mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.99999990239582 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr12:133306589C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | POLE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000455752 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q07864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.106799G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs10781634
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regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H4K20me1, Histone, Histone 4 Lysine 20 mono-methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 48724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
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length of protein | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6730 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6894 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 106799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133306589 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAGAGACCAAAGGCCCCCCGTGGGGAGGAAGCCCATCTGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAGAGACCAAAGGCCCCCCATGGGGAGGAAGCCCATCTGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MSRPLGLKSF PRHKQAPLPL SLTFHGCLLL RRDDGATSSV SALKRLERSQ WTDKMDLRFG FERLKEPGEK TGWLINMHPT EILDEDKRLG SAVDYYFIQD DGSRFKVALP YKPYFYIATR KGCEREVSSF LSKKFQGKIA KVETVPKEDL DLPNHLVGLK RNYIRLSFHT VEDLVKVRKE ISPAVKKNRE QDHASDAYTA LLSSVLQRGG VITDEEETSK KIADQLDNIV DMREYDVPYH IRLSIDLKIH VAHWYNVRYR GNAFPVEITR RDDLVERPDP VVLAFDIETT KLPLKFPDAE TDQIMMISYM IDGQGYLITN REIVSEDIED FEFTPKPEYE GPFCVFNEPD EAHLIQRWFE HVQETKPTIM VTYNGDFFDW PFVEARAAVH GLSMQQEIGF QKDSQGEYKA PQCIHMDCLR WVKRDSYLPV GSHNLKAAAK AKLGYDPVEL DPEDMCRMAT EQPQTLATYS VSDAVATYYL YMKYVHPFIF ALCTIIPMEP DEVLRKGSGT LCEALLMVQA FHANIIFPNK QEQEFNKLTD DGHVLDSETY VGGHVEALES GVFRSDIPCR FRMNPAAFDF LLQRVEKTLR HALEEEEKVP VEQVTNFEEV CDEIKSKLAS LKDVPSRIEC PLIYHLDVGA MYPNIILTNR LQPSAMVDEA TCAACDFNKP GANCQRKMAW QWRGEFMPAS RSEYHRIQHQ LESEKFPPLF PEGPARAFHE LSREEQAKYE KRRLADYCRK AYKKIHITKV EERLTTICQR ENSFYVDTVR AFRDRRYEFK GLHKVWKKKL SAAVEVGDAA EVKRCKNMEV LYDSLQLAHK CILNSFYGYV MRKGARWYSM EMAGIVCFTG ANIITQAREL IEQIGRPLEL DTDGIWCVLP NSFPENFVFK TTNVKKPKVT ISYPGAMLNI MVKEGFTNDQ YQELAEPSSL TYVTRSENSI FFEVDGPYLA MILPASKEEG KKLKKRYAVF NEDGSLAELK GFEVKRRGEL QLIKIFQSSV FEAFLKGSTL EEVYGSVAKV ADYWLDVLYS KAANMPDSEL FELISENRSM SRKLEDYGEQ KSTSISTAKR LAEFLGDQMV KDAGLSCRYI ISRKPEGSPV TERAIPLAIF QAEPTVRKHF LRKWLKSSSL QDFDIRAILD WDYYIERLGS AIQKIITIPA ALQQVKNPVP RVKHPDWLHK KLLEKNDVYK QKKISELFTL EGRRQVTMAE ASEDSPRPSA PDMEDFGLVK LPHPAAPVTV KRKRVLWESQ EESQDLTPTV PWQEILGQPP ALGTSQEEWL VWLRFHKKKW QLQARQRLAR RKRQRLESAE GVLRPGAIRD GPATGLGSFL RRTARSILDL PWQIVQISET SQAGLFRLWA LVGSDLHCIR LSIPRVFYVN QRVAKAEEGA SYRKVNRVLP RSNMVYNLYE YSVPEDMYQE HINEINAELS APDIEGVYET QVPLLFRALV HLGCVCVVNK QLVRHLSGWE AETFALEHLE MRSLAQFSYL EPGSIRHIYL YHHAQAHKAL FGIFIPSQRR ASVFVLDTVR SNQMPSLGAL YSAEHGLLLE KVGPELLPPP KHTFEVRAET DLKTICRAIQ RFLLAYKEER RGPTLIAVQS SWELKRLASE IPVLEEFPLV PICVADKINY GVLDWQRHGA RRMIRHYLNL DTCLSQAFEM SRYFHIPIGN LPEDISTFGS DLFFARHLQR HNHLLWLSPT ARPDLGGKEA DDNCLVMEFD DQATVEINSS GCYSTVCVEL DLQNLAVNTI LQSHHVNDME GADSMGISFD VIQQASLEDM ITGGQAASAP ASYDETALCS NTFRILKSMV VGWVKEITQY HNIYADNQVM HFYRWLRSPS SLLHDPALHR TLHNMMKKLF LQLIAEFKRL GSSVIYANFN RIILCTKKRR VEDAIAYVEY ITSSIHSKET FHSLTISFSR CWEFLLWMDP SNYGGIKGKV SSRIHCGLQD SQKAGGAEDE QENEDDEEER DGEEEEEAEE SNVEDLLENN WNILQFLPQA ASCQNYFLMI VSAYIVAVYH CMKDGLRRSA PGSTPVRRRG ASQLSQEAEG AVGALPGMIT FSQDYVANEL TQSFFTITQK IQKKVTGSRN STELSEMFPV LPGSHLLLNN PALEFIKYVC KVLSLDTNIT NQVNKLNRDL LRLVDVGEFS EEAQFRDPCR SYVLPEVICR SCNFCRDLDL CKDSSFSEDG AVLPQWLCSN CQAPYDSSAI EMTLVEVLQK KLMAFTLQDL VCLKCRGVKE TSMPVYCSCA GDFALTIHTQ VFMEQIGIFR NIAQHYGMSY LLETLEWLLQ KNPQLGH* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.12 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||