mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999883933458 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:130475442A>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | CFAP157 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000373293 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5JU67 | |||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.6175A>C | |||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs497632
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regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 288 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
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length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 736 / 736 | |||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 987 | |||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 201 | |||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 381 | |||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 6175 | |||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 130475442 | |||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACCTCAGGCTGCTGTCATATATCACCCGTGTGGGGACCT | |||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACCTCAGGCTGCTGTCATCTATCACCCGTGTGGGGACCT | |||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGTEVGISWT RVGTGATVGL LPPHPHQQMH RDEEDSDVDV TFQPWHKEML QQLLVMLSST VATRPQKAAC PHQESQSHGP PKESVPWAPT QRSGNAEQRC SGEGARRRGP ETRPLRTPEG WAGRAP* | |||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.54 s | |||||||||||||||||||||||||||||||