mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999754448821879 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:114454544T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | SHOC1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000394777 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5VXU9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3299A>G cDNA.3544A>G g.102745A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | E1100G Score: 98 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs7869279
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regulatory features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites | no abrogation of potential splice sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 248 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4113 / 4113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1371 / 1371 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4358 / 4358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 246 / 246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4258 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3544 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 102745 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 114454544 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCCATTATGGAACTAAAAGAAATCTCAAGTTTTTTACCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCCATTATGGAACTAAAAGGAATCTCAAGTTTTTTACCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCCATTATGGAACTAAAAGAAATCTCAAGTTTTTTACCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCCATTATGGAACTAAAAGGAATCTCAAGTTTTTTACCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MSETLGDELE ILRGKMMQRR PRSAEVKYFY FFKILLRLRL AILKYLFIDD KGILFVSSRK HLPTLPTLLS RLKLFLVKDP LLDFKGQIFT EANFSRECFS LQETLEAFVK EDFCMDKVNF CQEKLEDTIC LNEPSSFLIE YEFLIPPSLK PEIDIPSLSE LKELLNPVPE IINYVDEKEK LFERDLTNKH GIEDIGDIKF SSTEILTIQS QSEPEECSKP GELEMPLTPL FLTCQHSSVN SLRTELQTFP LSPVCKINLL TAEESANEYY MMWQLERCRS PLNPFLLTVP RIQEPHSQYS VTDLKKIFSV KEESLVINLE KAEWWKQAGL NLKMMETLEH LNTYLCHDNL SSNDTKIEIF LPTKVLQLES CLEHKSHSSP IALIDEKSTN AHLSLPQKSP SLAKEVPDLC FSDDYFSDKG AAKEEKPKND QEPVNRIIQK KENNDHFELD CTGPSIKSPS SSIIKKASFE HGKKQENDLD LLSDFIMLRN KYKTCTSKTE VTNSDEKHDK EACSLTLQEE SPIVHINKTL EEINQERGTD SVIEIQASDS QCQAFCLLEA AASPILKNLV SLCTLPTANW KFATVIFDQT RFLLKEQEKV VSDAVRQGYL SKAKDIYNSI LGPYLGDIWR QLEIVQFIRG KKPETNYKIQ ELQCQILSWM QSQQQIKVLI IIRMDSDGEK HFLIKILNKI EGLTLTVLHS NERKDFLESE GVLRGTSSCV VVHNQYIGAD FPWSNFSFVV EYNYVEDSCW TKHCKELNIP YMAFKVILPD TVLERSTLLD RFGGFLLEIQ IPYVFFASEG LLNTPDILQL LESNYNISLV ERGCSESLKL FGSSECYVVV TIDEHTAIIL QDLEELNYEK ASDNIIMRLM ALSLQYRYCW IILYTKETLN SEYLLTEKTL HHLALIYAAL VSFGLNSEEL DVKLIIAPGV EATALIIRQI ADHSLMTSKR DPHEWLDKSW LKVSPSEEEM YLLDFPCINP LVAQLMLNKG PSLHWILLAT LCQLQELLPE VPEKVLKHFC SITSLFKIGS SSITKSPQIS SPQENRNQIS TLSSQSSASD LDSVIQEHNE YYQYLGLGET VQEDKTTILN DNSSIMELKE ISSFLPPVTS YNQTSYWKDS SCKSNIGQNT PFLINIESRR PAYNSFLNHS DSESDVFSLG LTQMNCETIK SPTDTQKRVS VVPRFINSQK RRTHEAKGFI NKDVSDPIFS LEGTQSPLHW NFKKNIWEQE NHPFNLQYGA QQTACNKLYS QKGNLFTDQQ KCLSDESEGL TCESSKDETF WRELPSVPSL DLFRASDSNA NQKEFNSLYF YQRAGKSLGQ KRHHESSFNS GDKESLTGFM CSQLPQFKKR RLAYEKVPGR VDGQTRLRFF * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MSETLGDELE ILRGKMMQRR PRSAEVKYFY FFKILLRLRL AILKYLFIDD KGILFVSSRK HLPTLPTLLS RLKLFLVKDP LLDFKGQIFT EANFSRECFS LQETLEAFVK EDFCMDKVNF CQEKLEDTIC LNEPSSFLIE YEFLIPPSLK PEIDIPSLSE LKELLNPVPE IINYVDEKEK LFERDLTNKH GIEDIGDIKF SSTEILTIQS QSEPEECSKP GELEMPLTPL FLTCQHSSVN SLRTELQTFP LSPVCKINLL TAEESANEYY MMWQLERCRS PLNPFLLTVP RIQEPHSQYS VTDLKKIFSV KEESLVINLE KAEWWKQAGL NLKMMETLEH LNTYLCHDNL SSNDTKIEIF LPTKVLQLES CLEHKSHSSP IALIDEKSTN AHLSLPQKSP SLAKEVPDLC FSDDYFSDKG AAKEEKPKND QEPVNRIIQK KENNDHFELD CTGPSIKSPS SSIIKKASFE HGKKQENDLD LLSDFIMLRN KYKTCTSKTE VTNSDEKHDK EACSLTLQEE SPIVHINKTL EEINQERGTD SVIEIQASDS QCQAFCLLEA AASPILKNLV SLCTLPTANW KFATVIFDQT RFLLKEQEKV VSDAVRQGYL SKAKDIYNSI LGPYLGDIWR QLEIVQFIRG KKPETNYKIQ ELQCQILSWM QSQQQIKVLI IIRMDSDGEK HFLIKILNKI EGLTLTVLHS NERKDFLESE GVLRGTSSCV VVHNQYIGAD FPWSNFSFVV EYNYVEDSCW TKHCKELNIP YMAFKVILPD TVLERSTLLD RFGGFLLEIQ IPYVFFASEG LLNTPDILQL LESNYNISLV ERGCSESLKL FGSSECYVVV TIDEHTAIIL QDLEELNYEK ASDNIIMRLM ALSLQYRYCW IILYTKETLN SEYLLTEKTL HHLALIYAAL VSFGLNSEEL DVKLIIAPGV EATALIIRQI ADHSLMTSKR DPHEWLDKSW LKVSPSEEEM YLLDFPCINP LVAQLMLNKG PSLHWILLAT LCQLQELLPE VPEKVLKHFC SITSLFKIGS SSITKSPQIS SPQENRNQIS TLSSQSSASD LDSVIQEHNE YYQYLGLGET VQEDKTTILN DNSSIMELKG ISSFLPPVTS YNQTSYWKDS SCKSNIGQNT PFLINIESRR PAYNSFLNHS DSESDVFSLG LTQMNCETIK SPTDTQKRVS VVPRFINSQK RRTHEAKGFI NKDVSDPIFS LEGTQSPLHW NFKKNIWEQE NHPFNLQYGA QQTACNKLYS QKGNLFTDQQ KCLSDESEGL TCESSKDETF WRELPSVPSL DLFRASDSNA NQKEFNSLYF YQRAGKSLGQ KRHHESSFNS GDKESLTGFM CSQLPQFKKR RLAYEKVPGR VDGQTRLRFF * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.00 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||