MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
FAM205A | polymorphism_automatic | 1.25000010342546e-12 | simple_aae | affected | A1165S | single base exchange | rs4878588 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99999999999875 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:34723744C>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | FAM205A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000378788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001141917 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q6ZU69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3493G>T cDNA.3533G>T g.5721G>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A1165S Score: 99 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4878588
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4008 / 4008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1336 / 1336 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4048 / 4048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 41 / 41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3533 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5721 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 34723744 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CCCAGACTGTGTTGCCCCAGGCTTCACAGGGTCAGCCTTTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CCCAGACTGTGTTGCCCCAGTCTTCACAGGGTCAGCCTTTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CCCAGACTGTGTTGCCCCAGGCTTCACAGGGTCAGCCTTTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CCCAGACTGTGTTGCCCCAGTCTTCACAGGGTCAGCCTTTC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MLSPTFVLWE VGYPLYIYGS IFIVIVIIWQ VKRSHHELSS EPKRSCCRCH QKVRQRARDA ASTARRRSRE EAEKPQKLLS IIKSQGWLPL ERSVRRILCA DPCCQICNSV ALEIQQLLVG ENNQISLTLS GPLQGSSCLE MLSTSSMSLD QSLEFHSWHT RELSLSSVTP TLSQLTDQKS LTQSAAQSTY ADGIQDYWAD HLQLGQEFQV PDVLRGPNTI ASSRIEKPRA PLNQEEMTQS NPSLVQGNQG QHHLNSQVSL LSLNPETLNR MHPMALHMVL PAHLPFLSPE VLRLLEVHVK KWMHFQRWGL PRRVEESLRQ LMPNPPLYYQ PGNDQPVSFN LKNTPQVSLH RFETISLQTW CSCVAGQPIQ TFWVSEWSTM NPEQRHHCQQ TPNPMALALP SPALKALSGP HPQSGGQDND SGSDLQQKYS QLFCGLPSLH SESLVATFMG SQGLPKIENV PKPPLKDPFL FNELSFPQLL PKTSPQSAPP SSPLSPNWMS PSDHQRAQIN VPFLTLAEYE ALEWHLLQRQ LQLQWGWPAA LQRSQHTQCL MQHEPCGKAQ SPETTTASQT GKSISVLTRE LLFFPEHARK LLEFHIQKQL IRHRWGLPQK IQQSIQLLLT STDQQTVSSS STALANVSIP QPVALEANGA CDVLSPIAAP VSIPRPHLLT QVKAILQSHI DSKCGQIHQG KIPACVHRSW DCRISGVLAV APFPCIPESQ FLELQTASDP DLHHKVMPWM PTALDQQQQA LPGTVTEHPK LLRVLSVEAI EKLETTLRHK HLAFLSGLPA LYYVALPRAL APAVTSQSVI TEMEPSPVEI PAEPLIQMVS FEEQCISLGP CPQGNNESCT DVAKEFQPAV PVKGTMETLP LESQTHPTSP HSLQTHILTK LNFHLRKKVL EIQWGIPIRA RKSREQTVAA PENISTQKSL ESLNHQGETL LQELPIPPDT LPAPNPEGVH LKEQLANDLK AVQQNQKQSN SKAVPQGSAH SVSKISQPSG DMTEAHMPCV QVEANVNKPS LEEPCGPEPQ SPSKSKDPAH VPMLAGNRED PEETKAARDH REGDAGFGRS STREERRPAE DQRPAGMLPN KTPRGSWRWS RSFHLADPCQ HSPQHHPQLK LPQLPPRVPG EKESEKDLQD SQTKLTVILE PATIPENAQT VLPQASQGQP FLSQPTQAKP LQGQTLQGQV LHGLVMPVHA QKKPSLTESS FRNKIKCFLQ HINPKTKGKG HEDSMFSAAA KVAKTRKENV AKSLAPAKSP VGRSKTEKPT GCSKAQSRPA QKLVGPAFLD GPQSLDDKLR LHSRQPGSAS ALGYPRHCPR HCPREACANK PGHPT* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MLSPTFVLWE VGYPLYIYGS IFIVIVIIWQ VKRSHHELSS EPKRSCCRCH QKVRQRARDA ASTARRRSRE EAEKPQKLLS IIKSQGWLPL ERSVRRILCA DPCCQICNSV ALEIQQLLVG ENNQISLTLS GPLQGSSCLE MLSTSSMSLD QSLEFHSWHT RELSLSSVTP TLSQLTDQKS LTQSAAQSTY ADGIQDYWAD HLQLGQEFQV PDVLRGPNTI ASSRIEKPRA PLNQEEMTQS NPSLVQGNQG QHHLNSQVSL LSLNPETLNR MHPMALHMVL PAHLPFLSPE VLRLLEVHVK KWMHFQRWGL PRRVEESLRQ LMPNPPLYYQ PGNDQPVSFN LKNTPQVSLH RFETISLQTW CSCVAGQPIQ TFWVSEWSTM NPEQRHHCQQ TPNPMALALP SPALKALSGP HPQSGGQDND SGSDLQQKYS QLFCGLPSLH SESLVATFMG SQGLPKIENV PKPPLKDPFL FNELSFPQLL PKTSPQSAPP SSPLSPNWMS PSDHQRAQIN VPFLTLAEYE ALEWHLLQRQ LQLQWGWPAA LQRSQHTQCL MQHEPCGKAQ SPETTTASQT GKSISVLTRE LLFFPEHARK LLEFHIQKQL IRHRWGLPQK IQQSIQLLLT STDQQTVSSS STALANVSIP QPVALEANGA CDVLSPIAAP VSIPRPHLLT QVKAILQSHI DSKCGQIHQG KIPACVHRSW DCRISGVLAV APFPCIPESQ FLELQTASDP DLHHKVMPWM PTALDQQQQA LPGTVTEHPK LLRVLSVEAI EKLETTLRHK HLAFLSGLPA LYYVALPRAL APAVTSQSVI TEMEPSPVEI PAEPLIQMVS FEEQCISLGP CPQGNNESCT DVAKEFQPAV PVKGTMETLP LESQTHPTSP HSLQTHILTK LNFHLRKKVL EIQWGIPIRA RKSREQTVAA PENISTQKSL ESLNHQGETL LQELPIPPDT LPAPNPEGVH LKEQLANDLK AVQQNQKQSN SKAVPQGSAH SVSKISQPSG DMTEAHMPCV QVEANVNKPS LEEPCGPEPQ SPSKSKDPAH VPMLAGNRED PEETKAARDH REGDAGFGRS STREERRPAE DQRPAGMLPN KTPRGSWRWS RSFHLADPCQ HSPQHHPQLK LPQLPPRVPG EKESEKDLQD SQTKLTVILE PATIPENAQT VLPQSSQGQP FLSQPTQAKP LQGQTLQGQV LHGLVMPVHA QKKPSLTESS FRNKIKCFLQ HINPKTKGKG HEDSMFSAAA KVAKTRKENV AKSLAPAKSP VGRSKTEKPT GCSKAQSRPA QKLVGPAFLD GPQSLDDKLR LHSRQPGSAS ALGYPRHCPR HCPREACANK PGHPT* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.37 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||