mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999986 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:117103973A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | AKNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000374088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q7Z591 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3907T>C cDNA.4124T>C g.52713T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S1303P Score: 74 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2250242
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regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H4K20me1, Histone, Histone 4 Lysine 20 mono-methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4320 / 4320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1440 / 1440 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4537 / 4537 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 218 / 218 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3907 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 4124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 52713 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 117103973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CCACCACGAGGAGAAAAGCATCTTCAACTCCCAGCCCCAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CCACCACGAGGAGAAAAGCACCTTCAACTCCCAGCCCCAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CCACCACGAGGAGAAAAGCATCTTCAACTCCCAGCCCCAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CCACCACGAGGAGAAAAGCACCTTCAACTCCCAGCCCCAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MASSETEIRW AEPGLGKGPQ RRRWAWAEDK RDVDRSSSQS WEEERLFPNA TSPELLEDFR LAQQHLPPLE WDPHPQPDGH QDSESGETSG EEAEAEDVDS PASSHEPLAW LPQQGRQLDM TEEEPDGTLG SLEVEEAGES SSRLGYEAGL SLEGHGNTSP MALGHGQARG WVASGEQASG DKLSEHSEVN PSVELSPARS WSSGTVSLDH PSDSLDSTWE GETDGPQPTA LAETLPEGPS HHLLSPDGRT GGSVARATPM EFQDSSAPPA QSPQHATDRW RRETTRFFCP QPKEHIWKQT KTSPKPLPSR FIGSISPLNP QPRPTRQGRP LPRQGATLAG RSSSNAPKYG RGQLNYPLPD FSKVGPRVRF PKDESYRPPK SRSHNRKPQA PARPLIFKSP AEIVQEVLLS SGEAALAKDT PPAHPITRVP QEFQTPEQAT ELVHQLQEDY HRLLTKYAEA ENTIDQLRLG AKVNLFSDPP QPNHSIHTGM VPQGTKVLSF TIPQPRSAEW WPGPAEDPQA SAASGWPSAR GDLSPSSLTS MPTLGWLPEN RDISEDQSSA EQTQALASQA SQFLAKVESF ERLIQAGRLM PQDQVKGFQR LKAAHAALEE EYLKACREQH PAQPLAGSKG TPGRFDPRRE LEAEIYRLGS CLEELKEHID QTQQEPEPPG SDSALDSTPA LPCLHQPTHL PAPSGQAPMP AIKTSCPEPA TTTAAASTGP CPLHVNVEVS SGNSEVEDRP QDPLARLRHK ELQMEQVYHG LMERYLSVKS LPEAMRMEEE EEGEEEEEEE GGGDSLEVDG VAATPGKAEA TRVLPRQCPV QAEKSHGAPL EEATEKMVSM KPPGFQASLA RDGHMSGLGK AEAAPPGPGV PPHPPGTKSA ASHQSSMTSL EGSGISERLP QKPLHRGGGP HLEETWMASP ETDSGFVGSE TSRVSPLTQT PEHRLSHIST AGTLAQPFAA SVPRDGASYP KARGSLIPRR ATEPSTPRSQ AQRYLSSPSG PLRQRAPNFS LERTLAAEMA VPGSEFEGHK RISEQPLPNK TISPPPAPAP AAAPLPCGPT ETIPSFLLTR AGRDQAICEL QEEVSRLRLR LEDSLHQPLQ GSPTRPASAF DRPARTRGRP ADSPATWGSH YGSKSTERLP GEPRGEEQIV PPGRQRARSS SVPREVLRLS LSSESELPSL PLFSEKSKTT KDSPQAARDG KRGVGSAGWP DRVTFRGQYT GHEYHVLSPK AVPKGNGTVS CPHCRPIRTQ DAGGAVTGDP LGPPPADTLQ CPLCGQVGSP PEADGPGSAT SGAEKATTRR KASSTPSPKQ RSKQAGSSPR PPPGLWYLAT APPAPAPPAF AYISSVPIMP YPPAAVYYAP AGPTSAQPAA KWPPTASPPP ARRHRHSIQL DLGDLEELNK ALSRAVQAAE SVRSTTRQMR SSLSADLRQA HSLRGSCLF* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MASSETEIRW AEPGLGKGPQ RRRWAWAEDK RDVDRSSSQS WEEERLFPNA TSPELLEDFR LAQQHLPPLE WDPHPQPDGH QDSESGETSG EEAEAEDVDS PASSHEPLAW LPQQGRQLDM TEEEPDGTLG SLEVEEAGES SSRLGYEAGL SLEGHGNTSP MALGHGQARG WVASGEQASG DKLSEHSEVN PSVELSPARS WSSGTVSLDH PSDSLDSTWE GETDGPQPTA LAETLPEGPS HHLLSPDGRT GGSVARATPM EFQDSSAPPA QSPQHATDRW RRETTRFFCP QPKEHIWKQT KTSPKPLPSR FIGSISPLNP QPRPTRQGRP LPRQGATLAG RSSSNAPKYG RGQLNYPLPD FSKVGPRVRF PKDESYRPPK SRSHNRKPQA PARPLIFKSP AEIVQEVLLS SGEAALAKDT PPAHPITRVP QEFQTPEQAT ELVHQLQEDY HRLLTKYAEA ENTIDQLRLG AKVNLFSDPP QPNHSIHTGM VPQGTKVLSF TIPQPRSAEW WPGPAEDPQA SAASGWPSAR GDLSPSSLTS MPTLGWLPEN RDISEDQSSA EQTQALASQA SQFLAKVESF ERLIQAGRLM PQDQVKGFQR LKAAHAALEE EYLKACREQH PAQPLAGSKG TPGRFDPRRE LEAEIYRLGS CLEELKEHID QTQQEPEPPG SDSALDSTPA LPCLHQPTHL PAPSGQAPMP AIKTSCPEPA TTTAAASTGP CPLHVNVEVS SGNSEVEDRP QDPLARLRHK ELQMEQVYHG LMERYLSVKS LPEAMRMEEE EEGEEEEEEE GGGDSLEVDG VAATPGKAEA TRVLPRQCPV QAEKSHGAPL EEATEKMVSM KPPGFQASLA RDGHMSGLGK AEAAPPGPGV PPHPPGTKSA ASHQSSMTSL EGSGISERLP QKPLHRGGGP HLEETWMASP ETDSGFVGSE TSRVSPLTQT PEHRLSHIST AGTLAQPFAA SVPRDGASYP KARGSLIPRR ATEPSTPRSQ AQRYLSSPSG PLRQRAPNFS LERTLAAEMA VPGSEFEGHK RISEQPLPNK TISPPPAPAP AAAPLPCGPT ETIPSFLLTR AGRDQAICEL QEEVSRLRLR LEDSLHQPLQ GSPTRPASAF DRPARTRGRP ADSPATWGSH YGSKSTERLP GEPRGEEQIV PPGRQRARSS SVPREVLRLS LSSESELPSL PLFSEKSKTT KDSPQAARDG KRGVGSAGWP DRVTFRGQYT GHEYHVLSPK AVPKGNGTVS CPHCRPIRTQ DAGGAVTGDP LGPPPADTLQ CPLCGQVGSP PEADGPGSAT SGAEKATTRR KAPSTPSPKQ RSKQAGSSPR PPPGLWYLAT APPAPAPPAF AYISSVPIMP YPPAAVYYAP AGPTSAQPAA KWPPTASPPP ARRHRHSIQL DLGDLEELNK ALSRAVQAAE SVRSTTRQMR SSLSADLRQA HSLRGSCLF* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.75 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||