mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.996459000397328 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr11:85436352G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | SYTL2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000359152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCH5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2720C>T cDNA.2720C>T g.85833C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | T907M Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 907 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs641393
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regulatory features | H3K27ac, Histone, Histone 3 Lysine 27 Acetylation H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K4me1, Histone, Histone 3 Lysine 4 Mono-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 1278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5343 / 5343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1781 / 1781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5343 / 5343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 85833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 85436352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TAGGGTACACCCTTCTCAAACGGAAATTTCGGAGACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TAGGGTACACCCTTCTCAAATGGAAATTTCGGAGACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TAGGGTACACCCTTCTCAAACGGAAATTTCGGAGACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TAGGGTACACCCTTCTCAAATGGAAATTTCGGAGACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MINSSLSMLF SYLEKYFYVA DELSHCVEPE PSQVPGGSSR DRQQGKPPPL PALKAKTSSR SGPYATEIKK STDDSIFKVL DWFNRSSYSD DNKSFLQHPR GIESKEKTDS KSQVAVDLVT DDTTLRENGS KTLSPSKIEL KPVRSDSPFQ AEGDMLVSES CQDNNVNIKS KFMNLSQKGT PKEGPGILQP FESYGTPSQG SKNMDYSQDS KSPGKGNGAS PSNSNYSYSV LKESDAENQV PCNTNNIGNL GEEEPKFHAH EENRGHSEVN FDSSTVVKEP GLKDNMNAER KSKVGNTYIL KASLEPENIK STPGVANNGS PWKKPEVQFQ QEAGEVPKNQ VQREKYKRVS DRISFWEGEK AGAKITHEKP TSSCSQEQPS AKAYQPVKKS QGVSSMDSLS TDQSEYNQAI PKRVVLDEDD QASQLSNSYS SNKSKETKPQ IAGPSRYYLS AEQSDKVSLF QNKKNEPIKR SQVADSLPSR RNITLPALQP PSNVGSERHA PLEKDRPLVR ESNANFKVMS LKERMDEPNA EQVYNPSQFE NLRKFWDLEA NSNSKDNDKN ITTTSQKNSA PFNRQKHKEF SDIKLSGKNT HEAEVLLSPK KVMAREEMEK LNSKGILQVL PDEITFPLSP LRKYTYQLPG NESSKENVEK NTEGIVTPVF KEEKDYSEQE IQESIIKTNV LSKDCKDTFN DSLQKLLSET STPAIQPSGG KVHGKQVLEP SVSENRTWPQ KTDFADTEEE VKGPEKIINE HVDKTVVHPK VKRNSLTASL DKLLKEATGT SPSPLQAKLA PVITGTNSKL EEGRFFGKGI EQSHNTSADK REILAPFPVR DETFGNTALL KKAESGECQL STQNLIQMAA EDSHPLDPTS QLSRKGSFGD VASPPQDMLF PQDAHLVPQA RVHPSQTEIS ETVEKVILPP RPVLNDVSAA LQKLCGEVWL SYPAGREVGP GEVNPEFPEA VQPVCSPLNP PGVISPWATM DTIVPDRKDF YSSNVVPDKT HEVGSYLAAQ MSPSDQTLSS FASIVAQYGK GLPQEVEEIV RETIVQPKSE FLEFSAGLEK LLKEETETFP SKYESDTGNL SPSKLIGSTE EPRRATSECH PEELKETVEK AEAPLITESA FDAGFEKLLK EITEAPPYQP QVSVREETHE KESSQSEQTR FLGTVPHFYR AASQTSEMKD KSNGLESQVN QCDKMLGGDA LVTDLLVDFC GSRSGVEIPR TPQLYVAHEI GTIKTVTPPE DRDSESGVAG GQGTLQEPGF GEASEAISVS RNRQPIPLLM NKENSTKTSK VELTLASPYM KQEKEEEKEG FSESDFSDGN TSSNAESWRN PSSSEEEPSP VLKTLERSAA RKMPSKSLED ISSDSSNQAK VDNQPEELVR SAEDVSTVPT QPDNPFSHPD KLKRMSKSVP AFLQDESDDR ETDTASESSY QLSRHKKSPS SLTNLSSSSG MTSLSSVSGS VMSVYSGDFG NLEVKGNIQF AIEYVESLKE LHVFVAQCKD LAAADVKKQR SDPYVKAYLL PDKGKMGKKK TLVVKKTLNP VYNEILRYKI EKQILKTQKL NLSIWHRDTF KRNSFLGEVE LDLETWDWDN KQNKQLRWYP LKRKTAPVAL EAENRGEMKL ALQYVPEPVP GKKLPTTGEV HIWVKECLDL PLLRGSHLNS FVKCTILPDT SRKSRQKTRA VGKTTNPIFN HTMVYDGFRP EDLMEACVEL TVWDHYKLTN QFLGGLRIGF GTGKSYGTEV DWMDSTSEEV ALWEKMVNSP NTWIEATLPL RMLLIAKISK * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MINSSLSMLF SYLEKYFYVA DELSHCVEPE PSQVPGGSSR DRQQGKPPPL PALKAKTSSR SGPYATEIKK STDDSIFKVL DWFNRSSYSD DNKSFLQHPR GIESKEKTDS KSQVAVDLVT DDTTLRENGS KTLSPSKIEL KPVRSDSPFQ AEGDMLVSES CQDNNVNIKS KFMNLSQKGT PKEGPGILQP FESYGTPSQG SKNMDYSQDS KSPGKGNGAS PSNSNYSYSV LKESDAENQV PCNTNNIGNL GEEEPKFHAH EENRGHSEVN FDSSTVVKEP GLKDNMNAER KSKVGNTYIL KASLEPENIK STPGVANNGS PWKKPEVQFQ QEAGEVPKNQ VQREKYKRVS DRISFWEGEK AGAKITHEKP TSSCSQEQPS AKAYQPVKKS QGVSSMDSLS TDQSEYNQAI PKRVVLDEDD QASQLSNSYS SNKSKETKPQ IAGPSRYYLS AEQSDKVSLF QNKKNEPIKR SQVADSLPSR RNITLPALQP PSNVGSERHA PLEKDRPLVR ESNANFKVMS LKERMDEPNA EQVYNPSQFE NLRKFWDLEA NSNSKDNDKN ITTTSQKNSA PFNRQKHKEF SDIKLSGKNT HEAEVLLSPK KVMAREEMEK LNSKGILQVL PDEITFPLSP LRKYTYQLPG NESSKENVEK NTEGIVTPVF KEEKDYSEQE IQESIIKTNV LSKDCKDTFN DSLQKLLSET STPAIQPSGG KVHGKQVLEP SVSENRTWPQ KTDFADTEEE VKGPEKIINE HVDKTVVHPK VKRNSLTASL DKLLKEATGT SPSPLQAKLA PVITGTNSKL EEGRFFGKGI EQSHNTSADK REILAPFPVR DETFGNTALL KKAESGECQL STQNLIQMAA EDSHPLDPTS QLSRKGSFGD VASPPQDMLF PQDAHLVPQA RVHPSQMEIS ETVEKVILPP RPVLNDVSAA LQKLCGEVWL SYPAGREVGP GEVNPEFPEA VQPVCSPLNP PGVISPWATM DTIVPDRKDF YSSNVVPDKT HEVGSYLAAQ MSPSDQTLSS FASIVAQYGK GLPQEVEEIV RETIVQPKSE FLEFSAGLEK LLKEETETFP SKYESDTGNL SPSKLIGSTE EPRRATSECH PEELKETVEK AEAPLITESA FDAGFEKLLK EITEAPPYQP QVSVREETHE KESSQSEQTR FLGTVPHFYR AASQTSEMKD KSNGLESQVN QCDKMLGGDA LVTDLLVDFC GSRSGVEIPR TPQLYVAHEI GTIKTVTPPE DRDSESGVAG GQGTLQEPGF GEASEAISVS RNRQPIPLLM NKENSTKTSK VELTLASPYM KQEKEEEKEG FSESDFSDGN TSSNAESWRN PSSSEEEPSP VLKTLERSAA RKMPSKSLED ISSDSSNQAK VDNQPEELVR SAEDVSTVPT QPDNPFSHPD KLKRMSKSVP AFLQDESDDR ETDTASESSY QLSRHKKSPS SLTNLSSSSG MTSLSSVSGS VMSVYSGDFG NLEVKGNIQF AIEYVESLKE LHVFVAQCKD LAAADVKKQR SDPYVKAYLL PDKGKMGKKK TLVVKKTLNP VYNEILRYKI EKQILKTQKL NLSIWHRDTF KRNSFLGEVE LDLETWDWDN KQNKQLRWYP LKRKTAPVAL EAENRGEMKL ALQYVPEPVP GKKLPTTGEV HIWVKECLDL PLLRGSHLNS FVKCTILPDT SRKSRQKTRA VGKTTNPIFN HTMVYDGFRP EDLMEACVEL TVWDHYKLTN QFLGGLRIGF GTGKSYGTEV DWMDSTSEEV ALWEKMVNSP NTWIEATLPL RMLLIAKISK * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.70 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||