mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 7.13689471653069e-05 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr11:60531346T>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MS4A15 | ||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000337911 | ||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_152717 | ||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8N5U1 | ||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.6921T>G | ||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs1032939
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regulatory features | CTCF, Transcription Factor, CCCTC-binding factor DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site EBF, Transcription Factor, EBF Transcription Factor Binding H3K27ac, Histone, Histone 3 Lysine 27 Acetylation H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K4me1, Histone, Histone 3 Lysine 4 Mono-Methylation H3K4me2, Histone, Histone 3 Lysine 4 Di-Methylation H3K9ac, Histone, Histone 3 Lysine 9 Acetylation | ||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites | splice site change before start ATG (at aa -6) |
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distance from splice site | 3694 | ||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
protein features |
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length of protein | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 77 / 77 | ||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 410 | ||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 283 | ||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 444 | ||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 6921 | ||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 60531346 | ||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCAGTTTGAGGAGCCACCGCTGGGGGCACAGACACCAAGGG | ||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCAGTTTGAGGAGCCACCGCGGGGGGCACAGACACCAAGGG | ||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVRRGHVGIF FIEGGVPFWG GACFIISGSL SVAAEKNHTS CLVRSSLGTN ILSVMAAFAG TAILLMDFGV TNRDVDRGYL AVLTIFTVLE FFTAVIAMHF GCQAIHAQAS APVIFLPNAF SADFNIPSPA ASAPPAYDNV AYAQGVV* | ||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.75 s | ||||||||||||||||||||||||||