mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 5.96986418915874e-05 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:32632820C>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | HLA-DQB1 | ||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000399082 | ||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.3341G>C | ||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs1130375
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regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K4me3, Histone, Histone 3 Lysine 4 Tri-Methylation PolII, Polymerase, RNA Polymerase II Promoter Associated, Regulatory Feature, Promoter like regulatory feature | ||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 1456 | ||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 46 / 46 | ||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 437 | ||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 341 | ||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 405 | ||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3341 | ||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 32632820 | ||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTTCGTGTTCCAGTTTAAGGGCATGTGCTACTTCACCAACG | ||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTTCGTGTTCCAGTTTAAGGCCATGTGCTACTTCACCAACG | ||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MSWKKALRIP GDLRVATVTL MLAMLSSLLA EGRDSPVEPT VTISPSRTEA LNHHNLLVCS VTDFYPGQIK VRWFRNDQEE TAGVVSTPLI RNGDWTFQIL VMLEMTPQRG DVYTCHVEHP SLQSPITVEW RLLH* | ||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.44 s | ||||||||||||||||||||||||||