mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.995359088358651 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr19:10676681T>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | KRI1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000361821 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8N9T8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | 5'UTR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | cDNA.16A>G g.33A>G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3218222
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regulatory features | ELF1, Transcription Factor, ELF1 Transcription Factor Binding Promoter Associated, Regulatory Feature, Promoter like regulatory feature H3K4me2, Histone, Histone 3 Lysine 4 Di-Methylation Max, Transcription Factor, Max TF binding Gabp, Transcription Factor, Gabp TF binding HDAC3, Transcription Factor, HDAC3 Transcription Factor Binding E2F6, Transcription Factor, E2F6 Transcription Factor Binding PolII, Polymerase, RNA Polymerase II H4K91ac, Histone, Histone 4 Lysine 91 Acetylation E2F4, Transcription Factor, E2F4 Transcription Factor Binding Tcf12, Transcription Factor, Tcf12 Transcription Factor Binding HEY1, Transcription Factor, HEY1 Transcription Factor Binding Cmyc, Transcription Factor, Cmyc TF binding H3K18ac, Histone, Histone 3 Lysine 18 Acetylation HDAC1, Transcription Factor, HDAC1 Transcription Factor Binding H3K9ac, Histone, Histone 3 Lysine 9 Acetylation CTCF, Transcription Factor, CCCTC-binding factor Yy1, Transcription Factor, Yy1 Transcription Factor Binding CBP, Transcription Factor, CBP Transcription Factor Binding Sin3Ak20, Transcription Factor, Sin3Ak20 Transcription Factor Binding H3K27ac, Histone, Histone 3 Lysine 27 Acetylation Nrf1, Transcription Factor, Nrf1 Transcription Factor Binding TAF1, Transcription Factor, TAF1 Transcription Factor Binding H3K4me3, Histone, Histone 3 Lysine 4 Tri-Methylation E2F1, Transcription Factor, E2F1 Transcription Factor Binding DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites | splice site change before start ATG (at aa -40) | splice site change before start ATG (at aa -39) | splice site change before start ATG (at aa -37) |
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distance from splice site | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | no | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
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length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 131 / 131 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1918 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1737 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2118 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 33 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10676681 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGTGCGCAATGGGCCACAGAACCGCCATGCCGGAACCGCGC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGTGCGCAATGGGCCACAGAGCCGCCATGCCGGAACCGCGC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GCAATGGGCCACAGAACCGCCATGCCGGAACCGCGC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GCAATGGGCCACAGAGCCGCCATGCCGGAACCGCGC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MRAGACARRP VGKWGVEWPR RLTWGGASRL CPAVKDRYGD RDSSSDSSSE SDSSDERVEF DPQQERDFYK TLSLLKKKDP RIYQKDATFY NRTASSSDSE EDPEALEKQK KVRPMYLKDY ERKVILEKAG KYVDEENSDG ETSNHRLQET SSQSYVEEQK QLKESFRAFV EDSEDEDGAG EGGSSLLQKR AKTRQEKAQE EADYIEWLKG QKEIRNPDSL KELTHLKEYW NDPELDEGER FLRDYILNKR YEEEEEEEED EEEMEEEEGV HGPPVQLAVD DSSDEGELFL KKQEDFEQKY NFRFEEPDSA SVKTYPRSIA SSVRRKDERR KEKREETRER KKREKAKKQE ELKQLKNLKR KEILAKLEKL RKVTGNEMLG LEEGDLEDDF DPAQHDQLMQ KCFGDEYYGA VEEEKPQFEE EEGLEDDWNW DTWDGPEQEG DWSQQELHCE DPNFNMDADY DPSQPRKKKR EAPLTGKKKR KSPFAAAVGQ EKPVFEPGDK TFEEYLDEYY RLDYEDIIDD LPCRFKYRTV VPCDFGLSTE EILAADDKEL NRWCSLKKTC MYRSEQEELR DKRAYSQKAQ NSWKKRQVFK SLCREEAETP AEATGKPQRD EAGPQRQLPA LDGSLMGPES PPAQEEEAPV SPHKKPAPQK RRRAKKARLL GPTVMLGGCE FSRQRLQAFG LNPKRLHFRQ LGRQRRKQQG PKNSS* | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.36 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||