mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999996 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr2:219903258T>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | CFAP65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000453220 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q6ZU64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.196A>C cDNA.205A>C g.2992A>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M66L Score: 15 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6736922
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5778 / 5778 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1926 / 1926 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5787 / 5787 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 10 / 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5703 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5643 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5778 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 219903258 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTGGACTGTGTCCCAAGGACATGATGCTCACCCAGGCTCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTGGACTGTGTCCCAAGGACCTGATGCTCACCCAGGCTCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTGGACTGTGTCCCAAGGACATGATGCTCACCCAGGCTCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTGGACTGTGTCCCAAGGACCTGATGCTCACCCAGGCTCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MFTLTGCRLV EKTQKVENPS VSFASSFPLI PLLLRGKSVQ KKQAESKSQI KLHTQSAPFG LCPKDMMLTQ APSSVVRSRN SRNHTVNSGG SCLSASTVAI PAINDSSAAM SACSTISAQP ASSMDTQMHS PKKQERVNKR VIWGIEVAEE LHWKGWELGK ETTRNLVLKN RSLKLQKMKY RPPKTKFFFT VIPQPIFLSP GITLTLPIVF RPLEAKEYMD QLWFEKAEGM FCVGLRATLP CHRLICRPPS LQLPMCAVGD TTEAFFCLDN VGDLPTFFTW EFSSPFQMLP ATGLLEPGQA SQIKVTFQPL TAVIYEVQAT CWYGAGSRQR SSIQLQAVAK CAQLLVSIKH KCPEDQDAEG FQKLLYFGSV AVGCTSERQI RLHNPSAVNA PFRIEISPDE LAEDQAFSCP TAHGIVLPGE KKCVSVFFHP KTLDTRTVDY CSIMPSGCAS KTLLKVVGFC RGPAVSLQHY CVNFSWVNLG ERSEQPLWIE NQSDCTAHFQ FAIDCLESVF TIRPAFGTLV GKARMTLHCA FQPTHPIICF RRVACLIHHQ DPLFLDLMGT CHSDSTKPAI LKPQHLTWYR THLARGLTLY PPDILDAMLK EKKLAQDQNG ALMIPIQDLE DMPAPQYPYI PPMTEFFFDG TSDITIFPPP ISVEPVEVDF GACPGPEAPN PVPLCLMNHT KGKIMVVWTR RSDCPFWVTP ESCDVPPLKS MAMRLHFQPP HPNCLYTVEL EAFAIYKVLQ SYSNIEEDCT MCPSWCLTVR ARGHSYFAGF EHHIPQYSLD VPKLFPAVSS GEPTYRSLLL VNKDCKLLTF SLAPQRGSDV ILRPTSGLVA PGAHQIILIC TYPEGSSWKQ HTFYLQCNAS PQYLKEVSMY SREEPLQLKL DTHKSLYFKP TWVGCSSTSP FTFRNPSRLP LQFEWRVSEQ HRKLLAVQPS RGLIQPNERL TLTWTFSPLE ETKYLFQVGM WVWEAGLSPN ANPAATTHYM LRLVGVGLTS SLSAKEKELA FGNVLVNSKQ SRFLVLLNDG NCTLYYRLYL EQGSPEAVDN HPLALQLDRT EGSMPPRSQD TICLTACPKQ RSQYSWTITY SLLSHRDNKA GEKQELCCVS LVAVYPLLSI LDVSSMGSAE GITRKHLWRL FSLDLLNSYL ERDPTPCELT YKVPTRHSMS QIPPVLTPLR LDFNFGAAPF KAPPSVVFLA LKNSGVVSLD WAFLLPSDQR IDVELWAEQA ELNSTELHQM RVQDNCLFSI SPKAGSLSPG QEQMVELKYS HLFIGTDHLP VLFKVSHGRE ILLNFIGVTV KPEQKYVHFT STTHQFIPIP IGDTLPPRQI YELYNGGSVP VTYEVQTDVL SQVQEKNFDH PIFCCLNPKG EIQPGSTARV LWIFSPIEAK TYTVDVPIHI LGWNSALIHF QGVGYNPHMM GDTAPFHNIS SWDNSSIHSR LVVPGQNVFL SQSHISLGNI PVQSKCSRLL FLNNISKNEE IAFSWQPSPL DFGEVSVSPM IGVVAPEETV PFVVTLRASV HASFYSADLV CKLYSQQLMR QYHKELQEWK DEKVRQEVEF TITDMKVKKR TCCTACEPAR KYKTLPPIKN QQSVSRPASW KLQTPKEEVS WPCPQPPSPG MLCLGLTARA HATDYFLANF FSEFPCHFLH RELPKRKAPR EESETSEEKS PNKWGPVSKQ KKQLLVDILT TIIRGLLEDK NFHEAVDQSL VEQVPYFRQF WNEQSTKFMD QKNSLYLMPI LPVPSSSWED GKGKQPKEDR PEHYPGLGKK EEGEEEKGEE EEEELEEEEE EEEETEEEEL GKEEIEEKEE ERDEKEEKVS WAGIGPTPQP ESQESMQWQW QQQLNVMVKE EQEQDEKEAI RRLPAFANLQ EALLENMIQN ILVEASRGEV VLTSRPRVIA LPPFCVPRSL TPDTLLPTQQ AEVLHPVVPL PTDLP* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MFTLTGCRLV EKTQKVENPS VSFASSFPLI PLLLRGKSVQ KKQAESKSQI KLHTQSAPFG LCPKDLMLTQ APSSVVRSRN SRNHTVNSGG SCLSASTVAI PAINDSSAAM SACSTISAQP ASSMDTQMHS PKKQERVNKR VIWGIEVAEE LHWKGWELGK ETTRNLVLKN RSLKLQKMKY RPPKTKFFFT VIPQPIFLSP GITLTLPIVF RPLEAKEYMD QLWFEKAEGM FCVGLRATLP CHRLICRPPS LQLPMCAVGD TTEAFFCLDN VGDLPTFFTW EFSSPFQMLP ATGLLEPGQA SQIKVTFQPL TAVIYEVQAT CWYGAGSRQR SSIQLQAVAK CAQLLVSIKH KCPEDQDAEG FQKLLYFGSV AVGCTSERQI RLHNPSAVNA PFRIEISPDE LAEDQAFSCP TAHGIVLPGE KKCVSVFFHP KTLDTRTVDY CSIMPSGCAS KTLLKVVGFC RGPAVSLQHY CVNFSWVNLG ERSEQPLWIE NQSDCTAHFQ FAIDCLESVF TIRPAFGTLV GKARMTLHCA FQPTHPIICF RRVACLIHHQ DPLFLDLMGT CHSDSTKPAI LKPQHLTWYR THLARGLTLY PPDILDAMLK EKKLAQDQNG ALMIPIQDLE DMPAPQYPYI PPMTEFFFDG TSDITIFPPP ISVEPVEVDF GACPGPEAPN PVPLCLMNHT KGKIMVVWTR RSDCPFWVTP ESCDVPPLKS MAMRLHFQPP HPNCLYTVEL EAFAIYKVLQ SYSNIEEDCT MCPSWCLTVR ARGHSYFAGF EHHIPQYSLD VPKLFPAVSS GEPTYRSLLL VNKDCKLLTF SLAPQRGSDV ILRPTSGLVA PGAHQIILIC TYPEGSSWKQ HTFYLQCNAS PQYLKEVSMY SREEPLQLKL DTHKSLYFKP TWVGCSSTSP FTFRNPSRLP LQFEWRVSEQ HRKLLAVQPS RGLIQPNERL TLTWTFSPLE ETKYLFQVGM WVWEAGLSPN ANPAATTHYM LRLVGVGLTS SLSAKEKELA FGNVLVNSKQ SRFLVLLNDG NCTLYYRLYL EQGSPEAVDN HPLALQLDRT EGSMPPRSQD TICLTACPKQ RSQYSWTITY SLLSHRDNKA GEKQELCCVS LVAVYPLLSI LDVSSMGSAE GITRKHLWRL FSLDLLNSYL ERDPTPCELT YKVPTRHSMS QIPPVLTPLR LDFNFGAAPF KAPPSVVFLA LKNSGVVSLD WAFLLPSDQR IDVELWAEQA ELNSTELHQM RVQDNCLFSI SPKAGSLSPG QEQMVELKYS HLFIGTDHLP VLFKVSHGRE ILLNFIGVTV KPEQKYVHFT STTHQFIPIP IGDTLPPRQI YELYNGGSVP VTYEVQTDVL SQVQEKNFDH PIFCCLNPKG EIQPGSTARV LWIFSPIEAK TYTVDVPIHI LGWNSALIHF QGVGYNPHMM GDTAPFHNIS SWDNSSIHSR LVVPGQNVFL SQSHISLGNI PVQSKCSRLL FLNNISKNEE IAFSWQPSPL DFGEVSVSPM IGVVAPEETV PFVVTLRASV HASFYSADLV CKLYSQQLMR QYHKELQEWK DEKVRQEVEF TITDMKVKKR TCCTACEPAR KYKTLPPIKN QQSVSRPASW KLQTPKEEVS WPCPQPPSPG MLCLGLTARA HATDYFLANF FSEFPCHFLH RELPKRKAPR EESETSEEKS PNKWGPVSKQ KKQLLVDILT TIIRGLLEDK NFHEAVDQSL VEQVPYFRQF WNEQSTKFMD QKNSLYLMPI LPVPSSSWED GKGKQPKEDR PEHYPGLGKK EEGEEEKGEE EEEELEEEEE EEEETEEEEL GKEEIEEKEE ERDEKEEKVS WAGIGPTPQP ESQESMQWQW QQQLNVMVKE EQEQDEKEAI RRLPAFANLQ EALLENMIQN ILVEASRGEV VLTSRPRVIA LPPFCVPRSL TPDTLLPTQQ AEVLHPVVPL PTDLP* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.14 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||