mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999865891 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr22:44083442T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | EFCAB6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000262726 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_022785 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5THR3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1051A>G cDNA.1305A>G g.124776A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | T351A Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs5764214
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regulatory features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4506 / 4506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1502 / 1502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4760 / 4760 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 255 / 255 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4638 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4333 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1051 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124776 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 44083442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GATTTGGACTTAAAGCCACCACTAAAATCAATTGGAAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GATTTGGACTTAAAGCCACCGCTAAAATCAATTGGAAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GATTTGGACTTAAAGCCACCACTAAAATCAATTGGAAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GATTTGGACTTAAAGCCACCGCTAAAATCAATTGGAAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MCKMAIIPDW LRSHPHTRKF THSRPHSSPC RVYSRNGSPN KFRSSSTTAV ANPTLSSLDV KRILFQKITD RGDELQKAFQ LLDTGQNLTV SKSELRRIIT DFLMPLTREQ FQDVLAQIPL STSGTVPYLA FLSRFGGIDL YINGIKRGGG NEMNCCRTLR ELEIQVGEKV FKNIKTVMKA FELIDVNKTG LVRPQELRRV LETFCMKLRD EEYEKFSKHY NIHKDTAVDY NVFLKNLSIN NDLNLRYCMG NQEVSLENQQ AKNSKKERLL GSASSEDIWR NYSLDEIERN FCLQLSKSYE KVEKALSAGD PCKGGYVSFN YLKIVLDTFV YQIPRRIFIQ LMKRFGLKAT TKINWKQFLT SFHEPQGLQV SSKGPLTKRN SINSRNESHK ENIITKLFRH TEDHSASLKK ALLIINTKPD GPITREEFRY ILNCMAVKLS DSEFKELMQM LDPGDTGVVN TSMFIDLIEE NCRMRKTSPC TDAKTPFLLA WDSVEEIVHD TITRNLQAFY NMLRSYDLGD TGRIGRNNFK KIMHVFCPFL TNAHFIKLCS KIQDIGSGRI LYKKLLACIG IDGPPTVSPV LVPKDQLLSE HLQKDEQQQP DLSERTKLTE DKTTLTKKMT TEEVIEKFKK CIQQQDPAFK KRFLDFSKEP NGKINVHDFK KVLEDTGMPM DDDQYALLTT KIGFEKEGMS YLDFAAGFED PPMRGPETTP PQPPTPSKSY VNSHFITAEE CLKLFPRRLK ESFRDPYSAF FKTDADRDGI INMHDLHRLL LHLLLNLKDD EFERFLGLLG LRLSVTLNFR EFQNLCEKRP WRTDEAPQRL IRPKQKVADS ELACEQAHQY LVTKAKNRWS DLSKNFLETD NEGNGILRRR DIKNALYGFD IPLTPREFEK LWARYDTEGK GHITYQEFLQ KLGINYSPAV HRPCAEDYFN FMGHFTKPQQ LQEEMKELQQ STEKAVAARD KLMDRHQDIS KAFTKTDQSK TNYISICKMQ EVLEECGCSL TEGELTHLLN SWGVSRHDNA INYLDFLRAV ENSKSTGAQP KEKEESMPIN FATLNPQEAV RKIQEVVESS QLALSTAFSA LDKEDTGFVK ATEFGQVLKD FCYKLTDNQY HYFLRKLRIH LTPYINWKYF LQNFSCFLEE TADEWAEKMP KGPPPTSPKA TADRDILARL HKAVTSHYHA ITQEFENFDT MKTNTISREE FRAICNRRVQ ILTDEQFDRL WNEMPVNAKG RLKYPDFLSR FSSETAATPM ATGDSAVAQR GSSVPDVSEG TRSALSLPTQ ELRPGSKSQS HPCTPASTTV IPGTPPLQNC DPIESRLRKR IQGCWRQLLK ECKEKDVARQ GDINASDFLA LVEKFNLDIS KEECQQLIIK YDLKSNGKFA YCDFIQSCVL LLKAKESSLM HRMKIQNAHK MKEAGAETPS FYSALLRIQP KIVHCWRPMR RTFKSYDEAG TGLLSVADFR TVLRQYSINL SEEEFFHILE YYDKTLSSKI SYNDFLRAFL Q* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MCKMAIIPDW LRSHPHTRKF THSRPHSSPC RVYSRNGSPN KFRSSSTTAV ANPTLSSLDV KRILFQKITD RGDELQKAFQ LLDTGQNLTV SKSELRRIIT DFLMPLTREQ FQDVLAQIPL STSGTVPYLA FLSRFGGIDL YINGIKRGGG NEMNCCRTLR ELEIQVGEKV FKNIKTVMKA FELIDVNKTG LVRPQELRRV LETFCMKLRD EEYEKFSKHY NIHKDTAVDY NVFLKNLSIN NDLNLRYCMG NQEVSLENQQ AKNSKKERLL GSASSEDIWR NYSLDEIERN FCLQLSKSYE KVEKALSAGD PCKGGYVSFN YLKIVLDTFV YQIPRRIFIQ LMKRFGLKAT AKINWKQFLT SFHEPQGLQV SSKGPLTKRN SINSRNESHK ENIITKLFRH TEDHSASLKK ALLIINTKPD GPITREEFRY ILNCMAVKLS DSEFKELMQM LDPGDTGVVN TSMFIDLIEE NCRMRKTSPC TDAKTPFLLA WDSVEEIVHD TITRNLQAFY NMLRSYDLGD TGRIGRNNFK KIMHVFCPFL TNAHFIKLCS KIQDIGSGRI LYKKLLACIG IDGPPTVSPV LVPKDQLLSE HLQKDEQQQP DLSERTKLTE DKTTLTKKMT TEEVIEKFKK CIQQQDPAFK KRFLDFSKEP NGKINVHDFK KVLEDTGMPM DDDQYALLTT KIGFEKEGMS YLDFAAGFED PPMRGPETTP PQPPTPSKSY VNSHFITAEE CLKLFPRRLK ESFRDPYSAF FKTDADRDGI INMHDLHRLL LHLLLNLKDD EFERFLGLLG LRLSVTLNFR EFQNLCEKRP WRTDEAPQRL IRPKQKVADS ELACEQAHQY LVTKAKNRWS DLSKNFLETD NEGNGILRRR DIKNALYGFD IPLTPREFEK LWARYDTEGK GHITYQEFLQ KLGINYSPAV HRPCAEDYFN FMGHFTKPQQ LQEEMKELQQ STEKAVAARD KLMDRHQDIS KAFTKTDQSK TNYISICKMQ EVLEECGCSL TEGELTHLLN SWGVSRHDNA INYLDFLRAV ENSKSTGAQP KEKEESMPIN FATLNPQEAV RKIQEVVESS QLALSTAFSA LDKEDTGFVK ATEFGQVLKD FCYKLTDNQY HYFLRKLRIH LTPYINWKYF LQNFSCFLEE TADEWAEKMP KGPPPTSPKA TADRDILARL HKAVTSHYHA ITQEFENFDT MKTNTISREE FRAICNRRVQ ILTDEQFDRL WNEMPVNAKG RLKYPDFLSR FSSETAATPM ATGDSAVAQR GSSVPDVSEG TRSALSLPTQ ELRPGSKSQS HPCTPASTTV IPGTPPLQNC DPIESRLRKR IQGCWRQLLK ECKEKDVARQ GDINASDFLA LVEKFNLDIS KEECQQLIIK YDLKSNGKFA YCDFIQSCVL LLKAKESSLM HRMKIQNAHK MKEAGAETPS FYSALLRIQP KIVHCWRPMR RTFKSYDEAG TGLLSVADFR TVLRQYSINL SEEEFFHILE YYDKTLSSKI SYNDFLRAFL Q* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.91 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||