mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 1.59062653014539e-13 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:32363816T>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | BTNL2 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000429232 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UIR0 | |||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.15696A>G | |||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2076530
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
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length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | |||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 796 | |||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 745 | |||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 816 | |||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 15696 | |||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 32363816 | |||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GTTTGGATCTGAAGGTGGTAAGTAAGAATTCTAGATAGATA | |||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GTTTGGATCTGAAGGTGGTAGGTAAGAATTCTAGATAGATA | |||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVDFPGYNLS GAVASFLFIL LTMKQSEDFR VIGPAHPILA GVGEDALLTC QLLPKRTTMH VEVRWYRSEP STPVFVHRDG VEVTEMQMEE YRGWVEWIEN GIAKGNVALK IHNIQPSDNG QYWCHFQDGN YCGETSLLLK VAAVLRDDII ASLKVNGPSQ PILVRVGEDI QLTCYLSPKA NAQSMEVRWD RSHRYPAVHV YMDGDHVAGE QMAEYRGRTV LVSDAIDEGR LTLQILSARP SDDGQYRCLF EKDDVYQEAS LDLKVVWVLP H* | |||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.03 s | |||||||||||||||||||||||||||||||