mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999992 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr19:51170706A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | SHANK1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000391814 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y566 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.4535T>C cDNA.4623T>C g.52002T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | V1512A Score: 64 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1512 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3745521
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regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 1258 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6510 / 6510 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2170 / 2170 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6598 / 6598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 89 / 89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5881 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6510 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 4535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 4623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 52002 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 51170706 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTGCCAGCCCCGGGCCCCTGTGACGAGCGGAAGGGGTCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTGCCAGCCCCGGGCCCCTGCGACGAGCGGAAGGGGTCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTGCCAGCCCCGGGCCCCTGTGACGAGCGGAAGGGGTCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTGCCAGCCCCGGGCCCCTGCGACGAGCGGAAGGGGTCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MTHSPATSED EERHSASECP EGGSESDSSP DGPGRGPRGT RGQGSGAPGS LASVRGLQGR SMSVPDDAHF SMMVFRIGIP DLHQTKCLRF NPDATIWTAK QQVLCALSES LQDVLNYGLF QPATSGRDAN FLEEERLLRE YPQSFEKGVP YLEFRYKTRV YKQTNLDEKQ LAKLHTKTGL KKFLEYVQLG TSDKVARLLD KGLDPNYHDS DSGETPLTLA AQTEGSVEVI RTLCLGGAHI DFRARDGMTA LHKAACARHC LALTALLDLG GSPNYKDRRG LTPLFHTAMV GGDPRCCELL LFNRAQLGIA DENGWQEIHQ ACQRGHSQHL EHLLFYGAEP GAQNASGNTA LHICALYNKE TCARILLYRG ADKDVKNNNG QTPFQVAVIA GNFELGELIR NHREQDVVPF QESPKYAARR RGPPGTGLTV PPALLRANSD TSMALPDWMV FSAPGAASSG APGPTSGSQG QSQPSAPTTK LSSGTLRSAS SPRGARARSP SRGRHPEDAK RQPRGRPSSS GTPREGPAGG TGGSGGPGGS LGSRGRRRKL YSAVPGRSFM AVKSYQAQAE GEISLSKGEK IKVLSIGEGG FWEGQVKGRV GWFPSDCLEE VANRSQESKQ ESRSDKAKRL FRHYTVGSYD SFDAPSLMDG IGPGSDYIIK EKTVLLQKKD SEGFGFVLRG AKAQTPIEEF TPTPAFPALQ YLESVDEGGV AWRAGLRMGD FLIEVNGQNV VKVGHRQVVN MIRQGGNTLM VKVVMVTRHP DMDEAVHKKA PQQAKRLPPP TISLRSKSMT SELEEMVSPW KKKSEYEQQP APVPSMEKKR TVYQMALNKL DEILAAAQQT ISASESPGPG GLASLGKHRP KGFFATESSF DPHHRAQPSY ERPSFLPPGP GLMLRQKSIG AAEDDRPYLA PPAMKFSRSL SVPGSEDIPP PPTTSPPEPP YSTPPVPSSS GRLTPSPRGG PFNPGSGGPL PASSPASFDG PSPPDTRVGS REKSLYHSGP LPPAHHHPPH HHHHHAPPPQ PHHHHAHPPH PPEMETGGSP DDPPPRLALG PQPSLRGWRG GGPSPTPGAP SPSHHGSAGG GGGSSQGPAL RYFQLPPRAA SAAMYVPARS GRGRKGPLVK QTKVEGEPQK GGGLPPAPSP TSPASPQPPP AVAAPSEKNS IPIPTIIIKA PSTSSSGRSS QGSSTEAEPP TQPEPTGGGG GGGSSPSPAP AMSPVPPSPS PVPTPASPSG PATLDFTSQF GAALVGAARR EGGWQNEARR RSTLFLSTDA GDEDGGDGGL GTGAAPGPRL RHSKSIDEGM FSAEPYLRLE SAGSGAGYGG YGAGSRAYGG GGGSSAFTSF LPPRPLVHPL TGKALDPASP LGLALAARER ALKESSEGGG APQPPPRPPS PRYEAPPPTP HHHSPHAHHE PVLRLWGASP PDPARRELGY RAGLGSQEKS LPASPPAARR SLLHRLPPTA PGVGPLLLQL GTEPPAPHPG VSKPWRSAAP EEPERLPLHV RFLENCQPRA PVTSGRGPPS EDGPGVPPPS PRRSVPPSPT SPRASEENGL PLLVLPPPAP SVDVEDGEFL FVEPLPPPLE FSNSFEKPES PLTPGPPHPL PDTPAPATPL PPVPPPAVAA APPTLDSTAS SLTSYDSEVA TLTQGASAAP GDPHPPGPPA PAAPAPAAPQ PGPDPPPGTD SGIEEVDSRS SSDHPLETIS SASTLSSLSA EGGGSAGGGG GAGAGVASGP ELLDTYVAYL DGQAFGGSST PGPPYPPQLM TPSKLRGRAL GASGGLRPGP SGGLRDPVTP TSPTVSVTGA GTDGLLALRA CSGPPTAGVA GGPVAVEPEV PPVPLPTASS LPRKLLPWEE GPGPPPPPLP GPLAQPQASA LATVKASIIS ELSSKLQQFG GSSAAGGALP WARGGSGGGG DSHHGGASYV PERTSSLQRQ RLSDDSQSSL LSKPVSSLFQ NWPKPPLPPL PTGTGVSPTA AAAPGATSPS ASSSSTSTRH LQGVEFEMRP PLLRRAPSPS LLPASEHKVS PAPRPSSLPI LPSGPLYPGL FDIRGSPTGG AGGSADPFAP VFVPPHPGIS GGLGGALSGA SRSLSPTRLL SLPPDKPFGA KPLGFWTKFD VADWLEWLGL AEHRAQFLDH EIDGSHLPAL TKEDYVDLGV TRVGHRMNID RALKFFLER* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MTHSPATSED EERHSASECP EGGSESDSSP DGPGRGPRGT RGQGSGAPGS LASVRGLQGR SMSVPDDAHF SMMVFRIGIP DLHQTKCLRF NPDATIWTAK QQVLCALSES LQDVLNYGLF QPATSGRDAN FLEEERLLRE YPQSFEKGVP YLEFRYKTRV YKQTNLDEKQ LAKLHTKTGL KKFLEYVQLG TSDKVARLLD KGLDPNYHDS DSGETPLTLA AQTEGSVEVI RTLCLGGAHI DFRARDGMTA LHKAACARHC LALTALLDLG GSPNYKDRRG LTPLFHTAMV GGDPRCCELL LFNRAQLGIA DENGWQEIHQ ACQRGHSQHL EHLLFYGAEP GAQNASGNTA LHICALYNKE TCARILLYRG ADKDVKNNNG QTPFQVAVIA GNFELGELIR NHREQDVVPF QESPKYAARR RGPPGTGLTV PPALLRANSD TSMALPDWMV FSAPGAASSG APGPTSGSQG QSQPSAPTTK LSSGTLRSAS SPRGARARSP SRGRHPEDAK RQPRGRPSSS GTPREGPAGG TGGSGGPGGS LGSRGRRRKL YSAVPGRSFM AVKSYQAQAE GEISLSKGEK IKVLSIGEGG FWEGQVKGRV GWFPSDCLEE VANRSQESKQ ESRSDKAKRL FRHYTVGSYD SFDAPSLMDG IGPGSDYIIK EKTVLLQKKD SEGFGFVLRG AKAQTPIEEF TPTPAFPALQ YLESVDEGGV AWRAGLRMGD FLIEVNGQNV VKVGHRQVVN MIRQGGNTLM VKVVMVTRHP DMDEAVHKKA PQQAKRLPPP TISLRSKSMT SELEEMVSPW KKKSEYEQQP APVPSMEKKR TVYQMALNKL DEILAAAQQT ISASESPGPG GLASLGKHRP KGFFATESSF DPHHRAQPSY ERPSFLPPGP GLMLRQKSIG AAEDDRPYLA PPAMKFSRSL SVPGSEDIPP PPTTSPPEPP YSTPPVPSSS GRLTPSPRGG PFNPGSGGPL PASSPASFDG PSPPDTRVGS REKSLYHSGP LPPAHHHPPH HHHHHAPPPQ PHHHHAHPPH PPEMETGGSP DDPPPRLALG PQPSLRGWRG GGPSPTPGAP SPSHHGSAGG GGGSSQGPAL RYFQLPPRAA SAAMYVPARS GRGRKGPLVK QTKVEGEPQK GGGLPPAPSP TSPASPQPPP AVAAPSEKNS IPIPTIIIKA PSTSSSGRSS QGSSTEAEPP TQPEPTGGGG GGGSSPSPAP AMSPVPPSPS PVPTPASPSG PATLDFTSQF GAALVGAARR EGGWQNEARR RSTLFLSTDA GDEDGGDGGL GTGAAPGPRL RHSKSIDEGM FSAEPYLRLE SAGSGAGYGG YGAGSRAYGG GGGSSAFTSF LPPRPLVHPL TGKALDPASP LGLALAARER ALKESSEGGG APQPPPRPPS PRYEAPPPTP HHHSPHAHHE PVLRLWGASP PDPARRELGY RAGLGSQEKS LPASPPAARR SLLHRLPPTA PGVGPLLLQL GTEPPAPHPG VSKPWRSAAP EEPERLPLHV RFLENCQPRA PATSGRGPPS EDGPGVPPPS PRRSVPPSPT SPRASEENGL PLLVLPPPAP SVDVEDGEFL FVEPLPPPLE FSNSFEKPES PLTPGPPHPL PDTPAPATPL PPVPPPAVAA APPTLDSTAS SLTSYDSEVA TLTQGASAAP GDPHPPGPPA PAAPAPAAPQ PGPDPPPGTD SGIEEVDSRS SSDHPLETIS SASTLSSLSA EGGGSAGGGG GAGAGVASGP ELLDTYVAYL DGQAFGGSST PGPPYPPQLM TPSKLRGRAL GASGGLRPGP SGGLRDPVTP TSPTVSVTGA GTDGLLALRA CSGPPTAGVA GGPVAVEPEV PPVPLPTASS LPRKLLPWEE GPGPPPPPLP GPLAQPQASA LATVKASIIS ELSSKLQQFG GSSAAGGALP WARGGSGGGG DSHHGGASYV PERTSSLQRQ RLSDDSQSSL LSKPVSSLFQ NWPKPPLPPL PTGTGVSPTA AAAPGATSPS ASSSSTSTRH LQGVEFEMRP PLLRRAPSPS LLPASEHKVS PAPRPSSLPI LPSGPLYPGL FDIRGSPTGG AGGSADPFAP VFVPPHPGIS GGLGGALSGA SRSLSPTRLL SLPPDKPFGA KPLGFWTKFD VADWLEWLGL AEHRAQFLDH EIDGSHLPAL TKEDYVDLGV TRVGHRMNID RALKFFLER* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.15 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||