mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999081 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr1:1551927T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MIB2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000378710 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q96AX9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.43T>C cDNA.259T>C g.1133T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | F15L Score: 22 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs7418389
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regulatory features | Promoter Associated, Regulatory Feature, Promoter like regulatory feature H3K4me2, Histone, Histone 3 Lysine 4 Di-Methylation PolII, Polymerase, RNA Polymerase II H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature H4K20me1, Histone, Histone 4 Lysine 20 mono-methylation H3K9ac, Histone, Histone 3 Lysine 9 Acetylation H3K4me3, Histone, Histone 3 Lysine 4 Tri-Methylation DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 2934 / 2934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 978 / 978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3150 / 3150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 217 / 217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2645 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 259 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1551927 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTAGAGGCCAGTCCCAAAGTTTCCAGGCATCAGGGCTGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTAGAGGCCAGTCCCAAAGTCTCCAGGCATCAGGGCTGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTAGAGGCCAGTCCCAAAGTTTCCAGGCATCAGGGCTGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTAGAGGCCAGTCCCAAAGTCTCCAGGCATCAGGGCTGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGWKPSEARG QSQSFQASGL QPRSLKAARR ATGRPDRSRA ARPTMDPSAH RSRAAPPNMD PDPQAGVQVG MRVVRGVDWK WGQQDGGEGG VGTVVELGRH GSPSTPDRTV VVQWDQGTRT NYRAGYQGAH DLLLYDNAQI GVRHPNIICD CCKKHGLRGM RWKCRVCLDY DLCTQCYMHN KHELAHAFDR YETAHSRPVT LSPRQGLPRI PLRGIFQGAK VVRGPDWEWG SQDGGEGKPG RVVDIRGWDV ETGRSVASVT WADGTTNVYR VGHKGKVDLK CVGEAAGGFY YKDHLPRLGK PAELQRRVSA DSQPFQHGDK VKCLLDTDVL REMQEGHGGW NPRMAEHHSF WVGDVVRVIG DLDTVKRLQA GHGEWTDDMA PALGRVGKVV KVFGDGNLRV AVAGQRWTFS PSCLVAYRPE EDANLDVAER ARENKSSLSV ALDKLRAQKS DPEHPGRLVV EVALGNAARA LDLLRRRPEQ VDTKNQGRTA LQVAAYLGQV ELIRLLLQAR AGVDLPDDEG NTALHYAALG NQPEATRVLL SAGCRADAIN STQSTALHVA VQRGFLEVVR ALCERGCDVN LPDAHSDTPL HSAISAGTGA SGIVEVLTEV PNIDVTATNS QGFTLLHHAS LKGHALAVRK ILARARQLVD AKKEDGFTAL HLAALNNHRE VAQILIREGR CDVNVRNRKL QSPLHLAVQQ AHVGLVPLLV DAGCSVNAED EEGDTALHVA LQRHQLLPLV ADGAGGDPGP LQLLSRLQAS GLPGSAELTV GAAVACFLAL EGADVSYTNH RGRSPLDLAA EGRVLKALQG CAQRFRERQA GGGAAPGPRQ TLGTPNTVTN LHVGAAPGPE AAECLVCSEL ALLVLFSPCQ HRTVCEECAR RMKKCIRCQV VVSKKLRPDG SEVASAAPAP GPPRQLVEEL QSRYRQMEER ITCPICIDSH IRLVFQCGHG ACAPCGSALS ACPICRQPIR DRIQIFV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGWKPSEARG QSQSLQASGL QPRSLKAARR ATGRPDRSRA ARPTMDPSAH RSRAAPPNMD PDPQAGVQVG MRVVRGVDWK WGQQDGGEGG VGTVVELGRH GSPSTPDRTV VVQWDQGTRT NYRAGYQGAH DLLLYDNAQI GVRHPNIICD CCKKHGLRGM RWKCRVCLDY DLCTQCYMHN KHELAHAFDR YETAHSRPVT LSPRQGLPRI PLRGIFQGAK VVRGPDWEWG SQDGGEGKPG RVVDIRGWDV ETGRSVASVT WADGTTNVYR VGHKGKVDLK CVGEAAGGFY YKDHLPRLGK PAELQRRVSA DSQPFQHGDK VKCLLDTDVL REMQEGHGGW NPRMAEHHSF WVGDVVRVIG DLDTVKRLQA GHGEWTDDMA PALGRVGKVV KVFGDGNLRV AVAGQRWTFS PSCLVAYRPE EDANLDVAER ARENKSSLSV ALDKLRAQKS DPEHPGRLVV EVALGNAARA LDLLRRRPEQ VDTKNQGRTA LQVAAYLGQV ELIRLLLQAR AGVDLPDDEG NTALHYAALG NQPEATRVLL SAGCRADAIN STQSTALHVA VQRGFLEVVR ALCERGCDVN LPDAHSDTPL HSAISAGTGA SGIVEVLTEV PNIDVTATNS QGFTLLHHAS LKGHALAVRK ILARARQLVD AKKEDGFTAL HLAALNNHRE VAQILIREGR CDVNVRNRKL QSPLHLAVQQ AHVGLVPLLV DAGCSVNAED EEGDTALHVA LQRHQLLPLV ADGAGGDPGP LQLLSRLQAS GLPGSAELTV GAAVACFLAL EGADVSYTNH RGRSPLDLAA EGRVLKALQG CAQRFRERQA GGGAAPGPRQ TLGTPNTVTN LHVGAAPGPE AAECLVCSEL ALLVLFSPCQ HRTVCEECAR RMKKCIRCQV VVSKKLRPDG SEVASAAPAP GPPRQLVEEL QSRYRQMEER ITCPICIDSH IRLVFQCGHG ACAPCGSALS ACPICRQPIR DRIQIFV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.98 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||