mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 4.39044341992632e-06 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr1:54661150C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | CYB5RL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000401046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q6IPT4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | 5'UTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | cDNA.117G>A g.4560G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs946448
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regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites | splice site change before start ATG (at aa -85) |
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distance from splice site | 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
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length of protein | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 379 / 379 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 679 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 4560 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 54661150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTATCACCGAGATCTGGCAAGGTGGGAGGCAGCCCAAGCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTATCACCGAGATCTGGCAAAGTGGGAGGCAGCCCAAGCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTATCACCGAGATCTGGCAAGGTGGGAGGCAGCCCAAGCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTATCACCGAGATCTGGCAAAGTGGGAGGCAGCCCAAGCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGLMSRYVES WRVGDTAFWR GPFGDFFYKP NQYGELLLLA AGTGLAPMVP ILQSITDNEN DETFVTLVGC FKTFESIYLK TFLQEQARFW NVRTFFVLSQ ESSSEQLPWS YQEKTHFGHL GQDLIKELVS CCRRKPFALV CGSAEFTKDI ARCLLCAGLT EDSYFLF* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.83 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||