mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999997850855149 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr11:3659993G>TN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | ART5 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000397067 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | 3'UTR | |||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | cDNA.903C>A g.3554C>A | |||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2271586
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites | splice site change occurs after stopcodon (at aa 257)
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distance from splice site | 157 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | signal is predicted to be ok | |||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 131 / 131 | |||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | |||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 747 | |||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 566 | |||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 720 | |||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 903 | |||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3554 | |||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3659993 | |||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | AACGGGTGACCTTCATATGACGAAGAGGCACCTCCAGCAGC | |||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | AACGGGTGACCTTCATATGAAGAAGAGGCACCTCCAGCAGC | |||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AACGGGTGACCTTCATATGACGAAGAGGCACCTCCAGCAGC | |||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AACGGGTGACCTTCATATGAAGAAGAGGCACCTCCAGCAGC | |||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MALAALMIAL GSLGLHTWQA QAVPILPLGL APDTFDDTYV GCAEEMEEKA APLLKEEMAH HALLRESWEA AQETWEDKRR GLTLPPGFKA QNGIAIMVYT NSSNTLYWEL NQAVRTGGGS RELYMRHFPF KALHFYLIRA LQLLRGSGGC SRGPGEVVFR GVGSLRFEPK RLGDSVRLGQ FASSSLDKAV AHRFGEKRRG CVSAPGVQLG SQSEGASSLP PWKTLLLAPG EFQLSGVGP* | |||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.06 s | |||||||||||||||||||||||||||||||