mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 4.21975279954579e-12 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:179280379T>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MRNIP | |||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000403396 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q6NTE8 | |||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | |||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.171A>G cDNA.189A>G g.8795A>G | |||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | no AA changes | |||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | |||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs1650893
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regulatory features | H3K4me2, Histone, Histone 3 Lysine 4 Di-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K27ac, Histone, Histone 3 Lysine 27 Acetylation | |||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites | alteration within used splice site, likely to disturb normal splicing
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distance from splice site | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | |||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | |||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | no | |||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 816 / 816 | |||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 272 / 272 | |||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 834 / 834 | |||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 19 / 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | |||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 808 | |||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 739 | |||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 816 | |||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 171 | |||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 189 | |||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8795 | |||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 179280379 | |||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | AGAGAAGCAGTCCTTTTTGCAGGTGAGTCCTACAAAACAGA | |||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | AGAGAAGCAGTCCTTTTTGCGGGTGAGTCCTACAAAACAGA | |||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AGAGAAGCAGTCCTTTTTGCAGAGTTCCCCAGACACGGAGC | |||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AGAGAAGCAGTCCTTTTTGCGGAGTTCCCCAGACACGGAGC | |||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MQSARAWLPG DCTSRDGVAS AFSGATLLQL PPLPGAPGKK ECQVDMQSLW REAVLFAEFP RHGAPASELP VPSGSEMDGA ESGKAYGEGS GADCRRHVQK LNLLQGQVSE LPLRSLEETV SASEEENVGH QQAGNVKQQE KSQPSESRWL KYLEKDSQEL ELEGTGVCFS KQPSSKMEEP GPRFSQDLPR KRKWSRSTVQ PPCSRGVQDS GGSEVAWGPQ KGQAGLTWKV KQGSSPCLQE NSADCSAGEL RGPGKELWSP IQQDGYKEIL F* | |||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MQSARAWLPG DCTSRDGVAS AFSGATLLQL PPLPGAPGKK ECQVDMQSLW REAVLFAEFP RHGAPASELP VPSGSEMDGA ESGKAYGEGS GADCRRHVQK LNLLQGQVSE LPLRSLEETV SASEEENVGH QQAGNVKQQE KSQPSESRWL KYLEKDSQEL ELEGTGVCFS KQPSSKMEEP GPRFSQDLPR KRKWSRSTVQ PPCSRGVQDS GGSEVAWGPQ KGQAGLTWKV KQGSSPCLQE NSADCSAGEL RGPGKELWSP IQQDGYKEIL F* | |||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.64 s | |||||||||||||||||||||||||||||||