mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999979307386 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:148407893C>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | SH3TC2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000512049 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8TF17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1381G>T cDNA.1448G>T g.34834G>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | A461S Score: 99 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 461 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6875902
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regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3846 / 3846 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1282 / 1282 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3913 / 3913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 68 / 68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3846 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1381 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 34834 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 148407893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | AGGAGGAGGCTGAGAACTTCGCCCCCATATTGGCTTTTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | AGGAGGAGGCTGAGAACTTCTCCCCCATATTGGCTTTTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AGGAGGAGGCTGAGAACTTCGCCCCCATATTGGCTTTTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AGGAGGAGGCTGAGAACTTCTCCCCCATATTGGCTTTTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGGCFCIPRE RSLTRGPGKE TPSKDPTVSS ECIASSEYKE KCFLPQNINP DLTLSFCVKS RSRRCVNGPL QEAARRRLWA LENEDQEVRM LFKDLSARLV SIQSQRAQFL ITFKTMEEIW KFSTYLNLEH LLFDHKYWLN CILVEDTEIQ VSVDDKHLET IYLGLLIQEG HFFCRALCSV TPPAEKEGEC LTLCKNELIS VKMAEAGSEL EGVSLVTGQR GLVLVSALEP LPLPFHQWFL KNYPGSCGLS RKRDWTGSYQ IGRGRCKALT GYEPGEKDEL NFYQGESIEI IGFVIPGLQW FIGKSTSSGQ VGFVPTRNID PDSYSPMSRN SAFLSDEERC SLLALGSDKQ TECSSFLHTL ARTDITSVYR LSGFESIQNP PNDLSASQPE GFKEVRPGRA WEEHQAVGSR QSSSSEDSSL EEELLSATSD SYRLPEPDDL DDPELLMDLS TGQEEEAENF APILAFLDHE GYADHFKSLY DFSFSFLTSS FYSFSEEDEF VAYLEASRKW AKKSHMTWAH ARLCFLLGRL SIRKVKLSQA RVYFEEAIHI LNGAFEDLSL VATLYINLAA IYLKQRLRHK GSALLEKAGA LLACLPDRES SAKHELDVVA YVLRQGIVVG SSPLEARACF LAIRLLLSLG RHEEVLPFAE RLQLLSGHPP ASEAVASVLS FLYDKKYLPH LAVASVQQHG IQSAQGMSLP IWQVHLVLQN TTKLLGFPSP GWGEVSALAC PMLRQALAAC EELADRSTQR ALCLILSKVY LEHRSPDGAI HYLSQALVLG QLLGEQESFE SSLCLAWAYL LASQAKKALD VLEPLLCSLK ETESLTQRGV IYNLLGLALQ GEGRVNRAAK SYLRALNRAQ EVGDVHNQAV AMANLGHLSL KSWAQHPARN YLLQAVRLYC ELQASKETDM ELVQVFLWLA QVLVSGHQLT HGLLCYEMAL LFGLRHRHLK SQLQATKSLC HFYSSVSPNP EACITYHEHW LALAQQLRDR EMEGRLLESL GQLYRNLNTA RSLRRSLTCI KESLRIFIDL GETDKAAEAW LGAGRLHYLM QEDELVELCL QAAIQTALKS EEPLLALKLY EEAGDVFFNG TRHRHHAVEY YRAGAVPLAR RLKAVRTELR IFNKLTELQI SLEGYEKALE FATLAARLST VTGDQRQELV AFHRLATVYY SLHMYEMAED CYLKTLSLCP PWLQSPKEAL YYAKVYYRLG RLTFCQLKDA HDATEYFLLA LAAAVLLGDE ELQDTIRSRL DNICQSPLWH SRPSGCSSER ARWLSGGGLA L* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGGCFCIPRE RSLTRGPGKE TPSKDPTVSS ECIASSEYKE KCFLPQNINP DLTLSFCVKS RSRRCVNGPL QEAARRRLWA LENEDQEVRM LFKDLSARLV SIQSQRAQFL ITFKTMEEIW KFSTYLNLEH LLFDHKYWLN CILVEDTEIQ VSVDDKHLET IYLGLLIQEG HFFCRALCSV TPPAEKEGEC LTLCKNELIS VKMAEAGSEL EGVSLVTGQR GLVLVSALEP LPLPFHQWFL KNYPGSCGLS RKRDWTGSYQ IGRGRCKALT GYEPGEKDEL NFYQGESIEI IGFVIPGLQW FIGKSTSSGQ VGFVPTRNID PDSYSPMSRN SAFLSDEERC SLLALGSDKQ TECSSFLHTL ARTDITSVYR LSGFESIQNP PNDLSASQPE GFKEVRPGRA WEEHQAVGSR QSSSSEDSSL EEELLSATSD SYRLPEPDDL DDPELLMDLS TGQEEEAENF SPILAFLDHE GYADHFKSLY DFSFSFLTSS FYSFSEEDEF VAYLEASRKW AKKSHMTWAH ARLCFLLGRL SIRKVKLSQA RVYFEEAIHI LNGAFEDLSL VATLYINLAA IYLKQRLRHK GSALLEKAGA LLACLPDRES SAKHELDVVA YVLRQGIVVG SSPLEARACF LAIRLLLSLG RHEEVLPFAE RLQLLSGHPP ASEAVASVLS FLYDKKYLPH LAVASVQQHG IQSAQGMSLP IWQVHLVLQN TTKLLGFPSP GWGEVSALAC PMLRQALAAC EELADRSTQR ALCLILSKVY LEHRSPDGAI HYLSQALVLG QLLGEQESFE SSLCLAWAYL LASQAKKALD VLEPLLCSLK ETESLTQRGV IYNLLGLALQ GEGRVNRAAK SYLRALNRAQ EVGDVHNQAV AMANLGHLSL KSWAQHPARN YLLQAVRLYC ELQASKETDM ELVQVFLWLA QVLVSGHQLT HGLLCYEMAL LFGLRHRHLK SQLQATKSLC HFYSSVSPNP EACITYHEHW LALAQQLRDR EMEGRLLESL GQLYRNLNTA RSLRRSLTCI KESLRIFIDL GETDKAAEAW LGAGRLHYLM QEDELVELCL QAAIQTALKS EEPLLALKLY EEAGDVFFNG TRHRHHAVEY YRAGAVPLAR RLKAVRTELR IFNKLTELQI SLEGYEKALE FATLAARLST VTGDQRQELV AFHRLATVYY SLHMYEMAED CYLKTLSLCP PWLQSPKEAL YYAKVYYRLG RLTFCQLKDA HDATEYFLLA LAAAVLLGDE ELQDTIRSRL DNICQSPLWH SRPSGCSSER ARWLSGGGLA L* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.71 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||