mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999998838797468 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | ||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:30314567C>AN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||
HGNC symbol | RPP21 | |||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000436442 | |||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001199121 | |||||||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | |||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||
alteration region | 3'UTR | |||||||||||||||||||||
DNA changes | cDNA.455C>A g.1660C>A | |||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs974963
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regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H4K20me1, Histone, Histone 4 Lysine 20 mono-methylation | |||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites | splice site change occurs after stopcodon (at aa 149)
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distance from splice site | 68 | |||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||
protein features | N/A | |||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||
poly(A) signal | signal is predicted to be ok | |||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 4 / 4 | |||||||||||||||||||||
chromosome | 6 | |||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 378 | |||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 324 | |||||||||||||||||||||
length of CDS | 435 | |||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 455 | |||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1660 | |||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 30314567 | |||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTGAGGAGAAAATGCAGACTCAGGGTTCCAGTAACCAGTGA | |||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTGAGGAGAAAATGCAGACTAAGGGTTCCAGTAACCAGTGA | |||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTGAGGAGAAAATGCAGACTCAGGGTTCCAGTAACCAGTGA | |||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTGAGGAGAAAATGCAGACTAAGGGTTCCAGTAACCAGTGA | |||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAGPVKDREA FQRLNFLYQA AHCVLAQDPE NQALARFYCY TERTIAKRLV LRRDPSVKRT LCRGCSSLLV PGLTCTQRQR RCRGQRWTVQ TCLTCQRSQR FLNDPGHLLW GDRPEAQLGS QAGERFQTTT TLAKHSPLHF RPPS* | |||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||
speed | 0.43 s | |||||||||||||||||||||