mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999836750142 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr20:61870727G>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | BIRC7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000342412 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_022161 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q96CA5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.3493G>C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs1077019
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 37 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
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length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 215 / 215 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1063 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 798 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 843 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3493 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 61870727 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TAGGAGGGGTCAGTCCAGCCGAGGCCCAGAGGGCGTGGTGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TAGGAGGGGTCAGTCCAGCCCAGGCCCAGAGGGCGTGGTGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGPKDSAKCL HRGPQPSHWA AGDGPTQERC GPRSLGSPVL GLDTCRAWDH VDGQILGQLR PLTEEEEEEG AGATLSRGPA FPGMGSEELR LASFYDWPLT AEVPPELLAA AGFFHTGHQD KVRCFFCYGG LQSWKRGDDP WTEHAKWFPS CQFLLRSKGR DFVHSVQETH SQLLGSWDPW EEPEDAAPVA PSVPASGYPE LPTPRREVQS ESAQEPGARD VEAQLRRLQE ERTCKVCLDR AVSIVFVPCG HLVCAECAPG LQLCPICRAP VRSRVRTFLS * | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.01 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||