mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.994554955299878 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr4:154514965T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TMEM131L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000440693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | A2VDJ0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1685T>C cDNA.1737T>C g.127468T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M562T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs17370297
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4581 / 4581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1527 / 1527 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4633 / 4633 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 53 / 53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4255 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1685 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1737 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 127468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 154514965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTATAGGTTTGGCACTGATATGCAGATGATTAATTTCACAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTATAGGTTTGGCACTGATACGCAGATGATTAATTTCACAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTGCAAGTTTGGCACTGATATGCAGATGATTAATTTCACAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTGCAAGTTTGGCACTGATACGCAGATGATTAATTTCACAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAGLRRPQPG CYCRTAAAVN LLLGVFQVLL PCCRPGGAQG QAIEPLPNVV ELWQAEEGEL LLPTQGDSEE GLEEPSQEQS FSDKLFSGKG LHFQPSVLDF GIQFLGHPVA KILHAYNPSR DSEVVVNSVF AAAGHFHVPP VPCRVIPAMG KTSFRIIFLP TEEGSIESSL FINTSSYGVL SYHVSGIGTR RISTEGSAKQ LPNAYFLLPK VQSIQLSQMQ AETTNTSLLQ VQLECSLHNK VCQQLKGCYL ESDDVLRLQM SIMVTMENFS KEFEENTQHL LDHLSIVYVA TDESETSDDS AVNMYILHSG NSLIWIQDIR HFSQRDALSL QFEPVLLPTS TTNFTKIASF TCKAATSCDS GIIEDVKKTT HTPTLKACLF SSVAQGYFRM DSSATQFHIE THENTSGLWS IWYRNHFDRS VVLNDVFLSK ETKHMLKILN FTGPLFLPPG CWNIFSLKLA VKDIAINLFT NVFLTTNIGA IFAIPLQIYS APTKEGSLGF EVIAHCGMHY FMGKSKAGNP NWNGSLSLDQ STWNVDSELA NKLYERWKKY KNGDVCKFGT DMQMINFTTG EFQLTEACPY LGTHSEESRF GILHLHLQPL EMKRVGVVFT PADYGKVTSL ILIRNNLTVI DMIGVEGFGA RELLKVGGRL PGAGGSLRFK VPESTLMDCR RQLKDSKQIL SITKNFKVEN IGPLPITVSS LKINGYNCQG YGFEVLDCHQ FSLDPNTSRD ISIVFTPDFT SSWVIRDLSL VTAADLEFRF TLNVTLPHHL LPLCADVVPG PSWEESFWRL TVFFVSLSLL GVILIAFQQA QYILMEFMKT RQRQNASSSS QQNNGPMDVI SPHSYKSNCK NFLDTYGPSD KGRGKNCLPV NTPQSRIQNA AKRSPATYGH SQKKHKCSVY YSKHKTSTAA ASSTSTTTEE KQTSPLGSSL PAAKEDICTD AMRENWISLR YASGINVNLQ KNLTLPKNLL NKEENTLKNT IVFSNPSSEC SMKEGIQTCM FPKETDIKTS ENTAEFKERE LCPLKTSKKL PENHLPRNSP QYHQPDLPEI SRKNNGNNQQ VPVKNEVDHC ENLKKVDTKP SSEKKIHKTS REDMFSEKQD IPFVEQEDPY RKKKLQEKRE GNLQNLNWSK SRTCRKNKKR GVAPVSRPPE QSDLKLVCSD FERSELSSDI NVRSWCIQES TREVCKADAE IASSLPAAQR EAEGYYQKPE KKCVDKFCSD SSSDCGSSSG SVRASRGSWG SWSSTSSSDG DKKPMVDAQH FLPAGDSVSQ NDFPSEAPIS LNLSHNICNP MTVNSLPQYA EPSCPSLPAG PTGVEEDKGL YSPGDLWPTP PVCVTSSLNC TLENGVPCVI QESAPVHNSF IDWSATCEGQ FSSAYCPLEL NDYNAFPEEN MNYANGFPCP ADVQTDFIDH NSQSTWNTPP NMPAAWGHAS FISSPPYLTS TRSLSPMSGL FGSIWAPQSD VYENCCPINP TTEHSTHMEN QAVVCKEYYP GFNPFRAYMN LDIWTTTANR NANFPLSRDS SYCGNV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MAGLRRPQPG CYCRTAAAVN LLLGVFQVLL PCCRPGGAQG QAIEPLPNVV ELWQAEEGEL LLPTQGDSEE GLEEPSQEQS FSDKLFSGKG LHFQPSVLDF GIQFLGHPVA KILHAYNPSR DSEVVVNSVF AAAGHFHVPP VPCRVIPAMG KTSFRIIFLP TEEGSIESSL FINTSSYGVL SYHVSGIGTR RISTEGSAKQ LPNAYFLLPK VQSIQLSQMQ AETTNTSLLQ VQLECSLHNK VCQQLKGCYL ESDDVLRLQM SIMVTMENFS KEFEENTQHL LDHLSIVYVA TDESETSDDS AVNMYILHSG NSLIWIQDIR HFSQRDALSL QFEPVLLPTS TTNFTKIASF TCKAATSCDS GIIEDVKKTT HTPTLKACLF SSVAQGYFRM DSSATQFHIE THENTSGLWS IWYRNHFDRS VVLNDVFLSK ETKHMLKILN FTGPLFLPPG CWNIFSLKLA VKDIAINLFT NVFLTTNIGA IFAIPLQIYS APTKEGSLGF EVIAHCGMHY FMGKSKAGNP NWNGSLSLDQ STWNVDSELA NKLYERWKKY KNGDVCKFGT DTQMINFTTG EFQLTEACPY LGTHSEESRF GILHLHLQPL EMKRVGVVFT PADYGKVTSL ILIRNNLTVI DMIGVEGFGA RELLKVGGRL PGAGGSLRFK VPESTLMDCR RQLKDSKQIL SITKNFKVEN IGPLPITVSS LKINGYNCQG YGFEVLDCHQ FSLDPNTSRD ISIVFTPDFT SSWVIRDLSL VTAADLEFRF TLNVTLPHHL LPLCADVVPG PSWEESFWRL TVFFVSLSLL GVILIAFQQA QYILMEFMKT RQRQNASSSS QQNNGPMDVI SPHSYKSNCK NFLDTYGPSD KGRGKNCLPV NTPQSRIQNA AKRSPATYGH SQKKHKCSVY YSKHKTSTAA ASSTSTTTEE KQTSPLGSSL PAAKEDICTD AMRENWISLR YASGINVNLQ KNLTLPKNLL NKEENTLKNT IVFSNPSSEC SMKEGIQTCM FPKETDIKTS ENTAEFKERE LCPLKTSKKL PENHLPRNSP QYHQPDLPEI SRKNNGNNQQ VPVKNEVDHC ENLKKVDTKP SSEKKIHKTS REDMFSEKQD IPFVEQEDPY RKKKLQEKRE GNLQNLNWSK SRTCRKNKKR GVAPVSRPPE QSDLKLVCSD FERSELSSDI NVRSWCIQES TREVCKADAE IASSLPAAQR EAEGYYQKPE KKCVDKFCSD SSSDCGSSSG SVRASRGSWG SWSSTSSSDG DKKPMVDAQH FLPAGDSVSQ NDFPSEAPIS LNLSHNICNP MTVNSLPQYA EPSCPSLPAG PTGVEEDKGL YSPGDLWPTP PVCVTSSLNC TLENGVPCVI QESAPVHNSF IDWSATCEGQ FSSAYCPLEL NDYNAFPEEN MNYANGFPCP ADVQTDFIDH NSQSTWNTPP NMPAAWGHAS FISSPPYLTS TRSLSPMSGL FGSIWAPQSD VYENCCPINP TTEHSTHMEN QAVVCKEYYP GFNPFRAYMN LDIWTTTANR NANFPLSRDS SYCGNV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.78 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||