASL APTPAASPVA PSAASFSFGS SGFKPTLEST PVPSVSAPNI AMKSSFPPST SAVKVNLSEN SSQSAPPMSP FSSASKPAAS GPLSHPTPLS APPSSVPLKS SVLPSPSAGR SAQGSSSPVP SMVQKSPRIT PPAAKPGSPQ AKSLQPAVAE KQGHQWKDSD PVMAGIGEEI AHFQKELEEL KARTSKACFQ VGTSEEMKML RTESDDLHTF LLEIKETTES LHGDISSLKT TLLEGFAGVE EAREQNERNR DSGYLHLLYK RPLDPKSEAQ LQEIRRLHQY VKFAVQDVND VLDLEWDQHL EQKKKQRHLL VPERETLFNT LANNREIINQ QRKRLNHLVD SLQQLRLYKQ TSLWSLSSAV PSQSSIHSFD SDLESLCNAL LKTTIESHTK SLPKVPAKLS PMKQAQLRNF LAKRKTPPVR STAPASLSRS AFLSQRYYED LDEVSSTSSV SQSLESEDAR TSCKDDEAVV QAPRHAPVVR TPSIQPSLLP HAAPFAKSHL VHGSSPGVMG TSVATSASKI IPQGADSTML ATKTVKHGAP SPSHPISAPQ AAAAAALRRQ MASQAPAVNT LTESTLKNVP QVVNVQELKN NPATPSTAMG SSVPYSTAKT PHPVLTPVAA NQAKQGSLIN SLKPSGPTPA SGQLSSGDKA SGTAKIETAV TSTPSASGQF SKPFSFSPSG TGFNFGIITP TPSSNFTAAQ GATPSTKESS QPDAFSSGGG SKPSYEAIPE SSPPSGITSA SNTTPGEPAA SSSRPVAPSG TALSTTSSKL ETPPSKLGEL LFPSSLAGET LGSFSGLRVG QADDSTKPTN KASSTSLTST QPTKTSGVPS GFNFTAPPVL GKHTEPPVTS SATTTSVAPP AATSTSSTAV FGSLPVTSAG SSGVISFGGT SLSAGKTSFS FGSQQTNSTV PPSAPPPTTA ATPLPTSFPT LSFGSLLSSA TTPSLPMSAG RSTEEATSSA LPEKPGDSEV SASAASLLEE QQSAQLPQAP PQTSDSVKKE PVLAQPAVSN SGTAASSTSL VALSAEATPA TTGVPDARTE AVPPASSFSV PGQTAVTAAA ISSAGPVAVE TSSTPIASST TSIVAPGPSA EAAAFGTVTS GSSVFAQPPA ASSSSAFNQL TNNTATAPSA TPVFGQVAAS TAPSLFGQQT GSTASTAAAT PQVSSSGFSS PAFGTTAPGV FGQTTFGQAS VFGQSASSAA SVFSFSQPGF SSVPAFGQPA SSTPTSTSGS VFGAASSTSS SSSFSFGQSS PNTGGGLFGQ SNAPAFGQSP GFGQGGSVFG GTSAATTTAA TSGFSFCQAS GFGSSNTGSV FGQAASTGGI VFGQQSSSSS GSVFGSGNTG RGGGFFSGLG GKPSQDAANK NPFSSASGGF GSTATSNTSN LFGNSGAKTF GGFASSSFGE QKPTGTFSSG GGSVASQGFG FSSPNKTGGF GAAPVFGSPP TFGGSPGFGG VPAFGSAPAF TSPLGSTGGK VFGEGTAAAS AGGFGFGSSS NTTSFGTLAS QNAPTFGSLS QQTSGFGTQS SGFSGFGSGT GGFSFGSNNS SVQGFGGWRS * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.53 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.509319301403225 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:134020092C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NUP214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000359428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_005085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P35658 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1720C>T cDNA.1864C>T g.19145C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | P574S Score: 74 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs103612
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6273 / 6273 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2091 / 2091 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6417 / 6417 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 145 / 145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6384 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6273 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 19145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 134020092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTCCAAATATAGCAATGAAGCCCTCCTTCCCACCCTCAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTCCAAATATAGCAATGAAGTCCTCCTTCCCACCCTCAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTCCAAATATAGCAATGAAGCCCTCCTTCCCACCCTCAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTCCAAATATAGCAATGAAGTCCTCCTTCCCACCCTCAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGDEMDAMIP EREMKDFQFR ALKKVRIFDS PEELPKERSS LLAVSNKYGL VFAGGASGLQ IFPTKNLLIQ NKPGDDPNKI VDKVQGLLVP MKFPIHHLAL SCDNLTLSAC MMSSEYGSII AFFDVRTFSN EAKQQKRPFA YHKLLKDAGG MVIDMKWNPT VPSMVAVCLA DGSIAVLQVT ETVKVCATLP STVAVTSVCW SPKGKQLAVG KQNGTVVQYL PTLQEKKVIP CPPFYESDHP VRVLDVLWIG TYVFAIVYAA ADGTLETSPD VVMALLPKKE EKHPEIFVNF MEPCYGSCTE RQHHYYLSYI EEWDLVLAAS AASTEVSILA RQSDQINWES WLLEDSSRAE LPVTDKSDDS LPMGVVVDYT NQVEITISDE KTLPPAPVLM LLSTDGVLCP FYMINQNPGV KSLIKTPERL SLEGERQPKS PGSTPTTPTS SQAPQKLDAS AAAAPASLPP SSPAAPIATF SLLPAGGAPT VFSFGSSSLK SSATVTGEPP SYSSGSDSSK AAPGPGPSTF SFVPPSKASL APTPAASPVA PSAASFSFGS SGFKPTLEST PVPSVSAPNI AMKPSFPPST SAVKVNLSEK FTAAATSTPV SSSQSAPPMS PFSSASKPAA SGPLSHPTPL SAPPSSVPLK SSVLPSPSGR SAQGSSSPVP SMVQKSPRIT PPAAKPGSPQ AKSLQPAVAE KQGHQWKDSD PVMAGIGEEI AHFQKELEEL KARTSKACFQ VGTSEEMKML RTESDDLHTF LLEIKETTES LHGDISSLKT TLLEGFAGVE EAREQNERNR DSGYLHLLYK RPLDPKSEAQ LQEIRRLHQY VKFAVQDVND VLDLEWDQHL EQKKKQRHLL VPERETLFNT LANNREIINQ QRKRLNHLVD SLQQLRLYKQ TSLWSLSSAV PSQSSIHSFD SDLESLCNAL LKTTIESHTK SLPKVPAKLS PMKQAQLRNF LAKRKTPPVR STAPASLSRS AFLSQRYYED LDEVSSTSSV SQSLESEDAR TSCKDDEAVV QAPRHAPVVR TPSIQPSLLP HAAPFAKSHL VHGSSPGVMG TSVATSASKI IPQGADSTML ATKTVKHGAP SPSHPISAPQ AAAAAALRRQ MASQAPAVNT LTESTLKNVP QVVNVQELKN NPATPSTAMG SSVPYSTAKT PHPVLTPVAA NQAKQGSLIN SLKPSGPTPA SGQLSSGDKA SGTAKIETAV TSTPSASGQF SKPFSFSPSG TGFNFGIITP TPSSNFTAAQ GATPSTKESS QPDAFSSGGG SKPSYEAIPE SSPPSGITSA SNTTPGEPAA SSSRPVAPSG TALSTTSSKL ETPPSKLGEL LFPSSLAGET LGSFSGLRVG QADDSTKPTN KASSTSLTST QPTKTSGVPS GFNFTAPPVL GKHTEPPVTS SATTTSVAPP AATSTSSTAV FGSLPVTSAG SSGVISFGGT SLSAGKTSFS FGSQQTNSTV PPSAPPPTTA ATPLPTSFPT LSFGSLLSSA TTPSLPMSAG RSTEEATSSA LPEKPGDSEV SASAASLLEE QQSAQLPQAP PQTSDSVKKE PVLAQPAVSN SGTAASSTSL VALSAEATPA TTGVPDARTE AVPPASSFSV PGQTAVTAAA ISSAGPVAVE TSSTPIASST TSIVAPGPSA EAAAFGTVTS GSSVFAQPPA ASSSSAFNQL TNNTATAPSA TPVFGQVAAS TAPSLFGQQT GSTASTAAAT PQVSSSGFSS PAFGTTAPGV FGQTTFGQAS VFGQSASSAA SVFSFSQPGF SSVPAFGQPA SSTPTSTSGS VFGAASSTSS SSSFSFGQSS PNTGGGLFGQ SNAPAFGQSP GFGQGGSVFG GTSAATTTAA TSGFSFCQAS GFGSSNTGSV FGQAASTGGI VFGQQSSSSS GSVFGSGNTG RGGGFFSGLG GKPSQDAANK NPFSSASGGF GSTATSNTSN LFGNSGAKTF GGFASSSFGE QKPTGTFSSG GGSVASQGFG FSSPNKTGGF GAAPVFGSPP TFGGSPGFGG VPAFGSAPAF TSPLGSTGGK VFGEGTAAAS AGGFGFGSSS NTTSFGTLAS QNAPTFGSLS QQTSGFGTQS SGFSGFGSGT GGFSFGSNNS SVQGFGGWRS * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGDEMDAMIP EREMKDFQFR ALKKVRIFDS PEELPKERSS LLAVSNKYGL VFAGGASGLQ IFPTKNLLIQ NKPGDDPNKI VDKVQGLLVP MKFPIHHLAL SCDNLTLSAC MMSSEYGSII AFFDVRTFSN EAKQQKRPFA YHKLLKDAGG MVIDMKWNPT VPSMVAVCLA DGSIAVLQVT ETVKVCATLP STVAVTSVCW SPKGKQLAVG KQNGTVVQYL PTLQEKKVIP CPPFYESDHP VRVLDVLWIG TYVFAIVYAA ADGTLETSPD VVMALLPKKE EKHPEIFVNF MEPCYGSCTE RQHHYYLSYI EEWDLVLAAS AASTEVSILA RQSDQINWES WLLEDSSRAE LPVTDKSDDS LPMGVVVDYT NQVEITISDE KTLPPAPVLM LLSTDGVLCP FYMINQNPGV KSLIKTPERL SLEGERQPKS PGSTPTTPTS SQAPQKLDAS AAAAPASLPP SSPAAPIATF SLLPAGGAPT VFSFGSSSLK SSATVTGEPP SYSSGSDSSK AAPGPGPSTF SFVPPSKASL APTPAASPVA PSAASFSFGS SGFKPTLEST PVPSVSAPNI AMKSSFPPST SAVKVNLSEK FTAAATSTPV SSSQSAPPMS PFSSASKPAA SGPLSHPTPL SAPPSSVPLK SSVLPSPSGR SAQGSSSPVP SMVQKSPRIT PPAAKPGSPQ AKSLQPAVAE KQGHQWKDSD PVMAGIGEEI AHFQKELEEL KARTSKACFQ VGTSEEMKML RTESDDLHTF LLEIKETTES LHGDISSLKT TLLEGFAGVE EAREQNERNR DSGYLHLLYK RPLDPKSEAQ LQEIRRLHQY VKFAVQDVND VLDLEWDQHL EQKKKQRHLL VPERETLFNT LANNREIINQ QRKRLNHLVD SLQQLRLYKQ TSLWSLSSAV PSQSSIHSFD SDLESLCNAL LKTTIESHTK SLPKVPAKLS PMKQAQLRNF LAKRKTPPVR STAPASLSRS AFLSQRYYED LDEVSSTSSV SQSLESEDAR TSCKDDEAVV QAPRHAPVVR TPSIQPSLLP HAAPFAKSHL VHGSSPGVMG TSVATSASKI IPQGADSTML ATKTVKHGAP SPSHPISAPQ AAAAAALRRQ MASQAPAVNT LTESTLKNVP QVVNVQELKN NPATPSTAMG SSVPYSTAKT PHPVLTPVAA NQAKQGSLIN SLKPSGPTPA SGQLSSGDKA SGTAKIETAV TSTPSASGQF SKPFSFSPSG TGFNFGIITP TPSSNFTAAQ GATPSTKESS QPDAFSSGGG SKPSYEAIPE SSPPSGITSA SNTTPGEPAA SSSRPVAPSG TALSTTSSKL ETPPSKLGEL LFPSSLAGET LGSFSGLRVG QADDSTKPTN KASSTSLTST QPTKTSGVPS GFNFTAPPVL GKHTEPPVTS SATTTSVAPP AATSTSSTAV FGSLPVTSAG SSGVISFGGT SLSAGKTSFS FGSQQTNSTV PPSAPPPTTA ATPLPTSFPT LSFGSLLSSA TTPSLPMSAG RSTEEATSSA LPEKPGDSEV SASAASLLEE QQSAQLPQAP PQTSDSVKKE PVLAQPAVSN SGTAASSTSL VALSAEATPA TTGVPDARTE AVPPASSFSV PGQTAVTAAA ISSAGPVAVE TSSTPIASST TSIVAPGPSA EAAAFGTVTS GSSVFAQPPA ASSSSAFNQL TNNTATAPSA TPVFGQVAAS TAPSLFGQQT GSTASTAAAT PQVSSSGFSS PAFGTTAPGV FGQTTFGQAS VFGQSASSAA SVFSFSQPGF SSVPAFGQPA SSTPTSTSGS VFGAASSTSS SSSFSFGQSS PNTGGGLFGQ SNAPAFGQSP GFGQGGSVFG GTSAATTTAA TSGFSFCQAS GFGSSNTGSV FGQAASTGGI VFGQQSSSSS GSVFGSGNTG RGGGFFSGLG GKPSQDAANK NPFSSASGGF GSTATSNTSN LFGNSGAKTF GGFASSSFGE QKPTGTFSSG GGSVASQGFG FSSPNKTGGF GAAPVFGSPP TFGGSPGFGG VPAFGSAPAF TSPLGSTGGK VFGEGTAAAS AGGFGFGSSS NTTSFGTLAS QNAPTFGSLS QQTSGFGTQS SGFSGFGSGT GGFSFGSNNS SVQGFGGWRS * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.40 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.509319301403225 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:134020092C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NUP214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000451030 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P35658 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1720C>T cDNA.1831C>T g.19145C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | P574S Score: 74 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs103612
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6276 / 6276 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2092 / 2092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6387 / 6387 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 112 / 112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6276 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1831 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 19145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 134020092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTCCAAATATAGCAATGAAGCCCTCCTTCCCACCCTCAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTCCAAATATAGCAATGAAGTCCTCCTTCCCACCCTCAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTCCAAATATAGCAATGAAGCCCTCCTTCCCACCCTCAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTCCAAATATAGCAATGAAGTCCTCCTTCCCACCCTCAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGDEMDAMIP EREMKDFQFR ALKKVRIFDS PEELPKERSS LLAVSNKYGL VFAGGASGLQ IFPTKNLLIQ NKPGDDPNKI VDKVQGLLVP MKFPIHHLAL SCDNLTLSAC MMSSEYGSII AFFDVRTFSN EAKQQKRPFA YHKLLKDAGG MVIDMKWNPT VPSMVAVCLA DGSIAVLQVT ETVKVCATLP STVAVTSVCW SPKGKQLAVG KQNGTVVQYL PTLQEKKVIP CPPFYESDHP VRVLDVLWIG TYVFAIVYAA ADGTLETSPD VVMALLPKKE EKHPEIFVNF MEPCYGSCTE RQHHYYLSYI EEWDLVLAAS AASTEVSILA RQSDQINWES WLLEDSSRAE LPVTDKSDDS LPMGVVVDYT NQVEITISDE KTLPPAPVLM LLSTDGVLCP FYMINQNPGV KSLIKTPERL SLEGERQPKS PGSTPTTPTS SQAPQKLDAS AAAAPASLPP SSPAAPIATF SLLPAGGAPT VFSFGSSSLK SSATVTGEPP SYSSGSDSSK AAPGPGPSTF SFVPPSKASL APTPAASPVA PSAASFSFGS SGFKPTLEST PVPSVSAPNI AMKPSFPPST SAVKVNLSEK FTAAATSTPV SSSQSAPPMS PFSSASKPAA SGPLSHPTPL SAPPSSVPLK SSVLPSPSAG RSAQGSSSPV PSMVQKSPRI TPPAAKPGSP QAKSLQPAVA EKQGHQWKDS DPVMAGIGEE IAHFQKELEE LKARTSKACF QVGTSEEMKM LRTESDDLHT FLLEIKETTE SLHGDISSLK TTLLEGFAGV EEAREQNERN RDSGYLHLLY KRPLDPKSEA QLQEIRRLHQ YVKFAVQDVN DVLDLEWDQH LEQKKKQRHL LVPERETLFN TLANNREIIN QQRKRLNHLV DSLQQLRLYK QTSLWSLSSA VPSQSSIHSF DSDLESLCNA LLKTTIESHT KSLPKVPAKL SPMKQAQLRN FLAKRKTPPV RSTAPASLSR SAFLSQRYYE DLDEVSSTSS VSQSLESEDA RTSCKDDEAV VQAPRHAPVV RTPSIQPSLL PHAAPFAKSH LVHGSSPGVM GTSVATSASK IIPQGADSTM LATKTVKHGA PSPSHPISAP QAAAAAALRR QMASQAPAVN TLTESTLKNV PQVVNVQELK NNPATPSTAM GSSVPYSTAK TPHPVLTPVA ANQAKQGSLI NSLKPSGPTP ASGQLSSGDK ASGTAKIETA VTSTPSASGQ FSKPFSFSPS GTGFNFGIIT PTPSSNFTAA QGATPSTKES SQPDAFSSGG GSKPSYEAIP ESSPPSGITS ASNTTPGEPA ASSSRPVAPS GTALSTTSSK LETPPSKLGE LLFPSSLAGE TLGSFSGLRV GQADDSTKPT NKASSTSLTS TQPTKTSGVP SGFNFTAPPV LGKHTEPPVT SSATTTSVAP PAATSTSSTA VFGSLPVTSA GSSGVISFGG TSLSAGKTSF SFGSQQTNST VPPSAPPPTT AATPLPTSFP TLSFGSLLSS ATTPSLPMSA GRSTEEATSS ALPEKPGDSE VSASAASLLE EQQSAQLPQA PPQTSDSVKK EPVLAQPAVS NSGTAASSTS LVALSAEATP ATTGVPDART EAVPPASSFS VPGQTAVTAA AISSAGPVAV ETSSTPIASS TTSIVAPGPS AEAAAFGTVT SGSSVFAQPP AASSSSAFNQ LTNNTATAPS ATPVFGQVAA STAPSLFGQQ TGSTASTAAA TPQVSSSGFS SPAFGTTAPG VFGQTTFGQA SVFGQSASSA ASVFSFSQPG FSSVPAFGQP ASSTPTSTSG SVFGAASSTS SSSSFSFGQS SPNTGGGLFG QSNAPAFGQS PGFGQGGSVF GGTSAATTTA ATSGFSFCQA SGFGSSNTGS VFGQAASTGG IVFGQQSSSS SGSVFGSGNT GRGGGFFSGL GGKPSQDAAN KNPFSSASGG FGSTATSNTS NLFGNSGAKT FGGFASSSFG EQKPTGTFSS GGGSVASQGF GFSSPNKTGG FGAAPVFGSP PTFGGSPGFG GVPAFGSAPA FTSPLGSTGG KVFGEGTAAA SAGGFGFGSS SNTTSFGTLA SQNAPTFGSL SQQTSGFGTQ SSGFSGFGSG TGGFSFGSNN SSVQGFGGWR S* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGDEMDAMIP EREMKDFQFR ALKKVRIFDS PEELPKERSS LLAVSNKYGL VFAGGASGLQ IFPTKNLLIQ NKPGDDPNKI VDKVQGLLVP MKFPIHHLAL SCDNLTLSAC MMSSEYGSII AFFDVRTFSN EAKQQKRPFA YHKLLKDAGG MVIDMKWNPT VPSMVAVCLA DGSIAVLQVT ETVKVCATLP STVAVTSVCW SPKGKQLAVG KQNGTVVQYL PTLQEKKVIP CPPFYESDHP VRVLDVLWIG TYVFAIVYAA ADGTLETSPD VVMALLPKKE EKHPEIFVNF MEPCYGSCTE RQHHYYLSYI EEWDLVLAAS AASTEVSILA RQSDQINWES WLLEDSSRAE LPVTDKSDDS LPMGVVVDYT NQVEITISDE KTLPPAPVLM LLSTDGVLCP FYMINQNPGV KSLIKTPERL SLEGERQPKS PGSTPTTPTS SQAPQKLDAS AAAAPASLPP SSPAAPIATF SLLPAGGAPT VFSFGSSSLK SSATVTGEPP SYSSGSDSSK AAPGPGPSTF SFVPPSKASL APTPAASPVA PSAASFSFGS SGFKPTLEST PVPSVSAPNI AMKSSFPPST SAVKVNLSEK FTAAATSTPV SSSQSAPPMS PFSSASKPAA SGPLSHPTPL SAPPSSVPLK SSVLPSPSAG RSAQGSSSPV PSMVQKSPRI TPPAAKPGSP QAKSLQPAVA EKQGHQWKDS DPVMAGIGEE IAHFQKELEE LKARTSKACF QVGTSEEMKM LRTESDDLHT FLLEIKETTE SLHGDISSLK TTLLEGFAGV EEAREQNERN RDSGYLHLLY KRPLDPKSEA QLQEIRRLHQ YVKFAVQDVN DVLDLEWDQH LEQKKKQRHL LVPERETLFN TLANNREIIN QQRKRLNHLV DSLQQLRLYK QTSLWSLSSA VPSQSSIHSF DSDLESLCNA LLKTTIESHT KSLPKVPAKL SPMKQAQLRN FLAKRKTPPV RSTAPASLSR SAFLSQRYYE DLDEVSSTSS VSQSLESEDA RTSCKDDEAV VQAPRHAPVV RTPSIQPSLL PHAAPFAKSH LVHGSSPGVM GTSVATSASK IIPQGADSTM LATKTVKHGA PSPSHPISAP QAAAAAALRR QMASQAPAVN TLTESTLKNV PQVVNVQELK NNPATPSTAM GSSVPYSTAK TPHPVLTPVA ANQAKQGSLI NSLKPSGPTP ASGQLSSGDK ASGTAKIETA VTSTPSASGQ FSKPFSFSPS GTGFNFGIIT PTPSSNFTAA QGATPSTKES SQPDAFSSGG GSKPSYEAIP ESSPPSGITS ASNTTPGEPA ASSSRPVAPS GTALSTTSSK LETPPSKLGE LLFPSSLAGE TLGSFSGLRV GQADDSTKPT NKASSTSLTS TQPTKTSGVP SGFNFTAPPV LGKHTEPPVT SSATTTSVAP PAATSTSSTA VFGSLPVTSA GSSGVISFGG TSLSAGKTSF SFGSQQTNST VPPSAPPPTT AATPLPTSFP TLSFGSLLSS ATTPSLPMSA GRSTEEATSS ALPEKPGDSE VSASAASLLE EQQSAQLPQA PPQTSDSVKK EPVLAQPAVS NSGTAASSTS LVALSAEATP ATTGVPDART EAVPPASSFS VPGQTAVTAA AISSAGPVAV ETSSTPIASS TTSIVAPGPS AEAAAFGTVT SGSSVFAQPP AASSSSAFNQ LTNNTATAPS ATPVFGQVAA STAPSLFGQQ TGSTASTAAA TPQVSSSGFS SPAFGTTAPG VFGQTTFGQA SVFGQSASSA ASVFSFSQPG FSSVPAFGQP ASSTPTSTSG SVFGAASSTS SSSSFSFGQS SPNTGGGLFG QSNAPAFGQS PGFGQGGSVF GGTSAATTTA ATSGFSFCQA SGFGSSNTGS VFGQAASTGG IVFGQQSSSS SGSVFGSGNT GRGGGFFSGL GGKPSQDAAN KNPFSSASGG FGSTATSNTS NLFGNSGAKT FGGFASSSFG EQKPTGTFSS GGGSVASQGF GFSSPNKTGG FGAAPVFGSP PTFGGSPGFG GVPAFGSAPA FTSPLGSTGG KVFGEGTAAA SAGGFGFGSS SNTTSFGTLA SQNAPTFGSL SQQTSGFGTQ SSGFSGFGSG TGGFSFGSNN SSVQGFGGWR S* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.34 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||