mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999754448821879 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:114454544T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | SHOC1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000394779 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001080551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5VXU9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3404A>G cDNA.3649A>G g.102745A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | E1135G Score: 98 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1135 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs7869279
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regulatory features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites | no abrogation of potential splice sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 248 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4218 / 4218 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1406 / 1406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4463 / 4463 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 246 / 246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4067 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4218 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3404 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3649 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 102745 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 114454544 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCCATTATGGAACTAAAAGAAATCTCAAGTTTTTTACCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCCATTATGGAACTAAAAGGAATCTCAAGTTTTTTACCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCCATTATGGAACTAAAAGAAATCTCAAGTTTTTTACCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCCATTATGGAACTAAAAGGAATCTCAAGTTTTTTACCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MSETLGDELE ILRGKMMQRR PRSAEVKYFY FFKILLRLRL AILKYLFIDD KGILFVSSRK HLPTLPTLLS RLKLFLVKDP LLDFKGQIFT EANFSRECFS LQETLEAFVK EDFCMDKVNF CQEKLEDTIC LNEPSSFLIE YEFLIPPSLK PEIDIPSLSE LKELLNPVPE IINYVDEKEK LFERDLTNKH GIEDIGDIKF SSTEILTIQS QSEPEECSKP GELEMPLTPL FLTCQHSSVN SLRTELQTFP LSPVCKINLL TAEESANEYY MMWQLERCRS PLNPFLLTVP RIQEPHSQYS VTDLKKIFSV KEESLVINLE KAEWWKQAGL NLKMMETLEH LNTYLCHDNL SSNDTKIEIF LPTKVLQLES CLEHKSHSSP IALIDEKSTN AHLSLPQKSP SLAKEVPDLC FSDDYFSDKG AAKEEKPKND QEPVNRIIQK KENNDHFELD CTGPSIKSPS SSIIKKASFE HGKKQENDLD LLSDFIMLRN KYKTCTSKTE VTNSDEKHDK EACSLTLQEE SPIVHINKTL EEINQERGTD SVIEIQASDS QCQAFCLLEA AASPILKNLV SLCTLPTANW KFATVIFDQT RFLLKEQEKV VSDAVRQGTI DEREMTFKHA ALLHLLVTIR DVLLTCSLDT ALGYLSKAKD IYNSILGPYL GDIWRQLEIV QFIRGKKPET NYKIQELQCQ ILSWMQSQQQ IKVLIIIRMD SDGEKHFLIK ILNKIEGLTL TVLHSNERKD FLESEGVLRG TSSCVVVHNQ YIGADFPWSN FSFVVEYNYV EDSCWTKHCK ELNIPYMAFK VILPDTVLER STLLDRFGGF LLEIQIPYVF FASEGLLNTP DILQLLESNY NISLVERGCS ESLKLFGSSE CYVVVTIDEH TAIILQDLEE LNYEKASDNI IMRLMALSLQ YRYCWIILYT KETLNSEYLL TEKTLHHLAL IYAALVSFGL NSEELDVKLI IAPGVEATAL IIRQIADHSL MTSKRDPHEW LDKSWLKVSP SEEEMYLLDF PCINPLVAQL MLNKGPSLHW ILLATLCQLQ ELLPEVPEKV LKHFCSITSL FKIGSSSITK SPQISSPQEN RNQISTLSSQ SSASDLDSVI QEHNEYYQYL GLGETVQEDK TTILNDNSSI MELKEISSFL PPVTSYNQTS YWKDSSCKSN IGQNTPFLIN IESRRPAYNS FLNHSDSESD VFSLGLTQMN CETIKSPTDT QKRVSVVPRF INSQKRRTHE AKGFINKDVS DPIFSLEGTQ SPLHWNFKKN IWEQENHPFN LQYGAQQTAC NKLYSQKGNL FTDQQKCLSD ESEGLTCESS KDETFWRELP SVPSLDLFRA SDSNANQKEF NSLYFYQRAG KSLGQKRHHE SSFNSGDKES LTGFMCSQLP QFKKRRLAYE KVPGRVDGQT RLRFF* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MSETLGDELE ILRGKMMQRR PRSAEVKYFY FFKILLRLRL AILKYLFIDD KGILFVSSRK HLPTLPTLLS RLKLFLVKDP LLDFKGQIFT EANFSRECFS LQETLEAFVK EDFCMDKVNF CQEKLEDTIC LNEPSSFLIE YEFLIPPSLK PEIDIPSLSE LKELLNPVPE IINYVDEKEK LFERDLTNKH GIEDIGDIKF SSTEILTIQS QSEPEECSKP GELEMPLTPL FLTCQHSSVN SLRTELQTFP LSPVCKINLL TAEESANEYY MMWQLERCRS PLNPFLLTVP RIQEPHSQYS VTDLKKIFSV KEESLVINLE KAEWWKQAGL NLKMMETLEH LNTYLCHDNL SSNDTKIEIF LPTKVLQLES CLEHKSHSSP IALIDEKSTN AHLSLPQKSP SLAKEVPDLC FSDDYFSDKG AAKEEKPKND QEPVNRIIQK KENNDHFELD CTGPSIKSPS SSIIKKASFE HGKKQENDLD LLSDFIMLRN KYKTCTSKTE VTNSDEKHDK EACSLTLQEE SPIVHINKTL EEINQERGTD SVIEIQASDS QCQAFCLLEA AASPILKNLV SLCTLPTANW KFATVIFDQT RFLLKEQEKV VSDAVRQGTI DEREMTFKHA ALLHLLVTIR DVLLTCSLDT ALGYLSKAKD IYNSILGPYL GDIWRQLEIV QFIRGKKPET NYKIQELQCQ ILSWMQSQQQ IKVLIIIRMD SDGEKHFLIK ILNKIEGLTL TVLHSNERKD FLESEGVLRG TSSCVVVHNQ YIGADFPWSN FSFVVEYNYV EDSCWTKHCK ELNIPYMAFK VILPDTVLER STLLDRFGGF LLEIQIPYVF FASEGLLNTP DILQLLESNY NISLVERGCS ESLKLFGSSE CYVVVTIDEH TAIILQDLEE LNYEKASDNI IMRLMALSLQ YRYCWIILYT KETLNSEYLL TEKTLHHLAL IYAALVSFGL NSEELDVKLI IAPGVEATAL IIRQIADHSL MTSKRDPHEW LDKSWLKVSP SEEEMYLLDF PCINPLVAQL MLNKGPSLHW ILLATLCQLQ ELLPEVPEKV LKHFCSITSL FKIGSSSITK SPQISSPQEN RNQISTLSSQ SSASDLDSVI QEHNEYYQYL GLGETVQEDK TTILNDNSSI MELKGISSFL PPVTSYNQTS YWKDSSCKSN IGQNTPFLIN IESRRPAYNS FLNHSDSESD VFSLGLTQMN CETIKSPTDT QKRVSVVPRF INSQKRRTHE AKGFINKDVS DPIFSLEGTQ SPLHWNFKKN IWEQENHPFN LQYGAQQTAC NKLYSQKGNL FTDQQKCLSD ESEGLTCESS KDETFWRELP SVPSLDLFRA SDSNANQKEF NSLYFYQRAG KSLGQKRHHE SSFNSGDKES LTGFMCSQLP QFKKRRLAYE KVPGRVDGQT RLRFF* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.02 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||