mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999729812201969 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr4:3494600A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DOK7 | ||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000507039 | ||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001164673 | ||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||
alteration region | 3'UTR | ||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | cDNA.941A>G g.29568A>G | ||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6811423
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regulatory features | Promoter Associated, Regulatory Feature, Promoter like regulatory feature H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites | splice site change occurs after stopcodon (at aa 288) splice site change occurs after stopcodon (at aa 290) splice site change occurs after stopcodon (at aa 291)
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distance from splice site | 115 | ||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | signal is predicted to be ok | ||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 66 / 66 | ||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 4 | ||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 827 | ||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 711 | ||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 768 | ||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 941 | ||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 29568 | ||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3494600 | ||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GTCGTCAGCCAGCACGTCACAGGAGGGGCCTAGACCAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GTCGTCAGCCAGCACGTCACGGGAGGGGCCTAGACCAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GTCGTCAGCCAGCACGTCACAGGAGGGGCCTAGACCAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GTCGTCAGCCAGCACGTCACGGGAGGGGCCTAGACCAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MTEAALVEGQ VKLRDGKKWK SRWLVLRKPS PVADCLLMLV YKDKSERIKG LRERSSLTLE DICGLEPGLP YEGLVHTLAI VCLSQAIMLG FDSHEAMCAW DARIRYALGE VHRFHVTVAP GTKLESGPAT LHLCNDVLVL ARDIPPAVTG QWKLSDLRRY GAVPSGFIFE GGTRGWRLLP VLGRGGADQL PVRLHRPRHL PHQGPLWAAA GSTRPKSPGT LDCGGACGPG SPGNPTAGEA AEPPLTCGQA GQWRG* | ||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.21 s | ||||||||||||||||||||||||||