mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999081 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr1:1551927T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MIB2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000360522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q96AX9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.43T>C cDNA.259T>C g.1133T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | F15L Score: 22 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs7418389
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regulatory features | Promoter Associated, Regulatory Feature, Promoter like regulatory feature H3K4me2, Histone, Histone 3 Lysine 4 Di-Methylation PolII, Polymerase, RNA Polymerase II H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature H4K20me1, Histone, Histone 4 Lysine 20 mono-methylation H3K9ac, Histone, Histone 3 Lysine 9 Acetylation H3K4me3, Histone, Histone 3 Lysine 4 Tri-Methylation DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 2937 / 2937 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 979 / 979 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3153 / 3153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 217 / 217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2648 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2937 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 259 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1551927 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTAGAGGCCAGTCCCAAAGTTTCCAGGCATCAGGGCTGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTAGAGGCCAGTCCCAAAGTCTCCAGGCATCAGGGCTGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTAGAGGCCAGTCCCAAAGTTTCCAGGCATCAGGGCTGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTAGAGGCCAGTCCCAAAGTCTCCAGGCATCAGGGCTGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGWKPSEARG QSQSFQASGL QPRSLKAARR ATGRPDRSRA ARPTMDPSAH RSRAAPPNMD PDPQAGVQVG MRVVRGVDWK WGQQDGGEGG VGTVVELGRH GSPSTPDRTV VVQWDQGTRT NYRAGYQGAH DLLLYDNAQI GVRHPNIICD CCKKHGLRGM RWKCRVCLDY DLCTQCYMHN KHELAHAFDR YETAHSRPVT LSPRQGLPRI PLRGIFQGAK VVRGPDWEWG SQDGGEGKPG RVVDIRGWDV ETGRSVASVT WADGTTNVYR VGHKGKVDLK CVGEAAGGFY YKDHLPRLGK PAELQRRVSA DSQPFQHGDK VKCLLDTDVL REMQEGHGGW NPRMAEFIGQ TGTVHRITDR GDVRVQFNHE TRWTFHPGAL TKALGRVGKV VKVFGDGNLR VAVAGQRWTF SPSCLVAYRP EEDANLDVAE RARENKSSLS VALDKLRAQK SDPEHPGRLV VEVALGNAAR ALDLLRRRPE QVDTKNQGRT ALQVAAYLGQ VELIRLLLQA RAGVDLPDDE GNTALHYAAL GNQPEATRVL LSAGCRADAI NSTQSTALHV AVQRGFLEVV RALCERGCDV NLPDAHSDTP LHSAISAGTG ASGIVEVLTE VPNIDVTATN SQGFTLLHHA SLKGHALAVR KILARARQLV DAKKEDGFTA LHLAALNNHR EVAQILIREG RCDVNVRNRK LQSPLHLAVQ QAHVGLVPLL VDAGCSVNAE DEEGDTALHV ALQRHQLLPL VADGAGGDPG PLQLLSRLQA SGLPGSAELT VGAAVACFLA LEGADVSYTN HRGRSPLDLA AEGRVLKALQ GCAQRFRERQ AGGGAAPGPR QTLGTPNTVT NLHVGAAPGP EAAECLVCSE LALLVLFSPC QHRTVCEECA RRMKKCIRCQ VVVSKKLRPD GSEVASAAPA PGPPRQLVEE LQSRYRQMEE RITCPICIDS HIRLVFQCGH GACAPCGSAL SACPICRQPI RDRIQIFV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGWKPSEARG QSQSLQASGL QPRSLKAARR ATGRPDRSRA ARPTMDPSAH RSRAAPPNMD PDPQAGVQVG MRVVRGVDWK WGQQDGGEGG VGTVVELGRH GSPSTPDRTV VVQWDQGTRT NYRAGYQGAH DLLLYDNAQI GVRHPNIICD CCKKHGLRGM RWKCRVCLDY DLCTQCYMHN KHELAHAFDR YETAHSRPVT LSPRQGLPRI PLRGIFQGAK VVRGPDWEWG SQDGGEGKPG RVVDIRGWDV ETGRSVASVT WADGTTNVYR VGHKGKVDLK CVGEAAGGFY YKDHLPRLGK PAELQRRVSA DSQPFQHGDK VKCLLDTDVL REMQEGHGGW NPRMAEFIGQ TGTVHRITDR GDVRVQFNHE TRWTFHPGAL TKALGRVGKV VKVFGDGNLR VAVAGQRWTF SPSCLVAYRP EEDANLDVAE RARENKSSLS VALDKLRAQK SDPEHPGRLV VEVALGNAAR ALDLLRRRPE QVDTKNQGRT ALQVAAYLGQ VELIRLLLQA RAGVDLPDDE GNTALHYAAL GNQPEATRVL LSAGCRADAI NSTQSTALHV AVQRGFLEVV RALCERGCDV NLPDAHSDTP LHSAISAGTG ASGIVEVLTE VPNIDVTATN SQGFTLLHHA SLKGHALAVR KILARARQLV DAKKEDGFTA LHLAALNNHR EVAQILIREG RCDVNVRNRK LQSPLHLAVQ QAHVGLVPLL VDAGCSVNAE DEEGDTALHV ALQRHQLLPL VADGAGGDPG PLQLLSRLQA SGLPGSAELT VGAAVACFLA LEGADVSYTN HRGRSPLDLA AEGRVLKALQ GCAQRFRERQ AGGGAAPGPR QTLGTPNTVT NLHVGAAPGP EAAECLVCSE LALLVLFSPC QHRTVCEECA RRMKKCIRCQ VVVSKKLRPD GSEVASAAPA PGPPRQLVEE LQSRYRQMEE RITCPICIDS HIRLVFQCGH GACAPCGSAL SACPICRQPI RDRIQIFV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.06 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||