mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 9.14577656320414e-10 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr11:85436352G>AN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | SYTL2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000527523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCH5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.85833C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs641393
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regulatory features | H3K27ac, Histone, Histone 3 Lysine 27 Acetylation H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K4me1, Histone, Histone 3 Lysine 4 Mono-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 2587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
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length of protein | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 232 / 232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2795 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 85833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 85436352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TAGGGTACACCCTTCTCAAACGGAAATTTCGGAGACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TAGGGTACACCCTTCTCAAATGGAAATTTCGGAGACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MSGQWFYEAK AKRHRDKIHG ADIIRASMRK KRPQIAAEQS KDRENGAKES WVNNVNKDAF LPPELAGVVE EPEEDAAPAS PSSSVVNPAS SVIDMSQENT RKPNVSPEKR KNPFNSSKLP EGHSSQQTKN EQSKNGRTGL FQTSKEDELS ESKEKSTVAD TSIQKLEKSK QTLPGLSNGS QIKAPIPKAR KMIYKSTDLN KDDNQSFPRQ RTDSLKARGA PRGILKRNSS SSSTDSETLR YNHNFEPKSK IVSPGLTIHE RISEKEHSLE DNSSPNSLEP LKHVRFSAVK DELPQSPGLI HGREVGEFSV LESDRLKNGM EDAGDTEEFQ SDPKPSQYRK PSLFHQSTSS PYVSKSETHQ PMTSGSFPIN GLHSHSEVLT ARPQSMENSP TINEPKDKSS ELTRLESVLP RSPADELSHC VEPEPSQVPG GSSRDRQQGS EEEPSPVLKT LERSAARKMP SKSLEDISSD SSNQAKVDNQ PEELVRSAED DEKPDQKPVT NECVPRISTV PTQPDNPFSH PDKLKRMSKS VPAFLQDESD DRETDTASES SYQLSRHKKS PSSLTNLSSS SGMTSLSSVS GSVMSVYSGD FGNLEVKGNI QFAIEYVESL KELHVFVAQC KDLAAADVKK QRSDPYVKAY LLPDKGKMGK KKTLVVKKTL NPVYNEILRY KIEKQILKTQ KLNLSIWHRD TFKRNSFLGE VELDLETWDW DNKQNKQLRW YPLKRKTAPV ALEAENRGEM KLALQYVPEP VPGKKLPTTG EVHIWVKECL DLPLLRGSHL NSFVKCTILP DTSRKSRQKT RAVGKTTNPI FNHTMVYDGF RPEDLMEACV ELTVWDHYKL TNQFLGGLRI GFGTGKSYGT EVDWMDSTSE EVALWEKMVN SPNTWIEATL PLRMLLIAKI SK* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.81 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||