MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
TRPM3 | polymorphism_automatic | 0.973072406233815 | simple_aae | affected | R1692K | single base exchange | rs41287373 | show file | |||
TRPM3 | polymorphism_automatic | 0.973072406233815 | simple_aae | affected | R1696K | single base exchange | rs41287373 | show file | |||
TRPM3 | polymorphism_automatic | 0.973072406233815 | simple_aae | affected | R1551K | single base exchange | rs41287373 | show file | |||
TRPM3 | polymorphism_automatic | 0.973072406233815 | simple_aae | affected | R1551K | single base exchange | rs41287373 | show file | |||
TRPM3 | polymorphism_automatic | 0.973072406233815 | simple_aae | affected | R1564K | single base exchange | rs41287373 | show file | |||
TRPM3 | polymorphism_automatic | 0.973072406233815 | simple_aae | affected | R1554K | single base exchange | rs41287373 | show file | |||
TRPM3 | polymorphism_automatic | 0.973072406233815 | simple_aae | affected | R1564K | single base exchange | rs41287373 | show file | |||
TRPM3 | polymorphism_automatic | 0.973072406233815 | simple_aae | affected | R1719K | single base exchange | rs41287373 | show file | |||
TRPM3 | polymorphism_automatic | 0.973072406233815 | simple_aae | affected | R1554K | single base exchange | rs41287373 | show file | |||
TRPM3 | polymorphism_automatic | 0.973072406233815 | simple_aae | affected | R1551K | single base exchange | rs41287373 | show file | |||
TRPM3 | polymorphism_automatic | 1 | without_aae | affected | single base exchange | rs41287373 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0269275937661846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:73150918C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TRPM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000377110 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001007471 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.5075G>A cDNA.5319G>A g.910903G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1692K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1692 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs41287373
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 951 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5124 / 5124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1708 / 1708 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5368 / 5368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 245 / 245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3621 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 5075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 910903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73150918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MPEPWGTVYF LGIAQVFSFL FSWWNLEGVM NQADAPRPLN WTIRKLCHAA FLPSVRLLKA QKSWIERAFY KRECVHIIPS TKDPHRCCCG RLIGQHVGLT PSISVLQNEK NESRLSRNDI QSEKWSISKH TQLSPTDAFG TIEFQGGGHS NKAMYVRVSF DTKPDLLLHL MTKEWQLELP KLLISVHGGL QNFELQPKLK QVFGKGLIKA AMTTGAWIFT GGVNTGVIRH VGDALKDHAS KSRGKICTIG IAPWGIVENQ EDLIGRDVVR PYQTMSNPMS KLTVLNSMHS HFILADNGTT GKYGAEVKLR RQLEKHISLQ KINTRIGQGV PVVALIVEGG PNVISIVLEY LRDTPPVPVV VCDGSGRASD ILAFGHKYSE EGGLINESLR DQLLVTIQKT FTYTRTQAQH LFIILMECMK KKELITVFRM GSEGHQDIDL AILTALLKGA NASAPDQLSL ALAWNRVDIA RSQIFIYGQQ WPVGSLEQAM LDALVLDRVD FVKLLIENGV SMHRFLTISR LEELYNTRHG PSNTLYHLVR DVKKGNLPPD YRISLIDIGL VIEYLMGGAY RCNYTRKRFR TLYHNLFGPK RPKALKLLGM EDDIPLRRGR KTTKKREEEV DIDLDDPEIN HFPFPFHELM VWAVLMKRQK MALFFWQHGE EAMAKALVAC KLCKAMAHEA SENDMVDDIS QELNHNSRDF GQLAVELLDQ SYKQDEQLAM KLLTYELKNW SNATCLQLAV AAKHRDFIAH TCSQMLLTDM WMGRLRMRKN SGLKVILGIL LPPSILSLEF KNKDDMPYMS QAQEIHLQEK EAEEPEKPTK EKEEEDMELT AMLGRNNGES SRKKDEEEVQ SKHRLIPLGR KIYEFYNAPI VKFWFYTLAY IGYLMLFNYI VLVKMERWPS TQEWIVISYI FTLGIEKMRE ILMSEPGKLL QKVKVWLQEY WNVTDLIAIL LFSVGMILRL QDQPFRSDGR VIYCVNIIYW YIRLLDIFGV NKYLGPYVMM IGKMMIDMMY FVIIMLVVLM SFGVARQAIL FPNEEPSWKL AKNIFYMPYW MIYGEVFADQ IDPPCGQNET REDGKIIQLP PCKTGAWIVP AIMACYLLVA NILLVNLLIA VFNNTFFEVK SISNQVWKFQ RYQLIMTFHE RPVLPPPLII FSHMTMIFQH LCCRWRKHES DPDERDYGLK LFITDDELKK VHDFEEQCIE EYFREKDDRF NSSNDERIRV TSERVENMSM RLEEVNEREH SMKASLQTVD IRLAQLEDLI GRMATALERL TGLERAESNK IRSRTSSDCT DAAYIVRQSS FNSQEGNTFK LQESIDPAGE ETMSPTSPTL MPRMRSHSFY SVNMKDKGGI EKLESIFKER SLSLHRATSS HSVAKEPKAP AAPANTLAIV PDSRRPSSCI DIYVSAMDEL HCDIDPLDNS VNILGLGEPS FSTPVPSTAP SSSAYATLAP TDRPPSRSID FEDITSMDTR SFSSDYTHLP ECQNPWDSEP PMYHTIERSK SSRYLATTPF LLEEAPIVKS HSFMFSPSRS YYANFGVPVK TAEYTSITDC IDTRCVNAPQ AIADRAAFPG GLGDKVEDLT CCHPEREAEL SHPSSDSEEN EAKGRRATIA ISSQEGDNSE RTLSNNITVP KIERANSYSA EEPSAPYAHT RKSFSISDKL DRQRNTASLR NPFQRSKSSK PEGRGDSLSM RRLSRTSAFQ SFESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MPEPWGTVYF LGIAQVFSFL FSWWNLEGVM NQADAPRPLN WTIRKLCHAA FLPSVRLLKA QKSWIERAFY KRECVHIIPS TKDPHRCCCG RLIGQHVGLT PSISVLQNEK NESRLSRNDI QSEKWSISKH TQLSPTDAFG TIEFQGGGHS NKAMYVRVSF DTKPDLLLHL MTKEWQLELP KLLISVHGGL QNFELQPKLK QVFGKGLIKA AMTTGAWIFT GGVNTGVIRH VGDALKDHAS KSRGKICTIG IAPWGIVENQ EDLIGRDVVR PYQTMSNPMS KLTVLNSMHS HFILADNGTT GKYGAEVKLR RQLEKHISLQ KINTRIGQGV PVVALIVEGG PNVISIVLEY LRDTPPVPVV VCDGSGRASD ILAFGHKYSE EGGLINESLR DQLLVTIQKT FTYTRTQAQH LFIILMECMK KKELITVFRM GSEGHQDIDL AILTALLKGA NASAPDQLSL ALAWNRVDIA RSQIFIYGQQ WPVGSLEQAM LDALVLDRVD FVKLLIENGV SMHRFLTISR LEELYNTRHG PSNTLYHLVR DVKKGNLPPD YRISLIDIGL VIEYLMGGAY RCNYTRKRFR TLYHNLFGPK RPKALKLLGM EDDIPLRRGR KTTKKREEEV DIDLDDPEIN HFPFPFHELM VWAVLMKRQK MALFFWQHGE EAMAKALVAC KLCKAMAHEA SENDMVDDIS QELNHNSRDF GQLAVELLDQ SYKQDEQLAM KLLTYELKNW SNATCLQLAV AAKHRDFIAH TCSQMLLTDM WMGRLRMRKN SGLKVILGIL LPPSILSLEF KNKDDMPYMS QAQEIHLQEK EAEEPEKPTK EKEEEDMELT AMLGRNNGES SRKKDEEEVQ SKHRLIPLGR KIYEFYNAPI VKFWFYTLAY IGYLMLFNYI VLVKMERWPS TQEWIVISYI FTLGIEKMRE ILMSEPGKLL QKVKVWLQEY WNVTDLIAIL LFSVGMILRL QDQPFRSDGR VIYCVNIIYW YIRLLDIFGV NKYLGPYVMM IGKMMIDMMY FVIIMLVVLM SFGVARQAIL FPNEEPSWKL AKNIFYMPYW MIYGEVFADQ IDPPCGQNET REDGKIIQLP PCKTGAWIVP AIMACYLLVA NILLVNLLIA VFNNTFFEVK SISNQVWKFQ RYQLIMTFHE RPVLPPPLII FSHMTMIFQH LCCRWRKHES DPDERDYGLK LFITDDELKK VHDFEEQCIE EYFREKDDRF NSSNDERIRV TSERVENMSM RLEEVNEREH SMKASLQTVD IRLAQLEDLI GRMATALERL TGLERAESNK IRSRTSSDCT DAAYIVRQSS FNSQEGNTFK LQESIDPAGE ETMSPTSPTL MPRMRSHSFY SVNMKDKGGI EKLESIFKER SLSLHRATSS HSVAKEPKAP AAPANTLAIV PDSRRPSSCI DIYVSAMDEL HCDIDPLDNS VNILGLGEPS FSTPVPSTAP SSSAYATLAP TDRPPSRSID FEDITSMDTR SFSSDYTHLP ECQNPWDSEP PMYHTIERSK SSRYLATTPF LLEEAPIVKS HSFMFSPSRS YYANFGVPVK TAEYTSITDC IDTRCVNAPQ AIADRAAFPG GLGDKVEDLT CCHPEREAEL SHPSSDSEEN EAKGRRATIA ISSQEGDNSE RTLSNNITVP KIERANSYSA EEPSAPYAHT RKSFSISDKL DRQRNTASLR NPFQRSKSSK PEGRGDSLSM RKLSRTSAFQ SFESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.29 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0269275937661846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:73150918C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TRPM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000357533 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_206945 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.5087G>A cDNA.5087G>A g.910903G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1696K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1696 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs41287373
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5136 / 5136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1712 / 1712 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5136 / 5136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3684 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3633 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 5087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 910903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73150918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGKKWRDAAE MERGCSDRED NAESRRRSRS ASRGRFAESW KRLSSKQGST KRSGLPSQQT PAQKSWIERA FYKRECVHII PSTKDPHRCC CGRLIGQHVG LTPSISVLQN EKNESRLSRN DIQSEKWSIS KHTQLSPTDA FGTIEFQGGG HSNKAMYVRV SFDTKPDLLL HLMTKEWQLE LPKLLISVHG GLQNFELQPK LKQVFGKGLI KAAMTTGAWI FTGGVNTGVI RHVGDALKDH ASKSRGKICT IGIAPWGIVE NQEDLIGRDV VRPYQTMSNP MSKLTVLNSM HSHFILADNG TTGKYGAEVK LRRQLEKHIS LQKINTRIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKREYP GFGWIYFKGN LPPDYRISLI DIGLVIEYLM GGAYRCNYTR KRFRTLYHNL FGPKRDDIPL RRGRKTTKKR EEEVDIDLDD PEINHFPFPF HELMVWAVLM KRQKMALFFW QHGEEAMAKA LVACKLCKAM AHEASENDMV DDISQELNHN SRDFGQLAVE LLDQSYKQDE QLAMKLLTYE LKNWSNATCL QLAVAAKHRD FIAHTCSQML LTDMWMGRLR MRKNSGLKVI LGILLPPSIL SLEFKNKDDM PYMSQAQEIH LQEKEAEEPE KPTKEKEEED MELTAMLGRN NGESSRKKDE EEVQSKHRLI PLGRKIYEFY NAPIVKFWFY TLAYIGYLML FNYIVLVKME RWPSTQEWIV ISYIFTLGIE KMREILMSEP GKLLQKVKVW LQEYWNVTDL IAILLFSVGM ILRLQDQPFR SDGRVIYCVN IIYWYIRLLD IFGVNKYLGP YVMMIGKMMI DMMYFVIIML VVLMSFGVAR QAILFPNEEP SWKLAKNIFY MPYWMIYGEV FADQIDPPCG QNETREDGKI IQLPPCKTGA WIVPAIMACY LLVANILLVN LLIAVFNNTF FEVKSISNQV WKFQRYQLIM TFHERPVLPP PLIIFSHMTM IFQHLCCRWR KHESDPDERD YGLKLFITDD ELKKVHDFEE QCIEEYFREK DDRFNSSNDE RIRVTSERVE NMSMRLEEVN EREHSMKASL QTVDIRLAQL EDLIGRMATA LERLTGLERA ESNKIRSRTS SDCTDAAYIV RQSSFNSQEG NTFKLQESID PAGEETMSPT SPTLMPRMRS HSFYSVNMKD KGGIEKLESI FKERSLSLHR ATSSHSVAKE PKAPAAPANT LAIVPDSRRP SSCIDIYVSA MDELHCDIDP LDNSVNILGL GEPSFSTPVP STAPSSSAYA TLAPTDRPPS RSIDFEDITS MDTRSFSSDY THLPECQNPW DSEPPMYHTI ERSKSSRYLA TTPFLLEEAP IVKSHSFMFS PSRSYYANFG VPVKTAEYTS ITDCIDTRCV NAPQAIADRA AFPGGLGDKV EDLTCCHPER EAELSHPSSD SEENEAKGRR ATIAISSQEG DNSERTLSNN ITVPKIERAN SYSAEEPSAP YAHTRKSFSI SDKLDRQRNT ASLRNPFQRS KSSKPEGRGD SLSMRRLSRT SAFQSFESKH N* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGKKWRDAAE MERGCSDRED NAESRRRSRS ASRGRFAESW KRLSSKQGST KRSGLPSQQT PAQKSWIERA FYKRECVHII PSTKDPHRCC CGRLIGQHVG LTPSISVLQN EKNESRLSRN DIQSEKWSIS KHTQLSPTDA FGTIEFQGGG HSNKAMYVRV SFDTKPDLLL HLMTKEWQLE LPKLLISVHG GLQNFELQPK LKQVFGKGLI KAAMTTGAWI FTGGVNTGVI RHVGDALKDH ASKSRGKICT IGIAPWGIVE NQEDLIGRDV VRPYQTMSNP MSKLTVLNSM HSHFILADNG TTGKYGAEVK LRRQLEKHIS LQKINTRIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKREYP GFGWIYFKGN LPPDYRISLI DIGLVIEYLM GGAYRCNYTR KRFRTLYHNL FGPKRDDIPL RRGRKTTKKR EEEVDIDLDD PEINHFPFPF HELMVWAVLM KRQKMALFFW QHGEEAMAKA LVACKLCKAM AHEASENDMV DDISQELNHN SRDFGQLAVE LLDQSYKQDE QLAMKLLTYE LKNWSNATCL QLAVAAKHRD FIAHTCSQML LTDMWMGRLR MRKNSGLKVI LGILLPPSIL SLEFKNKDDM PYMSQAQEIH LQEKEAEEPE KPTKEKEEED MELTAMLGRN NGESSRKKDE EEVQSKHRLI PLGRKIYEFY NAPIVKFWFY TLAYIGYLML FNYIVLVKME RWPSTQEWIV ISYIFTLGIE KMREILMSEP GKLLQKVKVW LQEYWNVTDL IAILLFSVGM ILRLQDQPFR SDGRVIYCVN IIYWYIRLLD IFGVNKYLGP YVMMIGKMMI DMMYFVIIML VVLMSFGVAR QAILFPNEEP SWKLAKNIFY MPYWMIYGEV FADQIDPPCG QNETREDGKI IQLPPCKTGA WIVPAIMACY LLVANILLVN LLIAVFNNTF FEVKSISNQV WKFQRYQLIM TFHERPVLPP PLIIFSHMTM IFQHLCCRWR KHESDPDERD YGLKLFITDD ELKKVHDFEE QCIEEYFREK DDRFNSSNDE RIRVTSERVE NMSMRLEEVN EREHSMKASL QTVDIRLAQL EDLIGRMATA LERLTGLERA ESNKIRSRTS SDCTDAAYIV RQSSFNSQEG NTFKLQESID PAGEETMSPT SPTLMPRMRS HSFYSVNMKD KGGIEKLESI FKERSLSLHR ATSSHSVAKE PKAPAAPANT LAIVPDSRRP SSCIDIYVSA MDELHCDIDP LDNSVNILGL GEPSFSTPVP STAPSSSAYA TLAPTDRPPS RSIDFEDITS MDTRSFSSDY THLPECQNPW DSEPPMYHTI ERSKSSRYLA TTPFLLEEAP IVKSHSFMFS PSRSYYANFG VPVKTAEYTS ITDCIDTRCV NAPQAIADRA AFPGGLGDKV EDLTCCHPER EAELSHPSSD SEENEAKGRR ATIAISSQEG DNSERTLSNN ITVPKIERAN SYSAEEPSAP YAHTRKSFSI SDKLDRQRNT ASLRNPFQRS KSSKPEGRGD SLSMRKLSRT SAFQSFESKH N* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.31 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0269275937661846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:73150918C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TRPM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000408909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.4652G>A cDNA.4652G>A g.910903G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1551K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs41287373
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4701 / 4701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1567 / 1567 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4701 / 4701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 4652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 4652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 910903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73150918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRIGQGVPVV ALIVEGGPNV ISIVLEYLRD TPPVPVVVCD GSGRASDILA FGHKYSEEGG LINESLRDQL LVTIQKTFTY TRTQAQHLFI ILMECMKKKE LITVFRMGSE GHQDIDLAIL TALLKGANAS APDQLSLALA WNRVDIARSQ IFIYGQQWPV GSLEQAMLDA LVLDRVDFVK LLIENGVSMH RFLTISRLEE LYNTRHGPSN TLYHLVRDVK KREYPGFGWI YFKGNLPPDY RISLIDIGLV IEYLMGGAYR CNYTRKRFRT LYHNLFGPKR PKALKLLGME DDIPLRRGRK TTKKREEEVD IDLDDPEINH FPFPFHELMV WAVLMKRQKM ALFFWQHGEE AMAKALVACK LCKAMAHEAS ENDMVDDISQ ELNHNSRDFG QLAVELLDQS YKQDEQLAMK LLTYELKNWS NATCLQLAVA AKHRDFIAHT CSQMLLTDMW MGRLRMRKNS GLKVILGILL PPSILSLEFK NKDDMPYMSQ AQEIHLQEKE AEEPEKPTKE KEEEDMELTA MLGRNNGESS RKKDEEEVQS KHRLIPLGRK IYEFYNAPIV KFWFYTLAYI GYLMLFNYIV LVKMERWPST QEWIVISYIF TLGIEKMREI LMSEPGKLLQ KVKVWLQEYW NVTDLIAILL FSVGMILRLQ DQPFRSDGRV IYCVNIIYWY IRLLDIFGVN KYLGPYVMMI GKMMIDMMYF VIIMLVVLMS FGVARQAILF PNEEPSWKLA KNIFYMPYWM IYGEVFADQI DPPCGQNETR EDGKIIQLPP CKTGAWIVPA IMACYLLVAN ILLVNLLIAV FNNTFFEVKS ISNQVWKFQR YQLIMTFHER PVLPPPLIIF SHMTMIFQHL CCRWRKHESD PDERDYGLKL FITDDELKKV HDFEEQCIEE YFREKDDRFN SSNDERIRVT SERVENMSMR LEEVNEREHS MKASLQTVDI RLAQLEDLIG RMATALERLT GLERAESNKI RSRTSSDCTD AAYIVRQSSF NSQEGNTFKL QESIDPAGEE TMSPTSPTLM PRMRSHSFYS VNMKDKGGIE KLESIFKERS LSLHRATSSH SVAKEPKAPA APANTLAIVP DSRRPSSCID IYVSAMDELH CDIDPLDNSV NILGLGEPSF STPVPSTAPS SSAYATLAPT DRPPSRSIDF EDITSMDTRS FSSDYTHLPE CQNPWDSEPP MYHTIERSKS SRYLATTPFL LEEAPIVKSH SFMFSPSRSY YANFGVPVKT AEYTSITDCI DTRCVNAPQA IADRAAFPGG LGDKVEDLTC CHPEREAELS HPSSDSEENE AKGRRATIAI SSQEGDNSER TLSNNITVPK IERANSYSAE EPSAPYAHTR KSFSISDKLD RQRNTASLRN PFQRSKSSKP EGRGDSLSMR RLSRTSAFQS FESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRIGQGVPVV ALIVEGGPNV ISIVLEYLRD TPPVPVVVCD GSGRASDILA FGHKYSEEGG LINESLRDQL LVTIQKTFTY TRTQAQHLFI ILMECMKKKE LITVFRMGSE GHQDIDLAIL TALLKGANAS APDQLSLALA WNRVDIARSQ IFIYGQQWPV GSLEQAMLDA LVLDRVDFVK LLIENGVSMH RFLTISRLEE LYNTRHGPSN TLYHLVRDVK KREYPGFGWI YFKGNLPPDY RISLIDIGLV IEYLMGGAYR CNYTRKRFRT LYHNLFGPKR PKALKLLGME DDIPLRRGRK TTKKREEEVD IDLDDPEINH FPFPFHELMV WAVLMKRQKM ALFFWQHGEE AMAKALVACK LCKAMAHEAS ENDMVDDISQ ELNHNSRDFG QLAVELLDQS YKQDEQLAMK LLTYELKNWS NATCLQLAVA AKHRDFIAHT CSQMLLTDMW MGRLRMRKNS GLKVILGILL PPSILSLEFK NKDDMPYMSQ AQEIHLQEKE AEEPEKPTKE KEEEDMELTA MLGRNNGESS RKKDEEEVQS KHRLIPLGRK IYEFYNAPIV KFWFYTLAYI GYLMLFNYIV LVKMERWPST QEWIVISYIF TLGIEKMREI LMSEPGKLLQ KVKVWLQEYW NVTDLIAILL FSVGMILRLQ DQPFRSDGRV IYCVNIIYWY IRLLDIFGVN KYLGPYVMMI GKMMIDMMYF VIIMLVVLMS FGVARQAILF PNEEPSWKLA KNIFYMPYWM IYGEVFADQI DPPCGQNETR EDGKIIQLPP CKTGAWIVPA IMACYLLVAN ILLVNLLIAV FNNTFFEVKS ISNQVWKFQR YQLIMTFHER PVLPPPLIIF SHMTMIFQHL CCRWRKHESD PDERDYGLKL FITDDELKKV HDFEEQCIEE YFREKDDRFN SSNDERIRVT SERVENMSMR LEEVNEREHS MKASLQTVDI RLAQLEDLIG RMATALERLT GLERAESNKI RSRTSSDCTD AAYIVRQSSF NSQEGNTFKL QESIDPAGEE TMSPTSPTLM PRMRSHSFYS VNMKDKGGIE KLESIFKERS LSLHRATSSH SVAKEPKAPA APANTLAIVP DSRRPSSCID IYVSAMDELH CDIDPLDNSV NILGLGEPSF STPVPSTAPS SSAYATLAPT DRPPSRSIDF EDITSMDTRS FSSDYTHLPE CQNPWDSEPP MYHTIERSKS SRYLATTPFL LEEAPIVKSH SFMFSPSRSY YANFGVPVKT AEYTSITDCI DTRCVNAPQA IADRAAFPGG LGDKVEDLTC CHPEREAELS HPSSDSEENE AKGRRATIAI SSQEGDNSER TLSNNITVPK IERANSYSAE EPSAPYAHTR KSFSISDKLD RQRNTASLRN PFQRSKSSKP EGRGDSLSMR KLSRTSAFQS FESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.25 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0269275937661846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:73150918C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TRPM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000396285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.4652G>A cDNA.4652G>A g.910903G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1551K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs41287373
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4701 / 4701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1567 / 1567 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4701 / 4701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 4652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 4652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 910903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73150918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRIGQGVPVV ALIVEGGPNV ISIVLEYLRD TPPVPVVVCD GSGRASDILA FGHKYSEEGG LINESLRDQL LVTIQKTFTY TRTQAQHLFI ILMECMKKKE LITVFRMGSE GHQDIDLAIL TALLKGANAS APDQLSLALA WNRVDIARSQ IFIYGQQWPV GSLEQAMLDA LVLDRVDFVK LLIENGVSMH RFLTISRLEE LYNTRHGPSN TLYHLVRDVK KGNLPPDYRI SLIDIGLVIE YLMGGAYRCN YTRKRFRTLY HNLFGPKRPK ALKLLGMEDD IPLRRGRKTT KKREEEVDID LDDPEINHFP FPFHELMVWA VLMKRQKMAL FFWQHGEEAM AKALVACKLC KAMAHEASEN DMVDDISQEL NHNSRDFGQL AVELLDQSYK QDEQLAMKLL TYELKNWSNA TCLQLAVAAK HRDFIAHTCS QMLLTDMWMG RLRMRKNSGL KVILGILLPP SILSLEFKNK DDMPYMSQAQ EIHLQEKEAE EPEKPTKEKE EEDMELTAML GRNNGESSRK KDEEEVQSKH RLIPLGRKIY EFYNAPIVKF WFYTLAYIGY LMLFNYIVLV KMERWPSTQE WIVISYIFTL GIEKMREILM SEPGKLLQKV KVWLQEYWNV TDLIAILLFS VGMILRLQDQ PFRSDGRVIY CVNIIYWYIR LLDIFGVNKY LGPYVMMIGK MMIDMMYFVI IMLVVLMSFG VARQAILFPN EEPSWKLAKN IFYMPYWMIY GEVFADQIDR KQVYDSHTPK SAPCGQNETR EDGKIIQLPP CKTGAWIVPA IMACYLLVAN ILLVNLLIAV FNNTFFEVKS ISNQVWKFQR YQLIMTFHER PVLPPPLIIF SHMTMIFQHL CCRWRKHESD PDERDYGLKL FITDDELKKV HDFEEQCIEE YFREKDDRFN SSNDERIRVT SERVENMSMR LEEVNEREHS MKASLQTVDI RLAQLEDLIG RMATALERLT GLERAESNKI RSRTSSDCTD AAYIVRQSSF NSQEGNTFKL QESIDPAGEE TMSPTSPTLM PRMRSHSFYS VNMKDKGGIE KLESIFKERS LSLHRATSSH SVAKEPKAPA APANTLAIVP DSRRPSSCID IYVSAMDELH CDIDPLDNSV NILGLGEPSF STPVPSTAPS SSAYATLAPT DRPPSRSIDF EDITSMDTRS FSSDYTHLPE CQNPWDSEPP MYHTIERSKS SRYLATTPFL LEEAPIVKSH SFMFSPSRSY YANFGVPVKT AEYTSITDCI DTRCVNAPQA IADRAAFPGG LGDKVEDLTC CHPEREAELS HPSSDSEENE AKGRRATIAI SSQEGDNSER TLSNNITVPK IERANSYSAE EPSAPYAHTR KSFSISDKLD RQRNTASLRN PFQRSKSSKP EGRGDSLSMR RLSRTSAFQS FESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRIGQGVPVV ALIVEGGPNV ISIVLEYLRD TPPVPVVVCD GSGRASDILA FGHKYSEEGG LINESLRDQL LVTIQKTFTY TRTQAQHLFI ILMECMKKKE LITVFRMGSE GHQDIDLAIL TALLKGANAS APDQLSLALA WNRVDIARSQ IFIYGQQWPV GSLEQAMLDA LVLDRVDFVK LLIENGVSMH RFLTISRLEE LYNTRHGPSN TLYHLVRDVK KGNLPPDYRI SLIDIGLVIE YLMGGAYRCN YTRKRFRTLY HNLFGPKRPK ALKLLGMEDD IPLRRGRKTT KKREEEVDID LDDPEINHFP FPFHELMVWA VLMKRQKMAL FFWQHGEEAM AKALVACKLC KAMAHEASEN DMVDDISQEL NHNSRDFGQL AVELLDQSYK QDEQLAMKLL TYELKNWSNA TCLQLAVAAK HRDFIAHTCS QMLLTDMWMG RLRMRKNSGL KVILGILLPP SILSLEFKNK DDMPYMSQAQ EIHLQEKEAE EPEKPTKEKE EEDMELTAML GRNNGESSRK KDEEEVQSKH RLIPLGRKIY EFYNAPIVKF WFYTLAYIGY LMLFNYIVLV KMERWPSTQE WIVISYIFTL GIEKMREILM SEPGKLLQKV KVWLQEYWNV TDLIAILLFS VGMILRLQDQ PFRSDGRVIY CVNIIYWYIR LLDIFGVNKY LGPYVMMIGK MMIDMMYFVI IMLVVLMSFG VARQAILFPN EEPSWKLAKN IFYMPYWMIY GEVFADQIDR KQVYDSHTPK SAPCGQNETR EDGKIIQLPP CKTGAWIVPA IMACYLLVAN ILLVNLLIAV FNNTFFEVKS ISNQVWKFQR YQLIMTFHER PVLPPPLIIF SHMTMIFQHL CCRWRKHESD PDERDYGLKL FITDDELKKV HDFEEQCIEE YFREKDDRFN SSNDERIRVT SERVENMSMR LEEVNEREHS MKASLQTVDI RLAQLEDLIG RMATALERLT GLERAESNKI RSRTSSDCTD AAYIVRQSSF NSQEGNTFKL QESIDPAGEE TMSPTSPTLM PRMRSHSFYS VNMKDKGGIE KLESIFKERS LSLHRATSSH SVAKEPKAPA APANTLAIVP DSRRPSSCID IYVSAMDELH CDIDPLDNSV NILGLGEPSF STPVPSTAPS SSAYATLAPT DRPPSRSIDF EDITSMDTRS FSSDYTHLPE CQNPWDSEPP MYHTIERSKS SRYLATTPFL LEEAPIVKSH SFMFSPSRSY YANFGVPVKT AEYTSITDCI DTRCVNAPQA IADRAAFPGG LGDKVEDLTC CHPEREAELS HPSSDSEENE AKGRRATIAI SSQEGDNSER TLSNNITVPK IERANSYSAE EPSAPYAHTR KSFSISDKLD RQRNTASLRN PFQRSKSSKP EGRGDSLSMR KLSRTSAFQS FESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.25 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0269275937661846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:73150918C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TRPM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000396292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.4691G>A cDNA.4691G>A g.910903G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1564K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1564 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs41287373
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4740 / 4740 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1580 / 1580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4740 / 4740 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4740 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 4691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 4691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 910903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73150918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRCLPFFSLD SRLFYSFWGS CQLDSVGIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKGNLP PDYRISLIDI GLVIEYLMGG AYRCNYTRKR FRTLYHNLFG PKRPKALKLL GMEDDIPLRR GRKTTKKREE EVDIDLDDPE INHFPFPFHE LMVWAVLMKR QKMALFFWQH GEEAMAKALV ACKLCKAMAH EASENDMVDD ISQELNHNSR DFGQLAVELL DQSYKQDEQL AMKLLTYELK NWSNATCLQL AVAAKHRDFI AHTCSQMLLT DMWMGRLRMR KNSGLKVILG ILLPPSILSL EFKNKDDMPY MSQAQEIHLQ EKEAEEPEKP TKEKEEEDME LTAMLGRNNG ESSRKKDEEE VQSKHRLIPL GRKIYEFYNA PIVKFWFYTL AYIGYLMLFN YIVLVKMERW PSTQEWIVIS YIFTLGIEKM REILMSEPGK LLQKVKVWLQ EYWNVTDLIA ILLFSVGMIL RLQDQPFRSD GRVIYCVNII YWYIRLLDIF GVNKYLGPYV MMIGKMMIDM MYFVIIMLVV LMSFGVARQA ILFPNEEPSW KLAKNIFYMP YWMIYGEVFA DQIDPPCGQN ETREDGKIIQ LPPCKTGAWI VPAIMACYLL VANILLVNLL IAVFNNTFFE VKSISNQVWK FQRYQLIMTF HERPVLPPPL IIFSHMTMIF QHLCCRWRKH ESDPDERDYG LKLFITDDEL KKVHDFEEQC IEEYFREKDD RFNSSNDERI RVTSERVENM SMRLEEVNER EHSMKASLQT VDIRLAQLED LIGRMATALE RLTGLERAES NKIRSRTSSD CTDAAYIVRQ SSFNSQEGNT FKLQESIDPA GEETMSPTSP TLMPRMRSHS FYSVNMKDKG GIEKLESIFK ERSLSLHRAT SSHSVAKEPK APAAPANTLA IVPDSRRPSS CIDIYVSAMD ELHCDIDPLD NSVNILGLGE PSFSTPVPST APSSSAYATL APTDRPPSRS IDFEDITSMD TRSFSSDYTH LPECQNPWDS EPPMYHTIER SKSSRYLATT PFLLEEAPIV KSHSFMFSPS RSYYANFGVP VKTAEYTSIT DCIDTRCVNA PQAIADRAAF PGGLGDKVED LTCCHPEREA ELSHPSSDSE ENEAKGRRAT IAISSQEGDN SERTLSNNIT VPKIERANSY SAEEPSAPYA HTRKSFSISD KLDRQRNTAS LRNPFQRSKS SKPEGRGDSL SMRRLSRTSA FQSFESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRCLPFFSLD SRLFYSFWGS CQLDSVGIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKGNLP PDYRISLIDI GLVIEYLMGG AYRCNYTRKR FRTLYHNLFG PKRPKALKLL GMEDDIPLRR GRKTTKKREE EVDIDLDDPE INHFPFPFHE LMVWAVLMKR QKMALFFWQH GEEAMAKALV ACKLCKAMAH EASENDMVDD ISQELNHNSR DFGQLAVELL DQSYKQDEQL AMKLLTYELK NWSNATCLQL AVAAKHRDFI AHTCSQMLLT DMWMGRLRMR KNSGLKVILG ILLPPSILSL EFKNKDDMPY MSQAQEIHLQ EKEAEEPEKP TKEKEEEDME LTAMLGRNNG ESSRKKDEEE VQSKHRLIPL GRKIYEFYNA PIVKFWFYTL AYIGYLMLFN YIVLVKMERW PSTQEWIVIS YIFTLGIEKM REILMSEPGK LLQKVKVWLQ EYWNVTDLIA ILLFSVGMIL RLQDQPFRSD GRVIYCVNII YWYIRLLDIF GVNKYLGPYV MMIGKMMIDM MYFVIIMLVV LMSFGVARQA ILFPNEEPSW KLAKNIFYMP YWMIYGEVFA DQIDPPCGQN ETREDGKIIQ LPPCKTGAWI VPAIMACYLL VANILLVNLL IAVFNNTFFE VKSISNQVWK FQRYQLIMTF HERPVLPPPL IIFSHMTMIF QHLCCRWRKH ESDPDERDYG LKLFITDDEL KKVHDFEEQC IEEYFREKDD RFNSSNDERI RVTSERVENM SMRLEEVNER EHSMKASLQT VDIRLAQLED LIGRMATALE RLTGLERAES NKIRSRTSSD CTDAAYIVRQ SSFNSQEGNT FKLQESIDPA GEETMSPTSP TLMPRMRSHS FYSVNMKDKG GIEKLESIFK ERSLSLHRAT SSHSVAKEPK APAAPANTLA IVPDSRRPSS CIDIYVSAMD ELHCDIDPLD NSVNILGLGE PSFSTPVPST APSSSAYATL APTDRPPSRS IDFEDITSMD TRSFSSDYTH LPECQNPWDS EPPMYHTIER SKSSRYLATT PFLLEEAPIV KSHSFMFSPS RSYYANFGVP VKTAEYTSIT DCIDTRCVNA PQAIADRAAF PGGLGDKVED LTCCHPEREA ELSHPSSDSE ENEAKGRRAT IAISSQEGDN SERTLSNNIT VPKIERANSY SAEEPSAPYA HTRKSFSISD KLDRQRNTAS LRNPFQRSKS SKPEGRGDSL SMRKLSRTSA FQSFESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.23 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0269275937661846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:73150918C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TRPM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000358082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.4661G>A cDNA.4661G>A g.910903G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1554K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs41287373
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4710 / 4710 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1570 / 1570 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4710 / 4710 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3258 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4710 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 4661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 4661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 910903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73150918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRCLPFFSLD SRLFYSFWGS CQLDSVGIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKGNLP PDYRISLIDI GLVIEYLMGG AYRCNYTRKR FRTLYHNLFG PKRDDIPLRR GRKTTKKREE EVDIDLDDPE INHFPFPFHE LMVWAVLMKR QKMALFFWQH GEEAMAKALV ACKLCKAMAH EASENDMVDD ISQELNHNSR DFGQLAVELL DQSYKQDEQL AMKLLTYELK NWSNATCLQL AVAAKHRDFI AHTCSQMLLT DMWMGRLRMR KNSGLKVILG ILLPPSILSL EFKNKDDMPY MSQAQEIHLQ EKEAEEPEKP TKEKEEEDME LTAMLGRNNG ESSRKKDEEE VQSKHRLIPL GRKIYEFYNA PIVKFWFYTL AYIGYLMLFN YIVLVKMERW PSTQEWIVIS YIFTLGIEKM REILMSEPGK LLQKVKVWLQ EYWNVTDLIA ILLFSVGMIL RLQDQPFRSD GRVIYCVNII YWYIRLLDIF GVNKYLGPYV MMIGKMMIDM MYFVIIMLVV LMSFGVARQA ILFPNEEPSW KLAKNIFYMP YWMIYGEVFA DQIDPPCGQN ETREDGKIIQ LPPCKTGAWI VPAIMACYLL VANILLVNLL IAVFNNTFFE VKSISNQVWK FQRYQLIMTF HERPVLPPPL IIFSHMTMIF QHLCCRWRKH ESDPDERDYG LKLFITDDEL KKVHDFEEQC IEEYFREKDD RFNSSNDERI RVTSERVENM SMRLEEVNER EHSMKASLQT VDIRLAQLED LIGRMATALE RLTGLERAES NKIRSRTSSD CTDAAYIVRQ SSFNSQEGNT FKLQESIDPA GEETMSPTSP TLMPRMRSHS FYSVNMKDKG GIEKLESIFK ERSLSLHRAT SSHSVAKEPK APAAPANTLA IVPDSRRPSS CIDIYVSAMD ELHCDIDPLD NSVNILGLGE PSFSTPVPST APSSSAYATL APTDRPPSRS IDFEDITSMD TRSFSSDYTH LPECQNPWDS EPPMYHTIER SKSSRYLATT PFLLEEAPIV KSHSFMFSPS RSYYANFGVP VKTAEYTSIT DCIDTRCVNA PQAIADRAAF PGGLGDKVED LTCCHPEREA ELSHPSSDSE ENEAKGRRAT IAISSQEGDN SERTLSNNIT VPKIERANSY SAEEPSAPYA HTRKSFSISD KLDRQRNTAS LRNPFQRSKS SKPEGRGDSL SMRRLSRTSA FQSFESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRCLPFFSLD SRLFYSFWGS CQLDSVGIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKGNLP PDYRISLIDI GLVIEYLMGG AYRCNYTRKR FRTLYHNLFG PKRDDIPLRR GRKTTKKREE EVDIDLDDPE INHFPFPFHE LMVWAVLMKR QKMALFFWQH GEEAMAKALV ACKLCKAMAH EASENDMVDD ISQELNHNSR DFGQLAVELL DQSYKQDEQL AMKLLTYELK NWSNATCLQL AVAAKHRDFI AHTCSQMLLT DMWMGRLRMR KNSGLKVILG ILLPPSILSL EFKNKDDMPY MSQAQEIHLQ EKEAEEPEKP TKEKEEEDME LTAMLGRNNG ESSRKKDEEE VQSKHRLIPL GRKIYEFYNA PIVKFWFYTL AYIGYLMLFN YIVLVKMERW PSTQEWIVIS YIFTLGIEKM REILMSEPGK LLQKVKVWLQ EYWNVTDLIA ILLFSVGMIL RLQDQPFRSD GRVIYCVNII YWYIRLLDIF GVNKYLGPYV MMIGKMMIDM MYFVIIMLVV LMSFGVARQA ILFPNEEPSW KLAKNIFYMP YWMIYGEVFA DQIDPPCGQN ETREDGKIIQ LPPCKTGAWI VPAIMACYLL VANILLVNLL IAVFNNTFFE VKSISNQVWK FQRYQLIMTF HERPVLPPPL IIFSHMTMIF QHLCCRWRKH ESDPDERDYG LKLFITDDEL KKVHDFEEQC IEEYFREKDD RFNSSNDERI RVTSERVENM SMRLEEVNER EHSMKASLQT VDIRLAQLED LIGRMATALE RLTGLERAES NKIRSRTSSD CTDAAYIVRQ SSFNSQEGNT FKLQESIDPA GEETMSPTSP TLMPRMRSHS FYSVNMKDKG GIEKLESIFK ERSLSLHRAT SSHSVAKEPK APAAPANTLA IVPDSRRPSS CIDIYVSAMD ELHCDIDPLD NSVNILGLGE PSFSTPVPST APSSSAYATL APTDRPPSRS IDFEDITSMD TRSFSSDYTH LPECQNPWDS EPPMYHTIER SKSSRYLATT PFLLEEAPIV KSHSFMFSPS RSYYANFGVP VKTAEYTSIT DCIDTRCVNA PQAIADRAAF PGGLGDKVED LTCCHPEREA ELSHPSSDSE ENEAKGRRAT IAISSQEGDN SERTLSNNIT VPKIERANSY SAEEPSAPYA HTRKSFSISD KLDRQRNTAS LRNPFQRSKS SKPEGRGDSL SMRKLSRTSA FQSFESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.25 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0269275937661846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:73150918C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TRPM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000377106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_206946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.4691G>A cDNA.5046G>A g.910903G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1564K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1564 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs41287373
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 951 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4740 / 4740 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1580 / 1580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5095 / 5095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 356 / 356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3643 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4740 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 4691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 910903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73150918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRCLPFFSLD SRLFYSFWGS CQLDSVGIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKGNLP PDYRISLIDI GLVIEYLMGG AYRCNYTRKR FRTLYHNLFG PKRPKALKLL GMEDDIPLRR GRKTTKKREE EVDIDLDDPE INHFPFPFHE LMVWAVLMKR QKMALFFWQH GEEAMAKALV ACKLCKAMAH EASENDMVDD ISQELNHNSR DFGQLAVELL DQSYKQDEQL AMKLLTYELK NWSNATCLQL AVAAKHRDFI AHTCSQMLLT DMWMGRLRMR KNSGLKVILG ILLPPSILSL EFKNKDDMPY MSQAQEIHLQ EKEAEEPEKP TKEKEEEDME LTAMLGRNNG ESSRKKDEEE VQSKHRLIPL GRKIYEFYNA PIVKFWFYTL AYIGYLMLFN YIVLVKMERW PSTQEWIVIS YIFTLGIEKM REILMSEPGK LLQKVKVWLQ EYWNVTDLIA ILLFSVGMIL RLQDQPFRSD GRVIYCVNII YWYIRLLDIF GVNKYLGPYV MMIGKMMIDM MYFVIIMLVV LMSFGVARQA ILFPNEEPSW KLAKNIFYMP YWMIYGEVFA DQIDPPCGQN ETREDGKIIQ LPPCKTGAWI VPAIMACYLL VANILLVNLL IAVFNNTFFE VKSISNQVWK FQRYQLIMTF HERPVLPPPL IIFSHMTMIF QHLCCRWRKH ESDPDERDYG LKLFITDDEL KKVHDFEEQC IEEYFREKDD RFNSSNDERI RVTSERVENM SMRLEEVNER EHSMKASLQT VDIRLAQLED LIGRMATALE RLTGLERAES NKIRSRTSSD CTDAAYIVRQ SSFNSQEGNT FKLQESIDPA GEETMSPTSP TLMPRMRSHS FYSVNMKDKG GIEKLESIFK ERSLSLHRAT SSHSVAKEPK APAAPANTLA IVPDSRRPSS CIDIYVSAMD ELHCDIDPLD NSVNILGLGE PSFSTPVPST APSSSAYATL APTDRPPSRS IDFEDITSMD TRSFSSDYTH LPECQNPWDS EPPMYHTIER SKSSRYLATT PFLLEEAPIV KSHSFMFSPS RSYYANFGVP VKTAEYTSIT DCIDTRCVNA PQAIADRAAF PGGLGDKVED LTCCHPEREA ELSHPSSDSE ENEAKGRRAT IAISSQEGDN SERTLSNNIT VPKIERANSY SAEEPSAPYA HTRKSFSISD KLDRQRNTAS LRNPFQRSKS SKPEGRGDSL SMRRLSRTSA FQSFESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRCLPFFSLD SRLFYSFWGS CQLDSVGIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKGNLP PDYRISLIDI GLVIEYLMGG AYRCNYTRKR FRTLYHNLFG PKRPKALKLL GMEDDIPLRR GRKTTKKREE EVDIDLDDPE INHFPFPFHE LMVWAVLMKR QKMALFFWQH GEEAMAKALV ACKLCKAMAH EASENDMVDD ISQELNHNSR DFGQLAVELL DQSYKQDEQL AMKLLTYELK NWSNATCLQL AVAAKHRDFI AHTCSQMLLT DMWMGRLRMR KNSGLKVILG ILLPPSILSL EFKNKDDMPY MSQAQEIHLQ EKEAEEPEKP TKEKEEEDME LTAMLGRNNG ESSRKKDEEE VQSKHRLIPL GRKIYEFYNA PIVKFWFYTL AYIGYLMLFN YIVLVKMERW PSTQEWIVIS YIFTLGIEKM REILMSEPGK LLQKVKVWLQ EYWNVTDLIA ILLFSVGMIL RLQDQPFRSD GRVIYCVNII YWYIRLLDIF GVNKYLGPYV MMIGKMMIDM MYFVIIMLVV LMSFGVARQA ILFPNEEPSW KLAKNIFYMP YWMIYGEVFA DQIDPPCGQN ETREDGKIIQ LPPCKTGAWI VPAIMACYLL VANILLVNLL IAVFNNTFFE VKSISNQVWK FQRYQLIMTF HERPVLPPPL IIFSHMTMIF QHLCCRWRKH ESDPDERDYG LKLFITDDEL KKVHDFEEQC IEEYFREKDD RFNSSNDERI RVTSERVENM SMRLEEVNER EHSMKASLQT VDIRLAQLED LIGRMATALE RLTGLERAES NKIRSRTSSD CTDAAYIVRQ SSFNSQEGNT FKLQESIDPA GEETMSPTSP TLMPRMRSHS FYSVNMKDKG GIEKLESIFK ERSLSLHRAT SSHSVAKEPK APAAPANTLA IVPDSRRPSS CIDIYVSAMD ELHCDIDPLD NSVNILGLGE PSFSTPVPST APSSSAYATL APTDRPPSRS IDFEDITSMD TRSFSSDYTH LPECQNPWDS EPPMYHTIER SKSSRYLATT PFLLEEAPIV KSHSFMFSPS RSYYANFGVP VKTAEYTSIT DCIDTRCVNA PQAIADRAAF PGGLGDKVED LTCCHPEREA ELSHPSSDSE ENEAKGRRAT IAISSQEGDN SERTLSNNIT VPKIERANSY SAEEPSAPYA HTRKSFSISD KLDRQRNTAS LRNPFQRSKS SKPEGRGDSL SMRKLSRTSA FQSFESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.23 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0269275937661846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:73150918C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TRPM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000423814 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.5156G>A cDNA.5156G>A g.910903G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1719K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs41287373
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5205 / 5205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1735 / 1735 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5205 / 5205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3753 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3702 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 5156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 910903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73150918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGKKWRDAAE MERGCSDRED NAESRRRSRS ASRGRFAESW KRLSSKQGST KRSGLPSQQT PAQKSWIERA FYKRECVHII PSTKDPHRCC CGRLIGQHVG LTPSISVLQN EKNESRLSRN DIQSEKWSIS KHTQLSPTDA FGTIEFQGGG HSNKAMYVRV SFDTKPDLLL HLMTKEWQLE LPKLLISVHG GLQNFELQPK LKQVFGKGLI KAAMTTGAWI FTGGVNTGVI RHVGDALKDH ASKSRGKICT IGIAPWGIVE NQEDLIGRDV VRPYQTMSNP MSKLTVLNSM HSHFILADNG TTGKYGAEVK LRRQLEKHIS LQKINTRCLP FFSLDSRLFY SFWGSCQLDS VGIGQGVPVV ALIVEGGPNV ISIVLEYLRD TPPVPVVVCD GSGRASDILA FGHKYSEEGG LINESLRDQL LVTIQKTFTY TRTQAQHLFI ILMECMKKKE LITVFRMGSE GHQDIDLAIL TALLKGANAS APDQLSLALA WNRVDIARSQ IFIYGQQWPV GSLEQAMLDA LVLDRVDFVK LLIENGVSMH RFLTISRLEE LYNTRHGPSN TLYHLVRDVK KGNLPPDYRI SLIDIGLVIE YLMGGAYRCN YTRKRFRTLY HNLFGPKRPK ALKLLGMEDD IPLRRGRKTT KKREEEVDID LDDPEINHFP FPFHELMVWA VLMKRQKMAL FFWQHGEEAM AKALVACKLC KAMAHEASEN DMVDDISQEL NHNSRDFGQL AVELLDQSYK QDEQLAMKLL TYELKNWSNA TCLQLAVAAK HRDFIAHTCS QMLLTDMWMG RLRMRKNSGL KVILGILLPP SILSLEFKNK DDMPYMSQAQ EIHLQEKEAE EPEKPTKEKE EEDMELTAML GRNNGESSRK KDEEEVQSKH RLIPLGRKIY EFYNAPIVKF WFYTLAYIGY LMLFNYIVLV KMERWPSTQE WIVISYIFTL GIEKMREILM SEPGKLLQKV KVWLQEYWNV TDLIAILLFS VGMILRLQDQ PFRSDGRVIY CVNIIYWYIR LLDIFGVNKY LGPYVMMIGK MMIDMMYFVI IMLVVLMSFG VARQAILFPN EEPSWKLAKN IFYMPYWMIY GEVFADQIDP PCGQNETRED GKIIQLPPCK TGAWIVPAIM ACYLLVANIL LVNLLIAVFN NTFFEVKSIS NQVWKFQRYQ LIMTFHERPV LPPPLIIFSH MTMIFQHLCC RWRKHESDPD ERDYGLKLFI TDDELKKVHD FEEQCIEEYF REKDDRFNSS NDERIRVTSE RVENMSMRLE EVNEREHSMK ASLQTVDIRL AQLEDLIGRM ATALERLTGL ERAESNKIRS RTSSDCTDAA YIVRQSSFNS QEGNTFKLQE SIDPAGEETM SPTSPTLMPR MRSHSFYSVN MKDKGGIEKL ESIFKERSLS LHRATSSHSV AKEPKAPAAP ANTLAIVPDS RRPSSCIDIY VSAMDELHCD IDPLDNSVNI LGLGEPSFST PVPSTAPSSS AYATLAPTDR PPSRSIDFED ITSMDTRSFS SDYTHLPECQ NPWDSEPPMY HTIERSKSSR YLATTPFLLE EAPIVKSHSF MFSPSRSYYA NFGVPVKTAE YTSITDCIDT RCVNAPQAIA DRAAFPGGLG DKVEDLTCCH PEREAELSHP SSDSEENEAK GRRATIAISS QEGDNSERTL SNNITVPKIE RANSYSAEEP SAPYAHTRKS FSISDKLDRQ RNTASLRNPF QRSKSSKPEG RGDSLSMRRL SRTSAFQSFE SKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGKKWRDAAE MERGCSDRED NAESRRRSRS ASRGRFAESW KRLSSKQGST KRSGLPSQQT PAQKSWIERA FYKRECVHII PSTKDPHRCC CGRLIGQHVG LTPSISVLQN EKNESRLSRN DIQSEKWSIS KHTQLSPTDA FGTIEFQGGG HSNKAMYVRV SFDTKPDLLL HLMTKEWQLE LPKLLISVHG GLQNFELQPK LKQVFGKGLI KAAMTTGAWI FTGGVNTGVI RHVGDALKDH ASKSRGKICT IGIAPWGIVE NQEDLIGRDV VRPYQTMSNP MSKLTVLNSM HSHFILADNG TTGKYGAEVK LRRQLEKHIS LQKINTRCLP FFSLDSRLFY SFWGSCQLDS VGIGQGVPVV ALIVEGGPNV ISIVLEYLRD TPPVPVVVCD GSGRASDILA FGHKYSEEGG LINESLRDQL LVTIQKTFTY TRTQAQHLFI ILMECMKKKE LITVFRMGSE GHQDIDLAIL TALLKGANAS APDQLSLALA WNRVDIARSQ IFIYGQQWPV GSLEQAMLDA LVLDRVDFVK LLIENGVSMH RFLTISRLEE LYNTRHGPSN TLYHLVRDVK KGNLPPDYRI SLIDIGLVIE YLMGGAYRCN YTRKRFRTLY HNLFGPKRPK ALKLLGMEDD IPLRRGRKTT KKREEEVDID LDDPEINHFP FPFHELMVWA VLMKRQKMAL FFWQHGEEAM AKALVACKLC KAMAHEASEN DMVDDISQEL NHNSRDFGQL AVELLDQSYK QDEQLAMKLL TYELKNWSNA TCLQLAVAAK HRDFIAHTCS QMLLTDMWMG RLRMRKNSGL KVILGILLPP SILSLEFKNK DDMPYMSQAQ EIHLQEKEAE EPEKPTKEKE EEDMELTAML GRNNGESSRK KDEEEVQSKH RLIPLGRKIY EFYNAPIVKF WFYTLAYIGY LMLFNYIVLV KMERWPSTQE WIVISYIFTL GIEKMREILM SEPGKLLQKV KVWLQEYWNV TDLIAILLFS VGMILRLQDQ PFRSDGRVIY CVNIIYWYIR LLDIFGVNKY LGPYVMMIGK MMIDMMYFVI IMLVVLMSFG VARQAILFPN EEPSWKLAKN IFYMPYWMIY GEVFADQIDP PCGQNETRED GKIIQLPPCK TGAWIVPAIM ACYLLVANIL LVNLLIAVFN NTFFEVKSIS NQVWKFQRYQ LIMTFHERPV LPPPLIIFSH MTMIFQHLCC RWRKHESDPD ERDYGLKLFI TDDELKKVHD FEEQCIEEYF REKDDRFNSS NDERIRVTSE RVENMSMRLE EVNEREHSMK ASLQTVDIRL AQLEDLIGRM ATALERLTGL ERAESNKIRS RTSSDCTDAA YIVRQSSFNS QEGNTFKLQE SIDPAGEETM SPTSPTLMPR MRSHSFYSVN MKDKGGIEKL ESIFKERSLS LHRATSSHSV AKEPKAPAAP ANTLAIVPDS RRPSSCIDIY VSAMDELHCD IDPLDNSVNI LGLGEPSFST PVPSTAPSSS AYATLAPTDR PPSRSIDFED ITSMDTRSFS SDYTHLPECQ NPWDSEPPMY HTIERSKSSR YLATTPFLLE EAPIVKSHSF MFSPSRSYYA NFGVPVKTAE YTSITDCIDT RCVNAPQAIA DRAAFPGGLG DKVEDLTCCH PEREAELSHP SSDSEENEAK GRRATIAISS QEGDNSERTL SNNITVPKIE RANSYSAEEP SAPYAHTRKS FSISDKLDRQ RNTASLRNPF QRSKSSKPEG RGDSLSMRKL SRTSAFQSFE SKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.19 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0269275937661846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:73150918C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TRPM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000360823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_206947 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.4661G>A cDNA.5016G>A g.910903G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1554K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs41287373
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 951 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4710 / 4710 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1570 / 1570 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5065 / 5065 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 356 / 356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4710 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 4661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 910903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73150918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRCLPFFSLD SRLFYSFWGS CQLDSVGIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKGNLP PDYRISLIDI GLVIEYLMGG AYRCNYTRKR FRTLYHNLFG PKRDDIPLRR GRKTTKKREE EVDIDLDDPE INHFPFPFHE LMVWAVLMKR QKMALFFWQH GEEAMAKALV ACKLCKAMAH EASENDMVDD ISQELNHNSR DFGQLAVELL DQSYKQDEQL AMKLLTYELK NWSNATCLQL AVAAKHRDFI AHTCSQMLLT DMWMGRLRMR KNSGLKVILG ILLPPSILSL EFKNKDDMPY MSQAQEIHLQ EKEAEEPEKP TKEKEEEDME LTAMLGRNNG ESSRKKDEEE VQSKHRLIPL GRKIYEFYNA PIVKFWFYTL AYIGYLMLFN YIVLVKMERW PSTQEWIVIS YIFTLGIEKM REILMSEPGK LLQKVKVWLQ EYWNVTDLIA ILLFSVGMIL RLQDQPFRSD GRVIYCVNII YWYIRLLDIF GVNKYLGPYV MMIGKMMIDM MYFVIIMLVV LMSFGVARQA ILFPNEEPSW KLAKNIFYMP YWMIYGEVFA DQIDPPCGQN ETREDGKIIQ LPPCKTGAWI VPAIMACYLL VANILLVNLL IAVFNNTFFE VKSISNQVWK FQRYQLIMTF HERPVLPPPL IIFSHMTMIF QHLCCRWRKH ESDPDERDYG LKLFITDDEL KKVHDFEEQC IEEYFREKDD RFNSSNDERI RVTSERVENM SMRLEEVNER EHSMKASLQT VDIRLAQLED LIGRMATALE RLTGLERAES NKIRSRTSSD CTDAAYIVRQ SSFNSQEGNT FKLQESIDPA GEETMSPTSP TLMPRMRSHS FYSVNMKDKG GIEKLESIFK ERSLSLHRAT SSHSVAKEPK APAAPANTLA IVPDSRRPSS CIDIYVSAMD ELHCDIDPLD NSVNILGLGE PSFSTPVPST APSSSAYATL APTDRPPSRS IDFEDITSMD TRSFSSDYTH LPECQNPWDS EPPMYHTIER SKSSRYLATT PFLLEEAPIV KSHSFMFSPS RSYYANFGVP VKTAEYTSIT DCIDTRCVNA PQAIADRAAF PGGLGDKVED LTCCHPEREA ELSHPSSDSE ENEAKGRRAT IAISSQEGDN SERTLSNNIT VPKIERANSY SAEEPSAPYA HTRKSFSISD KLDRQRNTAS LRNPFQRSKS SKPEGRGDSL SMRRLSRTSA FQSFESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRCLPFFSLD SRLFYSFWGS CQLDSVGIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKGNLP PDYRISLIDI GLVIEYLMGG AYRCNYTRKR FRTLYHNLFG PKRDDIPLRR GRKTTKKREE EVDIDLDDPE INHFPFPFHE LMVWAVLMKR QKMALFFWQH GEEAMAKALV ACKLCKAMAH EASENDMVDD ISQELNHNSR DFGQLAVELL DQSYKQDEQL AMKLLTYELK NWSNATCLQL AVAAKHRDFI AHTCSQMLLT DMWMGRLRMR KNSGLKVILG ILLPPSILSL EFKNKDDMPY MSQAQEIHLQ EKEAEEPEKP TKEKEEEDME LTAMLGRNNG ESSRKKDEEE VQSKHRLIPL GRKIYEFYNA PIVKFWFYTL AYIGYLMLFN YIVLVKMERW PSTQEWIVIS YIFTLGIEKM REILMSEPGK LLQKVKVWLQ EYWNVTDLIA ILLFSVGMIL RLQDQPFRSD GRVIYCVNII YWYIRLLDIF GVNKYLGPYV MMIGKMMIDM MYFVIIMLVV LMSFGVARQA ILFPNEEPSW KLAKNIFYMP YWMIYGEVFA DQIDPPCGQN ETREDGKIIQ LPPCKTGAWI VPAIMACYLL VANILLVNLL IAVFNNTFFE VKSISNQVWK FQRYQLIMTF HERPVLPPPL IIFSHMTMIF QHLCCRWRKH ESDPDERDYG LKLFITDDEL KKVHDFEEQC IEEYFREKDD RFNSSNDERI RVTSERVENM SMRLEEVNER EHSMKASLQT VDIRLAQLED LIGRMATALE RLTGLERAES NKIRSRTSSD CTDAAYIVRQ SSFNSQEGNT FKLQESIDPA GEETMSPTSP TLMPRMRSHS FYSVNMKDKG GIEKLESIFK ERSLSLHRAT SSHSVAKEPK APAAPANTLA IVPDSRRPSS CIDIYVSAMD ELHCDIDPLD NSVNILGLGE PSFSTPVPST APSSSAYATL APTDRPPSRS IDFEDITSMD TRSFSSDYTH LPECQNPWDS EPPMYHTIER SKSSRYLATT PFLLEEAPIV KSHSFMFSPS RSYYANFGVP VKTAEYTSIT DCIDTRCVNA PQAIADRAAF PGGLGDKVED LTCCHPEREA ELSHPSSDSE ENEAKGRRAT IAISSQEGDN SERTLSNNIT VPKIERANSY SAEEPSAPYA HTRKSFSISD KLDRQRNTAS LRNPFQRSKS SKPEGRGDSL SMRKLSRTSA FQSFESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.22 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0269275937661846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:73150918C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TRPM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000377105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_024971 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.4652G>A cDNA.5007G>A g.910903G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1551K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs41287373
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 951 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4701 / 4701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1567 / 1567 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5056 / 5056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 356 / 356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 4652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 910903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73150918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRIGQGVPVV ALIVEGGPNV ISIVLEYLRD TPPVPVVVCD GSGRASDILA FGHKYSEEGG LINESLRDQL LVTIQKTFTY TRTQAQHLFI ILMECMKKKE LITVFRMGSE GHQDIDLAIL TALLKGANAS APDQLSLALA WNRVDIARSQ IFIYGQQWPV GSLEQAMLDA LVLDRVDFVK LLIENGVSMH RFLTISRLEE LYNTRHGPSN TLYHLVRDVK KREYPGFGWI YFKGNLPPDY RISLIDIGLV IEYLMGGAYR CNYTRKRFRT LYHNLFGPKR PKALKLLGME DDIPLRRGRK TTKKREEEVD IDLDDPEINH FPFPFHELMV WAVLMKRQKM ALFFWQHGEE AMAKALVACK LCKAMAHEAS ENDMVDDISQ ELNHNSRDFG QLAVELLDQS YKQDEQLAMK LLTYELKNWS NATCLQLAVA AKHRDFIAHT CSQMLLTDMW MGRLRMRKNS GLKVILGILL PPSILSLEFK NKDDMPYMSQ AQEIHLQEKE AEEPEKPTKE KEEEDMELTA MLGRNNGESS RKKDEEEVQS KHRLIPLGRK IYEFYNAPIV KFWFYTLAYI GYLMLFNYIV LVKMERWPST QEWIVISYIF TLGIEKMREI LMSEPGKLLQ KVKVWLQEYW NVTDLIAILL FSVGMILRLQ DQPFRSDGRV IYCVNIIYWY IRLLDIFGVN KYLGPYVMMI GKMMIDMMYF VIIMLVVLMS FGVARQAILF PNEEPSWKLA KNIFYMPYWM IYGEVFADQI DPPCGQNETR EDGKIIQLPP CKTGAWIVPA IMACYLLVAN ILLVNLLIAV FNNTFFEVKS ISNQVWKFQR YQLIMTFHER PVLPPPLIIF SHMTMIFQHL CCRWRKHESD PDERDYGLKL FITDDELKKV HDFEEQCIEE YFREKDDRFN SSNDERIRVT SERVENMSMR LEEVNEREHS MKASLQTVDI RLAQLEDLIG RMATALERLT GLERAESNKI RSRTSSDCTD AAYIVRQSSF NSQEGNTFKL QESIDPAGEE TMSPTSPTLM PRMRSHSFYS VNMKDKGGIE KLESIFKERS LSLHRATSSH SVAKEPKAPA APANTLAIVP DSRRPSSCID IYVSAMDELH CDIDPLDNSV NILGLGEPSF STPVPSTAPS SSAYATLAPT DRPPSRSIDF EDITSMDTRS FSSDYTHLPE CQNPWDSEPP MYHTIERSKS SRYLATTPFL LEEAPIVKSH SFMFSPSRSY YANFGVPVKT AEYTSITDCI DTRCVNAPQA IADRAAFPGG LGDKVEDLTC CHPEREAELS HPSSDSEENE AKGRRATIAI SSQEGDNSER TLSNNITVPK IERANSYSAE EPSAPYAHTR KSFSISDKLD RQRNTASLRN PFQRSKSSKP EGRGDSLSMR RLSRTSAFQS FESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRIGQGVPVV ALIVEGGPNV ISIVLEYLRD TPPVPVVVCD GSGRASDILA FGHKYSEEGG LINESLRDQL LVTIQKTFTY TRTQAQHLFI ILMECMKKKE LITVFRMGSE GHQDIDLAIL TALLKGANAS APDQLSLALA WNRVDIARSQ IFIYGQQWPV GSLEQAMLDA LVLDRVDFVK LLIENGVSMH RFLTISRLEE LYNTRHGPSN TLYHLVRDVK KREYPGFGWI YFKGNLPPDY RISLIDIGLV IEYLMGGAYR CNYTRKRFRT LYHNLFGPKR PKALKLLGME DDIPLRRGRK TTKKREEEVD IDLDDPEINH FPFPFHELMV WAVLMKRQKM ALFFWQHGEE AMAKALVACK LCKAMAHEAS ENDMVDDISQ ELNHNSRDFG QLAVELLDQS YKQDEQLAMK LLTYELKNWS NATCLQLAVA AKHRDFIAHT CSQMLLTDMW MGRLRMRKNS GLKVILGILL PPSILSLEFK NKDDMPYMSQ AQEIHLQEKE AEEPEKPTKE KEEEDMELTA MLGRNNGESS RKKDEEEVQS KHRLIPLGRK IYEFYNAPIV KFWFYTLAYI GYLMLFNYIV LVKMERWPST QEWIVISYIF TLGIEKMREI LMSEPGKLLQ KVKVWLQEYW NVTDLIAILL FSVGMILRLQ DQPFRSDGRV IYCVNIIYWY IRLLDIFGVN KYLGPYVMMI GKMMIDMMYF VIIMLVVLMS FGVARQAILF PNEEPSWKLA KNIFYMPYWM IYGEVFADQI DPPCGQNETR EDGKIIQLPP CKTGAWIVPA IMACYLLVAN ILLVNLLIAV FNNTFFEVKS ISNQVWKFQR YQLIMTFHER PVLPPPLIIF SHMTMIFQHL CCRWRKHESD PDERDYGLKL FITDDELKKV HDFEEQCIEE YFREKDDRFN SSNDERIRVT SERVENMSMR LEEVNEREHS MKASLQTVDI RLAQLEDLIG RMATALERLT GLERAESNKI RSRTSSDCTD AAYIVRQSSF NSQEGNTFKL QESIDPAGEE TMSPTSPTLM PRMRSHSFYS VNMKDKGGIE KLESIFKERS LSLHRATSSH SVAKEPKAPA APANTLAIVP DSRRPSSCID IYVSAMDELH CDIDPLDNSV NILGLGEPSF STPVPSTAPS SSAYATLAPT DRPPSRSIDF EDITSMDTRS FSSDYTHLPE CQNPWDSEPP MYHTIERSKS SRYLATTPFL LEEAPIVKSH SFMFSPSRSY YANFGVPVKT AEYTSITDCI DTRCVNAPQA IADRAAFPGG LGDKVEDLTC CHPEREAELS HPSSDSEENE AKGRRATIAI SSQEGDNSER TLSNNITVPK IERANSYSAE EPSAPYAHTR KSFSISDKLD RQRNTASLRN PFQRSKSSKP EGRGDSLSMR KLSRTSAFQS FESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.22 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 2.24769741181696e-37 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:73150918C>TN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TRPM3 | |||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000377111 | |||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCF6 | |||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||
DNA changes | g.910903G>A | |||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs41287373
| |||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||
distance from splice site | 551 | |||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 245 / 245 | |||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | |||||||||||||||||||||
strand | -1 | |||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4200 | |||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3905 | |||||||||||||||||||||
length of CDS | 3978 | |||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 910903 | |||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73150918 | |||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | |||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | |||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MPEPWGTVYF LGIAQVFSFL FSWWNLEGVM NQADAPRPLN WTIRKLCHAA FLPSVRLLKA QKSWIERAFY KRECVHIIPS TKDPHRCCCG RLIGQHVGLT PSISVLQNEK NESRLSRNDI QSEKWSISKH TQLSPTDAFG TIEFQGGGHS NKAMYVRVSF DTKPDLLLHL MTKEWQLELP KLLISVHGGL QNFELQPKLK QVFGKGLIKA AMTTGAWIFT GGVNTGVIRH VGDALKDHAS KSRGKICTIG IAPWGIVENQ EDLIGRDVVR PYQTMSNPMS KLTVLNSMHS HFILADNGTT GKYGAEVKLR RQLEKHISLQ KINTRIGQGV PVVALIVEGG PNVISIVLEY LRDTPPVPVV VCDGSGRASD ILAFGHKYSE EGGLINESLR DQLLVTIQKT FTYTRTQAQH LFIILMECMK KKELITVFRM GSEGHQDIDL AILTALLKGA NASAPDQLSL ALAWNRVDIA RSQIFIYGQQ WPVGSLEQAM LDALVLDRVD FVKLLIENGV SMHRFLTISR LEELYNTRHG PSNTLYHLVR DVKKGNLPPD YRISLIDIGL VIEYLMGGAY RCNYTRKRFR TLYHNLFGPK RPKALKLLGM EDDIPLRRGR KTTKKREEEV DIDLDDPEIN HFPFPFHELM VWAVLMKRQK MALFFWQHGE EAMAKALVAC KLCKAMAHEA SENDMVDDIS QELNHNSRDF GQLAVELLDQ SYKQDEQLAM KLLTYELKNW SNATCLQLAV AAKHRDFIAH TCSQMLLTDM WMGRLRMRKN SGLKVILGIL LPPSILSLEF KNKDDMPYMS QAQEIHLQEK EAEEPEKPTK EKEEEDMELT AMLGRNNGES SRKKDEEEVQ SKHRLIPLGR KIYEFYNAPI VKFWFYTLAY IGYLMLFNYI VLVKMERWPS TQEWIVISYI FTLGIEKMRE ILMSEPGKLL QKVKVWLQEY WNVTDLIAIL LFSVGMILRL QDQPFRSDGR VIYCVNIIYW YIRLLDIFGV NKYLGPYVMM IGKMMIDMMY FVIIMLVVLM SFGVARQAIL FPNEEPSWKL AKNIFYMPYW MIYGEVFADQ IDPPCGQNET REDGKIIQLP PCKTGAWIVP AIMACYLLVA NILLVNLLIA VFNNTFFEVK SISNQVWKFQ RYQLIMTFHE RPVLPPPLII FSHMTMIFQH LCCRWRKHES DPDERDYGLK LFITDDELKK VHDFEEQCIE EYFREKDDRF NSSNDERIRV TSERVENMSM RLEEVNEREH SMKASLQTVD IRLAQLEDLI GRMATALERL TGLERAESNK IRSRTSSDCT DAAYIVRQSS FNSQEGNTFK LQESIDPAEH PLYSV* | |||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||
speed | 0.93 s | |||||||||||||||||||||